En este trabajo se presenta un método novedoso y eficiente para certificar órganos primarios implicados en la síntesis de metabolitos secundarios. Como el metabolito secundario más importante en Parispolyphylla var. yunnanensis (Franch.) Mano. -Mzt. (PPY), la saponina de París (PS) tiene una variedad de actividades farmacológicas y la PPY tiene una demanda creciente. Este estudio estableció cuatro tratamientos de alimentación y no alimentación con hoja, rizoma y tallo vascular 13C6-Glucosa para certificar con precisión los órganos primarios involucrados en la síntesis de saponinas de París VII (PS VII). Mediante la combinación de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS), se calcularon de forma rápida y precisa las proporciones 13C/12C de hoja, rizoma, tallo y raíz en diferentes tratamientos, y se encontraron cuatro tipos de proporciones de picos de iones isotópicos (M-) de PS: (M+1) −/M−, (M+2) −/M−, (M+3) −/M− y (M+4) −/M−. Los resultados mostraron que la relación de 13C/12C en los rizomas de los tratamientos de alimentación con tallo-haz vascular y rizoma fue significativamente mayor que en el tratamiento sin alimentación. En comparación con el tratamiento sin alimentación, la proporción de moléculas de PS VII (M+2) −/M− en las hojas aumentó significativamente bajo los tratamientos de alimentación con hojas y haces vasculares del tallo. Simultáneamente, en comparación con el tratamiento sin alimentación, la proporción de moléculas de PS VII (M+2) −/M− en las hojas bajo tratamiento con rizoma no mostró diferencias significativas. Además, la proporción de moléculas de PS VII (M+2) −/M− en el tallo, la raíz y el rizoma no mostró diferencias entre los cuatro tratamientos. En comparación con el tratamiento sin alimentación, la proporción de la molécula de saponina Paris II (PS II) (M+2) −/M− en las hojas bajo el tratamiento de alimentación foliar no mostró diferencias significativas, y la relación (M+3) −/M− de las moléculas de PS II en las hojas bajo el tratamiento de alimentación foliar fue menor. Los datos confirmaron que el órgano principal para la síntesis de PS VII son las hojas. Sienta las bases para la futura identificación de los órganos primarios y las vías implicadas en la síntesis de metabolitos secundarios en las plantas medicinales.