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Diferenciación
Las células epiteliales murinas de las vías respiratorias se diferenciaron con éxito después de cultivarlas en una interfaz aire-líquido con un medio de diferenciación durante 28 días. La presencia de células ciliadas y caliciformes se demostró mediante el ensayo de inmunofluorescencia del marcador de cilios α-tubulina acetilada (verde; Figura 3A) y el marcador de células caliciformes Mucin5AC, respectivamente6 (rojo; Figura 3B).
Determinación de la concentración de CSE para la diferenciación celular
Estimular las células epiteliales aisladas con diferentes concentraciones de CSE durante 24 h. Los resultados mostraron que las células epiteliales disminuyeron en viabilidad celular cuando la concentración de CSE fue superior al 6% (p <0.05, Figura 4A). Con el fin de mantener la actividad celular bajo estimulación a largo plazo, se utilizaron medios de cultivo que contenían 2%, 4% y 6% de CSE para estimular la diferenciación de las células epiteliales durante 28 días. Además, los resultados mostraron que con el aumento de la concentración de CSE, no hubo una muerte celular significativa en las células epiteliales (Figura 4B), pero hubo un cambio gradual en el número de resistencias transmembrana intercelulares (TEER) (Figura 4C) y células exfoliadas (Figura 4D). Además, se observó una reducción general de las células diferenciadas y las células ciliadas cuando los cultivos de células epiteliales de las vías respiratorias murinas se expusieron crónicamente a la EIS (Figura 4E-H). Por lo tanto, se eligió el medio de diferenciación que contenía un 6% de CSE para desregular la función de la barrera epitelial y reducir el número de células ciliadas sin disminuir la viabilidad celular mientras se diferenciaban las células epiteliales durante 28 días.
Análisis multiómico
Se cosecharon dos grupos de células estimuladas con medio diferencial que contenía 0% o 6% de CSE durante 28 días. Se extrajo el ARNm total para el análisis transcriptómico. Después de la preparación de la biblioteca, la secuenciación, el control de calidad, el mapeo de lecturas al genoma de referencia y la cuantificación de la expresión génica, se analizó la expresión diferencial de genes entre los dos grupos. El paquete clusterProfiler R se utilizó para realizar un análisis de enriquecimiento de la Ontología Génica (GO) para genes que exhibían expresión diferencial, con ajustes realizados para tener en cuenta las discrepancias en la longitud de los genes (Figura 5A). La Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG, por sus siglas en inglés) sirve como una base de datos integral que facilita la comprensión de las funcionalidades y roles complejos del sistema biológico en varios niveles, incluidos el celular, el de organismos y el ecológico, mediante la integración de datos a nivel molecular derivados de extensos conjuntos de datos, como los producidos por secuenciación genómica y metodologías experimentales de alto rendimiento (Figura 5B). Para la proteómica, las proteínas totales se extrajeron de dos grupos de células a los 28 días después de cultivos con medios diferenciales que contenían 0% o 6% de CSE. Después de la prueba de calidad de proteínas, la eliminación de sal, la hidrólisis enzimática de proteínas, el etiquetado de péptidos con etiquetas de masa en tándem (TMT), la separación de fracciones, el análisis de LC-MS, la identificación de proteínas y la cuantificación de proteínas, se pueden definir las proteínas expresadas diferencialmente entre dos grupos. El análisis de GO se llevó a cabo utilizando el programa interproscan contra la base de datos de proteínas no redundantes (Figura 6A), y KEGG se utilizó para analizar la vía (Figura 6B). Para la metabolómica, los sobrenadantes de cultivo se recolectaron de dos grupos de células epiteliales de las vías respiratorias a los 28 días después de los cultivos con un medio de diferenciación que contenía 0% o 6% de CSE. Después del análisis, identificación y cuantificación de metabolitos de HPLC-MS/MS, se pueden definir los metabolitos diferenciales entre los dos grupos. Se utilizaron la base de datos KEGG (Figura 7A), la base de datos de metaboloma humano (figura 7B) y la base de datos de mapas de lípidos (figura 7C) para anotar todos los metabolitos. Se utilizó la base de datos KEGG para analizar las funciones de estos metabolitos diferenciales y las vías metabólicas (Figura 7D). Para la epigenómica, se realizó ATAC-seq como se informó previamente9. Los núcleos se extrajeron de dos grupos de células a los 28 días después del cultivo con un medio diferencial que contenía 0% o 6% de CSE, y el pellet de los núcleos se resuspendió en la mezcla de reacción de transposasa Tn5. La reacción de transposición se incubó a 37 °C durante 30 min. Después de agregar un adaptador, la preparación de la biblioteca, la evaluación de la calidad, la agrupación y la secuenciación, se puede definir la epigenómica diferencial entre dos grupos. El análisis de enriquecimiento de GO de genes diferencialmente relacionados con picos refleja directamente la distribución numérica de genes diferencialmente relacionados con picos en ítems GO enriquecidos en procesos biológicos, componentes celulares y función molecular (Figura 8A). Se utilizó la base de datos KEGG para analizar las funciones de estos genes y vías diferenciales (Figura 8B).
Genes que codifican proteínas de unión estrecha
Los datos transcriptómicos mostraron que, después de la estimulación a largo plazo de CSE, hubo una disminución de la expresión de numerosos genes que codifican proteínas de unión estrecha, incluidos Cgn, Cldn2, Cldn3, Cldn8, Cldn10, Cldn20, Cldn23, Jam2 y Ocln (Figura 9A), en los que la expresión reducida de Cldn3 y Ocln se confirmaron aún más mediante Western-Blot e inmunohistoquímica (IHC) (Figuras 9B-E). Estos datos sugieren que la exposición a CSE reduce notablemente la expresión de proteínas de unión estrecha de las células epiteliales de las vías respiratorias.
Expresión de citocinas y quimiocinas
Además de la ruptura de las conexiones estrechas, la transcriptómica también mostró que después de la estimulación a largo plazo de CSE, la expresión de algunas citocinas y quimiocinas, incluidas Cxcl5, Csf3, Il1a, Il34, Ccl20 e Il33, aumentaba, pero la expresión de Ccl5 disminuía (Figura 10A). La prueba Luminex confirmó además que hubo un aumento de las concentraciones de CXCL-5, CSF-3 e IL-1α (Figura 10B-D), pero una disminución de CCL-5 (Figura 10E) en el sobrenadante de las células epiteliales de las vías respiratorias murinas. Estos resultados sugieren que la exposición a CSE actúa selectivamente sobre la expresión de citocinas y quimiocinas.

Figura 1: Crecimiento de las células epiteliales primarias de las vías respiratorias murinas. (A) Las células recién aisladas aparecen redondas y transparentes. (B) Para el día 2 después del aislamiento, las células expandidas se formaron en islas de células pequeñas. (C) Para el día 4, la formación de islas celulares más grandes. (D) Para el día 6, más del 90% de fusión con la morfología del adoquín. (Aumento de 4x; barras de escala: 250 μm). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Ensayo de inmunofluorescencia de marcadores de células epiteliales. Expresión de citoqueratina en células epiteliales murinas primarias de las vías respiratorias, A549 (control positivo) y Raw264.7 (control negativo). Núcleos teñidos con DAPI (aumento de 63x; barras de escala: 40 μm). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: Ensayo de inmunofluorescencia para marcadores de células ciliadas y caliciformes. Los marcadores utilizados fueron acetilados (A) α-Tubulina y (B) Mucina 5AC para confirmar las células de cilios y las células caliciformes, respectivamente (100 aumentos; barras de escala: 10 μm en el panel A y 50 μm en el panel B). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: Impacto de las concentraciones de CSE en las células epiteliales. (A) Viabilidad celular a las 24 h a concentraciones variables de CSE. (B) Viabilidad celular a los 28 días. (C) Medición de TEER. (D) Recuento de células exfoliadas. (E-H) Inmunofluorescencia para células ciliadas (verde) y caliciformes (púrpura) a concentraciones de CSE del 0%, 2%, 4% y 6% (aumento de 20x; barras de escala: 50 μm). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: Análisis de enriquecimiento de GO y KEGG para la expresión génica. (A) Significado del término GO en el proceso biológico enriquecido, el componente celular y la función molecular. (B) Proporción de genes expresados diferencialmente en las vías KEGG. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 6: Análisis de la expresión de proteínas. (A) Gráfico de barras de enriquecimiento de GO que muestra la expresión diferencial de proteínas. (B) Análisis de la vía KEGG basado en proteínas expresadas diferencialmente. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 7: Análisis de la vía de metabolitos KEGG. (A) Anotación de todos los metabolitos utilizando la base de datos KEGG. (B) Anotar todos los metabolitos utilizando la Base de Datos del Metaboloma Humano. (C) Anotación de todos los metabolitos utilizando la base de datos de Lipidmaps. (D) La distribución de metabolitos expresados diferencialmente en varias vías KEGG. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 8: Análisis de expresión génica diferencialmente relacionada con picos. (A) Gráfico de barras de enriquecimiento de GO que muestra la expresión diferencial de proteínas. (B) Análisis de la vía KEGG basado en proteínas expresadas diferencialmente. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 9: Expresión de la proteína de unión estrecha en células epiteliales de las vías respiratorias murinas con o sin estimulación de CSE. (A) Mapa de calor de la expresión de la proteína de unión estrecha en el transcriptoma. (B-E) Los niveles de expresión de (B,C) Cldn3 y (D,E) Ocln en células epiteliales murinas de las vías respiratorias se detectaron mediante Western Blot e inmunohistoquímica para Cldn3 y Ocln (80 aumentos; barras de escala: 50 μm). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 10: Análisis de la expresión de citocinas. (A) Mapa de calor del transcriptoma de la expresión de citoquinas. (B-E) Ensayo Luminex para los niveles de CXCL-5, CSF-3, IL-1α y CCL-5 en células con/sin estimulación de CSE. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.