Las personas transgénero (TG) son individuos cuya identidad de género y sexo asignados al nacer no coinciden. A menudo se someten a la terapia hormonal de afirmación de género (GAHT), una intervención médica que permite la adquisición de características sexuales secundarias más alineadas con su identidad de género individual, proporcionando resultados consistentes en la mejora de numerosas variables sociopsicológicas. Sin embargo, el GAHT se dirige a diferentes sistemas corporales, y se han registrado algunos efectos secundarios, aunque aún no se han identificado y caracterizado por completo. Por lo tanto, las personas TG sometidas a GAHT pueden considerarse como un subgrupo susceptible de la población y se debe prestar especial atención en el marco de la evaluación de riesgos, por ejemplo, mediante el uso de modelos animales específicos. El presente trabajo describe los procedimientos establecidos para implementar dos modelos de ratas que imitan el GAHT: el modelo desmasculinizante-feminizante (dMF) que imita el GAHT para mujeres TG y el modelo desfeminizante-masculinizante (dFM) que imita el GAHT para hombres TG. Los modelos se han implementado mediante la administración de las mismas hormonas utilizadas para el GAHT humano, a saber, β-estradiol más acetato de ciproterona para el dMF y testosterona para el dFM, por las mismas vías de exposición durante un período de 2 semanas. Las ratas se examinan diariamente durante el tratamiento para evaluar el estado de salud y los comportamientos potencialmente agresivos. En el momento del sacrificio, se han tomado muestras de sangre y tejidos objetivo y se han almacenado para su análisis bioquímico, molecular e histopatológico. También se han evaluado los parámetros específicos del sexo, es decir, el recuento de espermatozoides y las dimensiones del clítoris. Además, las isoformas de CYP450, expresadas exclusiva y/o preferentemente en hígado de rata macho y hembra, se identifican y caracterizan como nuevos biomarcadores para verificar el éxito de GAHT y establecer el modelo. La afectación de la tiroides también se ha explorado como un objetivo clave en el sistema endocrino.