Los sistemas modelo de ratón son inigualables para el análisis de procesos de enfermedad debido a su manipulabilidad genética y al bajo costo de los tratamientos experimentales. Sin embargo, debido a su pequeño tamaño corporal, algunas estructuras, como el oviducto con un diámetro de 200-400 μm, han demostrado ser relativamente difíciles de estudiar excepto por inmunohistoquímica. Recientemente, los estudios inmunohistoquímicos han descubierto diferencias más complejas en los segmentos del oviducto de lo que se reconocía anteriormente; por lo tanto, el oviducto se divide en cuatro segmentos funcionales con diferentes proporciones de siete tipos distintos de células epiteliales. Los diferentes orígenes embriológicos y las proporciones de los tipos de células epiteliales probablemente hacen que las cuatro regiones funcionales sean diferencialmente susceptibles a la enfermedad. Por ejemplo, las lesiones precursoras de los carcinomas intraepiteliales serosos surgen del infundíbulo en modelos de ratón y de la región fimbrial correspondiente en la trompa de Falopio humana. El protocolo descrito aquí detalla un método de microdisección para subdividir el oviducto de tal manera que produzca una cantidad y pureza suficientes de ARN necesarias para el análisis posterior, como la transcripción inversa-PCR cuantitativa (RT-qPCR) y la secuenciación de ARN (RNAseq). También se describe un método de disociación tisular en su mayoría no enzimático apropiado para la citometría de flujo o el análisis RNAseq unicelular de células oviductales totalmente diferenciadas. Los métodos descritos facilitarán la investigación adicional utilizando el oviducto murino en el campo de la reproducción, la fertilidad, el cáncer y la inmunología.