Este protocolo permite la visualización de la expresión génica en embrionario Astyanax cavefish. Este enfoque ha sido desarrollado con el objetivo de maximizar la señal de la expresión del gene, minimizando tinción de fondo inespecífica.
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Artículo de método
Este protocolo permite la visualización de la expresión génica en embrionario Astyanax cavefish. Este enfoque ha sido desarrollado con el objetivo de maximizar la señal de la expresión del gene, minimizando tinción de fondo inespecífica.
En los últimos años, se ha publicado un genoma de proyecto para el cavefish mexicano ciego (Astyanax mexicanus), revelando las identidades de la secuencia de miles de genes. Investigaciones anteriores en este sistema de modelo emergente capitalizan completo genoma las investigaciones que han identificado numerosos loci de rasgos cuantitativos (QTL) asociados con diversos fenotipos asociados de cueva. Sin embargo, la capacidad de conectarse a genes de interés a la base hereditaria para cambio fenotípico sigue siendo un desafío significativo. Una técnica que puede facilitar la comprensión del papel del desarrollo en evolución troglomórphico es todo montaje hibridación in situ. Esta técnica puede implementarse directamente comparar la expresión génica entre las formas de vivienda de la cueva y la superficie, nominar a candidato genes subyacentes QTL establecido, identificar los genes de interés de los estudios de secuenciación de próxima generación, o desarrollar otros enfoques basados en el descubrimiento. En este informe, presentamos un protocolo simple, apoyado por una lista flexible, que puede ser ampliamente adaptada para su uso más allá del sistema de estudio presentados. Se espera que este protocolo puede servir como un recurso amplio para la comunidad de Astyanax y más allá.
Hibridación in situ es un método común para la tinción de tejidos fijos para visualizar patrones de expresión de gen1. Esta técnica se ha realizado durante años en otros tradicionales2 y sistemas no tradicionales3 modelo para una variedad de estudios biológicos. Sin embargo, varios pasos y los reactivos son necesarios para realizar exitosamente este procedimiento. Para los investigadores que nunca han realizado esta técnica, iniciando el proceso puede ser intimidante debido a los muchos pasos necesarios. Además, la larga naturaleza de este procedimiento se presta a errores técnicos, que pueden ser difícil solucionar problemas.
El objetivo general de este artículo es presentar un método simple y sencillo que se puede representar esta técnica de hibridación accesible a un público más amplio. Para reducir la introducción de errores, presentamos un enfoque sencillo que produce alta calidad gene expresión manchas y reduce al mínimo la señal de fondo no específicas. Este procedimiento es similar a otros enfoques desarrollados en los sistemas de modelo tradicional, como Danio rerio4. Aquí, nuestro objetivo es facilitar la aplicación cuidadosa de cada paso usando una lista descargable (1 archivo suplementario), para promover el cuidado de aplicación del protocolo. La justificación para hacer esto es para facilitar la organización a través de los muchos pasos implicados en este procedimiento. Este artículo es apropiado para los investigadores interesados en realizar la hibridación in situ de montaje en conjunto en el desarrollo de embriones, pero aún no han realizado el procedimiento. La ventaja del enfoque elegido por los investigadores de Astyanax es que ha sido probado y comprobado en cavefish y morfos de peces de superficie, facilitando así el análisis comparativo de la expresión. El método presentado puede utilizarse por los investigadores en estudios sobre Astyanax y otros sistemas.
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Todos los métodos aquí descritos han sido aprobados por el cuidado institucional del Animal y el Comité uso (IACUC) de la Universidad de Cincinnati (Protocolo nº 10-01-21-01).
1. fijación
2. deshidratación
3. día 1: rehidratación
4. día 1: Digestión y fijación
5. día 1: Prehybridization
6. día 2: hibridación
7. día 3: Preparación de la solución
8. día 3: Retiro de la sonda
9. día 3: bloqueo de
10. día 4: MABT enjuagues
11. día 5: Visualización de la sonda
12. proyección de imagen de
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En este informe, nos ofrece un enfoque sencillo para realizar etiquetado de embrionario Astyanax muestras para análisis de expresión génica de alta calidad. Esta técnica puede realizarse en cuatro o cinco días, y cada paso principal en el procedimiento se representa en un diagrama de flujo con códigos de color (figura 1). Una vez completado, embriones teñidos deben abrigar una etiqueta cromática púrpura oscurezca en tejidos que expresan el gen de int...
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Debido a la vulnerabilidad del ARN a la degradación, uno de los pasos más importantes en el protocolo refiere a la síntesis estéril de la sonda de RNA. Sin embargo, si una sonda se genera con cuidado y proporciona buenos resultados, pueden ser reutilizado en posteriores reacciones de tinción. Un segundo paso crucial es la cuidadosa producción de todos los reactivos utilizados en el protocolo. Puesto que este protocolo trata de varios días y muchos pequeños pasos, es esencial que todos los reactivos son exactamente produc...
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Los autores no tienen nada que revelar.
Los autores desean agradecer a los miembros del laboratorio de bruto para comentarios de este manuscrito. Queremos reconocer a cuatro estudiantes de secundaria que utilizan este protocolo durante las pasantías de verano en 2017 y 2018, incluyendo Christine Cao, Michael Warden, Aki Li y David Nwankwo. HL fue apoyado por una beca de madre de Biología UC durante el verano de 2017. Este trabajo fue apoyado por subvenciones de la National Science Foundation (DEB-1457630 a la JBG) y el institutos nacionales de Dental e investigación craneofacial (NIH; DE025033 a la JBG).
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| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Pipeta serológica de 10 mL | VWR | 89130-888 | |
| Unidad de filtración de 1000 mL | VWR | 89220-698 | |
| Cónica de 15 mL | VWR-Greiner | 82050-278 | |
| Pipeta serológica de 25 mL | VWR | 89130-890 | |
| Unidad de filtración de 250 mL | VWR | 89220-694 | |
| Pipeta serológica de 5 mL | VWR | 89130-886 | |
| 50 mL Cónico | VWR-Falcon | 21008-940 | |
| 500 mL Unidad de filtración | VWR | 89220-696 | |
| Anti-Digoxigenin-AP, Fab fragmentos | Sigma-Roche | 11093274910 | |
| BCIP | Sigma-Aldrich | B8503-1G | g |
| Solución de bloqueo | Sigma-Roche | 11 096 176 001 | 50 g |
| Ácido cítrico | Fisher Scientific | A104-500 | 500 g |
| Kit de etiquetado de ARN DIG (SP6/T7) | Sigma-Roche | 11175025910 | |
| Tubos Eppendorf | VWR | 20170-577 | |
| Etanol | Fisher-Decon | 04-355-223 | 1 galón |
| Formamida Thermo | Fisher Scientific | 17899 | 100 mL |
| Viales de vidrio para tragos VWR | 66011-041 | 1 | |
| Dr Pipetas de vidrio | Fisher Scientific | 13-678-8A | |
| HCl | Thermal-ScientificPharmco-AAPER | 284000ACS | 500 mL |
| Heparina | Sigma | H3393-25KU | |
| Cloruro de magnesio-cristalino | Fisher Scientific | M33-500 | 500 g |
| Ácido maleico | Sigma | M0375-100g | 100g |
| Metanol | Fisher Scientific | A452-4 | 4L |
| Agua de grado molecular (libre de ARNasa) | VWR | 7732-18-5 | 500 mL |
| NaCl | Fisher Scientific | S271-3 | 3 kg |
| Pellets de NaOH | Fisher Scientific | S318-500 | 500 g |
| NBT Sustrato en polvo | ThermoFisher Scientific | 34035 | 1 g |
| Suero de cabra normal | Fisher-Invitrogen | 31873 | |
| Mezclador nutante | VWR | 82007-202 | |
| Paraformaldehído | Sigma | 158127-500g | 500 g |
| PBS 10x | Fisher Scientific | BP399-20 | 20L |
| Proteinasa K (200mg/10ml) | Qiagen | 19133 | 10 mL |
| Pipetas de plástico | VWR-Samco | 14670-147 | |
| RNAse | Sigma | R2020-250mL | 250 mL |
| Baño de agua agitadora 12 L | VWR | 10128-126 | 12 L |
| Agitador analógico estándar | VWR | 89032-092 | |
| Tris | Sigma Millipore-OmniPur | 9210-500GM | 500 g |
| Levadura tRNA | Fisher-Invitrogen | 15401011 | 25 mg |
| Tween 20 | Sigma | P9416-50mL | 50 mL |
| Vortex-Genie 2 | Fisher Scientific-Scientific Industries, Inc | 50-728-002 | |
| Cloruro de litio (LiCl) | Sigma-Aldrich | 203637-10G | 10 g |
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