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Artículo de método

Un sistema de bicapa lipídica soportado por nanobar para el estudio de proteínas de detección de curvatura de membrana in vitro

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DOI:

10.3791/64340

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30 de noviembre de 2022

 ,  , 

* These authors contributed equally

En este artículo

Resumen

Aquí, se desarrolla un sistema de bicapa lipídica soportado por nanobarras para proporcionar una membrana sintética con una curvatura definida que permite la caracterización de proteínas con capacidad de detección de curvatura in vitro.

Resumen

La curvatura de la membrana juega un papel importante en varios procesos esenciales de las células, como la migración celular, la división celular y el tráfico de vesículas. No solo es generado pasivamente por actividades celulares, sino que también regula activamente las interacciones de proteínas y está involucrado en muchas señales intracelulares. Por lo tanto, es de gran valor examinar el papel de la curvatura de la membrana en la regulación de la distribución y dinámica de proteínas y lípidos. Recientemente, se han desarrollado muchas técnicas para estudiar la relación entre la membrana curva y la proteína in vitro. En comparación con las técnicas tradicionales, la bicapa lipídica (SLB) soportada por nanobar, recientemente desarrollada, ofrece un alto rendimiento y una mejor precisión en la generación de curvatura de membrana al formar una bicapa lipídica continua en matrices de nanobarras con patrones con una curvatura de membrana predefinida y control plano local. Tanto la fluidez lipídica como la sensibilidad proteica a las membranas curvas se pueden caracterizar cuantitativamente utilizando imágenes de microscopía de fluorescencia. Aquí, se presenta un procedimiento detallado sobre cómo formar un SLB en superficies de vidrio fabricadas que contienen matrices de nanobarras y la caracterización de proteínas sensibles a la curvatura en dicho SLB. Además, se cubren los protocolos para la reutilización de nanochips y el procesamiento de imágenes. Más allá del nanobar-SLB, este protocolo es fácilmente aplicable a todos los tipos de chips de vidrio nanoestructurado para estudios de detección de curvatura.

Introducción

La curvatura de la membrana es un parámetro físico crítico de una célula que ocurre en una variedad de procesos celulares como la morfogénesis, la división celular y la migración celular1. Ahora se reconoce ampliamente que la curvatura de la membrana va más allá de un simple resultado de eventos celulares; En cambio, se ha convertido en un regulador eficaz de las interacciones de proteínas y la señalización intracelular. Por ejemplo, se encontró que varias proteínas involucradas en la endocitosis mediada por clatrina se unen preferentemente a la membrana curva, lo que resulta en la formación de un punto caliente para la endocitosis

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Protocolo

1. Limpieza del nanochip

  1. Coloque el nanochip en un vaso de precipitados de 10 ml con el lado estampado hacia arriba.
    NOTA: Este nanochip de cuarzo se ha fabricado mediante litografía de haz de electrones como se describió anteriormente21. La geometría y la disposición de la nanoestructura en el chip se pueden diseñar a medida. Los tamaños de las nanobarras de gradiente utilizadas aquí son 2000 nm de longitud, 600 nm de altura y 100 a 1000 nm de ancho (conjunto de pasos de 100 nm).
  2. Agregue cuidadosamente 1 ml de ácido sulfúrico al 98% al vaso de precipitados y asegúrese de que el ácido cubra compl....

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Resultados

El diseño de nanobarras se recomienda para sondear proteínas de detección de curvatura positiva, que contiene un medio círculo en cada extremo con curvatura definida por el ancho de nanobarra y un control de curvatura plana / cero localmente en el centro (Figura 2A, B). La formación exitosa del SLB en nanobarras da como resultado señales de marcadores lipídicos distribuidos uniformemente en toda la superficie de la nanobarra, como se muestra en la Figura.......

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Discusión

El sistema nanobar-SLB descrito aquí ofrece una combinación única de las ventajas en varios ensayos in vitro existentes. Revela eficientemente la unión preferencial de proteínas a membranas altamente curvadas como el ensayo de flotación o sedimentación de liposomas, pero requiere muchas menos muestras y ofrece una curvatura definida con mayor precisión en nanobarras individuales 8,29. También ofrece una amplia gama de curvatura controlada con precisión p.......

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Divulgaciones

Los autores declaran que no hay ningún interés financiero en conflicto en este trabajo.

Agradecimientos

Agradecemos al Centro de Nanofabricación de Nanyang (N2FC) y al Centro de Tecnologías Fotónicas Disruptivas (CDPT) de la Universidad Tecnológica de Nanyang (NTU) por apoyar la fabricación de nanoestructuras e imágenes SEM, la Plataforma de Producción de Proteínas (PPP) de la Escuela de Ciencias Biológicas NTU para la purificación de proteínas, y la Escuela de Ingeniería Química y Biomédica NTU para el microscopio confocal. Este trabajo está financiado por el Ministerio de Educación de Singapur (MOE) (W. Zhao, RG112/20, RG95/21 y MOE-T2EP30220-0009), el Instituto de Análisis y Ciencia Molecular Digital (IDMxS) apoyado por fondos del Ministerio de Educación bajo el esqu....

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Materiales

Lista de materiales utilizados en este artículo
NombreEmpresaNúmero de catálogoComentarios
Etanol anhidroSigma-Aldrich100983
Papel de aluminioVial de diamanteRN0879999FU
ámbarSigma-Aldrich27115-U
Brain PS: L-α-fosfatidilserina (cerebro, cerdo) (sal de sodio)Avanti Polar Lipids, Inc.
Vaso de precipitados de 10 mLSchott-DuranSCOT211060804
50 mL Vaso de precipitadosSchott-DuranSCOT211061706
1000 mL Vaso de precipitadosSchott-DuranSCOT211065408El segundo contenedor 
CloroformoSigma-AldrichV800117
Bastoncillos de algodónWatsons
18:1 DGS-NTA(Ni): 1,2-dioleoil-sn-glicero-3-[(N-(5-amino-1-carboxipentil)ácido iminodiacético)succinil] (sal de níquel)Avanti Polar Lipids, Inc.
Huevo PC: L-&alfa;-fosfatidilcolina (Huevo, pollo)Avanti Polar Lipids, Inc.
de proteínas F-BARPlaftorm, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Tecnológica de Nanyang, SingapurProteínas y péptidos
F-BAR+IDRProducción de proteínas Plaftorm, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Tecnológica de Nanyang, SingapurProteínas y péptidos
GFPProducción de proteínas Plaftorm, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Tecnológica de Nanyang, SingapurProteínas y péptidos
GFP-HisProducción de proteínas Plaftorm, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Tecnológica de Nanyang, SingapurProteínas y péptidos
Prisma GraphPad PrismaGraphPadV9.0.0
Peróxido de hidrógeno, 30% (ACS certificado)Thermo ScientificH325-500
IDR de FBP17 humanoSangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.
ImageJInstitutos Nacionales de Salud1.50d
Microscopía confocal de escaneo láserZeiss LSM 800 con objetivo de aceite Airyscan100x (N.A.1.4).
MetanolFisher científico10010240
Mini-extuder Avanti Polar Lipids, Inc.610000-1EA
Microtubos de 1,5 mLGreiner616201
MATLABMathworksR2018b
Membrana hidrofílica de nucleporos, 0,1 μ mWhatman800309
Phosphate Bufferen Saline (PBS)Life Technologies Holdings Pte Ltd.70013
Base de polidimetilsiloxano (PDMS)Dow Corning CorporationSYLGARD 184
Reticulante de polidimetilsiloxano (PDMS)Dow Corning CorporationSYLGARD 184
Limpiador de plasmaHARRICK PLASMAPDC-002-HP
Nanochip de cuarzoCondado de Donghai Productos de cuarzo alfa CO., LTD
Hidróxido de sodio Sigma-Aldrich795429
Ácido sulfúricoSigma-Aldrich258105
Texas Red DHPE: Texas Red 1,2-Dihexadecanoyl-sn-Glycero-3-Phosphoethanolalamin, Sal de trietilamonioLife Technologies Holdings Pte Ltd.Pinza
T1395MP GooiPDC-002-HP
Limpiadores ultrasónicosElmaD-78224
VoterxScientific IndustriesG560E
Desecador al vacíoNUCERITE5312
Baño de aguaJulaboTW8
840032790404840051Producción

Referencias

  1. McMahon, H. T., Gallop, J. L. Membrane curvature and mechanisms of dynamic cell membrane remodelling. Nature. 438 (7068), 590-596 (2005).
  2. Zhao, W. et al. Nanoscale manipulation of membrane curvature for probing endocytosis in live cells. Nature Nanotechnology. 12 (8), 750-756 (2017).
  3. Galic, M. et al. External push and internal pull forces recruit curvature-sensing N-BAR domain proteins to the plasma membrane. Nature Cell Biology. 14 (8), 874-881 (2012).
  4. Rosholm, K. R. et al. Membrane curvature regulates ligand-specific membrane sorting of GPCRs in living cells. Nature Che....

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