Aquí, presentamos un protocolo para explorar el biomarcador y el predictor de supervivencia del cáncer de mama basado en el análisis integral de conjuntos de datos clínicos agrupados derivados de una variedad de bases de datos de acceso público, utilizando la estrategia de expresión, correlación y Análisis de supervivencia paso a paso.
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Artículo de método
Realizar la minería de datos y análisis integrativos de biomarcadores en el cáncer de mama utilizando múltiples bases de datos accesibles públicamente
En este artículo
Resumen
Resumen
En los últimos años, las bases de datos emergentes fueron diseñadas para reducir las barreras para acercarse a los intrincados datasets genómicos del cáncer, facilitando así a los investigadores el análisis e interpretación de genes, muestras y datos clínicos a través de diferentes tipos de cáncer. En este documento, describimos un procedimiento práctico de operación, tomando ID1 (inhibidor de proteínas de unión al ADN 1) como ejemplo, para caracterizar los patrones de expresión de los predictores de biomarcadores y de supervivencia del cáncer de mama basado en conjuntos de datos clínicos agrupados derivados de bases de datos accesibles en línea, incluyendo ONCOMINE, bcGenExMiner v 4.0 (cáncer de mama-expresión genética v 4.0), GOBO (resultados basados en la expresión génica para el cáncer de mama en línea), HPA (el Atlas de proteína humana), y el trazador de Kaplan-Meier. El análisis comenzó con la consulta del patrón de expresión del gen de interés (p. ej., ID1) en muestras cancerosas frente a muestras normales. Luego, se realizó el análisis de correlación entre las características ID1 y clinicopatológica en el cáncer de mama. A continuación, los perfiles de expresión de ID1 se estratificaron según diferentes subgrupos. Finalmente, se analizó la asociación entre la expresión ID1 y el resultado de supervivencia. El procedimiento de operación simplifica el concepto para integrar tipos de datos multidimensionales a nivel genético a partir de diferentes bases de datos y probar hipótesis sobre la recurrencia y el contexto genómico de los eventos de alteración génica en el cáncer de mama. Este método puede mejorar la credibilidad y la representatividad de las conclusiones, de este modo, presentar la perspectiva informativa sobre un gen de interés.
Introducción
El cáncer de mama es una enfermedad heterogénea con diversas estrategias de pronóstico y tratamiento en diferentes subtipos moleculares, en los que la patogénesis y el desarrollo se asocian probablemente con mecanismos moleculares dispares de1,2 , 3. sin embargo, la identificación de un objetivo terapéutico suele tardar años, o incluso décadas, desde el descubrimiento inicial en la investigación básica hasta el uso clínico4. La amplia aplicación del genoma de la tecnología de secuenciación de alto rendimiento para el genoma del cáncer ha avanzado mucho....
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Protocolo
1. Análisis de patrones de expresión
- Vaya a la interfaz Web de ONCOMINE26.
- Obtenga los niveles de expresión relativos de gene ID1 en varios tipos de neoplasias malignas escribiendo ID1 en el cuadro de búsqueda.
- Seleccione tipo de análisis en el menú filtros primarios . A continuación, seleccione cáncer frente a análisis normal, cáncer de mama vs análisis normal.
- Seleccione vista de Resumen de genes en el menú otras vistas . Fije el umbral del valor Pen 0....
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Resultados
Un resultado representativo de la minería de datos y el análisis integrativo del biomarcador de cáncer de mama se realizó utilizando ID1, uno de los inhibidores de los miembros de la familia que fijen el ADN, que se han notificado en el estudio anterior 25.
Como se demostró en la figura 2, se analizaron las diferencias de la expresión ID1 mRNA entre el tumor y los tejidos nor.......
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Discusión
El análisis exhaustivo de las bases de datos públicas puede indicar la función subyacente del gen de interés y revelar el posible vínculo entre este gen y los parámetros clinicopatológicos en el cáncer específico27,31. La exploración y el análisis basados en una sola base de datos pueden proporcionar perspectivas limitadas o aisladas debido al potencial sesgo de selección, o en cierta medida, posiblemente debido a la variedad de calidad de los datos, incluyendo l.......
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar
Agradecimientos
Esta obra fue apoyada en parte por la Fundación de Ciencias naturales de la provincia de Guangdong, China (no. 2018A030313562), el proyecto de reforma docente de la base de enseñanza clínica de Guangdong (núm. 2016JDB092), Fundación Nacional de Ciencias naturales de China (81600358), y proyecto de talento innovador juvenil de colegios y universidades en la provincia de Guangdong, China (NO. 2017KQNCX073)
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Materiales
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| Vectr en línea | Vectr Labs Inc. | Se puede usar libremente desde https://vectr.com/new | Esto es necesario para visualizar y editar muchos de los archivos e imágenes < > descargables. |
Referencias
- van 't Veer, L. J., et al. Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer. Nature. 415 (6871), 530-536 (2002).
- Loi, S., et al. Definition of clinically distinct molecular subtyp....
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Reimpresiones y permisos
