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La espectroscopia funcional de infrarrojo cercano (fNIRS) es una metodología de neuroimagen portátil, más robusta al movimiento y más rentable que la resonancia magnética funcional (fMRI), lo que la hace muy adecuada para realizar estudios naturalistas de la función cerebral y para su uso en poblaciones clínicas y de desarrollo. Tanto las metodologías fNIRS como fMRI detectan cambios en la oxigenación de la sangre cerebral durante la activación cerebral funcional, y estudios previos han demostrado una alta correspondencia espacial y temporal entre las dos señales. Sin embargo, no existe una comparación cuantitativa de las dos señales recogidas simultáneamente de los mismos sujetos con cobertura fNIRS de toda la cabeza. Esta comparación es necesaria para validar de forma exhaustiva las activaciones a nivel de área y la conectividad funcional con el estándar de oro de la resonancia magnética funcional, que a su vez tiene el potencial de facilitar las comparaciones de las dos señales a lo largo de la vida útil. Abordamos esta brecha mediante la descripción de un protocolo para la recopilación simultánea de datos de señales de fMRI y fNIRS que: i) proporciona cobertura de fNIRS en toda la cabeza; ii) incluye mediciones de corta distancia para la regresión de la señal fisiológica sistémica no cortical; y iii) implementa dos métodos diferentes para el co-registro optodo a cuero cabelludo de las mediciones de fNIRS. Se presentan los datos de fMRI y fNIRS de tres sujetos, y se discuten las recomendaciones para adaptar el protocolo a las poblaciones clínicas y de desarrollo. La configuración actual con adultos permite sesiones de escaneo durante un promedio de aproximadamente 40 minutos, que incluyen escaneos funcionales y estructurales. El protocolo describe los pasos necesarios para adaptar el equipo fNIRS para su uso en el entorno de resonancia magnética (RM), proporciona recomendaciones tanto para el registro de datos como para el co-registro de optodo a cuero cabelludo, y analiza las posibles modificaciones del protocolo para adaptarse a las características específicas del sistema fNIRS seguro para RM disponible. Las respuestas representativas específicas de un sujeto de una tarea de tablero de ajedrez intermitente ilustran la viabilidad del protocolo para medir señales fNIRS de toda la cabeza en el entorno de RM. Este protocolo será particularmente relevante para los investigadores interesados en validar las señales fNIRS contra la resonancia magnética funcional a lo largo de la vida.