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El éxito de implantar tejido cultivado en laboratorio o un dispositivo médico en un individuo está sujeto a la respuesta inmunitaria del huésped receptor. Al considerar un implante como un cuerpo extraño, una respuesta inmune hostil y desregulada puede resultar en el rechazo del implante, mientras que una respuesta regulada y la recuperación de la homeostasis pueden conducir a su aceptación. El análisis de los microambientes de los implantes diseccionados en entornos in vivo o ex vivo puede ayudar a comprender el patrón de la respuesta inmunitaria, lo que en última instancia puede ayudar a desarrollar nuevas generaciones de biomateriales. La citometría de flujo es una técnica bien conocida para caracterizar las células inmunitarias y sus subconjuntos en función de sus marcadores de superficie celular. Esta revisión describe un protocolo basado en el corte manual en cubitos, la digestión enzimática y la filtración a través de un filtro celular para el aislamiento de suspensiones celulares uniformes del tejido del implante disecado. Además, se ha explicado un protocolo de tinción por citometría de flujo multicolor, junto con los pasos para la configuración inicial del citómetro para caracterizar y cuantificar estas células aisladas mediante citometría de flujo.