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Artículo de método
Aquí, proporcionamos una metodología que utiliza diferentes representaciones moleculares para mostrar y analizar el espacio químico de los conjuntos de datos de compuestos naturales, con un enfoque en aplicaciones relacionadas con el descubrimiento de fármacos.
El espacio químico es un espacio descriptor multidimensional que encierra todas las moléculas posibles, y se cree que al menos 1 x 1060 sustancias orgánicas con un peso molecular inferior a 500 Da son potencialmente relevantes para el descubrimiento de fármacos. Los productos naturales han sido la fuente principal de las nuevas entidades farmacológicas comercializadas durante los últimos cuarenta años y siguen siendo una de las fuentes más productivas para la creación de medicamentos innovadores. Las herramientas computacionales basadas en quimioinformática aceleran el proceso de desarrollo de fármacos para productos naturales. Se han utilizado métodos que incluyen la estimación de bioactividades, perfiles de seguridad, ADME y medición de semejanza de productos naturales. Aquí, repasamos los desarrollos recientes en herramientas quimioinformáticas diseñadas para visualizar, caracterizar y expandir el espacio químico de conjuntos de datos de compuestos naturales utilizando varias representaciones moleculares, crear representaciones visuales de dichos espacios e investigar las relaciones estructura-propiedad dentro de los espacios químicos. Con énfasis en las aplicaciones de descubrimiento de fármacos, evaluamos las bases de datos de código abierto BIOFACQUIM y PeruNPDB como prueba de concepto.
Los productos naturales (NP), que son compuestos químicos creados por los seres vivos, se han utilizado como tratamientos tradicionales durante siglos. Las NP individuales se han creado como medicamentos en la era moderna y se han explotado con éxito como compuestos principales en el descubrimiento de fármacos. Las sustancias marinas, fúngicas, bacterianas, vegetales y endógenas creadas por humanos y animales se incluyen en la categoría de compuestos bioactivos, al igual que los venenos y venenos producidos por diversos animales2. Como resultado, durante cuarenta años, el número de medic....
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1. Descarga e instalación del software
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Propiedades moleculares y visualización del espacio químico
Todos los compuestos en los conjuntos de datos BIOFACQUIM10, PeruNPDB11 y FDA13 tenían seis propiedades fisicoquímicas calculadas para ellos. Estas cualidades se trazaron en diagramas de violín, lo que permite ver cómo se distribuyen las propiedades de los tres conjuntos de datos estudiados (Figura 1). Los perfiles de distribución de los seis.......
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Debido a sus muchos usos potenciales, como la clasificación de compuestos, la selección de compuestos, la exploración de los vínculos estructura-actividad y la navegación a través de las interacciones estructura-propiedad, el concepto de espacio químico se emplea hoy en día ampliamente en el proceso de descubrimiento y desarrollo defármacos 14. Además, la creación de bases de datos de NP es un procedimiento fundamental para realizar diversos estudios computacional.......
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Los autores declaran que no tienen ningún conflicto de intereses.
HLBC y MACH agradecen el financiamiento de la Universidad Católica de Santa María (subvenciones 27499-R-2020, 27574-R-2020, 7309-CU-2020 y 28048-R-2021). JLMF agradece el financiamiento de la DGAPA, UNAM, Programa de Apoyo a Proyectos de Investigación e Innovación Tecnológica (PAPIIT), subvención No. IN201321.
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| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| GraphPad Prism | Plataforma GraphPad Prism | https://www.graphpad.com/ | |
| KNIME | https://www.knime.com | ||
| software Osiris DataWarrior (OSIRIS) | openmolecules.org https://openmolecules.org/datawarrior/ | ||
| PUMA | PUMA: Plataforma para el análisis molecular unificado | http://132.248.103.152:3838/PUMA/ |
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