CLARITY (Clear Lipid-traded Acrylamide-hybridized Rigid Imaging compatible con Tissue hYdrogel) ha evolucionado recientemente como una técnica valiosa que implica la inclusión de acrilamida para delipidar el tejido (sin seccionar) y para preservar la estructura del tejido 3D para la inmunotinción. La técnica es muy relevante para obtener imágenes del entorno intestinal dinámico donde diferentes tipos de células interactúan durante la homeostasis y los estados de enfermedad. Aquí se describe este método optimizado para el intestino del ratón, que ayuda a rastrear tipos de células como epitelios, enteroendocrinos, neuronas, glía y las proyecciones neuronales en las células epiteliales o enteroendocrinas que median la detección microbiana o la detección de quimioterapia de nutrientes, respectivamente. El tejido intestinal (1-1,5 cm) se fija en paraformaldehído (PFA) al 4% en solución salina tamponada con fosfato (PBS) a 4 °C durante la noche del día 1. En el día 2, se desecha el PFA y el tejido se lava tres veces con PBS. El tejido está incrustado en hidrogel para preservar su integridad mediante la incubación en una solución de hidrogel al 4% (acrilamida) en PBS (diluida a partir de ProtoGel al 30%) durante la noche a 4 °C. En el día 3, la solución de hidrogel tisular se incuba a 37 °C durante 1 h para permitir la polimerización del hidrogel. A continuación, el pañuelo se lava tres veces suavemente con PBS para eliminar el exceso de hidrogel. El siguiente paso de la deslipidación (aclarado) consiste en la incubación del tejido en dodecil sulfato de sodio (8% SDS en PBS) a 37 °C durante 2 días (días 4 y 5) en un agitador a temperatura ambiente (RT). En el día 6, el tejido aclarado se lava a fondo con PBS para eliminar el SDS. El tejido se puede inmunoteñir mediante incubación en anticuerpos primarios (diluidos en suero de burro normal al 0,5% en PBS que contiene 0,3% de Triton X-100), durante la noche a 4 °C y posterior incubación en anticuerpos secundarios Alexa Fluor apropiados durante 1,5 h a RT, y tinción nuclear con DAPI (1: 10000). El tejido se transfiere a un portaobjetos de vidrio limpio y se monta con VectaShield para la obtención de imágenes confocal.