La espectroscopía de Brillouin, una técnica emergente que está ganando un gran interés en la ciencia biomédica, permite a los investigadores recopilar información relacionada con la mecánica y la estructura mediante el análisis de las propiedades viscoelásticas y arquitectónicas de los especímenes de manera no destructiva y sin contacto. Este enfoque evalúa las propiedades mecánicas de las muestras 3D midiendo la interacción de la luz visible con las ondas/fonones acústicos inducidos térmicamente. La información que proporciona la espectroscopía de Brillouin tiene potencial para la evaluación in vivo de la biofísica y el posible diagnóstico de patologías de enfermedades. Una ventaja significativa de la espectroscopía de Brillouin es la capacidad de evaluar la mecánica a microescala dentro de una muestra biológica; otras técnicas convencionales que pueden lograr esta resolución, como la microscopía de fuerza atómica, solo pueden sondear muestras en 2D ya que requieren contacto directo. Este trabajo describe la aplicación de la microespectroscopía de Brillouin para investigar la biomecánica de esferoides vivos incrustados en una matriz hidrogel 3D. La encapsulación de esferoides celulares dentro de un microentorno 3D establece un sistema esferoide que recapitula de cerca la interfaz entre las células y la matriz extracelular in vivo. En nuestro protocolo, describimos la preparación y mediciones de muestras esferoides de espectros de Brillouin mediante imágenes secuenciales de fluorescencia. Además, discutimos procedimientos para el análisis de datos espectrales y detalles técnicos sobre el sistema óptico.