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Las células madre mesenquimales (MSC), caracterizadas por su capacidad de autorrenovación y su potencial de diferenciación multilinaje, pueden derivarse de diversas fuentes y están emergiendo como candidatas prometedoras para la medicina regenerativa, especialmente para la regeneración de los dientes, huesos, cartílagos y piel. El enfoque autoensamblado de la agregación de MSC, que construye grupos de células que imitan la condensación mesenquimal en desarrollo, permite la entrega de células madre de alta densidad junto con interacciones célula-célula preservadas y la matriz extracelular (ECM) como nicho de microambiente. Se ha demostrado que este método permite un injerto celular y una supervivencia eficientes, promoviendo así la aplicación optimizada de MSCs exógenas en la ingeniería de tejidos y salvaguardando la regeneración clínica de los órganos. Este artículo proporciona un protocolo detallado para la construcción y caracterización de agregados autoensamblados basados en células madre mesenquimales de cordón umbilical (UCMSCs), así como un ejemplo de la aplicación regenerativa del hueso craneal. La implementación de este procedimiento ayudará a guiar el establecimiento de una estrategia eficiente de trasplante de MSC para la ingeniería de tejidos y la medicina regenerativa.