En la actualidad, sigue habiendo una falta de marcadores universalmente aceptados para aislar prospectivamente una población homogénea de células madre esqueléticas (SSC). Por esta razón, las BMSC, que apoyan la hematopoyesis y contribuyen a todas las funciones del esqueleto, continúan siendo ampliamente utilizadas para estudiar progenitores mesenquimales multipotentes (MMP) y para inferir la función de las SSC. Además, dada la amplitud de los modelos murinos transgénicos utilizados para estudiar las enfermedades musculoesqueléticas, el uso de las BMSC también sirve como una poderosa herramienta para examinar los mecanismos moleculares que regulan las MMP y las SSC. Sin embargo, los procedimientos de aislamiento comunes para las BMSC murinos dan como resultado que más del 50% de las células recuperadas sean de origen hematopoyético, lo que podría dificultar la interpretación de los datos generados durante estos estudios. En este trabajo describimos un método que utiliza baja tensión de oxígeno o hipoxia para la eliminación selectiva de células CD45+ en cultivos de BMSC. Es importante destacar que este método se puede implementar fácilmente no solo para reducir los contaminantes hemopoyéticos, sino también para aumentar el porcentaje de MMP y SSC putativas en los cultivos de BMSC.