La investigación con seres humanos fue revisada y aprobada por el Comité de Ética del Primer Hospital Afiliado de la Universidad de Soochow (Aprobación No. 2019026). La junta de revisión ética del Primer Hospital Afiliado de la Universidad de Soochow ha aprobado u otorgado una exención para la revisión ética de este uso de datos. Además, se obtuvo el consentimiento informado de todos los participantes.
Análisis de datos bioinformáticos
Después de un examen exhaustivo del análisis de expresión de Pan-cancer de las bases de datos TCGA y Tumor IMmune Estimation Resource (TIMER), se investigó el comportamiento de LLT1 en varios tipos de cáncer, con un enfoque particular en el cáncer gástrico. Se utilizó la base de datos TISIDB para investigar la correlación entre los niveles de expresión de LLT1 y diferentes subtipos moleculares de cáncer gástrico. La correlación entre las características clínicas de los pacientes y la expresión de LLT1 se analizó más a fondo con datos de TCGA a través de la programación R. Se emplearon análisis GO y KEGG para investigar el papel funcional de LLT1 en la carcinogénesis gástrica. El algoritmo ESTIMATE (Estimación de células estáticas e inmunitarias en tejidos tumorales malignos utilizando datos de expresión) se empleó adicionalmente para cuantificar los niveles de infiltración de células inmunitarias y estromales en tejidos tumorales de acuerdo con los patrones de expresión de LLT1. Se realizó un análisis adicional utilizando el algoritmo CIBERSORT para evaluar las correlaciones entre los niveles de expresión de LLT1 y los patrones específicos de infiltración de células inmunes dentro del microambiente tumoral. Se realizó un análisis bioinformático exhaustivo utilizando conjuntos de datos TCGA y programación estadística R (v4.4.1) para interrogar posibles correlaciones entre los perfiles de expresión de LLT1 y los biomarcadores inmunorreguladores. Finalmente, se utilizó la base de datos TCIA (The Cancer Immunome Atlas) para investigar si la expresión de LLT1 podría predecir la respuesta a la terapia de bloqueo del punto de control inmunológico PD-1 / PD-L1.
Especímenes de GAC y construcción de microarrays tisulares (TMA)
Se generaron dos conjuntos de datos de microarrays tisulares de la siguiente manera:
El primer conjunto analizó retrospectivamente muestras de 268 pacientes con GAC que se sometieron a cirugía en 2011. Los patólogos seleccionaron bloques de parafina, identificaron las regiones centrales del tumor y las construyeron en microarrays de tejido. A cada sitio de muestra individual se le asignó un identificador distinto para monitorear meticulosamente los parámetros clínicos asociados, como el sexo, la edad, las dimensiones de la neoplasia, el grado de diferenciación neoplásica, la fase de progresión del cáncer, la profundidad de la invasión, la afectación linfática y la presencia de diseminación a distancia. La duración de la supervivencia global (SG) se definió como el intervalo desde el inicio de la terapia hasta la aparición de la mortalidad o la fecha límite de diciembre de 2017. Cabe destacar que los datos completos de SG solo estaban disponibles para un subconjunto de 198 participantes.
El segundo conjunto incluyó a 115 pacientes sin tratamiento previo con GC avanzado, que se sometieron a resección quirúrgica/endoscópica en el Primer Hospital Afiliado de la Universidad de Soochow entre 2016 y 2023. Los patólogos evaluaron los bloques de parafina y construyeron micromatrices de tejido con un seguimiento estrecho de la progresión de la enfermedad. En particular, todas las muestras se recolectaron antes de cualquier tratamiento preoperatorio, y el tratamiento postoperatorio consistió principalmente en anticuerpos monoclonales PD-1 combinados con quimioterapia.
Todas las muestras de resección quirúrgica se recolectaron del antro del estómago. Todas las muestras se fijaron en formalina tamponada neutra y se incluyeron en parafina. Con base en la evaluación de las secciones teñidas con H&E, dos patólogos senior identificaron de forma independiente las regiones de tejido más representativas de las muestras incluidas en parafina. Los microarrays de tejidos (TMA) se construyeron utilizando un array de tejidos automatizado, con núcleos de tejido colocados con precisión en los bloques de TMA de acuerdo con módulos predefinidos. Finalmente, los bloques TMA completos fueron seccionados a 4 μm de espesor por un histotecnólogo experimentado.
Inmunohistoquímica (IHC) e inmunofluorescencia multiplex (mIHC)
Se realizaron ensayos inmunohistoquímicos y de inmunofluorescencia multiplex en una micromatriz de tejido construida. La tinción IHQ se realizó de acuerdo con una metodología previamente establecida26. El primer conjunto de secciones de parafina de microarrays se transfirió a portaobjetos de vidrio y se horneó a 72 ° C durante 1 h. Después de que las secciones se desparafinaron con xileno y se rehidrataron en diluciones de etanol sucesivamente crecientes, la actividad de la peroxidasa endógena se bloqueó mediante la aplicación de una solución bloqueadora de peroxidasa durante 30 min. La recuperación de antígenos se realizó hirviendo los portaobjetos a 110 °C en solución de recuperación de antígenos de citrato (pH 6,0) durante 3 min. Después del bloqueo con tampón de bloqueo BSA al 5%, las secciones se incubaron con monoclonal CLEC2D antihumano de ratón, monoclonal CD3 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal CD4 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal CD8 antihumano de conejo (listo para usar), monoclonal CD11c antihumano de ratón (1:50) monoclonal CD19 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal CD31 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal CD31 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal CD56 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal CD68 antihumano de ratón (listo para usar), monoclonal Foxp3 antihumano de conejo (1:50), monoclonal de IL-17 antihumano de ratón (1:50), monoclonal de IFN-γ antihumano de ratón (1:50), monoclonal Ki67 antihumano de ratón (1:50), monoclonal PD-L1 antihumano de ratón (listo para usar) a 4 °C durante la noche27,28. Luego, los portaobjetos se lavaron e incubaron con anticuerpos secundarios marcados con peroxidasa de rábano picante (anti-ratón y conejo) a temperatura ambiente durante 30 min. Después de la incubación, las muestras se lavaron y se utilizó el sistema de detección EnVision para la inmunodetección. Bajo el microscopio, cuando comienzan a aparecer áreas marrones en el chip, se requiere una observación cuidadosa. La reacción cromogénica debe detenerse una vez que las áreas marrones ya no aumenten. Los portaobjetos se contratiñeron con hematoxilina de Mayer y se montaron con pegamento neutro. En el control negativo, se utilizó IgG de ratón o conejo en lugar del anticuerpo primario. El control positivo fue el tejido de amígdalas humanas. El segundo conjunto de secciones de microarrays se utiliza para inmunohistoquímica multiplex (mIHC). Reutilizando las condiciones de recuperación y bloqueo de antígenos antes mencionadas, el panel de anticuerpos se optimiza espectralmente de la siguiente manera: PD-L1 (480 nm), CD161 (520 nm), LLT1 (570 nm), PD-1 (620 nm), CD8 (690 nm) y PAN-CK (780 nm). Los anticuerpos primarios se incubaron en las mismas condiciones que en el protocolo original29 (excepto PANCK y CD161, que se introdujeron recientemente), a la dilución recomendada de 1:100, seguida de tinción de fluorescencia de amplificación de señal de tiramida (TSA). Después de cada ronda de tinción de fluorescencia, se realiza la extracción de anticuerpos, seguida de la recuperación repetida de antígenos, el bloqueo de la peroxidasa endógena y el bloqueo de objetivos no específicos antes de incubar el siguiente anticuerpo primario. Al realizar inmunohistoquímica multiplex, tres puntos son cruciales: se deben realizar experimentos previos para cada colorante fluorescente, los anticuerpos fuertemente expresados deben combinarse con señales fluorescentes débiles, mientras que los anticuerpos débilmente expresados deben combinarse con señales fluorescentes fuertes, y después de teñir cada marcador fluorescente, los resultados de la tinción deben observarse bajo un microscopio en condiciones protegidas contra la luz. Después de la tinción con el6º colorante fluorescente, se aplica la contratinción DAPI a los núcleos celulares de la etiqueta y se montan los portaobjetos. Finalmente, todos los microarrays de tejidos se escanearon con un escáner de patología digital y se analizaron con un software de análisis de imágenes de patología digital impulsado por IA.
Evaluación de la tinción IHC/mIHC
Los resultados de la tinción fueron interpretados por dos patólogos expertos de forma doble ciego. Midieron la profundidad de la tinción utilizando un objetivo de alta potencia (aumento de 200x) o una configuración fluorescente correspondiente (200x), asignando puntajes que van de 0 (sin tinción) a 3 (tinción intensa). Las fracciones de células positivas para LLT1 dentro de las muestras de carcinoma gástrico se dividieron en cuatro estratificaciones: 0 (<5%), 1 (5-25%), 2 (26-50%) y 3 (>50%). La puntuación de inmunorreactividad (IRS) se derivó del producto de la profundidad de tinción y la proporción de células positivas para LLT1. Los especímenes con una puntuación de cero se consideraron negativos, mientras que las puntuaciones de 1-4 indicaron una expresión débil, 5-7 moderada y 8-9 una expresión fuerte; se aplicaron los mismos criterios para evaluar la expresión de otros marcadores como Ki67 y CD3. Con base en la metodología de evaluación y agrupación, las muestras se etiquetaron como de expresión fuerte (IRS8-9), moderada (IRS5-7), débil (IRS1-4) o nula (IRS0). Los pacientes con las puntuaciones más bajas (IRS≤4) se asignaron al grupo de baja expresión, y los que tenían puntuaciones más altas (IRS≥5) se asignaron al grupo de alta expresión.
Sin embargo, para el marcador PD-L1, se adoptó un enfoque diferente utilizando el CPS. Esta puntuación se determinó mediante la proporción de células positivas para PD-L1 (incluidas las células tumorales, inmunitarias y estromales) con respecto al número total de células tumorales viables ampliadas en un factor de 100. Los individuos con un CPS superior a cinco se colocaron en la cohorte de alta expresión, mientras que aquellos con un CPS de cinco o menos se agruparon en la cohorte de baja expresión.
Agrupación de respuesta a la inmunoterapia
De acuerdo con los Criterios de evaluación de respuesta en tumores sólidos versión 1.1 (RECIST 1.1), la evaluación de las lesiones diana en pacientes se divide en cuatro categorías distintas: (a) Respuesta completa (RC): todas las lesiones diana han desaparecido por completo y el eje corto de todos los ganglios linfáticos patológicos (tanto diana como no diana) debe medir menos de 10 mm; (b) Respuesta parcial (RP): el diámetro acumulado de todas las lesiones diana medibles se ha reducido en al menos un 30% con respecto a las mediciones iniciales; (c) Enfermedad progresiva (EP): esta categoría es aplicable cuando el diámetro acumulado de las lesiones diana ha aumentado al menos un 20% en comparación con el valor más pequeño registrado durante el estudio (utilizando la línea de base como referencia si representa el valor más pequeño), siendo el aumento absoluto no inferior a 5 mm; además, la aparición de nuevas lesiones también se clasifica como enfermedad progresiva (EP); (d) Enfermedad estable (DE): el diámetro acumulado de las lesiones diana no alcanza los criterios de reducción para la RP ni los criterios de aumento para la EP a lo largo del estudio. Se implementaron dos técnicas de estratificación. El primer método consistió en segregar a los pacientes según su estado de respuesta, donde los pacientes con DP (n = 53) y SD (n = 46) comprendían el grupo sin respuesta (n = 99), mientras que los pacientes con RP (n = 15) y RC (n = 1) formaban el grupo de respuesta (n = 16). El segundo enfoque implicó categorizar a los pacientes según la progresión de la enfermedad, con los pacientes de RC, PR y SD clasificados como la cohorte efectiva de inmunoterapia (n = 62) y los pacientes con EP como la cohorte no efectiva de inmunoterapia (n = 53).
Análisis estadístico
Las evaluaciones empíricas se realizaron utilizando la plataforma de computación R (versión 4.4.1) y el paquete de software SPSS Statistical (versión 27.0). Las disparidades entre las cohortes de estudio se investigaron mediante la aplicación del análisis de la tabla de contingencia chi-cuadrado. Se empleó la técnica de correlación no paramétrica de Spearman para probar la fuerza y la dirección de las asociaciones entre variables. Las variaciones del tiempo de supervivencia se analizaron mediante la construcción de estimadores de Kaplan-Meier complementados con pruebas de rango logarítmico para determinar su significación. Posteriormente, se emplearon modelos de regresión de riesgos proporcionales de Cox para identificar los factores que podrían influir en los resultados de supervivencia del paciente. La significación estadística se predefinió como un umbral de valor p bilateral de <0,05. Para garantizar la solidez de los hallazgos, se realizaron análisis de sensibilidad exhaustivos para evaluar posibles variables de confusión, con modelos multivariados ajustados en consecuencia. Además, se proporcionaron interpretaciones explícitas de los cocientes de riesgo para facilitar la comprensión clínica, enfatizando las implicaciones prácticas de los factores de riesgo identificados en el pronóstico del paciente.