Este protocolo demuestra cómo utilizar el software Auto-CHO para la síntesis jerárquica y programable de oligosacáridos. También describe el procedimiento general para los experimentos de determinación de RRV y la glicosilación de una olla de SSEA-4.
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Artículo de método
Síntesis jerárquica y programable de oligosacáridos de una olla
En este artículo
Resumen
Resumen
Este artículo presenta un protocolo experimental general para la síntesis de oligosacáridos de una olla programable y demuestra cómo utilizar el software Auto-CHO para generar soluciones sintéticas potenciales. El enfoque programable de síntesis de oligosacáridos de una olla está diseñado para potenciar la síntesis rápida de oligosacáridos de grandes cantidades utilizando bloques de construcción de tioglicósidos (BBL) con el orden secuencial adecuado de los valores de reactividad relativa (RRV). Auto-CHO es un software multiplataforma con una interfaz gráfica de usuario que proporciona posibles soluciones sintéticas para la síntesis de oligosacáridos de una olla programable mediante la búsqueda de una biblioteca BBL (que contiene alrededor de 150 bBL validados y >50.000 bBL virtuales) con RCV predichos con precisión mediante la regresión vectorial de soporte. El algoritmo para la síntesis jerárquica de un solo pozo se ha implementado en Auto-CHO y utiliza fragmentos generados por reacciones de un solo disco como nuevas BBB. Además, Auto-CHO permite a los usuarios dar comentarios para las BBB virtuales para mantener los valiosos para su uso posterior. En este trabajo se muestra la síntesis de una olla del antígeno embrionario 4 específico de la etapa (SSEA-4), que es un marcador de células madre embrionarias humanas pluripotentes.
Introducción
Los carbohidratos son omnipresentes en la naturaleza1,2, pero su presencia y modo de acción siguen siendo un territorio desconocido, principalmente debido al difícil acceso a esta clase de moléculas3. A diferencia de la síntesis automatizada de oligopéptidos y oligonucleótidos, el desarrollo de la síntesis automatizada de oligosacáridos sigue siendo una tarea formidable, y el progreso ha sido relativamente lento.
Para abordar este problema, Wong y otros desarrollaron el primer método automatizado para la síntesis de oligosacáridos utilizando un programa de so....
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Protocolo
1. Manipulación automática del software
- Instalación de Java Runtime Environment: asegúrese de que Java Runtime Environment (JRE) se ha instalado en el dispositivo. Si jRE se ha instalado, vaya al paso siguiente, "inicialización de software"; de lo contrario, descargue e instale JRE de acuerdo con el sistema operativo del usuario que se encuentra en: .
- Inicialización del software: vaya al sitio web de Auto-CHO en y descargue el software de acuerdo con el sistema operativo. Actualmente, Auto-CHO es compatible con Windows, macOS y Ubuntu.....
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Resultados
El resultado de búsqueda Auto-CHO basado en la configuración de parámetros predeterminada indica que SSEA-4 se puede sintetizar mediante una reacción [2 + 1 + 3]. La Figura 3 muestra la captura de pantalla de software del resultado de búsqueda SSEA-4. Cuando se selecciona un aceptador final de reducción de trisacárido(Figura 3, etiqueta 1), el programa muestra cuatro soluciones potenciales para la consulta. La primera solución ti.......
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Discusión
El software Auto-CHO fue desarrollado para ayudar a los químicos a proceder a la síntesis jerárquica y programable de una olla de oligosacáridos5. Auto-CHO fue construido por el lenguaje de programación Java. Es un software GUI y multiplataforma, que actualmente es compatible con Windows, macOS y Ubuntu. El software se puede descargar de forma gratuita para el sitio web de Auto-CHO en , y su código fuente con licencia MIT se puede acceder desde el GitHu.......
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Este trabajo fue apoyado por Academia Sinica, incluyendo el Programa de la Cumbre, Ministerio de Ciencia y Tecnología [MOST 104-0210-01-09-02, MOST 105-0210-01-13-01, MOST 106-0210-01-15-02] y NSF (1664283).
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Acetonitrilo | Sigma-Aldrich | 75-05-8 | |
| Sulfato de magnesio anhidro | Sigma-Aldrich | 7487-88-9 | |
| Cerio molibdato de amonio | TCI | C1794 | |
| Diclorometano | Sigma-Aldrich | 75-09-2 | |
| Drierita | Sigma-Aldrich | 7778-18-9 | |
| Acetato | de etiloSigma-Aldrich | 141-78-6 | |
| Metanol | Sigma-Aldrich | 67-56-1 | |
| Tamices moleculares 4 y Aring; | Sigma-Aldrich | ||
| n-Hexane | Sigma-Aldrich | 110-54-3 | |
| N-Yodosuccinimida | Sigma-Aldrich | 516-12-1 | |
| Bicarbonato de sodio | Sigma-Aldrich | 144-55-8 | |
| Tiosulfato de sodio | Sigma-Aldrich | 10102-17-7 | |
| Tolueno | Sigma-Aldrich | 108-88-3 | |
| Ácido trifluorometanosulfónico | Sigma-Aldrich | 1493-13-6 |
Referencias
- Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database. Biochimica Et Biophysica Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).
- Sears, P., Wong, C. -H. Toward Automated Synthesis of Ol....
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Reimpresiones y permisos
