Los estudios se llevaron a cabo en ratones transgénicos machos y hembras de 3-6 meses de edad Thy1-GCaMP6f23. Todos los protocolos experimentales fueron aprobados por el Comité Institucional de Cuidado y Uso de Animales del Campus Médico Anschutz de la Universidad de Colorado de acuerdo con las pautas de los Institutos Nacionales de Salud. Los procedimientos quirúrgicos para el implante de lentes GRIN (Sección 1) y la colocación de la placa base (Sección 2) se adaptaron de trabajos previos 9,24,25,26,27,28,29.
1. Cirugía estereotáxica para implantar una lente GRIN implante en el hipocampo
- Use guantes estériles, una cubierta para la cabeza, una mascarilla quirúrgica y una bata de laboratorio.
- Use condiciones estériles durante todas las cirugías de supervivencia. Esterilizar todo el equipo quirúrgico en autoclave.
- Coloque paños estériles alrededor del área quirúrgica.
- Anestesiar al ratón colocándolo en la cámara de inducción con isoflurano al 3% durante 10 min. Inyectar Buprenorfina Base en Polímero a 0,001 mg/g por vía subcutánea en el momento de la inducción anestésica.
- Compruebe si el ratón deja de moverse y está bajo anestesia profunda, confirmada pellizcando la pata trasera para probar el reflejo de la pata trasera.
- Cambiar el flujo de isoflurano al cono de la nariz (Ficha Suplementaria 1).
- Asegúrese de que el sistema de anestesia de isoflurano de bajo flujo para ratones (Tabla de materiales) tenga la almohadilla de temperatura configurada en configuraciones homeotérmicas y asegúrese de que la fuente de vapor esté configurada para comprimir externamente.
- Colocar el ratón anestesiado en el instrumento estereotáxico digital (Tabla de Materiales). Coloque los dientes frontales del ratón en la barra de mordida y coloque el cono de la nariz delante de la nariz para asegurar el flujo de isoflurano y bloquear la cabeza en su lugar. Ajuste el nivel de anestesia entre 2% y 3% según el reflejo de la pata después de pellizcar (Figura 2A).
- Coloque las barras de ratón en las orejas y apriételas. Asegúrese de que la cabeza del mouse esté horizontal y no se mueva de lado a lado o de arriba a abajo. Cuando la cabeza esté asegurada, asegúrese de que presionar ligeramente hacia abajo sobre el cráneo no haga que el cráneo se deslice por debajo de las barras de la cabeza.
- Coloque la sonda de temperatura en el recto y pegue el cable en la cola del mouse para evitar movimientos. Ajuste la temperatura de la almohadilla para mantener la temperatura rectal a 37 °C.
- Agregue ungüento oftálmico a los ojos para evitar que el aire se seque al aire de manera dañina.
- Afeitar el pelo cuando la cabeza esté fija y bajo el flujo de isoflurano proporcionado por el cono de la nariz para evitar el movimiento. Afeita el vello por encima de la cabeza con una afeitadora eléctrica, luego limpia los pelos restantes con un removedor de vello y aplicadores estériles de madera con punta de algodón (Figura 2B).
- Haga que el campo quirúrgico sea estéril frotando el cuero cabelludo con un aplicador de madera estéril con punta de algodón con etanol y betadine tres veces cada uno.
- Inyecte 0,1 mL del anestésico local lidocaína por vía subcutánea (S.Q.) debajo de la piel entre los ojos y los oídos con una aguja de 29 G. Esto hará una burbuja. Espere unos minutos antes de cortar la piel con unas tijeras.
- Usando una técnica de solo puntas, jale la piel hacia arriba con cuidado con pinzas y use un par de tijeras pequeñas para quitar una parte circular de la piel. Absorba la sangre con un hisopo de algodón estéril.
- Una vez que se detenga el sangrado, limpie el cráneo con peróxido de hidrógeno (5%) con un hisopo de algodón estéril. Asegúrese de que los puntos de referencia óseos, incluida la sutura sagital y la intersección de la sutura bregmática para marcar el bregma, sean fáciles de identificar después de este procedimiento.
- Confirme que el cráneo es plano en relación con el aparato estereotáxico asegurándose de que las suturas de bregma y lambda estén exactamente en la misma coordenada Z. Realice esto colocando una aguja en el brazo del manipulador y verificando si la punta de una aguja está en la misma coordenada Z al tocar ambas suturas. De lo contrario, ajuste el ángulo de la cabeza moviendo la barra de mordida en la placa Z y repitiendo el procedimiento hasta que la habilidad esté en una posición plana.
- Conecte una pipeta al micromanipulador que sostiene una aguja para aplicar la tinta del tatuaje. Haz una marca en la parte superior del bregma.
- Ponga a cero las coordenadas del micromanipulador en el bregma y muévase a la coordenada superior a CA1 en el hipocampo derecho (medio-lateral +1,8 mm desde el bregma, antero-posterior -2,4 mm desde el bregma)2. Esta es la ubicación elegida por Radvansky y Dombeck para estudiar la navegación virtual del gradiente de olor en ratones18,30. Taladre con cuidado una pequeña abolladura permanente de 1 mm de diámetro con un taladro (Tabla de materiales) a 10000 rotaciones para hacer una abolladura permanente en la parte superior de la ubicación objetivo (Figura 2C).
- Utilice el taladro dental para abrir una perforación circular de 1,5 mm de diámetro para permitir la implantación de una lente GRIN de 1 mm de diámetro y 4 mm de longitud en el cerebro (Tabla de materiales) (Figura 2D).
- Perfore la duramadre y la corteza insertando una aguja de 23 g en el centro del orificio y moviendo la aguja hacia el cerebro lentamente (~0,1 mm/min) hasta que alcance una profundidad de 1,25 mm por debajo de la duramadre. Retire la aguja lentamente del cerebro (~0,1 mm/min). Use hisopos de algodón estériles y solución salina para limpiar la sangre.
- Utilice un soporte de lentes GRIN de UCLA hecho a medida construido con dos puntas de micropipeta de 1 ml cortadas para encajar entre sí (soporte de lentes GRIN, Tabla de materiales) (Figura 2E, F).
- Conecte el soporte de la lente GRIN al micromanipulador y encienda el aspirador conectado a la pipeta para sujetar la lente GRIN. La presión del aire producida por la succión de aire mantiene la lente GRIN en su lugar.
- Utilice una lente GRIN de 4 mm de longitud y 1 mm de diámetro. Implante la lente GRIN lentamente en la corteza hasta que alcance una profundidad de -1,25 mm por debajo de la duramadre.
- Coloque una gota de adhesivo de tejido líquido (Tabla de materiales) en la perforación circular del cráneo para sellar el orificio. Espere unos minutos para que se seque.
- Preparar cemento adhesivo rápido -resina de metacrilato biocompatible- (Tabla de Materiales) sobre la base de la lente GRIN para sellarla permanentemente en el cráneo. Espera unos minutos y déjalo secar.
- Apague el aspirador para soltar y retire lentamente el soporte de la lente GRIN de la parte superior de la lente GRIN que en este punto está permanentemente unido al cráneo.
- Coloque la barra de la cabeza en la parte superior del cráneo, centrando el orificio en la lente GRIN (Figura 2G-I) (Archivo Suplementario 2 y Archivo Suplementario 3).
- Coloque con cuidado cemento adhesivo de secado rápido (Tabla de Materiales) alrededor de la base de la lente GRIN para sellar la ventana craneal y fijar la barra de la cabeza al cráneo. Coloque cemento adhesivo de secado (Tabla de Materiales) en el centro de la barra de cabeza y en los lados para mantenerlo firmemente sujeto al cráneo. Asegúrate de que esté completamente seco. Asegúrese de que no se coloque cemento adhesivo encima de la lente GRIN; de lo contrario, degradará permanentemente la ruta óptica y bloqueará la imagen.
- Coloque una gota de adhesivo de silicona de baja toxicidad (Tabla de materiales) encima de la lente GRIN para protegerla de daños físicos.
- Apague el isoflurano
- Realizar un seguimiento inmediato de los cuidados postoperatorios hasta que el animal despierte de la anestesia.
- Tome cuidados postoperatorios hasta la recuperación completa de la cirugía monitoreando a los ratones para detectar signos de dolor. No devuelva el animal que ha sido sometido a una cirugía en compañía de otros animales.
- Observe brevemente el movimiento alrededor de la jaula, comiendo y bebiendo, y las reacciones normales a la manipulación para asegurarse de que no estén bajo dolor o estrés.
- Si los animales muestran signos de daño neurológico o tisular grave, eutanasia humanitaria de inmediato.
2. Colocación de la placa base para el miniscopio
NOTA: Los procedimientos para fijar la cabeza del ratón comienzan 2 semanas después de que el animal se recupera completamente de la cirugía. El procedimiento para obtener imágenes de dCA1 comienza 3 semanas después de la cirugía, una vez que el animal se recupera por completo y la señal de GCaMP6f se vuelve muy visible. Se fija una placa base en la parte superior de la lente GRIN para el acceso óptico de la fluorescencia dCA1 GCaMP6f a través de la lente GRIN mediante un miniscopio. Este protocolo utilizó el miniscopio versión 4 -V4 (Miniscope V4; Tabla de Materiales).
- Comience a fijar la cabeza del mouse durante 10 minutos asegurando la barra de la cabeza con pinzas de pellizco para aclimatar el mouse a la fijación de la cabeza 2 semanas después de la cirugía.
- Fije la cabeza del ratón 3 semanas después de la cirugía para la colocación de la placa base.
- Conecte un miniscopio a un soporte impreso en 3D conectado a un micromanipulador (Tabla de materiales) conectado a un micromanipulador (Figura 3A, B).
- Retire con cuidado el adhesivo de silicona (Tabla de materiales) de la parte superior de la lente con pinzas finas y limpie la superficie de la lente GRIN con una toallita para lentes.
- Asegure la placa base conectada al miniscopio apretando el tornillo de fijación en el costado de la placa base (Tabla de materiales) (Figura 3C, D).
- Mueva el extremo del miniscopio hasta alcanzar 100 μm por encima de la lente GRIN.
- Utilice los controles deslizantes para configurar los ajustes del miniscopio en el software del miniscopio (Tabla de materiales) siguiendo los pasos 2.8 a 2.10.
- Haga clic en el control deslizante de energía en el software para controlar la potencia y mantenerla alrededor del 10%.
- Haga clic en el control deslizante Tasa de adquisición y manténgalo alrededor de 10 Hz.
- El miniscopio v4 tiene una lente electrohumectante que se puede utilizar para un enfoque fino. Haga clic en el control deslizante de enfoque para establecerlo al 50% para mantener la lente electrohumectante en el medio del rango focal.
- Utilice el software para ver la parte superior de la lente GRIN. Es posible ver la forma circular de la lente GRIN en la pantalla.
- Acerque el miniscopio a la lente GRIN ajustando la posición axial con el micromanipulador y controle la imagen con el ordenador.
- Una vez que la parte superior de la lente GRIN sea visible, use el enfoque fino hacia arriba y hacia abajo en el micromanipulador para alcanzar el mejor plano focal para visualizar los destellos celulares. Utilice la configuración pseudo δF/F0 en el software para verificar la calidad de los parpadeos de celdas.
- Ajuste el enfoque para permitir el número máximo de células en el campo de visión con la mayor intensidad de fluorescencia posible. En este punto, asegúrese de que los vasos sanguíneos estén enfocados.
- Puede suceder que un ratón no tenga señales transitorias de calcio -destellos. En este caso, evite los siguientes pasos (14-16) y vuelva a verificar el ratón en las próximas semanas para comprobar si se producen las señales transitorias de calcio.
NOTA: Se puede tomar la decisión de sacrificar al ratón si las señales transitorias de calcio nunca ocurren 2 meses después de la cirugía.
- Una vez que se optimice el enfoque, construya con cuidado una pared de cemento adhesivo rápido entre el cráneo y la parte inferior de la placa base. Tenga cuidado de no cementar el miniscopio en la placa base y tenga mucho cuidado de que no caiga cemento en la parte superior de la lente GRIN.
- Una vez que el cemento esté seco, retire el tornillo de fijación y retire con cuidado el miniscopio de la placa base con el micromanipulador.
- Utilice la cubierta de la placa base para proteger la lente GRIN.
3. Construcción de la arena de olores
NOTA: Este método delinea un campo de olores automatizado basado en el diseño de Connor et al.13 y Gumaste et al.14. El montaje completo se puede encontrar en el enlace proporcionado en la Tabla de Materiales (Archivo Complementario 4).
- Construya una cámara con dimensiones de 50 cm (largo) x 50 cm (ancho) x 25 cm (alto) con 2 paredes acrílicas, un techo acrílico, un piso de cloruro de polivinilo expandido (PVC) blanco y 2 paredes únicas en la parte delantera y trasera que faciliten el flujo de aire (Figura 4A).
- Instale un extremo de succión de aire en la parte trasera de la arena con un diseño cónico y un ventilador de computadora conectado para extraer el aire de la cámara. Use una perilla física para configurar la modulación de ancho de pulso (PWM) del ventilador para regular la tasa de flujo de aire.
NOTA: Una estructura de panal impresa en 3D comprende paredes para la parte delantera y trasera de la arena de olor para facilitar el flujo laminar de aire mientras se retiene un mouse dentro de10. La pared de nido de abeja en la parte delantera de la arena tiene un destello externo para recibir grandes volúmenes de aire de manera no disruptiva.
- Configure un sistema de suministro de agua para entregar agua de recompensa a través de artilugios simples que tengan un motor paso a paso Nema 17 acoplado a una jeringa. Un controlador de micropasos A4988 permite un control preciso del volumen dispensado (https://github.com/dougollerenshaw/syringe_pump, Figura 4B).
- Configure el extremo de entrada de aire con 4 conjuntos de fuentes de olor emparejadas con boquillas de suministro de agua, con cada conjunto colocado a 10 cm de distancia a lo largo del eje x para definir los "carriles" a lo largo de los cuales navegará un animal para obtener una recompensa de agua (Figura 4C, D).
- Instale un sistema de suministro de olores administrado por válvulas solenoides conectadas a tubos y botellas de odorante (Figura 4D).
NOTA: Las válvulas se alimentan mediante un tablero de relés en una disposición que garantiza que el aire limpio o el aire odorizado fluyan en todo momento, y que un solo carril o cero carriles puedan recibir aire odorizado en un momento dado. Un conjunto de cinco electroválvulas de 12 V se gestiona mediante una placa de relés que contiene 4 relés. Cuando los 4 relés están en 'apagado', la válvula de aire limpio está abierta de forma predeterminada. Cuando se abre una sola válvula de olor, la válvula de aire limpio se cierra automáticamente. El estado de la placa de relés se gestiona mediante salidas digitales del controlador arduino primario. Una bomba de aire para acuarios de consumo suministra aire que está restringido a 20 mL/min mediante un regulador de flujo de aire manual. Utilizando una serie de tubos y divisores de diámetro interno de 1/16 de pulgada, la línea de suministro suministra aire limpio a cada una de las válvulas solenoides. Las válvulas de retención antes y después del odorante garantizan la dirección del flujo de aire. La línea de aire limpio se fusiona con las líneas de odorantes antes de ingresar a la arena para garantizar que el aire odorizado se purgue cuando las líneas de olor están cerradas.
- Instale una cámara digital rápida sobre la arena para monitorear el comportamiento de los animales (Tabla de Materiales).
NOTA: El comportamiento de los animales se monitorea a 60 Hz utilizando una sola cámara digital rápida montada sobre la arena (Tabla de Materiales). Se montó un objetivo de la serie C de 3,5 mm de longitud focal fija a través de un adaptador de montura C/CS, capaz de capturar todo el campo (objetivo focal, tabla de materiales).
- Utilice un código python personalizado para administrar el hardware de la arena de olor (Tabla de materiales). El software integra la cámara y todo el hardware necesario para la configuración de los parámetros experimentales y la adquisición de datos experimentales (Tabla de Materiales).
- Configure una PC conectada a una placa de desarrollo Teensy 4.0 para proporcionar los medios para la entrega de olor y agua mediada por computadora (Odor Arena Hardware and Software, Table of Materials).
- Configure la cámara digital para exportar una señal de reloj al grabar fotogramas de vídeo. La señal se utiliza para la sincronización post-hoc con el miniscopio mediante una placa de interfaz USB (Tabla de Materiales), que registra las señales de sincronización de ambos sistemas.
NOTA: Durante un experimento, el software de adquisición personalizado también crea un archivo de eventos que contiene los eventos experimentales importantes y el fotograma de la cámara en el que se produjo el evento. También se crea un archivo de marcas de tiempo para identificar cualquier fotograma caído, un evento raro (Odor Arena Software, Tabla de Materiales).
4. Medición de la velocidad del aire de la pluma con un detector de fotoionización (PID) (Figura 5)
NOTA: Este método detecta el curso temporal de la columna de olor a través de un PID que expone el odorante gaseoso a una luz ultravioleta de alta intensidad que ioniza las moléculas odorizantes. La salida del dispositivo detecta moléculas odoríferas en la pluma de olor. Esta técnica permite la estimación de la velocidad del aire en el campo de olores comparando el retardo para detectar la presencia de odorantes que viajan a través de dos lugares utilizando el PID.
- Coloque un PID en miniatura de respuesta rápida a dos distancias diferentes. Un lugar está cerca y otro lejos -10 cm- de la fuente del olor.
- Cambie el interruptor GAIN en el panel frontal del controlador PID a la posición x5.
- Cambie el interruptor PUMP en el panel frontal del controlador PID a la posición Alta.
- Verifique la luz de estado del diodo emisor de luz (LED) que muestra la salida del sensor (voltaje) en el panel frontal del controlador en ausencia de odorantes.
- Cambie el potenciómetro OFFSET para poner a cero la salida de voltaje en ausencia de odorantes.
- Abra la válvula de olor en la arena de olores.
- Mida el retraso en la detección de la columna de olor con el PID en cada ubicación después de abrir la válvula. Este procedimiento se puede realizar fuera de línea registrando simultáneamente la salida del PID y la salida de la válvula registrada por la arena de olor (odor on) con una placa de interfaz (Tabla de materiales).
- Divida la diferencia en los retrasos en cada ubicación por la diferencia en la distancia entre los dos PID para calcular la velocidad del aire de la pluma.
5. Ratón de entrenamiento conductual en el campo del olfato (Figura 6)
NOTA: Esta sección describe una tarea conductual adaptada de Findley et al.4. Al ratón se le restringe el agua el día anterior para motivarlo a buscar una recompensa de agua. El ratón navega la columna de olor (Figura 6B) hacia una boquilla de agua ubicada en la fuente de liberación de olor para obtener un refuerzo de agua (3 gotas de 10 μL administradas a 1 Hz). Durante el período de entrenamiento, el ratón se mantiene bajo la restricción de agua al tener acceso a hasta 2 ml al día. El peso corporal del ratón se controla durante el período de restricción de agua y no debe ser inferior al 85% del peso corporal original. El ratón recibe aproximadamente 1 mL de agua por día durante el entrenamiento en la arena de olores y se complementa con 1 mL adicional de agua por día en la jaula después del entrenamiento. El ratón permanece bajo restricción de agua durante un periodo máximo de 72 h. El software personalizado (Table of Materials) detecta la ubicación del ratón en tiempo real (60 Hz) utilizando una sencilla técnica de sustracción de fondo y localización de blobs. El usuario establece manualmente los límites de los carriles, el límite de inicio (la ubicación de inicio del ratón en la parte trasera de la arena) y el límite del objetivo (cerca de la fuente de olor en la parte delantera). Además, el usuario puede decidir cómo el software utiliza estos límites. Por ejemplo, el usuario puede emitir olores solo cuando el mouse está detrás del límite de la casa. Para que el ratón reciba una recompensa, el usuario puede requerir que permanezca dentro del carril odorizado mientras navega hacia el objetivo (la fuente de olor). Una vez que el ratón cruza el límite objetivo, puede recibir una recompensa. Sin embargo, durante el entrenamiento, cualquiera de estos requisitos se ajusta simplemente editando un archivo 'yaml' diseñado para que se explique por sí mismo y sea fácil de usar.
- Primero, entrene al ratón para comenzar las pruebas moviéndose a la parte trasera de la arena (definida como la parte de la arena que está a 40 cm del lado donde el aire fluye hacia la cámara). Espere hasta que el mouse vaya a la parte trasera de la arena y luego entregue manualmente el olor y el agua en un carril aleatorio. Deja que el ratón encuentre la fuente y beba el agua.
- Repita el procedimiento muchas veces para crear la asociación entre el olor y el agua (Figura 6A, B). Una vez que el ratón aprenda a iniciar las pruebas, utilice el software automatizado para emitir olores.
- Entrene al mouse para realizar la tarea de navegación de olores de dos carriles utilizando el software personalizado automatizado. En esta tarea, elija aleatoriamente uno de los dos puertos de olor para entregar olor y refuerce el mouse con agua cuando llegue a la boquilla de agua donde se entrega el odorante. Este protocolo utilizaba el odorante acetato de isoamilo diluido al 1% en aceite mineral.
NOTA: El ratón completa una sesión de unas 20 pruebas de navegación de la pluma de olor en unos 40 minutos. El ratón realiza una sesión al día. El ratón entrenado logra un porcentaje de navegación correcta por encima de la opción aleatoria al final de la sesión (> un 65% de opciones correctas). El mouse debe alcanzar el criterio de > 65% de opciones correctas en la tarea de navegación de olores de dos carriles después de 3 a 5 sesiones de entrenamiento.
6. Registro de epifluorescencia de un ratón que se mueve libremente en la arena de olor
NOTA: El método describe el registro de la actividad neuronal de las células del estrato piramidal (SP) en la CA1 dorsal mediante la obtención de imágenes del sensor de calcio codificado genéticamente GCaMP6f expresado en ratones Thy19 mediante imágenes de miniscopio de campo amplio durante la tarea de navegación de la pluma de olor de dos picos (Película Suplementaria 1 y Película Suplementaria 2). Una sesión de imagen típica dura 40 minutos, lo que permite al ratón completar aproximadamente 20 pruebas de navegación de olores. Esta técnica graba a un ratón durante varios meses.
- Fije el ratón, coloque el miniscopio en la parte superior de la placa base con el micromanipulador y apriete el tornillo de fijación.
- Ajuste la lente electrohumectante para encontrar el plano focal óptimo con el mayor número de células con la mayor intensidad de fluorescencia.
- Ajuste la potencia del miniscopio para obtener el rango dinámico óptimo con una alta relación señal-ruido sin saturación. Para ello, se obtuvieron imágenes de la CA1 dorsal en ratones Thy1-GCaMP6f con una potencia de miniscopio ajustada en torno al 30% a una tasa de adquisición de 30 Hz.
- Suelta el ratón dentro de la arena de olor con el miniscopio conectado a la placa base.
- Inicie la adquisición con la placa de interfaz para grabar la salida lógica de transistor-transistor (TTL) de la cámara digital ubicada en la parte superior de la arena y la señal TTL del miniscopio para su posterior sincronización entre fotogramas de video de comportamiento y GCaMP6f. La cámara digital graba a 60 Hz y el miniscopio graba a 30 Hz.
- Comience a grabar el miniscopio y las películas de comportamiento y encienda el software automatizado para dos tareas de navegación de olores de la boquilla.
7. Pretratamiento de datos
NOTA: Este método utiliza una canalización de MATLAB para procesar los datos. El código está disponible en GitHub (Software de sincronización, Tabla de materiales). NoRMCorre31 se utiliza para la corrección de movimiento, y EXTRACT32 se utiliza para encontrar los ROI con señales de fluorescencia variables en el tiempo informadas como cambios en la fluorescencia normalizados por fluorescencia entre transitorios de calcio (δF/F0).
- Sincronice los metadatos de la arena de olores, los fotogramas de las cámaras digitales y los fotogramas del miniscopio utilizando las señales de sincronización grabadas por la placa de interfaz mediante la ejecución del código de MATLAB Synchronize_Files_JOVE.m, disponible en GitHub.
- Realice la corrección de movimiento de los fotogramas sincronizados del miniscopio mediante NoRMCorre (software de corrección de movimiento, tabla de materiales).
- Encuentre el retorno de la inversión con señales δF/F0 variables en el tiempo utilizando EXTRACT (software de extracción de ROI, tabla de materiales).
- Separar los datos en ensayos (Software de Sincronización, Tabla de Materiales).
- Etiquete cada intento como un acierto o un error en función del comportamiento de navegación correcto o incorrecto del mouse, respectivamente.
- Utilice Behavior Ensemble and Neural Trajectory Observatory (BENTO)33 para visualizar el comportamiento y el retorno de la inversión de cada ensayo por separado (Figura 7A, B y vídeo complementario 3).
8. Análisis de datos: decodificación de la posición espacial a partir de señales cerebrales
NOTA: Este método utiliza el aprendizaje automático para decodificar las posiciones X e Y del ratón en la arena a partir de los ROI de dCA17. El código de MATLAB está disponible (Decoding Brain Signals Software, Table of Materials) en https://github.com/restrepd/drgMiniscope.
- Introduzca el archivo de salida EXTRACT.mat y el archivo de metadatos odor arena en el software drgDecodeOdorArenav2.m. El repositorio de GitHub proporciona estos dos archivos a modo de ejemplo (Software de sincronización, Tabla de materiales):
dFF_file='20220804_FCM22_withodor_miniscope_sync
_L1andL4_ncorre_ext.mat';
arena_file='20220804_FCM22withodor_odorarena_L1
andL4_sync.mat';
NOTA: drgDecodeOdorArenav2.m crea un conjunto de datos dividido por datos dentro del ensayo que contienen las señales de ROI y los metadatos (posiciones X e Y del ratón, ubicación de la boquilla de olor, suministro de agua, etc.) para cada ensayo. El código también analiza la decodificación de los datos entre ensayos. El código utiliza fitrnet para entrenar una red neuronal artificial con los datos δF/F0 para todos los ROI de todos los ensayos excepto uno para predecir las posiciones X e Y y predecir la posición del ensayo que se omite mediante un procedimiento de dejar uno fuera.
- La red neuronal devuelve las posiciones X e Y como salida. Utilice la red neuronal entrenada para realizar predicciones. La entrada omitió las pruebas que no se utilizaron para entrenar a la red para hacer predicciones de las posiciones X e Y del mouse en la arena a partir de los ROI (Figura 8A, B).