$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Las comparaciones genómicas de primates humanos y no humanos (NHP) son cruciales para comprender nuestra historia evolutiva y la evolución de los rasgos específicos de los humanos1. Además, estas comparaciones permiten inferir la función mediante la identificación de secuencias de ADN conservadas2, por ejemplo, para priorizar las variantes asociadas a la enfermedad3. Las comparaciones de fenotipos moleculares, como los niveles de expresión génica, son cruciales para interpretar mejor las comparaciones genómicas y descubrir, por ejemplo, las diferencias fenotípicas celulares. Además, tienen, similar a las comparaciones a nivel de ADN, el potencial de inferir relevancia funcional y, por lo tanto, de interpretar mejor la variación médicamente relevante dentro de los humanos4. La incorporación de datos fenotípicos moleculares completos en estos estudios comparativos requiere recursos biológicos apropiados (es decir, células ortólogas en todas las especies). Sin embargo, razones éticas y prácticas hacen que sea difícil o imposible acceder a tales células comparables, especialmente durante el desarrollo. Las células madre pluripotentes inducidas (iPSCs) permiten la generación de tales tipos de células inaccesibles in vitro5,6, son experimentalmente accesibles y se han utilizado para comparaciones de primates 6,7,8,9,10,11,12,13,14.
Para generar iPSCs, uno necesita adquirir las células primarias para ser reprogramadas. Las células aisladas de la orina tienen la ventaja de que pueden ser muestreadas de forma no invasiva de primates, y que pueden ser fácilmente reprogramadas, probablemente debido a sus perfiles moleculares similares a las células madre15. Las condiciones de cultivo para mantener las iPSCs de primates son tan importantes como la reprogramación; Clásicamente, el cultivo de células madre pluripotentes humanas requería un medio no definido, basado en suero y cocultivo de fibroblastos embrionarios de ratón - las llamadas células de alimentación - que proporcionan nutrientes esenciales y un andamio para las células madre embrionarias (ESC)16. Desde el desarrollo de sistemas de cultivo químicamente definidos y sin alimentadores17,18, ahora hay varias opciones de medios de cultivo y matrices iPSC disponibles comercialmente. Sin embargo, la mayoría de estas condiciones de cultivo se han optimizado para ESC e iPSC humanas y, por lo tanto, podrían funcionar menos bien en la cultura NHP iPSC. En este protocolo de video, proporcionamos instrucciones para generar y mantener iPSCs humanas y NHP derivadas del cultivo de células urinarias.
Desde el primer informe de generación de iPSC por la expresión forzada de factores definidos en fibroblastos en 2006, este método se ha aplicado a muchos tipos celulares diferentes de diversos orígenes 19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31 ,32. Entre ellos, solo se pueden obtener células derivadas de la orina de una manera completamente no invasiva. Con base en el protocolo previamente descrito por Zhou et al.33, se pueden aislar y expandir células de orina de primates, incluso de muestras no estériles, complementando antibióticos de amplio espectro15. En particular, las células derivadas de orina muestreadas por este protocolo exhiben un alto potencial para producir iPSCs, en un período de tiempo más corto (las colonias se hacen visibles en 5-15 días) que la reprogramación convencional de fibroblastos (20-30 días, en nuestra experiencia), y con una tasa de éxito suficientemente alta. Estas células derivadas de la orina fueron clasificadas como la población mixta de células madre mesenquimales similares a células madre y células epiteliales de la vejiga, causando la alta eficiencia de reprogramación15.
Además de la variación en las celdas primarias, los métodos de reprogramación para generar iPSC también varían según el propósito del uso. Los procedimientos convencionales de reprogramación para células somáticas humanas se llevaron a cabo mediante la sobreexpresión de factores de reprogramación con vectores de retrovirus o lentivirus, lo que permitió la integración de ADN exógeno en el genoma 5,34,35. Para mantener las iPSC generadas genómicamente intactas, los investigadores han desarrollado una amplia variedad de sistemas de no integración: vector PiggyBac36,37 extirpable, vector episomal38,39, vectores de virus no integradores como el virus Sendai 40 y el adenovirus 41, transfección de ARNm42, transfección de proteínas 43,44 y tratamiento con compuestos químicos 45. Debido a la eficiencia y facilidad en el manejo, los vectores de reprogramación basados en virus Sendai se utilizan en este protocolo. La infección de las células primarias se realiza en un cultivo en suspensión de 1 h de células y virus a una multiplicidad de infección (MOI) de 5 antes del recubrimiento. Este paso modificado podría aumentar la probabilidad de contacto entre las superficies celulares y los virus, en comparación con el método convencional en el que los virus se agregan directamente al cultivo celular adherente, y así producir más colonias de iPSC15.
El paso de células madre pluripotentes humanas y NHP se puede hacer mediante el paso de grupos y el paso de células individuales. El ácido etilendiaminotetraacético (EDTA) es un agente quelante rentable que se une a los iones de calcio y magnesio y, por lo tanto, impide la actividad adherente de la cadherina y la integrina. El EDTA también se utiliza como un reactivo de disociación selectiva suave, ya que las células indiferenciadas se desprenden antes que las células diferenciadas debido a sus diferentes moléculas de adhesión. La disociación completa induce la muerte celular masiva de las iPSC de primates a través de la hiperactivación de la miosina mediada por la bobina enrollada asociada a Rho/Rho (Rho/Rock). Por lo tanto, la suplementación del medio de cultivo con un inhibidor de Rho/Rock es esencial para experimentos que requieren células individuales en suspensión46,47. En este protocolo, recomendamos el paso por grupos como el método de paso de rutina y recomendamos el paso de una sola célula solo cuando sea necesario, por ejemplo, cuando se requiere la siembra de números de células definidos o durante la subclonación.