Análisis y colección de respiración pueden utilizarse para descubrir biomarcadores volátiles en un número de enfermedades infecciosas y no infecciosas, como la malaria, tuberculosis, cáncer de pulmón y enfermedad hepática. Este protocolo describe un método reproducible para el muestreo de aliento en los niños y luego estabilizar las muestras de aliento para su posterior análisis con cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS). El objetivo de este método es establecer un protocolo estandarizado para la adquisición de muestras de aliento para su posterior análisis químico, de los niños de 4 a 15 años de edad. En primer lugar, se muestrea respiración usando una boquilla de cartón unida a una válvula de 2 vías, que está conectada a una bolsa de 3 L. Analitos de respiración se transfirió a un tubo de desorción térmica y almacenados a 4-5 ° C hasta su análisis. Esta técnica se ha utilizado previamente para capturar el aliento de los niños con malaria para la identificación de biomarcadores de respiración exitosa. Posteriormente, hemos aplicado con éxito esta técnica a las cohortes pediátricas adicionales. La ventaja de este método es que requiere mínima cooperación por parte del paciente (de valor particular en población pediátrica), tiene un período corto de la colección, no requiere de personal capacitado y se puede realizar con equipos portátiles en configuración del campo de recursos limitados.