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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Los experimentos de calentamiento del suelo de laboratorio generalmente emplean dos o más temperaturas constantes en múltiples cámaras. Al presentar una cámara ambiental sofisticada, proporcionamos un método preciso de control de temperatura para imitar la magnitud y amplitud de la temperatura del suelo in situ y mejorar el diseño experimental de los estudios de incubación del suelo.
El estudio del impacto del calentamiento en los suelos requiere una representación realista y precisa de la temperatura. En estudios de incubación de laboratorio, un método ampliamente adoptado ha sido hacer temperaturas constantes en múltiples cámaras, y mediante comparaciones de las respuestas del suelo entre cámaras de baja y alta temperatura, para derivar el impacto del calentamiento en los cambios del suelo. Sin embargo, este método comúnmente utilizado no logró imitar tanto la magnitud como la amplitud de las temperaturas reales observadas en condiciones de campo, lo que podría socavar la validez de tales estudios. Con cámaras ambientales sofisticadas cada vez más disponibles, es imperativo examinar métodos alternativos de control de temperatura para la investigación de incubación del suelo. Este protocolo introducirá una cámara ambiental de última generación y demostrará métodos convencionales y nuevos de control de temperatura para mejorar el diseño experimental de la incubación del suelo. El protocolo comprende principalmente cuatro pasos: monitoreo y programación de temperatura, recolección de suelo, incubación de laboratorio y comparación del efecto de calentamiento. Se presentará un ejemplo para demostrar diferentes métodos de control de temperatura y los escenarios de calentamiento contrastantes resultantes; es decir, un diseño de temperatura constante denominado calentamiento gradual (SW) y un diseño de temperatura simulado in situ como calentamiento gradual (GW), así como sus efectos sobre la respiración del suelo, la biomasa microbiana y las actividades enzimáticas extracelulares. Además, presentamos una estrategia para diversificar los escenarios de cambio de temperatura para satisfacer las necesidades específicas de investigación del cambio climático (por ejemplo, calor extremo). El protocolo de control de temperatura y los escenarios de cambio de temperatura bien adaptados y diversificados recomendados ayudarán a los investigadores a establecer experimentos de incubación de suelo confiables y realistas en el laboratorio.
Se espera que la temperatura global de la superficie aumente este siglo en 1.8-6.4 °C 1,2. El calentamiento global puede aumentar el flujo deCO2 del suelo a la atmósfera, lo que resulta en una retroalimentación positiva con el calentamiento 3,4,5,6. Debido a que las comunidades microbianas desempeñan un papel fundamental en la regulación de las respuestas respiratorias del suelo al calentamiento7,8, los cambios en la respiración microbiana y los mecanismos microbianos subyacentes con el calentamiento han sido un foco de investigación. Aunque los experimentos de calentamiento del suelo desplegados en la condición de campo, a través de un cable calefactor9 y una cámara superior abierta10, fueron ventajosos para capturar características naturales del suelo como la temperatura11, su alto costo de instalación y mantenimiento ha limitado su aplicación. Alternativamente, los experimentos de incubación de suelo sujetos a diferentes temperaturas son una opción favorable. La principal ventaja de la incubación del suelo en un laboratorio es que las condiciones ambientales bien controladas (por ejemplo, la temperatura) son capaces de separar el efecto de un factor de otros factores de confusión en un entorno experimental de campo12,13. A pesar de las diferencias entre la cámara de crecimiento y los experimentos de campo (por ejemplo, el crecimiento de las plantas), la traducción de los resultados de laboratorio al campo está fácilmente disponible14. La incubación de muestras de suelo en un entorno de laboratorio podría ayudar a mejorar nuestra comprensión mecanicista de la respuesta del suelo al calentamiento15.
Nuestra revisión de la literatura identificó varios métodos de control de temperatura y, en consecuencia, distintos modos de cambio de temperatura en estudios anteriores de incubación del suelo (Tabla 1). Primero, los instrumentos utilizados para controlar la temperatura son principalmente a través de una incubadora, cámara de crecimiento, baño de agua y, en un caso raro, cable calefactor. Dados estos instrumentos, se han generado tres patrones típicos de cambio de temperatura (Figura 1). Estos incluyen el modo más implementado, temperatura constante (CT), cambio lineal (LC) con una tasa de cambio de temperatura constante no nula y cambio no lineal (NC) presentado con un tipo de temperatura diurna. Para un caso de patrón de TC, la temperatura puede variar en magnitud con el tiempo, aunque la temperatura constante permanece durante un cierto período de tiempo durante la incubación (Figura 1B). Para la CL, la tasa de cambio de temperatura podría variar en diferentes estudios a más de dos órdenes de magnitud (p. ej., 0,1 °C/día vs. 3,3 °C/h; Cuadro 1); Para los casos NC, la mayoría se basó en la capacidad intrínseca de los instrumentos utilizados, lo que condujo a varios modos. A pesar de que se reclamó un tipo de cambio de temperatura diurna a través de un cable calefactor o incubadora16,17; Sin embargo, las temperaturas de la cámara en estos experimentos no fueron validadas. Otros resultados importantes de la revisión en la Tabla 1 incluyen el rango de temperatura de incubación de 0-40 °C, con la mayoría entre 5-25 °C; La duración de los experimentos varió de unas pocas horas (<1 día) a casi 2 años (~725 días). además, los suelos sometidos incubaciones se recolectaron de ecosistemas forestales, pastizales y tierras cultivo, con horizonte mineral dominante, orgánico e incluso suelo contaminado, ubicados principalmente en estados unidos, china europa (Tabla 1).
Dados los tres modos principales de cambio de temperatura, varios escenarios de calentamiento distintos logrados en los estudios anteriores se resumieron en la Tabla 2. Incluyen calentamiento escalonado (SW), SW con magnitud variable (SWv), calentamiento gradual lineal (GWl), calentamiento gradual no lineal (GWn) y calentamiento gradual diurno (GWd).
En resumen, las incubaciones de suelo pasadas generalmente capturaron la temperatura promedio del aire o del suelo en un sitio. En muchos casos, como se muestra en la Tabla 1, las incubadoras o cámaras se programaron manualmente a una temperatura fija, pero no pudieron ajustar automáticamente la temperatura según lo deseado, careciendo de la capacidad de controlar el modo y la velocidad del cambio de temperatura con el tiempo (Ec. 1), lo que dificulta imitar la temperatura diurna del suelo local. Por otro lado, aunque se intentó en dos experimentos16,17, no identificamos estudios que imitaran explícitamente el calentamiento gradual diurno (GWd) en sus experimentos de incubación (Tabla 1). Según la revisión de la literatura, el principal obstáculo radica en el diseño experimental deficiente, particularmente la falta de un instrumento sofisticado que permita la implementación y validación de escenarios de calentamiento diurno u otros escenarios de calentamiento gradual.
(Ec. 1)
Donde ΔT es la cantidad de cambio de temperatura, m es el modo de cambio de temperatura, r es la tasa de cambio de temperatura y t es la duración del cambio.
Para mejorar el rigor experimental en la incubación del suelo, en este estudio se presenta un método de control de temperatura preciso y sofisticado. Al adoptar una cámara ambiental de última generación, cada vez más disponible y económicamente viable, el nuevo diseño no solo permitirá la simulación precisa de la temperatura del suelo in situ (por ejemplo, patrón diurno), sino que también, al tener en cuenta posibles cambios extremos de temperatura, proporcionará una forma confiable de minimizar los artefactos de sesgo instrumental. El diseño actual de incubación del suelo debe ayudar a los investigadores a identificar estrategias óptimas que satisfagan sus necesidades de incubación e investigación. El objetivo general de este método es presentar a los biogeoquímicos del suelo un enfoque altamente operativo para reformar el diseño de incubación del suelo.
1. Monitoreo y programación de temperatura
2. Recolección y homogeneización del suelo
3. Incubación de laboratorio
4. Comparación del efecto de calentamiento
Las cámaras seleccionadas de última generación replicaron la temperatura objetivo con alta precisión (Figura 2A, B, E, F) y cumplieron con los requisitos técnicos del experimento de incubación. Dado el fácil uso y operación, esto significó la técnica para mejorar la simulación de temperatura en estudios de calentamiento del suelo y en otras aplicaciones como estudios de plantas. El procedimiento se ha empleado en nuestro reciente estudio de caso basado en una tierra de cultivo de pasto varilla en el centro de Tennessee.
Los resultados de la investigación mostraron que, en relación con el tratamiento de control, el calentamiento condujo a pérdidas respiratorias significativamente mayores (Rs y R c) en ambos escenarios de calentamiento (SW y GW), y GW duplicó la pérdida respiratoria inducida por el calentamiento (Rc) en relación con SW, 81% vs. 40% (Figura 3). En el día 42, MBC y EEA también fueron significativamente diferentes entre SW y GW, de modo que MBC fue mayor en SW que en GW (69% vs. 38%; Figura 4) y las glicosidasas y la peroxidasa (p. ej., AG, BG, BX, CBH, NAG, AP, LAP) fueron significativamente mayores en GW que en los escenarios SW (Figura 5).

Figura 1: La ilustración del modo de cambio de temperatura en un experimento de calentamiento del suelo como se conceptualiza a partir de la Tabla 1. (A) Temperatura constante (TC) adoptada por la mayoría de los estudios. (B) Temperatura constante con magnitud variable (CTv). (C,D) Cambio lineal (LC) con tasas positivas y negativas. (E,F) Cambio no lineal (NC) con patrón irregular y patrón diurno. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Temperatura dirigida a través de la programación y la temperatura de la cámara durante un período de prueba de 24 horas. (A,B) Temperatura objetivo (línea gris) y registros de temperatura de la cámara (línea discontinua) bajo control y tratamientos de calentamiento escalonado (SW); (C,D) Temperatura objetivo (línea gris) y registros de temperatura de la cámara (línea discontinua) bajo control y tratamientos de calentamiento gradual (GW); (E, F) La diferencia de temperatura derivada para los registros en los paneles C y D. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Tasa media (± SE) acumulada de respiración del suelo (Rc, μg CO2-C·g suelo-1) bajo control (hueco) y calentamiento (oscuro) tratamientos en SW y GW en un experimento de incubación desuelo de 42 días. Los recuadros muestran las tasas de respiración del suelo (R s, μg CO2-C·h-1·g suelo-1) aplicadas para estimar la respiración acumulada, asumiendo que R s era constante hasta la siguiente medición. (A) Calentamiento gradual (SW) y (B) calentamiento gradual (GW). N = 4 en cada colección. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: Media (± SE) MBC bajo control y tratamientos de calentamiento en SW y GW en un experimento de incubación de suelo de 42 días. MBC = carbono de biomasa microbiana; N = 4 en cada colección. S denota un efecto significativo del escenario de calentamiento (SW vs. GW), en p < 0.05, basado en un ANOVA de tres vías de medidas repetidas. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: Media (± SE) glicosidasas y peroxidasa (actividad μmol h-1·gsuelo-1) bajo control y tratamientos de calentamiento en SW y GW en un experimento de incubación de 42 días. BX =β1,4-xilosidasa; AP = fosfatasa ácida; LAP = Leucina aminopeptidasa; NAG =β-1,4-N-acetil-glucosaminidasa; OX = Enzimas oxidativas; PHO = Fenol oxidasa; PER = Peroxidasa. N = 4 en cada colección. S denota un efecto significativo del escenario de calentamiento (SW vs. GW), en p < 0.05, basado en un ANOVA de tres vías de medidas repetidas. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Tabla 1: Revisión bibliográfica de métodos de control de temperatura y modos de cambio de temperatura en estudios de incubación de suelos 12,13,16,17,20,21,22,23,24,25,2 6,27,28,29, 30,31,32,
33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50, 51,
52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62.
En total, se incluyeron 46 estudios en la revisión. Haga clic aquí para descargar esta tabla.
Tabla 2: Principales modos de cambio de temperatura y los escenarios de calentamiento correspondientes basados en una revisión de la literatura (Tabla 1). Se establecieron cinco modos y escenarios para representar una amplia gama de posibles condiciones de cambio de temperatura y calentamiento. Haga clic aquí para descargar esta tabla.
El autor no tiene nada que revelar.
Los experimentos de calentamiento del suelo de laboratorio generalmente emplean dos o más temperaturas constantes en múltiples cámaras. Al presentar una cámara ambiental sofisticada, proporcionamos un método preciso de control de temperatura para imitar la magnitud y amplitud de la temperatura del suelo in situ y mejorar el diseño experimental de los estudios de incubación del suelo.
Las fuentes de financiamiento utilizadas para apoyar la investigación incluyen un HBCU−EiR (No. 1900885) de la Fundación Nacional de Ciencias de los Estados Unidos (NSF), un Programa Sabático de Investigación de la Facultad del Departamento de Agricultura (USDA) del Servicio de Investigación Agrícola (ARS) de la década de 1890 (No. 58-3098-9-005), una subvención NIFA del USDA (No. 2021-67020-34933) y una Beca Evans-Allen del USDA (No. 1017802). Agradecemos la asistencia recibida de los miembros del personal del Centro de Investigación y Extensión Agrícola del Campus Principal (AREC) de TSU en Nashville, Tennessee.
| Jeringa de 10 | mL Fisher Scientific | 14-826-13 | para la medición de la respiración del suelo |
| Composer Software | TestEquity | Model #107 | para la configuración de la temperatura de incubación |
| Cámara ambiental | TestEquity | Model #107 | para incubación de suelos |
| Analizador de gases ambientales | PP Systems | EGM5 | para la medición de |
| Papel de filtro | Fisher Scientific | 1005-125 | para la incubación del suelo |
| Tarro de vidrio | Ball | 15381-3 | para la incubación del suelo |
| Horno | Fisher Scientific | 15-103-0520 | para la medición de la humedad del suelo |
| Bolsa de almacenamiento con cierre hermético de plástico | Fisher Scientific | 09-800-16 | para la recogida del suelo |
| Lector de placas | Dispositivos | molecularesFilterMax F5 | para el análisis de enzimas extracelulares del suelo |
| R Software | The R Foundation | R versión 4.1.3 (2022-03-10) | Para el cálculo estadístico |
| Refrigerador/congelador | Fisher Scientific | 13-991-898 | para almacenamiento de suelo |
| Destornillador | Fisher Scientific | 19-313-447 | para la recolección de suelo |
| Sharpie | Fisher Scientific | 50-111-3135 | para la recolección de suelo |
| Sieve | Fisher Scientific | 04-881G | para tamizar muestras de suelo |
| Septa de silicona | Duran Wheaton kimble | 224100-070 | para tarros de albañil utilizados para la incubación del suelo |
| Barrena de suelo | AMS | 350.05 | para la recogida de suelo |
| Software SpecWare | Spectrum Technologies | WatchDog E2700 (3340WD2) | para la configuración del intervalo de recogida de temperatura |
| Sonda de temperatura | Spectrum Technologies | WatchDog E2700 (3340WD2) | para la temperatura del suelo mediciones |
| analizador de TOC/TN | Shimadzu | TOC-L series | para el análisis de la biomasa microbiana del suelo |