La enfermedad de Hirschsprung (EH) es una enfermedad intestinal congénita que se manifiesta clínicamente como una incapacidad para pasar meconio en lactantes o como estreñimiento a largo plazo en niños. La biopsia de succión rectal (RSB) para determinar la ausencia de células ganglio y la hipertrofia neuronal es la prueba más precisa para el diagnóstico de la EH en la actualidad. La tinción de hematoxilina-eosina tradicional carece de sensibilidad y especificidad. La tinción de la acetilcolinesterasa no puede ser ampliamente utilizada debido a su complejo proceso. Nuestro novedoso protocolo de inmunostón para calretinina, proteína S100 y producto genético 9,5 (PGP 9.5), que realizamos en RSBs, exhibe tasas de alta sensibilidad y especificidad de 96,49% (intervalo de confianza de 95%, 0,88-0,99) y 100% (95% de confianza intervalo, 0,97-1.00), respectivamente. Los segmentos afectados por la EH a menudo se presentan como la ausencia de la expresión de calretinina, proteína S100, y PGP 9.5, que son marcadores de hipertrofia neuronal en el tejido submucosa. Este protocolo describe el proceso operativo detallado de este nuevo método de diagnóstico.