Las enfermedades cardiovasculares (ECV) son la principal causa de muerte en los Estados Unidos. El daño en el sistema cardiovascular puede deberse a la exposición ambiental, traumatismos, toxicidad de medicamentos o muchos otros factores. Como resultado, el tejido y la vasculatura cardíaca sufren cambios estructurales y muestran una función disminuida. El daño y la remodelación resultante se pueden detectar y cuantificar con imágenes de ultrasonido (US) a nivel de órgano e imágenes de espectrometría de masas (MSI) a nivel molecular. Este manuscrito describe una metodología innovadora para el estudio de la fisiopatología cardíaca murina, acoplando imágenes y análisis de ultrasonido cuatridimensional (4D) in vivo con desorción/ionización láser asistida por matriz ( MADLI) MSI del corazón. La ecografía 4D puede proporcionar mediciones volumétricas dinámicas, como el desplazamiento radial, la deformación de la superficie y la deformación longitudinal a lo largo de todo un ciclo cardíaco. En la vasculatura, la MSI y la ecografía se utilizan para evaluar la composición de la pared de los vasos, la hemodinámica y la dinámica de la pared de los vasos. La metodología se puede adaptar para estudiar una miríada de enfermedades CV mediante el ajuste de métricas funcionales de interés y/o la variación del protocolo MALDI MSI para dirigirse a moléculas específicas. MALDI MSI se puede utilizar para estudiar lípidos, metabolitos pequeños, péptidos y glicanos. Este protocolo describe el uso de MALDI MSI para el análisis lipidómico no dirigido y el uso de imágenes de ultrasonido para la hemodinámica y biomecánica cardiovascular.