Aquí, presentamos un protocolo que demuestra la instalación y el uso de una tubería bioinformática para analizar los datos de secuenciación de ARN quimérico utilizados en el estudio de las interacciones ARN:ARN in vivo .
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Artículo de método
Tutorial de análisis computacional para ARN quimérico pequeño no codificante: bibliotecas de secuenciación de ARN diana
En este artículo
Resumen
Resumen
En los últimos años se ha avanzado en la comprensión de las interacciones reguladoras génicas in vivo de los pequeños ARN no codificantes (sncRNA), como los microARN (miARN), con sus ARN diana mediante enfoques bioquímicos que utilizan la reticulación seguida de la ligadura para capturar interacciones entre el ARN y el ARN diana a través de la formación de ARN quiméricos y las bibliotecas de secuenciación posteriores. Si bien los conjuntos de datos de secuenciación de ARN quimérico proporcionan información de todo el genoma y sustancialmente menos ambigua que el software de predicción de miARN, destilar estos datos en información significativa y procesable requiere análisis adicionales y puede disuadir a los investigadores que carecen de una formación computacional. Este informe proporciona un tutorial para ayudar a los biólogos computacionales de nivel básico a instalar y aplicar una herramienta de software de código abierto reciente: Small Chimeric RNA Analysis Pipeline (SCRAP). Se proporcionan los requisitos de la plataforma, las actualizaciones y una explicación de los pasos de la canalización y la manipulación de las variables clave de entrada del usuario. Reducir una barrera para que los biólogos obtengan información de los enfoques de secuenciación de ARN quimérico tiene el potencial de impulsar investigaciones basadas en el descubrimiento de interacciones reguladoras entre el ARNnc y el ARN objetivo en múltiples contextos biológicos.
Introducción
Los pequeños ARN no codificantes están muy estudiados por sus funciones postranscripcionales en la coordinación de la expresión de conjuntos de genes en diversos procesos como la diferenciación y el desarrollo, el procesamiento de señales y la enfermedad 1,2,3. La capacidad de determinar con precisión las transcripciones diana de los pequeños ARN no codificantes (sncRNA) reguladores de genes, incluidos los microARN (miARN), es importante para los estudios de la biología del ARN tanto a nivel básico como traslacional. Los algoritmos bioinformáticos que explotan la complementar....
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Protocolo
NOTA: El protocolo comenzará con la descarga e instalación del software necesario para analizar las bibliotecas de secuenciación de ARN quimérico utilizando SCRAP.
1. Instalación
- Antes de instalar SCRAP, instale las dependencias Git y Miniconda en la máquina que se utilizará para los análisis. Es probable que Git ya esté instalado. En la plataforma Mac OSX, por ejemplo, verifique esto usando qué git para ver que la utilidad " git " está presente e instalada en este directorio. Compruebe si Miniconda está instalado con qué conda. Si no se devuelve nada, instale Miniconda. Miniconda....
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Resultados
En la Figura 2 y en la Tabla 1 se muestran los resultados de sncRNA:ARN diana detectados por una versión modificada de SCRAP (versión 2.0 de SCRAP, que implementa modificaciones para el filtrado de ARNr) en conjuntos de datos de secuenciación publicados previamente preparados con CLEAR-CLIP9. Los usuarios pueden apreciar la disminución de las interacciones relativas de miARN de fracción con las regiones de intrones que se produce tras el aislamiento d.......
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Discusión
Este protocolo sobre el uso de la canalización SCRAP para el análisis de las interacciones entre el ARN y el ARN objetivo está diseñado para ayudar a los investigadores que se adentran en el análisis computacional. Se espera que la finalización del tutorial guíe a los investigadores con experiencia computacional de nivel básico o superior a través de los pasos necesarios para la instalación y el uso de esta tubería y su aplicación para analizar los datos obtenidos de las bibliotecas de secuenciación de ARN quimérico. Los.......
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Agradecemos a los miembros del laboratorio Meffert por sus útiles discusiones, incluidos BH Powell y WT Mills IV, por sus comentarios críticos sobre la descripción de la instalación e implementación del gasoducto. Este trabajo fue apoyado por un premio de la Fundación Braude, el Programa de Lanzamiento del Fondo de Investigación de Células Madre de Maryland, el premio Blaustein Endowment for Pain Research and Education, y el RO1NS103974 del NINDS y el RO1MH129292 del NIMH a M.K.M.
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Genomas | UCSC Genome browser | N/A https://genome.ucsc.edu/ | o https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/genome/ |
| Linux | Linux | Ubuntu 20.04 o 22.04 LTS recomendado | |
| Mac | Apple | Mac OS (>11) | |
| Configuración de la plataforma | GitHub | N/A | https://github.com/Meffert-Lab/SCRAP/blob/main/PLATFORM-SETUP.md] |
| Pipeline de SCRAP | GitHub | N/A | https://github.com/Meffert-Lab/SCRAP |
| shell de Unix | operativo Unix | bash >=5.0 | |
| Shell de Unix | Sistema operativo Unix | zsh (recomendado 5.9) | |
| Windows | Windows WSL Ubuntu 20.04 o 22.04 LTS |
Referencias
- Morris, K. V., Mattick, J. S. The rise of regulatory RNA. Nature Reviews Genetics. 15 (6), 423-437 (2014).
- Li, X., Jin, D. S., Eadara, S., Caterina, M. J., Meffert, M. K. Regulation by noncoding RNAs of local translation, injury resp....
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Reimpresiones y permisos
