Desarrollo de un modelo de incremento de área basal de árbol individual mediante un enfoque lineal de efectos mixtos

Summary

Los modelos de efectos mixtos son herramientas flexibles y útiles para analizar datos con una estructura estocástica jerárquica en la silvicultura y también podrían utilizarse para mejorar significativamente el rendimiento de los modelos de crecimiento forestal. Aquí se presenta un protocolo que sintetiza información relacionada con modelos lineales de efectos mixtos.

Abstract

Aquí, desarrollamos un modelo de árbol individual de incrementos de área basal de 5 años basados en un conjunto de datos que incluye 21898 árboles picea asperata de 779 parcelas de muestra ubicadas en la provincia de Xinjiang, en el noroeste de China. Para evitar altas correlaciones entre las observaciones de la misma unidad de muestreo, desarrollamos el modelo utilizando un enfoque lineal de efectos mixtos con efecto de trazado aleatorio para tener en cuenta la variabilidad estocástica. Se incluyeron varias variables a nivel de árbol y stand, como índices para el tamaño de los árboles, la competencia y la condición del sitio, como efectos fijos para explicar la variabilidad residual. Además, se describió la heteroscedasticidad y la autocorrelación mediante la introducción de funciones de varianza y estructuras de autocorrelación. El modelo óptimo de efectos mixtos lineales fue determinado por varias estadísticas de ajuste: el criterio de información de Akaike, el criterio de información bayesiano, la probabilidad de logaritmo y una prueba de relación de probabilidad. Los resultados indicaron que variables significativas del incremento del área basal de los árboles individuales fueron la transformación inversa del diámetro a la altura de las mamas, el área basal de los árboles más grande que el árbol sujeto, el número de árboles por hectárea y la elevación. Además, los errores en la estructura de varianza fueron modelados con mayor éxito por la función exponencial, y la autocorrelación fue corregida significativamente por la estructura autoregresiva de primer orden (AR(1)). El rendimiento del modelo lineal de efectos mixtos se mejoró significativamente en relación con el modelo utilizando la regresión ordinaria de mínimos cuadrados.

Introduction

En comparación con el monocultivo envejecida uniforme, la gestión forestal de especies mixtas de edad desigual con múltiples objetivos ha recibido una mayor atención recientemente^1,2,3. La predicción de diferentes alternativas de gestión es necesaria para formular estrategias sólidas de gestión forestal, especialmente para los complejos bosques de especies mixtas de edad desigual^4. Los modelos de crecimiento y rendimiento de los bosques se han utilizado ampliamente para pronosticar el desarrollo y la cosecha de árboles o soportes en virtud de diversos esquemas de gestión^5,6,7. Los modelos de crecimiento y rendimiento de los bosques se clasifican en modelos de árboles individuales, modelos de tamaño y modelos de crecimiento integral^6,7,8. Desafortunadamente, los modelos de clase de tamaño y los modelos integrales no son apropiados para los bosques de especies mixtas de edad desigual, que requieren una descripción más detallada para apoyar el proceso de toma de decisiones de gestión forestal. Por esta razón, los modelos de crecimiento y rendimiento de árboles individuales han recibido una mayor atención a lo largo de las últimas décadas debido a su capacidad para hacer predicciones para los puestos forestales con una variedad de composiciones de especies, estructuras y estrategias de gestión^9,10,11.

La regresión ordinaria de los mínimos cuadrados (OLS) es el método más utilizado para el desarrollo de modelos de crecimiento de árboles individuales^12,13,14,15. Los conjuntos de datos para modelos de crecimiento de árboles individuales recopilados repetidamente durante un período de tiempo fijo en la misma unidad de muestreo (es decir, gráfica de muestra o árbol) tienen una estructura estocástica jerárquica, con una falta de independencia y una alta correlación espacial y temporal entre las observaciones^10,16. La estructura estocástica jerárquica infringe los supuestos fundamentales de la regresión OLS: a saber, residuos independientes y datos normalmente distribuidos con desviaciones iguales. Por lo tanto, el uso de la regresión OLS produce inevitablemente estimaciones sesgadas del error estándar de las estimaciones de parámetros para estos datos^13,14.

Los modelos de efectos mixtos proporcionan una potente herramienta para analizar datos con estructuras complejas, como datos de medidas repetidas, datos longitudinales y datos de varios niveles. Los modelos de efectos mixtos constan tanto de componentes fijos, comunes a la población completa, como de componentes aleatorios, que es específico de cada nivel de muestreo. Además, los modelos de efectos mixtos tienen en cuenta la heteroscedasticidad y la autocorrelación en el espacio y el tiempo mediante la definición de matrices de estructura de varianza-covarianza no diagonales^17,18,19. Por esta razón, los modelos de efectos mixtos se han utilizado ampliamente en la silvicultura, como en los modelos de altura de diámetro^20,21,modelos de corona^22,23,modelos de auto-adelgazamiento^24,25y modelos de crecimiento^26,27.

Aquí, el objetivo principal era desarrollar un modelo de incremento de área basal de árbol individual utilizando un enfoque lineal de efectos mixtos. Esperamos que el enfoque de efectos mixtos pueda aplicarse ampliamente.

Protocol

1. Preparación de datos

1. Preparar datos de modelado, que incluyen información de árboles individuales (especies y diámetro a la altura de la mama a 1,3 m) e información de la parcela (pendiente, aspecto y elevación). En este estudio, los datos se obtuvieron del 8º (2009) y el 9º (2014) Inventario Forestal Nacional Chino en la provincia de Xinjiang, en el noroeste de China, que incluye 21.898 observaciones de 779 parcelas de muestra. Estas parcelas de muestra tienen forma cuadrada con un tamaño de 1 Mu (unidad china de área equivalente a 0,067 ha) y están dispuestas sistemáticamente sobre una cuadrícula de 4 km x 8 km.
   NOTA: Los datos para el incremento de modelado (área basal) requieren al menos un período de crecimiento (es decir, dos observaciones).
2. Divida aleatoriamente los datos en dos conjuntos de datos, con el 80% de los datos de las gráficas de muestra utilizadas para el ajuste del modelo (dataset de desarrollo de modelos), que consta de 17.145 observaciones de 623 gráficas de muestra y el 20% para la validación del modelo (dataset de validación del modelo), que consta de 4.753 observaciones de 156 gráficas de muestra. Las estadísticas descriptivas de las variables clave utilizadas se proporcionan en la Tabla 1.
   NOTA: Este paso del procedimiento de modelado se puede omitir y todos los datos se utilizan para el desarrollo de modelos.

Variables	Datos de adaptación					Datos de validación
	Min	máximo	Decir	S.d.		Min	máximo	Decir	S.d.
DBH1 (cm)	5	124.8	19.9	13.2		5	101.5	19.5	13.4
QMD (cm)	6.7	82.3	22.5	8.5		9.2	73.3	21.8	9.2
ID (cm)	0.1	14.4	1.1	1		0.1	16.9	1	1.1
BAL (m3)	0	5.2	1.7	0.9		0	5.4	1.7	1
NT (árboles/ha)	14.9	3642	1072	673.7		14.9	3418	1205	829.3
BA (m2/ha)	0.1	77.5	34.2	13.9		0.1	80.6	34.5	15.3
EL (m)	2	3302	2189	340.3		1441	3380	2256	308.3

Tabla 1. Estadísticas de resumen para datos de adaptación y validación. DBH₁: diámetro inicial a la altura de la mama a 1,3 m (DBH), DBH₂: DBH medido después de 5 años de crecimiento, QMD: diámetro medio cuadrático, ID: incremento de diámetro durante 5 años (DBH₂ – DBH_1),BAL: el área basal de los árboles más grandes que el árbol sujeto (el árbol sujeto: el árbol que se calculó los índices de competencia), NT: el número de árboles por hectárea, BA: área basal por hectárea, EL: elevación, S.D.: desviación estándar.

2. Desarrollo básico del modelo

1. Consulte referencias para identificar variables que afectan a incrementos de área basal de árbol individual.
2. Seleccione y calcule variables en función de los datos. Generalmente, el incremento de área basal de árbol individual se ve afectado por tres grupos de variables: tamaño del árbol, competencia y condición del sitio^27,28,29,30.
   1. Considere efectos de tamaño de árbol como DBH₁, cuadrado de DBH₁ ( ), la transformación inversa de DBH₁ (1/DBH₁₎y el logaritmo común de DBH₁ (logDBH₁) o combinaciones de ellos.
   2. Considere los efectos competitivos, como los índices de competencia unilaterales y de dos lados, para cuantificar más ampliamente el nivel de competencia experimentado por un árbol, así como su posición social dentro del stand. La competencia unilateral incluye BAL y el índice de densidad relativa (RD=DBH₁/QMD); la competencia de dos lados incluye NT y BA.
      NOTA: Los índices de competencia dependientes de la distancia deben tenerse en cuenta si hay datos disponibles.
   3. Tenga en cuenta los efectos de sitio como aspecto (ASP), pendiente (SL) y EL. SL y ASP deben incluirse mediante la transformación³¹de Stage.
3. Seleccione log( - +1) ( denota cuadrado de DBH₂) como la variable dependiente.
4. Desarrolle el modelo básico utilizando el método de regresión escalonada. Asegúrese de que el modelo sea biológicamente razonable y muestre diferencias significativas entre variables independientes. Utilice el factor de inflación de varianza (VIF) para comprobar la multicollinearidad.
5. Deje las variables independientes con p < 0.05 y VIF < 5 en el modelo básico.
6. Genere los resultados básicos del modelo y la gráfica residual. El modelo básico producido aquí sirve como base para el desarrollo posterior de un modelo de efectos mixtos.

3. Desarrollo lineal de modelos de efectos mixtos con el paquete "nlme" en el software R

1. Lea el conjunto de datos de desarrollo del modelo y cargue el paquete "nlme".
   >model.development.dataset=read.csv("E:/DATA/JoVE/modelingdata.csv",
   header=TRUE)
   >biblioteca(nlme)
2. Seleccione trazados de muestra como efectos aleatorios para desarrollar el modelo de efectos mixtos.
3. Ajuste todas las combinaciones posibles de efectos aleatorios con el método de máxima probabilidad (ML) y genere los resultados.
   >Modelo<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset,
   method="ML", aleatorio =~1| PARCELA)
   >summary(Modelo)
   1. Establecer random =~1 es la intercepción a parámetros aleatorios. Cambie las instrucciones aleatorias hasta que se instalen todas las combinaciones. Por ejemplo, para establecer 1/DBH₁ y BAL como parámetros aleatorios, el código es el siguiente: random =~1/DBH₁+BAL-1. Además, en el proceso de adaptación, los códigos pueden notificar errores debido a la no convergencia del modelo ajustado.
4. Seleccione el mejor modelo por criterio de información de Akaike (AIC), el criterio de información bayesiano (BIC), la probabilidad de logaritmo (Loglik) y la prueba de relación de probabilidad (LRT).
   >anova(Model.1, Model.6)
   >anova(Model.6, Model.23)
   >anova(Model.23, Model.30)
5. Determinar la estructura de R_i. Abordar la heteroscedasticidad y autocorrelación de R_i³². El R_i está escrito de la siguiente manera:
   (1)
   donde σ² es un factor de escala desconocido que es igual a la varianza residual del modelo, G_i es una matriz diagonal que describe la heteroscedasticidad, y Γ_i es una matriz que describe la autocorrelación.
   1. Observe si los residuos tienen heteroscedasticidad de la parcela residual. Si hay heteroscedasticidad (los residuos tienen un patrón o tendencia claros), introduzca tres funciones de varianza utilizadas con frecuencia (la función de potencia más constante, la función de potencia y la función exponencial) para modelar la estructura de varianza de errores.
      >Model.30.1<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="ML",random=~1/DBH₁+BAL+NT| conspirar
      pesos=varConstPower(form=~ fitted(.)))
      >resumen(Model.30.1)
      >Model.30.2<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="ML",random=~1/DBH₁+BAL+NT| conspirar
      pesos=varPower(form=~ ajustado(.)))
      >resumen(Model.30.2)
      >Model.30.3<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="ML",random=~1/DBH₁+BAL+NT| conspirar
      pesos=varExp(form=~ fitted(.)))
      >resumen(Model.30.3)
   2. Determine la mejor función de varianza para el modelo según AIC, BIC, Loglik y LRT.
      >anova(Model.30, Model.30.1)
      >anova(Model.30, Model.30.2)
      >anova(Model.30, Model.30.3)
   3. Introduzca tres estructuras de autocorrelación de uso común (la estructura de simetría compuesta (CS), la estructura autoregresiva de primer orden [AR(1)] y una combinación de estructuras autoregresivas y de media móvil de primer orden [ARMA(1,1)], para tener en cuenta la autocorrelación.
      >Model.30.3.1<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="ML",
      random=~1/DBH₁+BAL+NT| PLOT, weights=varExp(form=~fitted(.)), corr= corCompSymm())
      >resumen(Model.30.3.1)
      >Model.30.3.2<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="ML",
      random=~1/DBH₁+BAL+NT| PLOT,weights=varExp(form=~ fitted(.)), corr=corAR1())
      >resumen(Model.30.3.2)
      >Model.30.3.3<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="ML",
      random=~1/DBH₁+BAL+NT| PLOT,weights=varExp(form=~ fitted(.)), corr=corARMA(q=1,p=1))
      >resumen(Model.30.3.3)
   4. Determine la mejor estructura de autocorrelación según la AIC, BIC, Loglik y LRT.
      >anova(Model.30.3, Model.30.3.2)
      NOTA: El G_i y el Ḥi no se pueden definir si no hay heteroscedasticidad y autocorrelación.
   5. Genere los resultados finales del modelo de efectos mixtos utilizando el método de máxima probabilidad restringida (REML).
      >Mixed.model<-lme(Y~1/DBH₁+BAL+NT+EL,data=model.development.dataset, method="REML",random=~1/DBH₁+BAL+NT| conspirar
      pesos=varExp(form=~ ajustado(.)), corr=corAR1())
      >resumen(Mixed.model)

4. Corrección de sesgo

1. Transforme los valores predichos de incremento de área basal utilizando el modelo final en una escala logarítmica a la escala original. Sin embargo, una transformación posterior lineal del valor predicho a partir de un modelo transformado en registro produce un sesgo de transformación de registro asociado. Para hacer frente al sesgo de registro, se derivó e integró un factor de corrección en la ecuación de predicción, que estima el incremento real de área basal predicha para un árbol dado [Ecuación (2)]:
   (2)
   donde se predice el valor logarítmico del incremento de área basal del modelo, mientras que el valor transformado de fondo predicho de incremento de área basal durante 5 años después de corregir el sesgo de transformación de registro. es la varianza de los efectos aleatorios en la gráfica y σ² es la varianza residual.
2. Convierta el incremento de área basal ( ) al incremento de diámetro.

5. Predicción y evaluación del modelo

1. Prepare el dataset de validación del modelo generado en la sección 1.2 para la predicción.
2. Utilice el modelo lineal de efectos mixtos para predecir el incremento de área basal de árbol individual. Los componentes aleatorios se calcularon utilizando el siguiente mejor predictor lineal imparcial:
   (3)
   dónde está un vector para los componentes aleatorios; es la matriz de varianza-covarianza para la variabilidad entre trazados; es la matriz de diseño para los componentes aleatorios que actúan en las observaciones complementarias; es el vector residual cuyos componentes se dan por la diferencia entre los incrementos de área basal y los incrementos predichos utilizando el modelo de efectos fijos.
3. Evaluar y comparar la capacidad predictiva del modelo básico y el modelo lineal de efectos mixtos utilizando los tres indicadores estadísticos siguientes^23,33.
   (4)
   (5)
   (6)
   donde obj_i es el área basal incrementos, est_i es el área basal predicha incrementos, es la media de observaciones, y N es el número de observaciones.

Results

El modelo básico de incremento de área basal para P. asperata se expresó como Ecuación (7). Las estimaciones de parámetros, sus errores estándar correspondientes y las estadísticas de falta de ajuste se muestran en la Tabla 2. La gráfica residual se muestra en la Figura 1. Se observó heteroscedasticidad pronunciada de los residuos.
(7)

...

Discussion

Un problema crucial para el desarrollo de modelos de efectos mixtos es determinar qué parámetros pueden tratarse como efectos aleatorios y cuáles deben considerarse efectos fijos^34,35. Se han propuesto dos métodos. El enfoque más común es tratar todos los parámetros como efectos aleatorios y luego tener el mejor modelo seleccionado por AIC, BIC, Loglik y LRT. Este fue el método empleado por nuestro estudio^35. Una alternativa es adaptarse a...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Ordenador	acer
Microsoft Office 2013
R x64 3.5.1