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Los nematodos entomopatógenos de los géneros Heterorhabditis y Steinernema son parásitos obligados de insectos que viven en el suelo. La principal característica de su ciclo de vida es la asociación mutualista con las bacterias Photorhabdus y Xenorhabdus, respectivamente. Los parásitos nematodos son capaces de localizar e ingresar a los huéspedes de insectos adecuados, subvertir la respuesta inmune del insecto y multiplicarse de manera eficiente para producir la próxima generación que cazará activamente nuevas presas de insectos para infectar. Debido a las propiedades de su ciclo de vida, los nematodos entomopatógenos son agentes de control biológico populares, que se utilizan en combinación con insecticidas para controlar las plagas destructivas de insectos agrícolas. Simultáneamente, estos nematodos parásitos representan una herramienta de investigación para analizar la patogenicidad de los nematodos y las respuestas anti-nematodos del huésped. Esta investigación es ayudada por el reciente desarrollo de técnicas genéticas y enfoques transcriptómicos para comprender el papel de las moléculas secretadas por nematodos durante la infección. Aquí, se proporciona un protocolo detallado sobre el mantenimiento de nematodos entomopatógenos y el uso de un procedimiento de eliminación de genes. Estas metodologías promueven aún más la caracterización funcional de los factores de infección por nematodos entomopatógenos.