Extraer ADN de alta calidad es un paso fundamental en la biología molecular, esencial para aplicaciones posteriores como la PCR, la secuenciación del genoma completo y otros estudios genómicos. Para Mycobacterium, un género que incluye tanto especies patógenas, como Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), como especies ambientales no patógenas como Mycobacterium smegmatis (M. smegmatis), la extracción de ADN puede ser complicada debido a sus paredes celulares gruesas, ricas en lípidos ehidrofóbicas 1,2,3. Esta pared celular resistente requiere el uso de métodos especializados de lisis para alterar las células y liberar eficazmente el ADN genómico.
El método de bromuro de cetiltrimetilatonio (CTAB) ha demostrado ser fiable para aislar ADN de alta calidad de varias especiesmicobacterianas 4,5. El CTAB, un tensioactivo catiónico, se une a polisacáridos y otros componentes celulares, facilitando su eliminación durante el procesode extracción 6. Incluso con muestras difíciles, el protocolo basado en CTAB garantiza el aislamiento eficiente de ADN intacto y puro, especialmente cuando se combina con lisis enzimática, tratamiento térmico y extracciones con disolventesorgánicos 7,8. El método CTAB ha desempeñado un papel crucial en la extracción eficiente de ADN de especies micobacterianas, específicamente para investigaciones que involucran secuenciación de genomas completos, metagenómica y diagnóstico molecular, que requieren material de entrada de ADN puroy de alta calidad 9,10. En comparación con otras técnicas de extracción de ADN como el batido de cuentas o los kits comerciales, el protocolo CTAB presentado aquí ofrece una ventaja clara en la preservación de la integridad del ADN, un factor esencial para la secuenciación de lectura larga y aplicaciones epigenéticas. Aunque estudios anteriores han reportado menores rendimientos de ADN con CTAB en comparación con métodos de interrupción mecánica, también enfatizan su capacidad para minimizar el corte de ADN y mantener la integridaddel ADN 11,12. Para abordar las limitaciones en pureza y rendimiento, el protocolo actual ha sido optimizado con tiempos de incubación reducidos y una mayor consistencia entre diversos tipos de muestras. Este refinamiento fue respaldado por hallazgos de Opperman et al., quienes demostraron que el ADN extraído por CTAB de cultivos de Mycobacterium avium tenía suficiente concentración y calidad para aplicaciones posteriores como la secuenciación de ARNr 16S y ensayos de sonda de línea, apoyando aún más la aplicación del protocolo CTAB como una herramienta versátil y escalable para la investigación micobacteriana, especialmente en estudios que requieren ADN genómico intacto para análisis molecularesavanzados 13. Además, la secuenciación de nueva generación (NGS) generalmente requiere entre 100 y 1000 ng de ADN genómicode alta calidad 14 y, en el caso de la secuenciación de lectura larga, como la secuenciación PacBio, requiere ≥5 μg de ADN15 de alta calidad, por lo que cuando se requieren grandes cantidades de ADN de alta calidad e intacto, el CTAB sigue siendo un métodoeficaz 16.
Es necesario establecer metodologías eficientes, consistentes y eficaces para extraer ADN de microbios difíciles de lisar para garantizar la reproducibilidad y fiabilidad en laboratorios, especialmente para la identificación de cepas y estudiosepidemiológicos 5,7. Este protocolo proporciona detalles para extraer ADN del genoma completo de micobacterias utilizando el método CTAB. El protocolo actual pretende permitir a los investigadores lograr resultados consistentes y fiables en sus flujos de trabajo de biología molecular, abordando los obstáculos y superando los desafíos que plantea la distintiva pared celularmicobacteriana 17.