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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Esta técnica describe un flujo de trabajo efectivo para visualizar y medir cuantitativamente el potencial de la membrana mitocondrial y los niveles de superóxido dentro de las células HeLa utilizando imágenes en vivo basadas en fluorescencia.
Las mitocondrias son orgánulos dinámicos críticos para la homeostasis metabólica mediante el control de la producción de energía a través de la síntesis de ATP. Para apoyar el metabolismo celular, varios mecanismos de control de calidad mitocondrial cooperan para mantener una red mitocondrial saludable. Una de estas vías es la mitofagia, donde la quinasa 1 inducida por PTEN (PINK1) y la fosfoubiquitinación Parkin de las mitocondrias dañadas facilitan el secuestro de autofagosomas y la posterior eliminación de la célula a través de la fusión de lisosomas. La mitofagia es importante para la homeostasis celular, y las mutaciones en Parkin están relacionadas con la enfermedad de Parkinson (EP). Debido a estos hallazgos, ha habido un énfasis significativo en la investigación del daño mitocondrial y el recambio para comprender los mecanismos moleculares y la dinámica del control de calidad mitocondrial. Aquí, se utilizaron imágenes de células vivas para visualizar la red mitocondrial de células HeLa, para cuantificar el potencial de membrana mitocondrial y los niveles de superóxido después del tratamiento con cianuro de carbonilo m-clorofenil hidrazona (CCCP), un agente de desacoplamiento mitocondrial. Además, se expresó una mutación ligada a la PD de Parkin (ParkinT240R) que inhibe la mitofagia dependiente de Parkin para determinar cómo la expresión mutante afecta la red mitocondrial en comparación con las células que expresan Parkin de tipo salvaje. El protocolo descrito aquí describe un flujo de trabajo simple que utiliza enfoques basados en fluorescencia para cuantificar el potencial de la membrana mitocondrial y los niveles de superóxido de manera efectiva.
La red mitocondrial es una serie de orgánulos interconectados que desempeñan un papel crucial en la producción de energía1, la inmunidad innata 2,3 y la señalización celular 4,5. La desregulación mitocondrial se ha asociado con enfermedades neurodegenerativas como la enfermedad de Parkinson (EP)6,7. La EP es un trastorno neurodegenerativo progresivo que afecta a las neuronas dopaminérgicas de la sustancia negra y que afecta a casi 10 millones de personas en todo el mundo8. La EP se ha relacionado genéticamente con la mitofagia, una vía de control de calidad mitocondrial necesaria para mantener la homeostasis celular que elimina selectivamente las mitocondrias dañadas 9,10. Los estudios han identificado múltiples vías de mitofagia independientes, incluida la mitofagia mediada por el dominio FUN14 que contiene 1 (FUNDC1), la mitofagia facilitada por la proteína 3 que interactúa con Bcl-2 (BNIP3), la mitofagia dependiente de NIX y la bien caracterizada quinasa 1 inducida por PTEN (PINK1) / mitofagia regulada por Parkin10,11. PINK1 (una quinasa putativa) y Parkin (una ubiquitina ligasa E3) trabajan en conjunto para fosfo-ubiquitinar las mitocondrias dañadas, lo que impulsa la formación de autofagosomas que engullen el orgánulo dañado y se fusionan con los lisosomas para iniciar la degradación 12,13,14,15,16. Las mutaciones en Parkin se han asociado con fenotipos ligados a la EP, como la neurodegeneración a través de la pérdida de neuronas dopaminérgicas17,18.
Aquí, se describe un protocolo en el que las células HeLa, células inmortalizadas utilizadas rutinariamente derivadas del cáncer cervical, se utilizan para investigar el papel de Parkin en el mantenimiento de la salud de la red mitocondrial. Las células HeLa expresan niveles insignificantes de Parkin endógeno y, por lo tanto, requieren expresión exógena de Parkin19. Para estudiar el papel de Parkin en la salud de la red mitocondrial, las células HeLa se transectan con Parkin de tipo salvaje (ParkinWT), un mutante Parkin (ParkinT240R) o un vector de control vacío. ParkinT240R es una mutación de parkinsonismo juvenil autosómico recesivo que afecta a la actividad de la ligasa Parkin E3, reduciendo significativamente la eficiencia de la vía de mitofagia20. Las células HeLa están sujetas a concentraciones leves (5 μM) o graves (20 μM) de cianuro de carbonilo m-clorofenil hidrazona (CCCP), un agente de desacoplamiento mitocondrial. El tratamiento con concentraciones severas de CCCP se utiliza rutinariamente para inducir mitofagia mediada por Parkin en varias líneas celulares, como las células HeLa y COS-721,22,23.
Después del tratamiento, el protocolo emplea imágenes en vivo de la red mitocondrial utilizando dos tintes fluorescentes dirigidos a mitocondriales actualmente disponibles. La tetrametilrodamina, éster etílico, perclorato (TMRE) es un colorante catiónico que emite fluorescencia en función del potencial de membrana mitocondrial24, mientras que MitoSOX es un indicador de superóxido mitocondrial donde la intensidad de fluorescencia es una función de la concentración de superóxido25. Finalmente, el protocolo descrito utiliza una cuantificación basada en fluorescencia y un flujo de trabajo simple para cuantificar de manera efectiva el potencial de membrana mitocondrial y los niveles de superóxido con un alcance mínimo para el sesgo del usuario. Aunque este protocolo fue diseñado para estudiar la función mitocondrial en células HeLa, se puede adaptar para líneas celulares adicionales y tipos de células primarias para caracterizar cuantitativamente la salud de la red mitocondrial.
1. Preparación de muestras biológicas
NOTA: Realice los siguientes pasos utilizando una técnica estéril en un gabinete de bioseguridad. Rocíe la superficie del gabinete y todos los materiales con etanol al 70%.
2. Tratamiento CCCP y marcaje mitocondrial con sondas fluorescentes en células HeLa
PRECAUCIÓN: Realice los siguientes pasos rápidamente para asegurarse de que las células HeLa no estén fuera de la incubadora durante un período prolongado.
3. Configuración de adquisición de imágenes de microscopio confocal
NOTA: Imagen de las células HeLa usando un microscopio confocal (ver Tabla de materiales) equipado con un objetivo de inmersión en aceite de apertura numérica (NA) de 63x/1.40 y una cámara ambiental (ver Tabla de materiales).
4. Adquisición de imágenes
PRECAUCIÓN: El experimentador debe hacer un juicio visual para seleccionar las células basándose en la señal de fluorescencia YFP. Evite los píxeles sobresaturados, ya que pueden afectar significativamente la cuantificación de la intensidad de fluorescencia. Utilice una tabla de búsqueda de más/menos que indique la saturación de píxeles para evitar la adquisición de imágenes saturadas.
5. Cuantificación de la intensidad de fluorescencia usando ImageJ
NOTA: Los archivos de imágenes se guardan como ".lif" y son compatibles con ImageJ29. Los tipos de archivo compatibles con ImageJ se especifican en su sitio web. Puede ser necesario convertir el tipo de archivo si es incompatible.
En este protocolo, se utilizó la cuantificación basada en fluorescencia para medir el potencial de membrana y los niveles de superóxido de la red mitocondrial después del tratamiento con CCCP (Figura 1). Este flujo de trabajo utilizó células HeLa, una línea celular inmortalizada derivada del cáncer cervical. Las células HeLa se utilizan rutinariamente para estudiar la biología mitocondrial y son relativamente planas, lo que facilita la visualización de la red mitocondrial mediante microscopía. Para investigar el papel de Parkin en el mantenimiento de la salud de la red mitocondrial, las células HeLa se transfectaron transitoriamente con un vector de control vacío, ParkinWT o ParkinT240R (un mutante que interrumpe la mitofagia)21. Las células HeLa se colocaron en placas de imágenes con fondo de vidrio de 35 mm y se transfectaron una vez que se alcanzó una confluencia de ~ 50% -60% (Figura 1A). Dado que las células HeLa se dividen rápidamente, esto es típicamente el día después de colocar las células en las placas de imágenes. Se utilizó un microscopio de luz para observar la señal de fluorescencia YFP al día siguiente para evaluar la eficiencia de la transfección. Los experimentos solo se realizaron después de una transfección exitosa.
Después de la inspección, las células HeLa se trataron con concentraciones leves (5 μM) o graves (20 μM) de PCCC para despolarizar la red mitocondrial (el paso 1.2 muestra instrucciones detalladas para preparar PCCC y sondas fluorescentes). El tratamiento CCCP se realizó durante un total de 2 h. Durante los últimos 30 minutos del tratamiento con CCCP, las mitocondrias se marcaron con MitoTracker y TMRE/MitoSOX (Figura 1A). Cabe señalar que TMRE y MitoSOX tienen espectros de fluorescencia superpuestos y no se pueden usar simultáneamente. En su lugar, utilizamos platos de imagen separados para los experimentos TMRE y MitoSOX. Para los experimentos de TMRE, las células HeLa estaban inmediatamente listas para obtener imágenes al final del tratamiento CCCP de 2 h. La concentración de TMRE debe permanecer constante; por lo tanto, TMRE permaneció en los medios de comunicación HeLa. Sin embargo, MitoSOX libre debe eliminarse antes de la obtención de imágenes. Para los experimentos MitoSOX, las células se lavaron tres veces con medios HeLa para eliminar el tinte libre. Para este paso, es esencial utilizar medios HeLa que contengan la misma concentración de DMSO o CCCP que las condiciones experimentales. Hoechst 33342, un marcador de núcleos, se utilizó inicialmente para evaluar las células HeLa después de la transfección transitoria y el tratamiento con CCCP (Figura 1B).
Posteriormente, se realizó microscopía confocal para visualizar las intensidades de fluorescencia TMRE y MitoSOX, para medir el potencial de membrana mitocondrial y los niveles de superóxido, respectivamente. Las imágenes se adquirieron utilizando un objetivo de inmersión en aceite de 63x (1.4 NA) con parámetros de escaneo bidireccional, una resolución espacial de 1,024 x 1,024 píxeles, una velocidad de escaneo de 600 Hz, un promedio de línea de 3, una fase de 22.61 y un factor de zoom de 1.5 (Figura 2C). La placa de control DMSO se visualizó primero para todos los experimentos para establecer los valores de ganancia e intensidad para TMRE y MitoSOX. Para hacer comparaciones cuantitativas entre condiciones, estos valores deben establecerse en la condición DMSO y permanecer constantes durante todo el experimento. CCCP induce la despolarización mitocondrial y una pérdida de potencial de membrana, lo que resulta en una intensidad de fluorescencia TMRE reducida. Por lo tanto, los experimentos de control tuvieron la mayor intensidad de TMRE, y los valores de ganancia e intensidad se establecieron cerca de la saturación. Por el contrario, los niveles más altos de superóxido aumentan la intensidad de MitoSOX. Por lo tanto, el control tuvo la intensidad de fluorescencia MitoSOX más baja, y los valores de ganancia e intensidad se establecieron bajos donde había una señal tenue. Dado que MitoTracker, TMRE y MitoSOX son colorantes vitales y etiquetan todas las células, no deben usarse al seleccionar células para obtener imágenes. En cambio, las células se seleccionaron en función de la señal YFP para garantizar que fueran transfectadas. Se adquirieron imágenes de un solo plano, centrándose en la parte inferior de la célula HeLa, donde se encontraba una gran población de mitocondrias.
Cuantificación de la intensidad de fluorescencia TMRE y MitoSOX
La cuantificación de las intensidades de fluorescencia TMRE y MitoSOX se analizó utilizando ImageJ (Figura 3). Se creó un ROI de 6 micras x 6 micras y se almacenó en el administrador de ROI. El ROI se colocó en cinco regiones aleatorias no superpuestas de cada célula para medir la intensidad de TMRE o MitoSOX. La intensidad de fluorescencia corresponde al valor gris medio en ImageJ. Los cinco valores de intensidad se promediaron para cada celda para calcular la intensidad media de fluorescencia por celda. Estos valores se trazaron y analizaron para determinar la significación estadística en todas las condiciones de tratamiento.
Los resultados para las intensidades de fluorescencia TMRE y MitoSOX se muestran en la Figura 4 y la Figura 5, respectivamente. Como era de esperar, el tratamiento con el conocido agente de desacoplamiento CCCP disminuyó la intensidad de fluorescencia TMRE en comparación con las condiciones de control (Figura 4A, B). Además, el tratamiento severo (20 μM) con CCCP indujo la producción de superóxido y aumentó la intensidad de fluorescencia de MitoSOX (Figura 5A, B). En condiciones de estrés CCCP leves (5 μM), la expresión de ParkinWT y ParkinT240R resultó en una mayor intensidad de TMRE en comparación con el vector de control YFP vacío. Del mismo modo, la intensidad de MitoSOX fue menor en las células que expresan ParkinWT y ParkinT240R en comparación con las células que expresan el vector de control YFP (Figura 5A, B). Estos resultados sugieren que la expresión de Parkin ayuda a mantener la salud de la red mitocondrial al preservar potenciales de membrana mitocondrial más altos y bajos niveles de superóxido. Por lo tanto, el protocolo descrito aquí se puede utilizar para comparar con precisión la intensidad de fluorescencia para analizar el papel de Parkin en el control del potencial de membrana mitocondrial y la formación de superóxido.

Figura 1: Flujo de trabajo experimental. (A) Esquema del flujo de trabajo experimental utilizado para transfectar, tratar con CCCP y etiquetar la red mitocondria, e imagen de la intensidad de fluorescencia TMRE y MitoSOX en células HeLa. (B) Imágenes representativas de células que expresan un vector YFP vacío (arriba), YFP-ParkinWT (centro) y YFP-ParkinT240R (abajo; magenta). Hoechst 33342 (blanco) se utiliza para etiquetar el ADN. Barra de escala = 10 μm. Abreviaturas: CCCP = cianuro de carbonilo m-clorofenil hidrazona; TMRE = tetrametilrodamina-éster etílico-perclorato; YFP = proteína fluorescente amarilla. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: La interfaz de usuario para configurar la configuración de adquisición confocal . (A) Cuadro de diálogo Configuración del láser. El rectángulo rojo resalta el láser de luz blanca, el estado de potencia, la potencia del láser y las longitudes de onda. (B) Canal experimental configurado para un experimento MitoSOX. La configuración, las líneas de excitación y las ventanas de espectros de emisión se muestran para YFP, MitoSOX y MitoTracker. (C) Los ajustes de adquisición muestran el formato, la velocidad, la bidireccionalidad, la fase X, el factor de zoom y el promedio de línea. (D) Una imagen adquirida representativa. Las células HeLa expresan YFP (magenta), y las mitocondrias están marcadas con MitoSOX (verde) y MitoTracker (cian). Barra de escala = 10 μm. Abreviaturas: WLL = láser de luz blanca; YFP = proteína fluorescente amarilla. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Flujo de trabajo de ImageJ para cuantificar las intensidades de fluorescencia TMRE y MitoSOX. (A) El panel del administrador de ROI con un ejemplo de ROI en ImageJ. (B) Panel de opciones de importación de bioformatos. El rectángulo rojo resalta la opción Dividir canales que debe seleccionarse. (C) Parámetros de ajuste de brillo y contraste. (D) Establecer el parámetro de mediciones. Los rectángulos rojos resaltan las opciones de valor de área y gris medio que deben seleccionarse. (E) Imagen representativa de una célula HeLa etiquetada con MitoSOX. El cuadrado rojo ilustra el ROI del panel A. Barra de escala = 10 μm. (F) Panel de resultados que muestra el área experimental y los valores grises medios de los ROI. El valor gris medio (naranja) representa los valores de intensidad de fluorescencia. Abreviaturas: TMRE = tetrametilrodamina-éster etílico-perclorato; ROI = región de interés. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: Intensidad de fluorescencia TMRE después del daño mitocondrial. (A) Imágenes representativas de células HeLa después de un tratamiento de 2 h con DMSO, CCCP de 5 μM o CCCP de 20 μM para inducir daño mitocondrial. Las células expresan exógenamente un vector YFP vacío, YFP-ParkinWT o YFP-ParkinT240R (magenta), y están marcadas con MitoTracker (cian) y TMRE (verde). Barra de escala = 30 μm. (B) Cuantificación de la intensidad de fluorescencia TMRE para células que expresan vector YFP vacío (azul), YFP-ParkinWT (naranja) y YFP-ParkinT240R (púrpura) en condiciones tratadas con DMSO y CCCP. p < 0,0001 por ANOVA bidireccional con una prueba de comparación múltiple. (C-E) La cuantificación de las intensidades de fluorescencia TMRE del panel B se separa para resaltar las diferencias en DMSO (C), 5 μM CCCP (D) y 20 μM CCCP (E). * p < 0,05; p < 0,001; p < 0,0001 por Kruskal-Wallis ANOVA con la prueba de comparación múltiple de Dunn. Ns = no significativo. Media ± SEM; n= 79-104 a partir de tres réplicas biológicas independientes. Abreviaturas: CCCP = cianuro de carbonilo m-clorofenil hidrazona; TMRE = tetrametilrodamina-éster etílico-perclorato; YFP = proteína fluorescente amarilla; DMSO = dimetilsulfóxido. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: Intensidad de fluorescencia de MitoSOX después del daño a la red mitocondrial. (A) Imágenes representativas de células HeLa tratadas durante 2 h con DMSO, CCCP de 5 μM o CCCP de 20 μM para desacoplar el potencial de membrana de las mitocondrias. Las células se transfectaron con el vector YFP vacío, YFP-ParkinWT o YFP-ParkinT240R (magenta), y se marcaron con MitoTracker (cian) y MitoSOX (verde). Barra de escala = 30 μm. (B) Cuantificación de la intensidad de fluorescencia de MitoSOX para células que expresan vector YFP vacío (azul), YFP-ParkinWT (naranja) y YFP-ParkinT240R (púrpura) para condiciones de control y tratamiento. p < 0,0001 por ANOVA bidireccional con la prueba de comparación múltiple de Dunn. (C-E) La cuantificación de las intensidades de fluorescencia de MitoSOX del panel B se separa para resaltar las diferencias en DMSO (C), 5 μM CCCP (D) y 20 μM CCCP (E). *p < 0,05; p < 0,0001 por Kruskal-Wallis ANOVA con la prueba de comparación múltiple de Dunn. Ns = no significativo. Media ± SEM; n = 87-107 a partir de tres réplicas biológicas independientes. Abreviaturas: CCCP = cianuro de carbonilo m-clorofenil hidrazona; TMRE = tetrametilrodamina-éster etílico-perclorato; YFP = proteína fluorescente amarilla; DMSO = dimetilsulfóxido. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Los autores no tienen intereses contrapuestos que declarar.
Esta técnica describe un flujo de trabajo efectivo para visualizar y medir cuantitativamente el potencial de la membrana mitocondrial y los niveles de superóxido dentro de las células HeLa utilizando imágenes en vivo basadas en fluorescencia.
Agradecemos a los miembros del laboratorio de Evans por sus comentarios reflexivos sobre este manuscrito. Este trabajo cuenta con el apoyo de Duke Whitehead Scholars, Duke Science and Technology Scholars y Howard Hughes Medical Institute (HHMI) Hanna Gray Fellowship. La Figura 1A se realizó utilizando BioRender.com.
| carbonilo m-clorofenil hidrazona) | Sigma-Aldrich | C2759 | |
| DMEM (1x) con 4,5 g/L de glucosa | Gibco | 11-965-084 | |
| DMSO, Anhidro | ThermoFisher Scientific | D12345 | |
| Hiclón | desuero fetal bovino | SH3007103 | |
| FuGENE 6 (Reactivo de tranfección) | Promega | E2691 | |
| GlutaMAX 100x (Solución de L-Glutamina) | Gibco | 35-050-061 | |
| Hoescht 33342 | ThermoFisher Scientific | 62249 | |
| MitoSOX Rojo | ThermoFisher Scientific | M36008 | |
| MitoTracker Rojo Intenso | ThermoFisher Scientific | M7514 | |
| Opti-MEM (Redued Serum media) | ThermoFisher scientific | 31985070 | |
| Tetrametilrodamina, éster etílico, perclorato (TMRE) | ThermoFisher Scientific | T669 | |
| Modelos experimentales: Organismos/Cepas | |||
| HeLa-M (Homo sapiens) | A. Peden (Instituto de Investigación Médica de Cambridge) | N/A | |
| Recombinant DNA | |||
| EYFP Empty Vector | N/A | N/A | |
| YFP-Parkin T240R | Este artículo | generado por mutagénesis dirigida al sitio de YFP-Parkin | |
| YFP-Parkin WT | Addgene; PMID:19029340 | RRID:Addgene_23955 | |
| Software and Algorithms | |||
| Adobe Illustrator | Adobe Inc. | https://www.adobe.com/products/illustrator | (Schindelin, 2012) |
| Excel (software de hoja de cálculo) | Microsoft Office | https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/excel | |
| ImageJ | https://imagej.net/software/fiji/ | ||
| Leica Application Suite (LAS X) | Leica | https://www.leica-microsystems.com/products/microscope-software/p/leica-las-x-ls/ | |
| Microsoft Excel | Microsoft Office | https://www.microsoft.com/excel | |
| Prism9 (estadístico Software de análisis) | Software GraphPad | https://www.graphpad.com | |
| 35 mm Plato, n.º 1,5 cubreobjetos, 20 mm de diámetro de vidrio, sin recubrimiento | MatTek | P35G-1.5-20-C | |
| Incubadora de jaula (cámara ambiental) | Microscopio invertido | Okolab | https://www.oko-lab.com/cage-incubator|
| DMiL | Leica | N/A | |
| LIGHTNING Software de deconvolución | Microscopio | confocal LeicaN/A | |
| STELLARIS 8 | Leica | N/A |