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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Presentamos un protocolo para adquirir imágenes químicas con microscopía de dispersión Raman estimulada por banda ancha (SRS). Basado en un microscopio SRS que opera con detección diferencial de bloqueo multicanal, el protocolo describe la preparación de la muestra, el ajuste del aparato SRS y la quimiometría para desenredar diferentes constituyentes de muestras químicamente heterogéneas.
La microscopía de dispersión Raman estimulada (SRS) es una técnica óptica no lineal para obtener imágenes químicas sin etiquetas. Esta herramienta analítica ofrece mapas químicos a alta velocidad y alta resolución espacial de muestras delgadas al interrogar directamente sus vibraciones moleculares. En su implementación estándar, la microscopía SRS es de banda estrecha y forma imágenes con una sola frecuencia vibratoria a la vez. Sin embargo, este enfoque no solo dificulta la especificidad química de SRS, sino que también descuida la riqueza de información codificada dentro de los espectros vibratorios.
Estas limitaciones pueden ser superadas por el SRS de banda ancha, una implementación capaz de extraer un espectro vibratorio por píxel de la imagen en paralelo. Esto proporciona datos hiperespectrales que, cuando se combinan con el análisis quimiométrico, maximizan la cantidad de información recuperada de la muestra. Así, el SRS de banda ancha mejora la especificidad química del sistema, permitiendo la determinación cuantitativa de la concentración de los diferentes constituyentes de una muestra. Aquí, informamos un protocolo para imágenes químicas con microscopía SRS de banda ancha, basado en un microscopio SRS construido en casa que opera con una detección de amplificador diferencial de bloqueo multicanal personalizado. Discute la preparación de la muestra, la alineación del aparato SRS y el análisis quimiométrico. Al adquirir espectros Raman vibracionales, el protocolo ilustra cómo identificar diferentes especies químicas dentro de una mezcla, determinando sus concentraciones relativas.
La microscopía Raman es una poderosa técnica de imagen que proporciona mapas químicos ricos mediante la medición de la dispersión Raman1, un proceso radiativo inelástico que se origina a partir de moléculas que vibran en respuesta a la luz incidente 2,3. Cada píxel de un mapa Raman contiene un espectro que lleva información directa sobre la composición química y la estructura de la muestra, lo que resulta en imágenes con contraste vibratorio intrínseco. Hasta la fecha, la microscopía Raman es el punto de vista de referencia para los estudios de microespectroscopía de vibraciones moleculares, ya que ninguna otra técnica de imagen puede producir imágenes con alta especificidad química y alta resolución espacial4. A pesar de su excelente especificidad química, la eficiencia de generación de la dispersión Raman es baja, lo que requiere tiempos de permanencia de píxeles prolongados o excitación de alta potencia, lo que lleva, respectivamente, a bajas tasas de adquisición e incompatibilidad con muestras sensibles.
Esta deficiencia única de microscopía Raman llevó a los investigadores a aplicar la dispersión Raman coherente 5,6,7,8,9 como fuente de contraste para la microscopía. Este es un proceso óptico no lineal que mejora la respuesta vibratoria en varios (hasta siete) órdenes de magnitud, lo que permite imágenes químicas de alta velocidad 10,11,12,13. En particular, las dos técnicas de dispersión Raman coherentes más empleadas son la dispersión Raman anti-Stokes coherente (CARS)14 y la dispersión Raman estimulada (SRS)15. A diferencia de CARS, SRS muestra una dependencia lineal de la concentración de moléculas resonantes. Es inmune al fondo no resonante, un efecto no lineal no relacionado con ninguna transición vibratoria pero distorsionador a las formas lorentzianas características de los espectros Raman de las vibraciones moleculares16,17. Por lo tanto, la microscopía SRS produce información Raman auténtica que permite el análisis cuantitativo directo de imágenes.
SRS es un proceso óptico no lineal de tercer orden que proporciona información directa sobre los enlaces químicos de una muestra. Se origina a partir de la superposición espaciotemporal de dos campos ópticos generalmente en la región espectral del infrarrojo cercano, a saber, la bomba y los Stokes a la frecuencia ωpu y ωS, respectivamente 10,11,18. Esta superposición genera un latido en la frecuencia de la bomba-Stokes desajustando Ω = ωpu-ω S. Cuando Ω coincide con una vibración molecular ΩR, la molécula resuena, causando una transferencia de energía coherente entre los campos de luz y la molécula. Como resultado, la molécula alcanza un estado excitado vibratoriamente. Este proceso se puede monitorear midiendo la aniquilación de los fotones de la bomba (una señal conocida como pérdida de Raman estimulada [SRL]) o la amplificación concomitante de fotones de Stokes (un proceso conocido como ganancia de Raman estimulada [SRG]). SRG y SRL son señales pequeñas (ΔI) que se encuentran sobre un fondo intenso y fluctuante (I). Como los valores típicos de la señal SRS (ΔI /I) están en el rango 10-6-10-4, el ruido del láser puede oscurecerlo fácilmente. Para mitigar los efectos perjudiciales del ruido láser en la relación señal-ruido (SNR) y, en consecuencia, en la velocidad de imagen, la detección SRS se basa en técnicas de transferencia de modulación (por ejemplo, amplificadores de bloqueo, circuitos resonantes o promediadores de box-car) a altas frecuencias de modulación (>1 MHz), donde el ruido láser alcanza sus valores mínimos 15,19,20.
La microscopía SRS convencional emplea una bomba de banda estrecha (≈10 cm−1) y pulsos Stokes para producir imágenes químicas a una sola frecuencia vibratoria, lo que permite imágenes de velocidad de video con tiempos de permanencia de píxeles tan bajos como ≈100 ns21,22. Sin embargo, debido a que la microscopía SRS de banda estrecha forma mapas químicos escaneando secuencialmente la muestra a solo unas pocas frecuencias vibratorias, su información es limitada23. Las imágenes SRS con uno o dos contrastes vibratorios pueden no ser suficientes para diferenciar especies químicas con bandas Raman superpuestas, especialmente dentro de sistemas heterogéneos. Por lo tanto, el microscopio SRS paradigmático de banda estrecha no explota todo el potencial de SRS, porque la investigación de un puñado de frecuencias vibratorias dificulta su especificidad química y descuida la riqueza de información codificada dentro de los espectros vibratorios. Además, el escaneo secuencial de la muestra a diferentes frecuencias da como resultado tiempos de permanencia de píxeles prolongados que pueden desencadenar el fotodaño y evitar la corregistración espacial rigurosa entre imágenes consecutivas, lo que lleva a artefactos de movimiento.
Contrariamente a su contraparte de banda estrecha, la microscopía SRS de banda ancha recupera un espectro vibratorio por píxel en cada escaneo de muestra 10,12,24. Por lo tanto, el SRS de banda ancha proporciona imágenes hiperespectrales con una estricta corregistración espacial de diferentes contrastes vibratorios, lo que permite un análisis riguroso de los datos. Esto no solo revela los componentes químicos del espécimen a través de espectros Raman, sino que también ayuda a determinar sus concentraciones relativas. Dependiendo de cómo se adquieran los espectros, la microscopía SRS de banda ancha se clasifica como SRS hiperespectral o SRS multiplex. En srsis hiperespectral, el espectro SRS por punto escaneado de la muestra se adquiere secuencialmente (es decir, se recupera barriendo la Ω de desajuste de frecuencia), construyendo un espectro SRS apilando las señales SRS en turnos Raman consecutivos. El espectro Raman se mide simultáneamente en varios modos vibratorios en SRS multiplex. Por lo tanto, el enfoque SRS multiplex combina un pulso de banda estrecha modulado con un pulso de banda ancha para impulsar la señal SRS a diferentes frecuencias, y utiliza un detector multicanal con una sensibilidad comparable a la de SRS de banda estrecha para detectar los espectros SRS.
Este artículo presenta un protocolo para producir mapas químicos de muestras heterogéneas utilizando microscopía SRS multiplex. Un esquema del microscopio SRS empleado en este protocolo se representa en la Figura 1 y se describe en detalle en otra parte 25,26,27. Brevemente, un láser de fibra Yb bloqueado en modo comercial, que produce pulsos de 140 fs centrados a 1040 nm, con una potencia promedio de 10 W y una tasa de repetición de 80 MHz, impulsa el microscopio SRS de banda ancha. Un divisor de haz polarizador (PBS) separa el haz fundamental en dos ramas. Para producir los pulsos Stokes de banda estrecha, una rama con 4 W del haz fundamental se envía a un etalón que genera un haz de banda estrecha (≈15 cm-1), que luego se modula a 1,6 MHz con un modulador óptico acústico (AOM). La fracción restante con 6 W del haz fundamental se duplica en frecuencia con un cristal de triborato de litio (LBO) de 2,8 mm de espesor, cortado para la coincidencia de fase de tipo I (θ = 90 °, φ = 13,8 °). La segunda generación armónica resultante a 520 nm viaja a una cavidad plegada en X para bombear un oscilador paramétrico óptico (OPO), un dispositivo que utiliza un cristal LBO de 3,0 mm de espesor (coincidencia de fase tipo I, θ = 90 °, φ = 9,8 °) como medio activo para entregar una radiación óptica de banda ancha sintonizable dentro de la región espectral de 680-910 nm (Figura 2). Estos pulsos de banda ancha sirven como bomba en los experimentos SRS y se propagan a un compresor de prisma para precompensar los efectos de dispersión inducidos por el objetivo del microscopio.
Después de la etapa de compresión, una placa de onda λ/2, combinada con una placa birrefringente YVO4 , produce dos réplicas polarizadas ortogonalmente cuya sustracción electrónica en el plano de detección cancela el ruido de la bomba de banda ancha. Un espejo dicroico combina la bomba y los haces stokes y los envía a un microscopio vertical. Un objetivo de inmersión en agua con una apertura numérica (NA) de 1,27 enfoca la luz en la muestra, mientras que un objetivo de inmersión en aceite con un NA de 1,4 la recoge. Antes de la etapa de detección, un filtro de paso corto (SPF) elimina los Stokes modulados, mientras que una rejilla de difracción que funciona en configuración Littrow dispersa la bomba de banda ancha transmitida. Un segundo PBS2 separa las réplicas de la bomba y una lente las enfoca en dos matrices de fotodiodos. Las señales de estas matrices de fotodiodos se restan electrónicamente y se envían a un amplificador de bloqueo multicanal (M-LIA) construido en casa. La señal demodulada se normaliza mediante las lecturas de corriente continua (CC) de una de las matrices de fotodiodos, produciendo así el espectro SRL.
Como experimento ejemplar, obtenemos imágenes de mezclas de varios dispersores Raman conocidos, cada uno con un espectro Raman único. Por lo tanto, el protocolo comienza describiendo cómo preparar las muestras de referencia. A medida que detectamos SRL, continuamos explicando cómo obtener pulsos Stokes de banda estrecha y configurar la fuente óptica que entrega los pulsos de bomba de banda ancha (≈250 cm-1), es decir, el OPO casero. El protocolo muestra la alineación y optimización de los haces ópticos, describiendo parámetros críticos como la potencia y los espectros de la banda estrecha Stokes y la bomba de banda ancha. El protocolo describe en detalle la ruta óptica de la bomba de banda ancha porque requiere elementos ópticos especiales. También explica cómo encontrar la superposición espaciotemporal entre los pulsos de bomba-Stokes y muestra una forma práctica de determinar el ruido de intensidad relativa (RIN), que a su vez ayuda a definir la mejor frecuencia de modulación para los experimentos de SRS. A continuación, explicamos el principio de funcionamiento y la calibración de la cadena de detección. Finalmente, el protocolo muestra el proceso de adquisición de datos, la quimiometría y la canalización de procesamiento de imágenes.
1. Preparación de la muestra
NOTA: Este protocolo describe la recuperación de los mapas de concentración y espectros SRS característicos de mezclas químicamente heterogéneas.
2. Optimización de la bomba y las vigas Stokes
(1)
media que incide en el área activa del detector.
diferentes frecuencias de demodulación y use la responsividad del fotodiodo para convertir de V a W.3. Configuración de la detección espectral para imágenes SRS
(2)4. Quimiometría de datos SRS hiperespectrales
La Figura 3 muestra resultados ejemplares obtenidos utilizando este protocolo con PS, PMMA y aceite de oliva. Esta rotación de LBO1 cambiará el índice de refracción experimentado por el campo SHG, modificando directamente su velocidad de fase. Cuando la velocidad de fase del campo SHG coincide con la de la polarización no lineal inducida en LBO1, el campo no lineal generado y la polarización no lineal estarán en fase, lo que dará lugar a una intensa radiación SHG. En otras palabras, ajustar el ángulo de φ de LBO1 permitirá al usuario alcanzar la condición de coincidencia de fase ideal para SHG. Como aquí se utiliza un cristal de coincidencia de fase de tipo I, la polarización del haz SHG será ortogonal a la del haz fundamental (Figura 5B).
La Figura 8 muestra el RIN de las fuentes ópticas utilizadas en este protocolo y el límite de ruido de disparo, que es una consecuencia de la naturaleza cuántica de electrones y fotones que establece un límite fundamental para el ruido láser. El RIN limitado por ruido de disparo se calcula con como se muestra en
Eq (3).
(3)
Donde h es la constante de Planck, y ν es la frecuencia óptica. Por lo tanto, el ruido de disparo proporciona pautas útiles para el diseño electrónico.
La Figura 11A y la Figura 11C muestran datos ejemplares de espectros equilibrados y desequilibrados. Naturalmente, los efectos de la detección equilibrada afectan los resultados finales de los experimentos, es decir, los mapas químicos. La Figura 11B y la Figura 11D muestran imágenes compuestas en condiciones desequilibradas y equilibradas, respectivamente. La implementación exitosa del protocolo descrito ayudará a identificar y localizar los diferentes componentes químicos de una muestra heterogénea y extraer sus espectros SRS característicos. Sometiendo los datos hiperespectrales de la Figura 12 al análisis quimiométrico se obtiene la Figura 13. La Figura 13A muestra un compuesto de los mapas de concentración de los diferentes constituyentes químicos de la muestra, mientras que la Figura 13B muestra sus espectros SRS característicos. Tenga en cuenta que los datos que se muestran en la Figura 13A no solo permiten al usuario identificar fácilmente los diferentes componentes de la muestra, sino también realizar un análisis más cuantitativo. Por ejemplo, utilizando los mapas de concentración, podríamos calcular la media de la concentración fraccional de cada especie química: 38% DMSO, 25% PMMA, 14% PS y 22% Aceite de oliva.

Figura 1: Esquema del microscopio SRS de banda ancha empleado en este protocolo. Abreviaturas: PBSx = divisor de haz polarizador; SHG = segundo módulo de generación armónica; OPO = oscilador paramétrico óptico; AOM = modulador óptico acústico; SPF = filtro de paso corto; M-LIA: Amplificador de bloqueo multicanal; DM = espejo dicroico. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Espectros de la bomba de banda ancha sintonizable (azul) y los haces Stokes de banda estrecha (rojo). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Imagen de campo brillante de la muestra químicamente heterogénea. Tenga en cuenta que la microscopía convencional no permite distinguir los diferentes componentes. Barra de escala = 100 μm. Abreviaturas: PS = poliestireno; PMMA = polimetacrilato de metilo; DMSO = dimetilsulfóxido. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: Modulación de los pulsos de Stokes de banda estrecha. (A) La traza azul transparente muestra el haz difractado 0, mientras que el negro muestra el orden1º correspondiente. (B) Configuración óptica para optimizar la eficiencia de modulación del haz difractado de1er orden y el ajuste fino del tamaño del punto del haz stokes antes de llegar al objetivo de excitación. Abreviaturas: AOM = modulador óptico acústico; fx = distancia focal de la lente X. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: Procesos ópticos no lineales necesarios para impulsar el OPO. (A) Geometría de la interacción SHG. Dos fotones fundamentales en ω1 llevan el sistema material a un nivel virtual de alta energía, desde donde el sistema material salta al estado fundamental, emitiendo un fotón a ωSHG. (B) Esquema del experimento SHG. (C) Un esquema de las configuraciones SHG y OPO. (D) Geometría de la interacción DFG. Unfotón SHG ω se divide en fotones de señal (señal ω) y ralentí (ωIdler). Una ganancia del haz de señal se logra retroalimentando los fotones de señal y haciéndolos resonar en la cavidad. (E) Esquema del experimento DFG. Abreviaturas: SMx = espejo esférico (R = 75 mm); OPO = oscilador paramétrico óptico; SHG = segundo módulo de generación armónica; DFG = generación de diferencia-frecuencia; LBO = triborato de litio; OC = condensador de aceite; DM = espejo dicroico; fx = distancia focal de la lente X. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 6: Geometría del compresor del prisma. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 7: Generación de suma-frecuencia para optimizar la superposición espaciotemporal. (A) SFG entre la bomba y Stokes y su respectivo impacto SHG en una pantalla. Aquí, una lente enfocaba la bomba y los haces stokes en el cristal, mientras que un filtro de paso bajo los eliminaba. (B) Intensidad del SFG entre la bomba y Stokes en función del retardo de tiempo. Establezca el tiempo cero de la configuración del SRS en la posición que maximiza el SFG. La asimetría de la correlación cruzada en B se debe al perfil temporal causado por el etalón en el haz de Stokes. Abreviaturas: SFG = suma-generación de frecuencias; SHG = segundo módulo de generación armónica; SRS = espectroscopia de dispersión Raman estimulada. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 8: Espectros RIN. La banda resaltada en verde muestra la mejor región espectral para los experimentos SRS. La modulación del haz de Stokes a cualquier frecuencia dentro de esta banda garantiza que los efectos del ruido láser en la señal SRS serán los más bajos posibles. Abreviaturas: RIN = ruido de intensidad relativa; SRS = espectroscopia de dispersión Raman estimulada. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 9: Perfiles de vigas. (A) Bomba, (B) Stokes, y (C) bomba y Stokes. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 10: Geometría asumida para una rejilla de dispersión y un detector de matriz de fotodiodos. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 11. Los efectos de la detección equilibrada. Efectos sobre espectros (A, C) e imágenes químicas (B, D). Los compuestos que se muestran en los paneles (B) y (D) son los resultados finales de los experimentos (es decir, después del análisis quimiométrico de datos hiperespectrales. Consulte la sección 4 del protocolo para obtener más información). Barras de escala = 10 μm. Abreviatura: SRS = espectroscopia de dispersión Raman estimulada. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 12: Un hipercubo SRS representativo adquirido con microscopía SRS de banda ancha. El plano x-y almacena las coordenadas de las posiciones escaneadas, mientras que cada vector a lo largo de z registra un espectro SRS. Abreviatura: SRS = espectroscopia de dispersión Raman estimulada. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 13: Análisis quimiométrico de datos de SRS hiperespectrales. (A) Compuesto de los mapas de concentración de los diferentes constituyentes de la muestra. (B) Espectros característicos de la especie química. En ambos paneles, amarillo: aceite de oliva, azul: DMSO, cian: PS, y naranja: PMMA. Barra de escala = 20 μm (A). Abreviaturas: SRS = espectroscopia de dispersión Raman estimulada; PS = poliestireno; PMMA = polimetacrilato de metilo. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
G. C. declara su participación en la empresa Cambridge Raman Imaging, que tiene como objetivo comercializar la tecnología de microscopía SRS de banda ancha. Los otros autores declaran no tener conflictos de intereses.
Presentamos un protocolo para adquirir imágenes químicas con microscopía de dispersión Raman estimulada por banda ancha (SRS). Basado en un microscopio SRS que opera con detección diferencial de bloqueo multicanal, el protocolo describe la preparación de la muestra, el ajuste del aparato SRS y la quimiometría para desenredar diferentes constituyentes de muestras químicamente heterogéneas.
D. P. reconoce la financiación del proyecto de la Unión Europea CRIMSON en virtud del Acuerdo de Subvención Nº 101016923 y del proyecto NEWMED de la Región de Lombardía en virtud del Acuerdo de Subvención No. POR FESR 2014-2020. G. C. reconoce la financiación del proyecto de la Unión Europea GRAPHENE Core3 en virtud del acuerdo de subvención número 881603. G. C. también reconoce la financiación de la Universidad de Ciencia y Tecnología Rey Abdullah, número de concesión de subvención: OSR-2016-CRG5-3017-01.
| Objetivo de colección | Nikon | CFI Apo Lambda S 60x Aceite, NA=1.4, | Objetivo de inmersión en aceite | Nikon
| Cubreobjetos | Thermo Fisher | 043211-KJ | Cuarzo, cubreobjetos para portaobjetos de microscopio, 25,4 x 25,4 x 0,15 mm |
| Línea de retardo | Physik Instrumente (PI) | M-406.6PD Etapa de | microtraducción de precisión, rango de recorrido de 150 mm |
| DMSO | Merck | D8418-500ML | Metilsulfinilmetano, Grado de Biología Molecular DMSO, DMSO, Sulfóxido de Metilo |
| Etalon | SLS Optics Ltd | Recubrimiento antirreflectantehecho a medida | a 1.040 nm, Montado en una celda de acero inoxidable de 38 mm de diámetro x 35,5 mm de largo con tapas protectoras contra el polvo y un diámetro de 50 mm ' abrazadera de pellizco' anillo de montaje |
| Objetivo de excitación | Nikon | CFI Plan Apo IR 60XC WI, NA=1.27, Nikon | Objetivo de inmersión en agua |
| rejillaSmyth | T-1850-800s Series | Rejilla de transmisión de alta eficiencia T-1850-800s Series | |
| Laser | Coherent | Custom Made | Fidelity, HP& |
| lambda;/2 | Thorlabs | SAHWP05M-1700 | Montado superacromático placa de media onda |
| PBS | Thorlabs | CM5-PBS203/M | 16 mm Cubo divisor de haz polarizado montado en jaula, |
| perlas de PMMA | Merck | MFCD00198073 | Micropartículas a base de polimetacrilato |
| Prismas | Crisel | 320-8218 | PRISMAS DISPERSORES LÁSER en perlas de SF11 |
| PS | Merck 72986-10ML-F | Micropartículas a base de poliestireno | |
| YVO4 cristal | Dr. Sztatecsny GmbH | Hecho a medida | Espesor 8 mm, diámetro 1,00 cm, 1 689,00 689,00 Adecuado para montaje de 1", recubierto para 850 - 1.100 Nm |