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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Un microscopio avanzado que permite rápido y de alta resolución de imagen de la membrana plasmática aislada y el volumen intracelular circundante, se presentará. La integración de microscopía de fluorescencia de reflexión interna disco y total en una configuración de giro permite energizados experimentos de imagen a precios de adquisición alto hasta 3.5 s por grupo imagen.
En las células vivas, procesos como la formación de adherencias implican grandes cambios estructurales en la membrana plasmática y el interior de la célula. Para poder visualizar estos eventos altamente dinámicos, se combinaron dos técnicas de microscopía de luz complementarias que permiten la proyección de imagen rápida de muestras vivo: girar a microscopía de disco (SD) para el registro del volumen rápido y de alta resolución y reflexión interna total Microscopía de fluorescencia (TIRF) para localización precisa y la visualización de la membrana plasmática. Aparecerá un protocolo de imagen integral y completado para guiar a través de la preparación de la muestra, calibración de microscopios, formación de la imagen y adquisición, dando por resultado varios color SD-TIRF de serie con alta resolución espacio-temporal. Todos pasos post procesado de imagen necesario para generar multidimensional vivo de conjuntos de datos, es decir, registro y combinación de los canales individuales, se proporcionan en una macro por escrito para el software de código abierto ImageJ. La proyección de imagen de proteínas fluorescentes durante la iniciación y maduración de los complejos de adhesión, así como la formación de la red del citoesqueleto de actina, fue utilizado como una prueba del principio de este nuevo enfoque. La combinación de microscopia de alta resolución 3D y TIRF proporciona una descripción detallada de estos procesos complejos en el entorno celular y, al mismo tiempo, localización precisa de las moléculas asociadas a membrana detectada con una alta relación de señal a fondo.
Nuestros días, técnicas de microscopía de luz proporciona la proyección de imagen estupendo de alta resolución en fijo y vida ejemplar están desarrollando rápidamente. Técnicas de súper-resolución como estimularon emisión microscopía de iluminación de agotamiento (STED), estructurado (SIM) y microscopía de localización de foto activación (PALM) o microscopía directa reconstrucción óptica estocástica (tormenta), respectivamente, son disponible en el mercado y permiten la proyección de imagen de estructuras subcelulares que muestra detalles casi en la escala molecular1,2,3,4,5,6. Sin embargo, estos enfoques todavía han limitado aplicabilidad para los experimentos de imagen vivo en que grandes volúmenes deben visualizarse con varios fotogramas por segundo la velocidad de adquisición. Variedades de procesos altamente dinámicos regulados a través de la membrana plasmática, por ejemplo, endo- / exocitosis, adherencia, migración o señalización, se producen con alta velocidad dentro de grandes volúmenes celulares. Recientemente, con el fin de llenar este vacío, una técnica de microscopía integrado fue propuesto llamado spinning disco-TIRF (SD-TIRF)7. En detalle, microscopía TIRF permite específicamente aislar y localizar la membrana del plasma8,9, mientras que la microscopia SD es uno de los más sensibles y rápidas en vivo las técnicas de imagen para la visualización y seguimiento de orgánulos subcelulares en el citoplasma10,11. La combinación de ambas técnicas de imagen en una sola configuración ya se ha realizado en los últimos12,13, sin embargo, el microscopio (Figura 1) presentan finalmente cumple con los criterios para realizar experimentos de SD-TIRF imagen vivo de dichos procesos a 3 fotogramas por segundo la velocidad. Puesto que este microscopio está comercialmente disponible, el objetivo de este manuscrito debe describir en detalle y proporcionar herramientas de código abierto y protocolos de adquisición de imágenes, registro y visualización asociadas con microscopía TIRF de SD.
La configuración se basa en un microscopio invertido conectado a unidades de exploración de dos vía puertos independientes - el puerto izquierdo está vinculado a la unidad de la SD y el puerto posterior a la unidad de escáner para TIRF y foto activación/blanqueamiento experimentos. Hasta 6 láseres (405/445/488/515/561/640 nm) puede ser utilizado para la excitación. De excitación y detección de la señal de fluorescencia, ya sea un 100 x / NA1.45 de aceite o 60 x / NA1.49 aceite objetivo TIRF, respectivamente, han sido empleados. La luz emitida es dividida por un espejo dicroico (561 nm largo-pase o 514 nm largo-) y filtrada por diversos filtros band-pass (55 nm amplia centrada en 525 nm, 54 nm amplia centrada en 609 nm para fluorescencia verde y roja, respectivamente) colocado delante de la cam EM-CCD dos eras. Tenga en cuenta que más técnica acerca de la configuración se detalla en Zobiak et al. 7. en la configuración de la TIRF, la unidad de la SD se mueve fuera de la trayectoria de la luz dentro de alrededor de 0.5 s para que el mismo dos cámaras pueden utilizarse para la detección, lo que permite una conmutación más rápida entre las dos modalidades de proyección de imagen en comparación con alrededor de 1 s que fue divulgado en el pasado13 < /C2 >. Esta característica permite la adquisición simultánea de dos canales, 4 canales SD-TIRF imágenes en previamente incomparable velocidad y precisión se puede realizar. Por otra parte, la alineación entre imágenes SD y TIRF es innecesaria. Alineación de la imagen entre las dos cámaras, sin embargo, tiene que ser revisado antes de iniciar el experimento y corregida si es necesario. En el siguiente protocolo, se implementó una rutina de corrección de registro en una macro ImageJ uno mismo-escrita. Por otra parte, la macro principalmente fue diseñada para permitir una visualización simultánea de conjuntos de datos TIRF a pesar de su diferente dimensionalidad y SD. El software de adquisición no presentó estas características.
1. preparación de las células
2. en proyección de imagen
3. procesamiento posterior imagen en ImageJ
Para demostrar el potencial de la proyección de imagen de SD-TIRF, que un ensayo fue desarrollado debe revelar la organización espacio-temporal de complejos de adhesión célula-matriz y su interacción con el citoesqueleto durante la adhesión celular. Por lo tanto, adherente HeLa o, alternativamente, NIH3T3 células fueron transfectadas con YFP-vinculina y RFP-Lifeact de 18-24 h, tripsinizaron y semillas en platos de fondo de vidrio recubierto de fibronectina. Estas líneas celulares fueron elegidas por su citoesqueleto pronunciado y mayor robustez en vivo imagen experimentos frente a, por ejemplo, células primarias. No los podrían soportar la proyección de imagen en condiciones muy delicadas como son tras tratamiento con tripsina. En el microscopio, células de YFP/RFP-expresión fueron seleccionadas y el proceso de adhesión observado durante un 60 minutos Time-lapse (películas 1 y 2 yfigura 2 ). Este ensayo específico raramente y no claramente descrito en la literatura17,18. Por otra parte, la formación de adherencias sobre todo ha sido investigada en por ejemplo, migración de células19,20. Por lo tanto, teníamos que adaptar esta metodología (línea celular, capa, medio, composición) para llevar a cabo los experimentos descritos en este documento.
Como era de esperar, las células eran forma redonda al principio y sólo débilmente adherente, mientras que protrusiones de membrana fueron detección del medio ambiente y hacer contacto con el sustrato. Contactos célula-matriz consolidaron rápidamente a la formación de adherencias naciente llamada20,21 (figura 2A, TIRF-488 canal, tiempo puntos 0-4.5 min). Estos últimos son positivo de la vinculina, punto-como las estructuras en el lado ventral de la célula. Las estructuras eran claramente visibles en las imágenes TIRF. En el inicio de la formación de adherencias, actinia se distribuye uniformemente en la celda y no localizar a estos principios complejos (figura 2A, canal SD-561). En el transcurso del tiempo, complejos de adhesión ampliado y maduraron a adherencias focales (figura 2). Estas estructuras alargadas eran predominante evidentes en la periferia de la célula (Figuras 2A + B) y resultaron de fuerzas que se ejercen por las fibras de acto-miosina. Estas fibras se comenzaron a conectar a los complejos de adhesión, así tirando de ellos hacia el centro de la célula e inducir el fortalecimiento de las adherencias célula-matriz, así como la agrupación de las fibras de actina21. Al parecer, la célula también aplanado como resultado de la formación de redes de actina (figura 2A, vista XZ). SD-proyección de imagen de prueba para el método de elección, ya que permite visualizar este proceso desde una perspectiva completa y con alta sensibilidad, resolución espacial. En un informe anterior17, TIRF solo sólo podría dejar especular sobre el origen de las adherencias periféricas, mientras que la proyección de imagen de SD-TIRF reveló claramente su asociación con filopodios (figura 2B, momento 17 min, punta de flecha blanca). De hecho, las fibras de actina emergente, centripetally, de adherencias focales llegó a ser visibles después de 27 minutos (figura 2B, flecha amarilla).
Sin embargo, la configuración de la adquisición de estos experimentos, es decir, la velocidad, excitación aumento de intensidad y detector, deben evaluarse cuidadosamente. El intervalo de 30 s/punto, permitiendo múltiples punto de adquisición, parece ideal, mientras que la intensidad de la radiación del láser de excitación (entre 0.5-1 W/cm²) debe ser tomado bajo consideración crítica. Figura 2D muestra una célula en una posición diferente en el mismo experimento que no se pudo adjuntar al sustrato. Es posible que efectos phototoxic afectaron el biología de la célula, que finalmente dio lugar a la membrana burbujeo después de alrededor de 60 min, probablemente parecido a apoptosis (película 2). Esto claro otra vez células sensibles cómo puede reaccionar a la fototoxicidad y que es importante encontrar en que un buen equilibrio entre la cantidad de luz pone y la información están tomando hacia fuera. Reducción de la potencia del láser, el número de imágenes en una pila de z o el aumento de la ganancia puede ser la correcta estrategia para la reducción de fototoxicidad. Todos estos ajustes, sin embargo, deben ajustarse a un nivel que permite alcanzar la suficiente resolución y relación señal a ruido, que permiten extraer información cuantitativa desde el lapso de tiempo registrado.

Figura 1: esquema de la configuración de SD-TIRF. A. modo de proyección de imagen de SD: 6 líneas de láser diferentes (líneas 405/445/488/515/561/640nm, verde) se juntan en la unidad de exploración confocal (CSU), pasando por la SD (posición 'IN') y un cubo de filtro vacío en el cuerpo del microscopio (MIC). Emisión de fluorescencia de la muestra (espec.) se proyecta a través de los agujeros de la SD y dividida por diferentes espejos dicroicos, por ejemplo, de verde y rojo o amarillo/cyan adquisición simultánea, en dos diferentes cámaras EM-CCD (C1 y C2). Filtros de fluorescencia se colocan delante de las camaras (no mostradas). B. modo proyección de imagen de TIRF: las líneas láser se juntan en el escáner TIRF (TIRF). Un divisor de haz de líneas múltiples en el MIC dirige el rayo a la muestra y la emisión de luz puentea la SD ('OUT') para la transmisión máxima. La fluorescencia se detecta por las mismas cámaras y filtros de emisión se describe en A. Esta figura ha sido modificada de Zobiak et al. 7 Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: resultados representativos de formación difusión y adhesión de la célula mediante microscopía TIRF de SD. A. célula HeLa transfectadas doble expresando RFP-Lifeact (canal rojo, SD-561) y YFP-vinculina (canal verde, TIRF-488) fueron cubreobjetos de vidrio tripsinizaron y resembraron en revestimiento de fibronectina. Formación de adherencias se convierte fácilmente visible, a partir de pequeñas adherencias nacientes (puntos positivo de vinculina) a 0 los minutos que se convierten en grandes adherencias focales después de alrededor de 5 minutos. Actina cortical es aparente después de alrededor de 10 minutos y se extiende en la periferia de las células (véase marcos a los minutos 12 y 24.5). B. la vista ampliada de la región en caja (marco en 45 minutos) muestra que se separa de la célula y la transición de adherencias nacientes a focal así como adherencias asociadas de filopodios (flecha blanca) y formación de la fibra de estrés (véase el cuadro a los 27 minutos, amarillo punta de flecha). C. Kymograph de la línea amarilla discontinua en a. D. (Foto-) Efectos tóxicos sobre células o malsana de lo contrario les pueden dejar dejar de fijar al sustrato. Condiciones de proyección de imagen tienen que ser evaluados críticamente para excluir fototoxicidad. Barra de escala = 5 μm (en la A y D) y 2 μm (B y C). Las vistas XZ en A y D son las proyecciones ortogonales extraídas de las líneas blancas punteadas dibujadas en ella (parte inferior = sustrato). Las imágenes eran linealmente contraste y filtrado de mediana con un kernel de 3 x 3. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Película 1: la reconstrucción 3D de la secuencia de lapso de tiempo en la figura 2A. La secuencia de imágenes fue rendida con 3D software de imágenes. Duración: tasa de adquisición de 42,5 min.: 2 pilas de SD-TIRF de doble canal por minuto (56 capítulos en total) fueron adquiridas. Por favor haga clic aquí para ver este video. (Clic derecho para descargar)

2 de la película: película de la secuencia de lapso de tiempo en la figura 2 C. Duración: tasa de adquisición 60 min: 2 pilas de SD-TIRF de doble canal por minuto (56 capítulos en total) fueron adquiridas. Por favor haga clic aquí para ver este video. (Clic derecho para descargar)
Los autores no tienen nada que revelar.
Un microscopio avanzado que permite rápido y de alta resolución de imagen de la membrana plasmática aislada y el volumen intracelular circundante, se presentará. La integración de microscopía de fluorescencia de reflexión interna disco y total en una configuración de giro permite energizados experimentos de imagen a precios de adquisición alto hasta 3.5 s por grupo imagen.
Agradecemos enormemente a la comunidad científica de la Universidad médica Center Hamburg-Eppendorf para apoyarnos con las muestras para evaluación. Es decir, agradecemos Sabine Windhorst células NIH3T3, Andrea Mordhorst de YFP-vinculina y Maren Rudolph de RFP-Lifeact.
| Microscopio > < y accesorios SD-TIRF fuerte Visitron Systems Ti con sistema >de | |||
| enfoque perfecto | Nikon | Soporte de microscopio invertido | |
| CSU-W1 T2 | Yokogawa | Unidad de disco giratorio en configuración de doble cámara | |
| iLAS2 | |||
| Escáner Roper Scientific | TIRF/FRAP | ||
| Evolve | Cámaras Photometrix | EM-CCD | |
| Etapa PiezoZ Ludl | Electronic Products | Etapa Z motorizada | |
| Etapa Bioprecision2 XY | Ludl Electronic Products | Etapa XY motorizada | |
| Cámara de incubación superior Okolab | Bold Line | Temperatura, CO2 y suministro de humedad | |
| Células de cáncer de cuello uterino | HeLa DSMZ | ACC-57 | |
| NIH3T3 fibroblastos | DSMZ | ACC-59 | |
| Solución salina tamponada con fosfato de Dulbecco (PBS) | Gibco | 14190144 | |
| Trypsin-EDTA 0.05% | Gibco | 25300054 | |
| Dulbecco's Modified Eagle Medium + GlutaMAX-I (DMEM) | Gibco | 31966-021 | |
| OptiMEM | Gibco 31985070 | Medio sérico reducido | |
| Suero fetal de ternera (FCS) | Gibco | 10500064 | |
| Penicilina/Estreptomicina (PenStrep) | Gibco | 15140148 | |
| Medio de crecimiento completo (DMEM suplementado con 10% de FCS y 1% de PenStrep) | |||
| TurboFect | ThermoFisher Scientific | R0531 | Transfección reactivo |
| Ácido ascórbico (AA) | Sigma | A544-25G | |
| placa de cultivo celular de 6 pocillos | Sarstedt | 83.392 | |
| Platos con fondo de vidrio | MatTek | P35G-1.5-10-C | 35 mm, cubreobjetos de vidrio de 0,17 mm |
| Fibronectina, plasma bovino | ThermoFisher Scientific | 33010018 | |
| Cámara mejorada de Neubauer | VWR | 631-0696 | |
| Perlas TetraSpeck | ThermoFisher Scientific | T7279 | |
| Plasmidios | |||
| RFP-Lifeact | Maren Rudolph, Instituto de Microbiología Médica, Centro Médico Universitario de Hamburgo Eppendorf, Alemania | ||
| YFP-Vinculin | Andrea Mordhorst, Instituto de Microbiología Médica, Centro Médico Universitario de Hamburgo Eppendorf, Alemania | ||
| Software and plugins | |||
| VisiView | Visitron Systems | Versión 3 | |
| ImageJ | Versión 1.52c | ||
| Complemento | Turboreg | http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/turboreg/ | |
| Macro "SD-TIRF_helper_JoVE.ijm" | esta publicación | https://github.com/bzobiak/ImageJ | |
| Volocity | PerkinElmer | versión 6.2.2 |