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Research Article
Yu-Fen Chang1, Wan-Chi Su1, Chih-Chuan Su1, Min-Wen Chung1, Jin Chang2, You-Yi Li3, Yi-Ju Kao3, Wen-Pin Chen3, Matthew J. Daniels4,5,6
1LumiSTAR Biotechnology, Inc., 2NEXEL Co., Ltd., 3Institute of Pharmacology, College of Medicine,National Taiwan University, 4Manchester Heart Centre, Manchester Royal Infirmary,Manchester University NHS Foundation Trust, 5Division of Cardiovascular Sciences, Manchester Academic Health Sciences Centre,University of Manchester, 6Division of Cell Matrix Biology and Regenerative Medicine,University of Manchester
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
El presente protocolo describe el control totalmente óptico y la observación de la actividad celular desencadenada en cardiomiocitos derivados de iPSC (iPSC-CM) para la detección de fármacos de alto rendimiento y pruebas de toxicidad. Se muestra la cuantificación multiparamétrica de patrones fenotípicos en el tiempo y el espacio. Se demuestran los efectos a largo plazo de los medicamentos durante horas, o mediciones secuenciales durante días.
Es importante comprender cómo funcionan las células excitables en la salud y la enfermedad y cómo ese comportamiento puede ser alterado por moléculas pequeñas o manipulación genética. Los indicadores de calcio codificados genéticamente (GECI) con múltiples ventanas de emisión pueden combinarse (por ejemplo, para la observación simultánea de distintos eventos subcelulares) o usarse en aplicaciones extendidas con otros actuadores dependientes de la luz en células excitables (por ejemplo, combinando control optogenético codificado genéticamente con indicadores de calcio espectralmente compatibles). Tales enfoques se han utilizado en neuronas primarias o derivadas de células madre, cardiomiocitos y células beta pancreáticas. Sin embargo, ha sido difícil aumentar el rendimiento, o la duración de la observación, de tales enfoques debido a las limitaciones de los instrumentos, el software de análisis, el rendimiento de los indicadores y la eficiencia de la entrega de genes. Aquí, un GECI verde de alto rendimiento, mNeonGreen-GECO (mNG-GECO) y GECI CON DESPLAZAMIENTO AL ROJO, K-GECO, se combina con el control optogenético para lograr un control totalmente óptico y la visualización de la actividad celular en un formato de imágenes de alto rendimiento utilizando un sistema de imágenes de alto contenido. Se muestran las aplicaciones que demuestran pruebas de cardiotoxicidad y detección fenotípica de fármacos con iPSC-CM sanos y derivados del paciente. Además, las evaluaciones multiparamétricas utilizando combinaciones de variantes espectrales e indicadores de afinidad cálcica (NIR-GECO, LAR-GECO y mtGCEPIA u Orai1-G-GECO) también se delimitan a diferentes compartimentos celulares y también se demuestran en el modelo iPSC-CM.
Los modelos derivados de células madre pluripotentes inducidas (iPSC) de origen humano se consideran una solución prometedora para los objetivos de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) establecidos para los estudios en animales 1,2. Los cardiomiocitos derivados de iPSC se han utilizado para el modelado de enfermedades y el descubrimiento de fármacos, ya que recapitulan aspectos esenciales de la biología humana3. La imagen de calcio, típicamente con colorantes químicos, ha sido utilizada para observar la actividad celular antes y después del tratamiento farmacológico 4,5. Sin embargo, las sondas sensibles al calcio basadas en colorantes químicos inhiben directamente la Na, K-ATPasa e interrumpen la función celular6. Por lo tanto, el seguimiento de las mismas células durante horas o días ha sido problemático cuando se utilizan tintes químicos. Aquí, una gama de indicadores de calcio codificados genéticamente (GECIs)7,8,9,10 se utilizan en un amplio espectro de excitación/emisión y afinidad de calcio para formar una plataforma de pruebas de toxicidad cardíaca que ofrece mediciones de múltiples orgánulos en tiempo real durante largos períodos de tiempo 11.
Para desarrollar aún más el concepto de cribado basado en calcio de alto rendimiento en el modelo iPSC-CM más allá del contexto académico previamente demostrado utilizando herramientas codificadas genéticamente para el control óptico y las imágenes de calcio mediante la coexpresión de un indicador de calcio desplazado al rojo, R-GECO o K-GECO con una herramienta optogenética, se han generado kits virales listos para usar ChR212,13. Al hacer la transición de las imágenes a un instrumento de alto contenido equipado con un sistema automicrofluídico, el pipeteo de un solo canal de adición de compuestos se superpone a las imágenes de células vivas. Finalmente, ambos aspectos cruciales de la vía experimental, el procesamiento de imágenes y el análisis se mejoran y automatizan.
Los cardiomiocitos derivados de iPSC (iPSC-CM) del paciente con miocardiopatía ventricular izquierda sin compactación (LVNC) fueron proporcionados por el Hospital Universitario Nacional de Taiwán. La recolección de muestras de pacientes para su reprogramación a iPSC y los protocolos de mantenimiento14 con fines de investigación siguieron la Declaración de Helsinki de la AMM (principios éticos para la investigación médica con seres humanos) y fueron aprobados por la Junta de Revisión Institucional: Oficina del Comité de Ética en Investigación en NTUH (#201612099RINC). Otros iPSC-CM se obtuvieron de proveedores comerciales. El uso de derivados de iPSC no requiere permisos específicos en nuestra institución.
1. Preparación de cardiomiocitos derivados de iPSC
2. Expresión de indicadores de calcio codificados genéticamente
3. Imágenes de calcio basadas en colorante usando Fluo-4
4. Adquisición de imágenes y ensayos funcionales para ensayo de toxicidad y cribado fenotípico
5. Preparación de moléculas pequeñas
6. Procesamiento y análisis de imágenes
La observación de la oscilación espontánea del calcio en mNG-GECO10 expresada por cardiomiocitos derivados de iPSC (iPSC-CM) con o sin tratamientos farmacológicos se demuestra en la Figura 1 y el Video Animado 1. Las trazas cinéticas obtenidas utilizando mNG-GECO muestran que los inhibidores de los canales iónicos moleculares pequeños, verapamilo, dofetilida y E4031, afectaron los transitorios de calcio (Figura 1B) como se esperaba. El transitorio de calcio típico que se muestra en la Figura 1C se puede analizar mediante el software de análisis de picos de calcio para derivar la señal de pico (amplitud), la duración transitoria de calcio 50% (CTD50), la duración transitoria de calcio 90% (CTD90), el tiempo de subida y el tiempo de descomposición. El verapamilo, un bloqueador de calcio tipo L17, inhibe completamente la afluencia de calcio en las células como se esperaba (Figura 1B). Dofetilida y E4031 son inhibidores del canal hERG18,19,20, catalogados como fármacos antiarrítmicos experimentales de clase III. El tiempo de decaimiento se prolonga con el tratamiento con dofetilida (p < 0,05) y E4031 (p < 0,001) en comparación con el grupo de vehículos. Se observó una prolongación de CTD50 (p < 0,01) y CTD90 (p < 0,001) con el tratamiento con E4031 en comparación con el vehículo solo (Tabla 1), estos resultados son consistentes con los efectos informados sobre el intervalo QT, una medida clínicamente relevante de la repolarización determinada a partir del electrocardiograma de superficie desde un largo período de tiempo entre el inicio de la onda Q y el final de la onda T, en estudios previos 12,21.
Una dificultad de la evaluación de la CTD en las células que laten espontáneamente es la variabilidad que la tasa de latido impone a la CTD. Este es un problema particular para el modelo iPSC-CM, donde cada pocillo de una placa de 96 pocillos puede tener su propia frecuencia de latido a pesar de que todas las células provienen del mismo vial original. Es posible imponer una tasa de latido mediante ritmo óptico o eléctrico. Para evaluar la dosis-respuesta de E4031 en condiciones de ritmo estandarizado, ChR2 y K-GECO7 que expresan iPSC-CM se controlaron ópticamente utilizando pulsos de luz de 1 Hz 470 nm y se observaron utilizando la señal roja K-GECO (Figura 2A y Figura complementaria 1). Las reducciones progresivas de la amplitud máxima (p < 0,01) y el aumento del tiempo de decaimiento (p < 0,05) de los transitorios de calcio ocurren con concentraciones crecientes de E4031 (Figura 2B1). Un efecto dependiente de la dosis de E4031 fue más evidente para las reducciones en la amplitud máxima (Figura 2B1, B2).
Aunque los estudios a corto plazo que duran minutos se utilizan típicamente para las evaluaciones de cardiotoxicidad, existe un punto ciego para las evaluaciones de toxicidad crónica que son paralelas a las exposiciones de los pacientes a los medicamentos durante semanas, meses o años. Sería ventajoso estudiar los efectos de la enfermedad, o toxicidad, durante los intervalos que reflejen las duraciones del tratamiento relevantes para la práctica clínica. Utilizamos nuestro sistema de control y detección totalmente óptico para estudiar los cardiomiocitos derivados de iPSC de un paciente con no compactación ventricular izquierda (LVNC). Las iPSC-CM se transducieron con un kit viral K-GECO (paso 2.2-2.6) después del día 25 de diferenciación. La señal K-GECO se rastreó cada 1-2 semanas en los mismos pozos, con o sin tratamientos farmacológicos adicionales. Tanto la actividad espontánea del calcio (Figura 3A,3B) como la dinámica del calcio bajo estimulación óptica (Figura 3C, D, paso 4.11) se obtuvieron utilizando el Sistema de Imágenes de Alto Contenido (paso 4.1-4.12) y se procesaron mediante un software de análisis de picos de calcio (paso 6). Como se demuestra en la Figura 3A,C, los transitorios de calcio claro permanecen visibles un mes después de la transducción viral, con o sin la luz adicional utilizada para la estimulación óptica. Este trabajo identificó un fármaco que parece aumentar la frecuencia de latido, regularizar el intervalo de contracción y aumentar la amplitud transitoria del calcio en el modelo LVNC iPSC-CM (Figura 3A, B). Hay dos observaciones importantes que hacer a partir de estos datos. En primer lugar, desde la perspectiva terapéutica, el efecto del fármaco parece duradero en los puntos de tiempo del día 63 y el día 70. En segundo lugar, y de relevancia para un campo que en general ensaya efectos compuestos durante breves ventanas (<1 min) en puntos temporales anteriores (típicamente <50 días); los efectos modificadores del fenotipo de la enfermedad del compuesto solo son aparentes después del día 60, lo que sugiere que puede ser fácil descartar los medicamentos que tienen mecanismos de acción lentos en los protocolos de detección estándar.
La variabilidad de la frecuencia de latido, y el impacto posterior en la duración transitoria del calcio, no es solo un problema de bien a bien en un momento dado. También cambia a medida que las iPSC-CM se mantienen en cultivo, lo que varía dentro de un pozo a lo largo del tiempo (Figura 3B). Para imponer consistencia dentro de los experimentos secuenciales, se puede aplicar un ritmo óptico de 1 Hz con o sin tratamiento farmacológico (Figura 3C, D). Aquí, aunque los resultados del Día 63 muestran las tendencias alentadoras en el transitorio de calcio con una amplitud significativamente mayor, CTD90 más corta y un tiempo de decaimiento más corto; en el punto de tiempo de 70 días, e indicativo de la necesidad de evaluaciones crónicas durante el proceso de detección de medicamentos para enfermedades raras, poco después de que se detecten las despolarizaciones (EAD). El valor de agregar un protocolo de estimulación al fenotipado de la enfermedad, o evaluación de moléculas pequeñas, se puede evaluar cualitativamente mediante la comparación de los resultados presentados en la Figura 3B, D para la frecuencia de latido, la amplitud transitoria del calcio, CTD90 y el tiempo de desintegración.
Una ventaja de una metodología basada en GECI, en comparación con el colorante químico, para visualizar el transitorio de calcio es la capacidad de restringir la sonda a un compartimento específico dentro de una célula. Esto se puede ampliar aún más mediante la multiplexación de múltiples variantes de color y / o afinidad en celdas individuales. Por lo tanto, se han desarrollado varios GECI que incluyen ER-LAR-GECO9, mtGCEPIA 22,23 (o Oria1-G-GECO) y NIR-GECO2 8,24 para la expresión individual, o en combinación, en modelos celulares para la medición de la actividad del calcio en tiempo real que surge en el retículo endoplásmico / retículo sarcoplásmico (ER / SR), mitocondrias (o canal CRAC) y citosol, respectivamente. Se pueden combinar en el modelo iPSC-CM (Figura 4A,C) para estudiar la interacción entre diferentes reservas intracelulares de calcio. Por ejemplo, se puede usar un tratamiento con cafeína de 10 mM para vaciar la reserva de calcio SR. Aquí una disminución de la señal ER-LAR-GECO (indicativa de pérdida de calcio de la RS) fue paralela a una disminución de la señal NIR-GECO (indicativa de un aumento en la concentración de calcio citosólico) como se esperaba. No se ha estudiado bien cómo otros compartimentos intracelulares se ven afectados por estas fluctuaciones. Aún así, la inclusión de un mtGCEPIA3 verde dirigido a las mitocondrias muestra que la absorción de calcio ocurre en las mitocondrias en estas condiciones (Figura 4A, B).
Del mismo modo, la visualización de la interacción entre diferentes corrientes de calcio se puede ver mediante la inclusión de una sonda, Orai1-G-GECO25, para revelar el canal activado por liberación de calcio (CRAC) Ca2+ corriente (Figura 4C, D). En el modelo iPSC-CM, esta señal aumenta con el transitorio de calcio citosólico espontáneo (Figura 4D1, D2). De acuerdo con esto, el tratamiento con cafeína evoca un gran transitorio de calcio tanto en el citosol como en el canal Orai1.
Se reconoce que la mayoría de las imágenes transitorias de calcio en modelos de cardiomiocitos se han determinado utilizando colorantes de calcio26. Se comparó un indicador de calcio codificado genéticamente con un colorante químico en el modelo de cardiomiocitos derivado de iPSC para permitir una comparación lado a lado de diferentes enfoques de imágenes de calcio. Las imágenes de K-GECO que expresan iPSC-CM junto con las células cargadas con Fluo-4. Los cardiomiocitos que expresan K-GECO mostraron un comportamiento de latido consistente a lo largo del tiempo (Figura 5A, C). Sin embargo, la carga de Fluo-4 afectó tanto la frecuencia de latido como el CTD en este modelo (Figura 5B, C), lo que sugiere que Fluo-4 podría influir en los resultados de tales experimentos. Esto será especialmente cierto después de la exposición a largo plazo a la sonda de imágenes, que puede ocurrir en el formato de imágenes de pared múltiple si las imágenes de pozo a pozo ocurren con un tiempo de permanencia minuto por pocillo.

Figura 1: Inhibidores de canales iónicos de moléculas pequeñas aplicados a cardiomiocitos derivados de iPSC. (A-B) Imágenes de lapso de tiempo de iPSC-CM expresando mNG-GECO tomadas a 25 Hz. Barra de escala = 50 μm. (B) Oscilaciones representativas de Ca2+ después de la adición del compuesto. Las señales fluorescentes obtenidas de las células que expresan mNG-GECO se presentan como una relación de fluorescencia F/F0, donde F0 se define como intensidad basal y F la intensidad detectada en cada punto de tiempo. (C) El software de análisis de picos de calcio puede extraer parámetros que incluyen ancho medio máximo (CTD50), 90% de duración transitoria (CTD 90), tiempo de subida y tiempo de descomposición. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Ejemplo de dosis-respuesta utilizando el inhibidor de hERG E4031 dentro de un sistema de estimulación óptica. (A) Trazas de estimulación óptica con 10% de luz azul en diferentes concentraciones de E4031. Imágenes de lapso de tiempo de cardiomiocitos derivados de iPSC que expresan K-GECO tomadas a 25 Hz. (B1) Trazas representativas de transitorios de calcio obtenidas con diferentes dosis compuestas. Análisis de picos y dosis-respuesta de E4031 en amplitud (B2) y tiempo de decaimiento (B3). Las barras azules indican una estimulación de luz de pulso de 1 Hz y 470 nm. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Plataforma totalmente óptica aplicada para el cribado fenotípico de fármacos a largo plazo en cardiomiocitos derivados de pacientes con LVNC. (A) Traza representativa de la actividad de latido espontáneo en cardiomiocitos derivados de pacientes (día 70 posterior a la diferenciación) con tratamiento farmacológico (rojo) o sin (azul) 5 μM. (B) Análisis máximo de la actividad de latido espontáneo con o sin tratamiento farmacológico de 5 μM. (C) Trazas de intensidad de la respuesta al fármaco en iPSC-CM derivada del paciente bajo estimulación óptica de 1 Hz. (D) Análisis de picos de cardiomiocitos derivados de pacientes con estimulación óptica de 1 Hz. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: Imágenes de Ca 2+ subcelulares de tres canales en el modelo iPSC-CM. (A-B) Se transdujeron iPSC-CMs con sondas de calcio subcelular para el citoplasma, NIR-GECO2 (rojo), el retículo endoplásmico ER-LAR-GECO (amarillo) y mtGCEPIA3 (cian), un indicador mitocondrial de Ca2+. (B) Imágenes de calcio de lapso de tiempo de tres canales antes y después del tratamiento con cafeína de 10 mM. (C-D) se visualizaron iPSC-CMs transducidos con indicadores citoplasmáticos, NIR-GECO2 (rojo), retículo endoplásmico ER-LAR-GECO (amarillo) y canal CRAC Orai1-G-GECO (cian). (D) Se capturaron imágenes de calcio de lapso de tiempo de tres canales. (D1) Se observó actividad espontánea latido a latido con NIR-GECO2 y Orai1-G-GECO. (D2) El flujo de calcio del RE (disminución de la señal ER-LAR-GECO) acompañó a un aumento en la señal de calcio citosólico durante el tratamiento con cafeína. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: Comparación del indicador de calcio codificado genéticamente (K-GECO) con el colorante químico sensible al calcio (Fluo-4) en iPSC-CMs. (A-B) Se presentan trazas de calcio representativas de K-GECO (A) y Fluo-4 (B) a lo largo del tiempo. (C) Análisis transitorio de calcio de K-GECO transducido, o Fluo-4 cargado iPSC-CM. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
| BPM | CTD50 (s) | CTD90 (s) | Amplitud (F/F0) | Tiempo de subida | Tiempo(s) de decaimiento | |
| Vehículo (0,1% DMSO) | 112.3657+/-10.95 | 0.25+/-0.04 | 0.41+/-0.01 | 1.99+/-0.02 | 0.07+/-0.01 | 0.28+/-0.01 |
| Verapamilo (1 uM) | 0 | - | - | - | - | - |
| Dofetilida (5 nM) | 103.42+/-9.87** | 0.23+/-0.03 | 0.46+/-0.03 | 1.91+/-0.03 | 0.07+/-0.01 | 0.35+/-0.02* |
| E4031 (30 nM) | 75.73+/-12.08*** | 0.37+/-0.04** | 0.58+/-0.08*** | 1.55+/-0.02** | 0.11+/-0.04*** | 0.35+/-0.07** |
Tabla 1: Efectos de la adición de compuestos a parámetros transitorios de calcio en el modelo iPSC-CM. Los valores de significancia se indican con *(p ≤ 0,05), **(p < 0,01) y ***(p < 0,001).
Video animado 1: La actividad espontánea del calcio fue observada por mNG-GECO en cardiomiocitos derivados de iPSC con vehículo solamente. Se proporciona una película pseudocoloreada de una imagen en escala de grises. Haga clic aquí para descargar este video.
Figura complementaria 1: Representación esquemática del vector adenoviral. Esto incluye el canal de rodopsina ChR2 como actuador, con un indicador de calcio fluorescente rojo K-GECO como reportero de calcio para un ensayo totalmente óptico. El canal iónico sensible a la luz permite que las células excitables sean despolarizadas por la luz en el rango azul-verde del espectro visible. En estos experimentos se utilizó luz de 470 nm. Los transitorios de calcio en las células excitables pueden ser fotografiados simultáneamente por K-GECO, que requiere luz de excitación verde, produciendo emisiones rojas. Haga clic aquí para descargar este archivo.
LumiSTAR ha solicitado la protección de patentes del uso de K-GECO, NIR-GECO y LAR-GECO.
El presente protocolo describe el control totalmente óptico y la observación de la actividad celular desencadenada en cardiomiocitos derivados de iPSC (iPSC-CM) para la detección de fármacos de alto rendimiento y pruebas de toxicidad. Se muestra la cuantificación multiparamétrica de patrones fenotípicos en el tiempo y el espacio. Se demuestran los efectos a largo plazo de los medicamentos durante horas, o mediciones secuenciales durante días.
Agradecemos al Prof. Robert Campbell de la Universidad de Tokio por compartir el material y la valiosa discusión; Dr. Chia-Lin Ho en Dispositivo Molecular para soporte técnico.
| Placa de 96 pocillos | Sistema microfluídicoautomático Perkin Elmer | 6055302 | |
| dispositivo | molecular | Un dispositivo tiene un pipeteador de un solo canal que se puede usar para agregar compuesto automáticamente | |
| Cafeína | Sigma-Aldrich | C0750 | |
| Cardiosight-S l Cardiomiocitos derivados de iPSC | NEXEL | C-002 | |
| Dimetilsulfóxido | Millipore Sigma | 1096780100 | |
| Dofetilida | Sigma-Aldrich | PZ0016 | |
| E4031 | Tocris | 1808 | |
| ER-LAR-GECO kit viral | LumiSTAR | AA001a | GECI desplazado al rojo empaquetado en vector adenoviral |
| Fibronectina | Sigma-Aldrich | F1141 | |
| Fluo-4 AM | Invitrogen | F14201 | Chmical Calcio colorante sensible |
| Gelatina | Sigma-Aldrich | G1890 | |
| ImageXpress Micro Confocal Sistema de imagen de alto contenido | Dispositivo | molecular | |
| Medio de mantenimiento iPSC-CMs | NEXEL | CMS-002 | iPSC-CMs Medio (medio Cardiosight-S) + Suplemento Cardiosight-S |
| Medio iPSC-CMs (medio Cardiosight-S) | NEXEL | CMS-002 | |
| K-GECO kit viral | LumiSTAR | AA005a | GECI desplazado al rojo empaquetado en vector adenoviral |
| Software LumiCAL | LumiSTAR | LUCS01a | Software para el análisis del pico de calcio en cardiomiocitos |
| mNG-GECO kit viral | LumiSTAR | AL008a | Verde más brillante GECI empaquetado en vector lentiviral |
| mt-GCEPIA3 kit viral | LumiSTAR | AL011a | GECI apuntando a las mitocondrias empaquetadas en vector lentiviral |
| NIR-GECO kit viral | LumiSTAR | AV004a | Infrarrojo cercano GECI empaquetado en vector viral |
| Orai1-GGECO kit viral | LumiSTAR | AL010a | GECI apuntando en Orai1 empaquetado en vector lentiviral |
| Sales de Tyrode | Sigma-Aldrich | T2145 | |
| Clorhidrato de verapamilo | Sigma-Aldrich | V4629 | |
| Y-27632 diclorhidrato | Tocris | 1254 |