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Research Article
Xinyuan Zhang1, Alireza Saberigarakani1, Milad Almasian1, Sohail Hassan1, Manasa Nekkanti1, Yichen Ding1,2,3
1Department of Bioengineering,The University of Texas at Dallas, 2Center for Imaging and Surgical Innovation,The University of Texas at Dallas, 3Hamon Center for Regenerative Science and Medicine,UT Southwestern Medical Center
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este protocolo utiliza imágenes de láminas de luz para investigar la función contráctil cardíaca en larvas de pez cebra y obtener información sobre la mecánica cardíaca a través del seguimiento celular y el análisis interactivo.
El pez cebra es un organismo modelo intrigante conocido por su notable capacidad de regeneración cardíaca. El estudio de la contracción del corazón in vivo es esencial para obtener información sobre los cambios estructurales y funcionales en respuesta a las lesiones. Sin embargo, la obtención de imágenes de alta resolución y alta velocidad en 4 dimensiones (4D, 3D espacial + 1D temporal) del corazón del pez cebra para evaluar la arquitectura cardíaca y la contractilidad sigue siendo un desafío. En este contexto, se utiliza un microscopio de lámina de luz (LSM) interno y un análisis computacional personalizado para superar estas limitaciones técnicas. Esta estrategia, que implica la construcción del sistema LSM, la sincronización retrospectiva, el seguimiento de una sola célula y el análisis dirigido por el usuario, permite investigar la microestructura y la función contráctil en todo el corazón a la resolución de una sola célula en las larvas de pez cebra transgénicas Tg (myl7: nucGFP ). Además, somos capaces de incorporar aún más la microinyección de compuestos de moléculas pequeñas para inducir lesiones cardíacas de forma precisa y controlada. En general, este marco permite rastrear los cambios fisiológicos y fisiopatológicos, así como la mecánica regional a nivel de una sola célula durante la morfogénesis y la regeneración cardíacas.
El pez cebra (Danio rerio) es un organismo modelo ampliamente utilizado para estudiar el desarrollo, la fisiología y la reparación cardíaca debido a su transparencia óptica, trazabilidad genética y capacidad regenerativa 1,2,3,4. En el caso del infarto de miocardio, si bien los cambios estructurales y funcionales impactan la eyección cardíaca y la hemodinámica, las limitaciones técnicas continúan dificultando la capacidad de investigar el proceso dinámico durante la regeneración cardíaca con la alta resolución espacio-temporal. Por ejemplo, los métodos convencionales de imagen, como la microscopía confocal, tienen limitaciones en cuanto a la profundidad de la imagen, la resolución temporal o la fototoxicidad para capturar los cambios dinámicos y evaluar la función contráctil cardíaca durante múltiples ciclos cardíacos5.
La microscopía de lámina de luz representa un método de imagen de última generación que aborda con éxito estos problemas al barrer rápidamente el láser a través del ventrículo y la aurícula del corazón, logrando imágenes detalladas con una resolución espacio-temporal mejorada y efectos foto-blanqueadores y fototóxicos insignificantes 6,7,8,9,10,11.
Este protocolo introduce una estrategia integral de imágenes que incluye la construcción del sistema LSM, la reconstrucción de imágenes 4D, el seguimiento celular en 3D y el análisis interactivo para capturar y analizar la dinámica de los cardiomiocitos en todo el corazón durante múltiples ciclos cardíacos12. El sistema de imágenes personalizado y la metodología computacional permiten rastrear la microestructura miocárdica y la función contráctil a nivel de una sola célula en larvas transgénicas de pez cebra Tg(myl7:nucGFP). Además, se administraron compuestos de moléculas pequeñas en los embriones mediante microinyecciones para evaluar la lesión cardíaca inducida por fármacos y la posterior regeneración. Esta estrategia holística proporciona un punto de entrada para investigar in vivo las propiedades estructurales, funcionales y mecánicas del miocardio a nivel de una sola célula durante el desarrollo y la regeneración cardíaca.
La aprobación de este estudio fue otorgada por el Comité Institucional de Cuidado y Uso de Animales (IACUC) de la Universidad de Texas en Dallas, bajo el número de protocolo #20-07. Para el presente estudio se utilizaron larvas transgénicas de pez cebra Tg(myl7:nucGFP) 12. Toda la adquisición de datos y el post-procesamiento de imágenes se llevaron a cabo utilizando software de código abierto o plataformas con licencias de investigación o educativas. Los recursos están disponibles a través de los autores previa solicitud razonable.
1. Cría de pez cebra y microinyección de embriones
Duración: 2 días
2. Preparación y montaje de embriones/larvas de pez cebra
Duración: 7 días
3. Configuración y configuración del sistema de imágenes de hoja de luz
Tiempo: 3-14 días
4. Preparación de imágenes de pez cebra y recopilación de datos
Duración: 1 día
5. Reconstrucción de imágenes 4D con cálculo paralelo
Duración: 1 día
NOTA: El algoritmo de reconstrucción 4D desarrollado por nuestro grupo y los datos de muestra son de acceso público21. Este método permite reconstruir la imagen del corazón 4D a partir de las secuencias de imágenes recogidas en los pasos anteriores (Tabla 1).
6. 3D segmentación celular y seguimiento celular
Duración: 1 día
7. Análisis de la contractilidad cardíaca en la modalidad de realidad virtual
Duración: 1 día
El protocolo actual consta de tres pasos principales: preparación y microinyección del pez cebra, obtención de imágenes de lámina de luz y reconstrucción de imágenes 4D, y seguimiento celular e interacción de realidad virtual. Se permitió que los peces cebra adultos se aparearan, se recolectaron los huevos fertilizados y se realizó la microinyección según fuera necesario para los experimentos propuestos (Figura 1). Este paso proporciona un punto de entrada para explorar las aplicaciones del pez cebra en la investigación del desarrollo y la regeneración cardíaca, y también desempeña un papel crucial en las imágenes y análisis posteriores. Se obtuvieron imágenes del corazón en contracción en diferentes etapas (de 3 dpf a 7 dpf) utilizando el sistema LSM personalizado y alineó las secuencias de imágenes a lo largo del eje z para reconstruir el modelo de corazón de pez cebra 4D (Figura 2 y Figura 3). Estos modelos proporcionan una base para caracterizaciones fenotípicas profundas y son fundamentales para revelar la dinámica de la morfología y la función cardíacas a lo largo de las líneas de tiempo del desarrollo. Se realizó un seguimiento de las células individuales del corazón del pez cebra y se cuantificó su movimiento e interacción utilizando la plataforma de realidad virtual personalizada. También se compararon los cambios en la velocidad y la distancia relativa de las células seleccionadas durante un ciclo cardíaco en la aurícula y el ventrículo para evaluar la contractilidad regional e investigar la tensión local (Figura 4). La cepa regional se determinó a partir de la variación en el desplazamiento entre dos células miocárdicas adyacentes en la región de interés. El acortamiento fraccional (FS) y la fracción de eyección (FE) se estimaron utilizando metodologías descritas en la literatura publicada25. Las ecuaciones para el servicio fijo y el EF son las siguientes:


donde Dd y Ds son los diámetros de los ventrículos (eje corto, medidos por las distancias entre las diferentes células ventriculares) en las etapas diastólica y telesistólica, respectivamente, y Vd y V s son los volúmenes ventriculares (calculados por losdiámetros de los ejes largo y corto del ventrículo) en las etapas diastólica final y telesistólica, respectivamente.
En conjunto, estos resultados muestran una nueva estrategia que integra tanto la fisiología como la ingeniería para facilitar la obtención de imágenes volumétricas y la interpretación de datos en modelos de pez cebra, lo que es muy prometedor para avanzar en la exploración de la morfogénesis y la mecánica cardíacas.

Figura 1: Recolección de huevos de pez cebra y proceso de microinyección. El proceso consiste en aparearse con peces cebra adultos, recolectar huevos fertilizados y realizar la microinyección opcional. Durante la microinyección, la pipeta de vidrio preextraída se carga con los materiales deseados. Los óvulos fertilizados se alinean en filas rectas dentro de las ranuras del molde de agarosa y se colocan perpendicularmente a la aguja. La microinyección se lleva a cabo bajo observación microscópica constante tanto de los huevos como de la punta de la aguja. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Proceso de obtención de imágenes con láminas de luz y reconstrucción de imágenes en 4D. (A) Esquema de la estructura interna del sistema de imágenes de láminas de luz. CL: lente cilíndrica. EO: objetivo de excitación. DO: objetivo de detección. TL: lente de tubo. FL: filtro. CAM: cámara sCMOS. (B) Esquema de un pez cebra montado en el tubo FEP e incrustado por agarosa. (C) Secuencia de imágenes 2D sin procesar capturada de una larva de pez cebra de 4 dpf. El reloj en la parte superior izquierda de cada fotograma indica la fase cardíaca a partir del final de la sístole. (D) Ilustración de la sincronización retrospectiva para el registro de imágenes de pez cebra 4D. La secuencia de imágenes indica una grabación continua a una cierta profundidad a lo largo del eje z. Cada fotograma de la secuencia de imágenes está representado por un punto rojo, y las fases inicial y final desde el final de la diástole hasta el final de la sístole se resaltan en el cuadro amarillo. (E) Modelos cardíacos reconstruidos en 4D a partir de las secuencias de imágenes en 2D. Dpf: días después de la fecundación. Esta figura es una adaptación de Zhang et al.12. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Panel de control de LabVIEW. (A) Los ajustes utilizados en el panel de control abarcan la configuración del láser, la cámara, la ruta de la imagen y el patrón del motor. (B) Un ejemplo de una imagen cruda del corazón de un pez cebra capturada por el programa LabVIEW. Barra de escala: 30 μm. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: El seguimiento celular y la interacción de realidad virtual ayudan a revelar la contractilidad cardíaca del pez cebra. (A) Células rastreadas del corazón de pez cebra Tg (myl7: nucGFP) a 3 dpf. (B) La plataforma de realidad virtual proporciona a los usuarios una visualización inmersiva y una experiencia interactiva de un modelo de corazón de pez cebra en 4D, lo que permite visualizar la función cardíaca a lo largo del tiempo a través de un análisis definido por el usuario. (C) Después de recolectar mediciones de la plataforma VR, se compararon los cambios de velocidad y distancia relativa durante un ciclo cardíaco entre células seleccionadas a 3 dpf y 7 dpf. Las dos primeras figuras presentan los cambios de velocidad promedio en cinco células ventriculares y cinco células auriculares, y las otras ilustran los cambios de distancia relativa entre tres grupos de células, es decir, dos células ventriculares, una célula ventricular y una célula auricular, y dos células auriculares. (D) Evaluaciones de la función cardíaca de corazones de pez cebra de 3 dpf y 7 dpf. Se rastrearon un total de 370 células en corazones de pez cebra a 3 dpf, y 580 células se rastrearon a 7 dpf. Esta figura es una adaptación de Zhang et al.12. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
| NOMBRE | USO | IDENTIFICADOR |
| Programas y algoritmos personalizados | ||
| PSF.m | Calcular PSF a partir de los resultados de las mediciones de FWHM de las perlas de fluorescencia. | Programa de MATLAB |
| 4D Imaging.vi de pez cebra | Para controlar y sincronizar el hardware en el sistema LSM. | Programa LabVIEW |
| test_Parallel.m, etc. | Reconstruir imágenes 4D a partir de secuencias de imágenes 2D. | Programa de MATLAB |
| imageDimConverter.m | Para convertir los datos de imagen en un formato especificado para el seguimiento de celdas. | Programa de MATLAB |
| separateTrackingResults.py | Para publicar los resultados del seguimiento de celdas de proceso para separar celdas con las mismas etiquetas. | Programa Python |
| cellTracking_All.py | Para seleccionar celdas con una intensidad de imagen uniforme en todos los volúmenes. | Programa Python |
| cellLabelsToObj.ipynb | Para generar una malla de superficie para cada celda individual a través de la segmentación 3D. | Programa Python |
| DynamicHeartModel.cs, etc. | Para crear un entorno de realidad virtual e interactuar con objetos. | Programa de C# |
| Diseño de hardware personalizado | ||
| Cámara de muestras impresa en 3D | Para usar con objetivos de inmersión en agua. | Diseño de SolidWorks |
| Portamuestras impreso en 3D | Para adaptarse a la etapa de muestra y mantener la muestra. | Diseño de SolidWorks |
Tabla 1: Tabla de recursos personalizados. Los códigos y datos de muestra se cargan en Zenodo21.
Los autores no tienen ningún conflicto de intereses que revelar.
Este protocolo utiliza imágenes de láminas de luz para investigar la función contráctil cardíaca en larvas de pez cebra y obtener información sobre la mecánica cardíaca a través del seguimiento celular y el análisis interactivo.
Expresamos nuestra gratitud a la Dra. Caroline Burns del Boston Children's Hospital por compartir generosamente el pez cebra transgénico. Agradecemos a la Sra. Elizabeth Ibáñez por su ayuda en la cría del pez cebra en UT Dallas. También agradecemos todos los comentarios constructivos proporcionados por los miembros de la incubadora D en UT Dallas. Este trabajo fue apoyado por NIH R00HL148493 (Y.D.), R01HL162635 (Y.D.) y el programa UT Dallas STARS (Y.D.).
| RESOURCE | SOURCE/Reference | IDENTIFIER | |
| Animal models<> | |||
| em>Tg(myl7:nucGFP) Laboratorio transgénico de pez cebra | Burns en el Hospital Infantil de Boston | ZDB-TGCONSTRCT-070117-49 | |
| Software y | algoritmos | ||
| MATLAB | The MathWorks Inc. | R2023a | |
| LabVIEW | Corporación Nacional de Instrumentos | 2017 SP1 | |
| HCImage Live | Hamamatsu Photonics | 4.6.1.2 | |
| Python | The Python Software Foundation | 3.9.0 | |
| Fiji-ImageJ | Schneider et al.18 | 1.54f | |
| 3DeeCellTracker | Chentao Wen et al.15 | v0.5.2 | |
| Unidad | Unity Software Inc. | 2020.3.2f1 | |
| Amira | Thermo Fisher Scientific | 2021.2 | |
| Rebanadora 3D | Andriy Fedorov et al.17 | 5.2.1 | |
| ITK SNAP | Paul A Yushkevich et al.16 | 4 | |
| Light-sheet system | |||
| Lente cilíndrica | Thorlabs | ACY254-050-A | |
| 4X Objetivo de iluminación | Nikon | MRH00045 | |
| 20X Objetivo de detección | Cámara Olympus | 1-U2M585 | |
| sCMOS | Hamamatsu | C13440-20CU | |
| Etapa XYZ motorizada | Thorlabs | PT3/M-Z8 | |
| Platina de inclinación de dos ejes | Thorlabs | GN2/M | |
| Motor paso a paso de rotación | Pololu | 1474 | |
| Perlas fluorescentes | Spherotech | FP-0556-2 | |
| 473nm DPSS Laser | Laserglow | R471003GX | |
| 532nm DPSS laser | Laserglow | R531003FX | |
| Microinyector y bomba de vacío | |||
| Microinyector | WPI | PV850 | |
| Bomba de vacío | Welch | 2522B-01 | |
| Pipetas de vidrio preestiradas | WPI | TIP10LT | |
| Punta capilar para carga de gel | Bio-Rad | 2239912 | |
| Auriculares de realidad virtual hardware | |||
| VR | Meta | Quest 2 | |
| 30mg/L PTU solution | |||
| PTU | Sigma-Aldrich | P7629 | |
| 1X E3 solución | de trabajo- | -< | |
| fuerte>1% Agarosa | - | - | |
| Agarosa de bajo punto de fusión | Thermo Fisher | 16520050 | |
| Agua desionizada | - | - | |
| Tricaine | Syndel | SYNC-M-GR-US02 | |
| Agua desionizada | - | - | |
| Bicarbonato de sodio | Sigma-Aldrich | S6014 | |
| 10g/L Solución madre de tricaína | - | - | |
| Desionizada agua | - | - | |
| sodio | Centro de Recursos para Animales de Laboratorio (LARC), Universidad de Texas en Dallas | ||
| Cloruro | depotasio-KCL | ||
| Cloruro de calcio dihidratado-CaCL | < | sub>2 x 2H2O | |
| Sulfato de magnesio Heptahidratado-MgSO | <sub>4 x 7H2O | ||
| Agua | de RO- | - | |
| 60X E3 | solución madre Centro de Recursos para Animales de Laboratorio (LARC), Universidad de Texas en Dallas | - | |
| Agua de ósmosis inversa | : | 1% de azul de | |
| metileno (opcional) y nbsp; | - | C16H18ClN3S |