La bioinformática es una forma útil de procesar conjuntos de datos a gran escala. Mediante la implementación de enfoques bioinformáticos, los investigadores pueden obtener de forma rápida, fiable y eficiente aplicaciones perspicaces y descubrimientos científicos. Este artículo demuestra la utilización de la bioinformática en la investigación del cáncer de ovario. También valida con éxito los hallazgos bioinformáticos a través de la experimentación.
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Artículo de método
Integración de Enfoques Bioinformáticos y Validaciones Experimentales para Entender el Papel de la Señalización de Muesca en el Cáncer de Ovario
En este artículo
Resumen
Resumen
La señalización de muesca es una vía reguladora altamente conservada implicada en muchos procesos celulares. La desregulación de esta vía de señalización a menudo conduce a la interferencia con el desarrollo adecuado e incluso puede resultar en la iniciación o progresión de los cánceres en ciertos casos. Debido a que esta vía sirve funciones complejas y versátiles, se puede estudiar extensamente a través de muchos enfoques diferentes. De ellos, la bioinformática proporciona un método de estudio innegablemente rentable, accesible y fácil de usar. La bioinformática es una forma útil de extraer piezas más pequeñas de información de conjuntos de datos a gran escala. Mediante la implementación de diversos enfoques bioinformáticos, los investigadores pueden interpretar de forma rápida, fiable y eficiente estos grandes conjuntos de datos, produciendo aplicaciones perspicaces y descubrimientos científicos. Aquí, se presenta un protocolo para la integración de enfoques bioinformáticos para investigar el papel de la señalización de Notch en el cáncer de ovario. Además, los hallazgos de bioinformática se validan mediante la experimentación.
Introducción
La vía de señalización Notch es una vía altamente conservada que es importante para muchos procesos de desarrollo dentro de los organismos biológicos. Se ha demostrado que la señalización de muesca desempeña un papel importante en la proliferación celular y la autorrenovación, y los defectos en la vía de señalización de la muesca pueden conducir a muchos tipos de cánceres1,2,3,4,5,6. En algunas circunstancias, la vía de señalización Notch se ha relacionado con el crecimien....
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Protocolo
1. Predicción de los resultados clínicos de los perfiles genómicos (PRECOG)
NOTA: El portal PRECOG (precog.stanford.edu) accede a los datos disponibles públicamente de 165 conjuntos de datos de expresión de cáncer, incluidos los niveles de expresión génica y los resultados clínicos de los pacientes17. Proporciona específicamente el análisis Meta-u2012Z, que incorpora grandes conjuntos de datos para proporcionar puntuaciones de Z-u2012 de diferentes genes en 39 tipos de cáncer para indicar la supervivencia global del paciente. Las tasas de supervivencia deficientes y buenas se indican con valores positivos y negativos d....
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Resultados
Utilizando el procedimiento mencionado en el paso 1 utilizando el portal PRECOG, se obtuvieron las puntuaciones Z de NOTCH2, NOTCH3y MAML1 en cáncer de ovario (1.3, 2.32, 1.62, respectivamente). Los valores negativos de la puntuación Z-u2012 indican la mala supervivencia global de los pacientes con altos niveles de expresión de los tres genes. Mediante el formato condicional del software de hoja de cálculo, los valores de puntuación Z-u2012 se muestran en un gráfico de barras d.......
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Discusión
Como hay innumerables enfoques y métodos para la utilización de la bioinformática, hay numerosas bases de datos disponibles en línea para el público en general. Se puede extraer una gran cantidad de información de cada una de estas bases de datos, pero algunas son más adecuadas para propósitos particulares, como evaluar la supervivencia del paciente en función de ciertos insumos. Los análisis sistemáticos de los datos recuperados de diferentes bases de datos individuales pueden producir de manera convincente importantes .......
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Este trabajo fue apoyado por Start-Up Funding, College of Science and Mathematics Research Grant, Summer Research Session Award y Research Seed Funding Award de Georgia Southern University.
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| DAPI (4',6-Diamidino-2-Fenilindol, Dihidroclorhidrato) | Invitrogen | D1306 | PBS de dilución 1:1000 |
| solución salina tamponada con fosfato, polvo 10X, pH 7.4 | ThermoFisher | FLBP6651 | disuelto con ddH2O para hacer 1X |
| PBS Suero de cabra | Gibco | 16210064 | placa |
| embrión Electrónica | Microscopía Ciencias 70543-45 | de | disección |
| Mezcladores nutantes | Fisherbrand | 88861041 | Nutator |
| tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B | Dr. Wu-Min Deng en la Universidad Estatal de Florida | N/A | Stock de moscas |
| w*; UAS-mam.A | Bloomington Drosophila Stock Center | #27743 | Stock de moscas |
| w[1118] | Bloomington Drosophila Stock Center | #5905 | Stock de moscas |
| El portal PRECOG | Stanford | precog.stanford.edu | Base de datos de acceso público de conjuntos de datos de expresión de cáncer |
| CSIOVDB | Instituto de Ciencias del Cáncer de Singapur | csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html | Base de datos de microarrays utilizada para estudiar el cáncer de ovario |
| La expresión génica en tejido normal y tumoral (GENT) Portal | Instituto de Investigación de Biociencia y Biotecnología de Corea (KRIBB) | médico– genome.kribb.re.kr/GENT | Base de datos de acceso público de datos de expresión génica en diversos tejidos, divididos en tejidos tumorales y normales. |
| Enciclopedia de líneas celulares de cáncer del Instituto Broad (CCLE) | El Instituto Broad y los Institutos Novartis para la Investigación Biomédica | portals.broadinstitute.org/ccle | Proporciona perfiles genómicos y mutaciones de líneas celulares de cáncer humano |
| cBioPortal | Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) | cioportal.org | Portal que permite a los investigadores buscar alteraciones genéticas y redes |
| de señalizaciónMicroscopio confocal invertido Zeiss 710 | Carl Zeiss | ID #M 210491 | Examen y recogida de imágenes de muestras marcadas con fluorescencia |
Referencias
- Bocchicchio, S., Tesone, M., Irusta, G. Convergence of Wnt and Notch signaling controls ovarian cancer cell survival. Journal of Cellular Physiology. , (2019).
- Hibdon, E. S., et al. Notch and mTOR Signaling Pathways Promote Human Gastric Cancer Cell Pro....
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Reimpresiones y permisos
