Los arrecifes de coral están amenazados debido a factores de estrés antropogénicos. La respuesta biológica del coral a estos factores estresantes puede ocurrir a nivel celular, pero los mecanismos no se entienden bien. Para investigar la respuesta coralina a los factores estresantes, necesitamos herramientas para analizar las respuestas celulares. En particular, necesitamos herramientas que faciliten la aplicación de ensayos funcionales para comprender mejor cómo reaccionan las poblaciones celulares al estrés. En el estudio actual, utilizamos la clasificación celular activada por fluorescencia (FACS) para aislar y separar diferentes poblaciones celulares en corales pedregosos. Este protocolo incluye: (1) la separación de los tejidos corales del esqueleto, (2) la creación de una suspensión de una sola célula, (3) el etiquetado de las células de coral utilizando varios marcadores para la citometría de flujo, y (4) gating y estrategias de clasificación celular. Este método permitirá a los investigadores trabajar en corales a nivel celular para análisis, ensayos funcionales y estudios de expresión génica de diferentes poblaciones celulares.