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Las células tumorales circulantes (CTC, por sus siglas en inglés) son importantes en el pronóstico, el diagnóstico y la terapia contra el cáncer del cáncer. La enumeración de CTC es vital para determinar la enfermedad del paciente, ya que las CTC son raras y heterogéneas. Las CTC se desprenden del tumor primario, entran en el sistema de circulación sanguínea y pueden crecer en sitios distantes, haciendo metástasis en el tumor. Dado que las CTC contienen información similar a la del tumor primario, el aislamiento de CTC y la caracterización posterior pueden ser fundamentales para el seguimiento y el diagnóstico del cáncer. La enumeración, la modificación de la afinidad y la tinción con inmunofluorescencia clínica de CTC raras son métodos eficaces para el aislamiento de CTC porque proporcionan los elementos necesarios con alta sensibilidad. Los chips microfluídicos ofrecen un método de biopsia líquida que no produce ningún dolor para los pacientes. En este trabajo, presentamos una lista de protocolos para chips microfluídicos clínicos, una plataforma versátil de aislamiento de CTC, que incorporan un conjunto de funcionalidades y servicios necesarios para la separación, análisis y diagnóstico precoz de CTC, facilitando así el análisis biomolecular y el tratamiento del cáncer. El programa incluye el recuento de células tumorales raras, el preprocesamiento clínico de la sangre del paciente, que incluye la lisis de glóbulos rojos, y el aislamiento y reconocimiento de CTC in situ en chips microfluídicos. El programa permite la enumeración precisa de células tumorales o CTCs. Además, el programa incluye una herramienta que incorpora el aislamiento de CTC con chips microfluídicos versátiles y la identificación de inmunofluorescencia in situ en los chips, seguida de un análisis biomolecular.