EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi

Chen Li; Aaron Taylor

doi:10.3791/69441

Method Article

EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

Chen Li¹ , Aaron Taylor²

¹Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, ²Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

EasyFiji es un plugin de interfaz gráfica para Fiyi (ImageJ) que ofrece un conjunto seleccionado de herramientas de visualización y procesamiento de imágenes fluorescentes que utilizan frecuentemente los científicos de la vida.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) es un paquete extenso y extensible de procesamiento de imágenes de código abierto ampliamente utilizado por la comunidad de análisis de bioimágenes. Sin embargo, para los científicos de la vida no computacionales, interactuar manualmente con las numerosas capacidades de Fiyi requiere aprender y navegar por un sistema de menús profundamente complejo. Además, los comportamientos por defecto de algunos comandos no son ideales para la visualización y procesamiento de imágenes en fluorescencia. Para aumentar la eficiencia de los científicos de la vida que trabajan con imágenes de microscopía de fluorescencia, hemos desarrollado EasyFiji, un plugin de interfaz gráfica (GUI) seleccionada para Fiyi. Cada comando de EasyFiji se ejecuta mediante botones y deslizadores mejorados con tooltips y siempre muestra una ejecución específica por canal, según se requiera para imágenes de fluorescencia. Los comandos que alteran la intensidad de los píxeles también son imposibles de hacer con un solo clic para permitir un procesamiento más interactivo y pueden registrarse y guardarse automáticamente como texto para su registro. Un panel de información de imagen muestra los ajustes cruciales para la interpretación de imágenes. También se proporcionan nuevas funciones de renderizado de imagen y corrección de lejía. El plugin está disponible gratuitamente en GitHub y como un sitio de actualización de Fiji. Este protocolo describe los pasos para usar la interfaz de EasyFiji para la visualización y procesamiento de imágenes de microscopía de fluorescencia.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) es un paquete extenso y extensible de procesamiento de imágenes de código abierto ampliamente utilizado por la comunidad de análisis de bioimágenes ^1,2. La gran base de código de Fiyi, con algoritmos de propósito general, junto con su lenguaje macro e interfaz de plugins, puede ser aprovechada cómodamente por analistas computacionales para proporcionar una solución a casi cualquier problema de procesamiento o análisis de imágenes. Sin embargo, para los usuarios de ciencias de la vida con poca experiencia computacional, los >1.100 comandos de FIJI repartidos en un menú desplegable muy complejo pueden resultar abrumadoramente complejos de navegar y utilizar eficazmente. Se han adoptado varios enfoques para simplificar el uso manual de Fiyi. La barra de búsqueda de Fiji es una alternativa a la navegación por menús, proporcionando acceso a una excelente documentación de ayuda, pero solo si el usuario conoce el nombre del algoritmo que necesita. Los botones de la barra de herramientas de Fiyi pueden personalizarse para proporcionar acceso rápido a comandos definidos por el usuario, pero este procedimiento requiere escribir un código macro y prever qué comandos serán más útiles. El plugin ActionBar ofrece una ventana de interfaz gráfica (GUI) independiente con matrices personalizables y organizables de botones, pero de nuevo, se requiere programación y experiencia para que los botones se llenen^{eficazmente 3}. Ninguna de estas soluciones satisface las necesidades de los científicos de la vida con poca experiencia en procesamiento de imágenes.

Más allá de los problemas de interfaz de usuario, muchos científicos de la vida que trabajan con imágenes de microscopía de fluorescencia requieren procedimientos de visualización y procesamiento específicos de cada canal. Sin embargo, algunos comandos Fiji comúnmente utilizados no son conscientes de canal por defecto. Por ejemplo, los usuarios pueden querer renderizar canales pseudo-coloreados juntos de forma igualmente saliente, o para resaltar específicamente regiones de intensidad similar entre canales, o para preservar el contraste en escala de grises de una señal morfológica mientras también se muestra fluorescencia. En cada uno de estos casos de uso, la técnica de renderizado compuesto RGB de Fiyi oscurece la información deseada a nivel perceptivo. Al procesar imágenes multicanal, los filtros nativos de imagen Fiji (es decir, Process | Filtros), o bien procesan solo el plano de bits activo en 2D o bien todos los planos de bits de la ventana de imagen (es decir, la 'pila' definida por la clase ImageStack). El primer comportamiento no se procesa a través de la dimensión z o t para un canal dado, mientras que el segundo comportamiento es casi siempre inapropiado, ya que cada canal contiene un patrón de tinción y una relación señal-ruido únicos, lo que requiere el uso de parámetros de procesamiento específicos de cada canal. Comandos de corrección de lejía de Fiyi nativa (Imagen | Ajustar | Corrección de Bleach) actúan incorrectamente cuando se aplican a imágenes de fluorescencia multicanal, porque, de nuevo, corrigen a lo largo de toda la Pila de Imágenes, donde los datos del canal están entrelazados, en lugar de corregir en la dimensión z o t dentro de cada canal individualmente.

Para abordar estos problemas para los científicos de la vida que trabajan con imágenes de microscopía de fluorescencia, hemos desarrollado EasyFiji, un plugin de interfaz gráfica seleccionada y guiada para Fiyi. EasyFiji es un conjunto seleccionado de comandos organizados temáticamente que permiten el renderizado y procesamiento consciente del canal. Cuatro paneles tabulados, Visualización, Proceso, Guardado e Información de Imagen, contienen colecciones relacionadas con temas de botones y deslizadores mejorados con descripción emergente para la ejecución de comandos. Otras comodidades incluyen una funcionalidad de deshacer para procesamiento interactivo, un simple grabador de acciones en texto plano que puede guardar automáticamente acciones de modificación de píxeles junto con una imagen, y una visualización formateada de los ajustes de adquisición importantes para la interpretación de imágenes. EasyFiji también ofrece nuevas herramientas de renderizado de imágenes y corrección de decoloración. EasyFiji no admite análisis cuantitativo de imágenes ni funciones de procesamiento por lotes, ya que estos procedimientos solo deben realizarse con la ayuda de un analista experto en bioimágenes. Aunque EasyFiji es conciso por diseño, todos los comandos nativos en Fiji siempre están disponibles a través del sistema de menús nativo de Fiyi. Creemos que el diseño dirigido al público^{de EasyFiji 4} aumentará el uso de Fiji entre los científicos de la vida. Aquí presentamos el diseño, la implementación y la aplicación de EasyFiji a imágenes de microscopía de fluorescencia. El plugin es fácil de instalar a través de un sitio de actualización Fiji (https://imagej.github.io/list-of-update-sites/ y https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin), mientras que el código de código abierto puede descargarse a través de GitHub; El plugin y el código fuente están disponibles gratuitamente (https://github.com/stjude/EasyFiji).

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Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Este protocolo describe cómo instalar y usar EasyFiji.

1. Para instalar EasyFiji...

Descarga la última versión de Fiji (>1.54g) adecuada para el sistema operativo e instálala en una carpeta a la que el usuario tenga acceso de lectura/escritura (véase la Tabla de Materiales para un enlace al sitio de descarga de Fiji).
Lanza Fiji y navega hasta Ayuda | Actualización... en la barra de menú.
En la ventana de Actualizador , haz clic en Gestionar sitios de actualización. Selecciona EasyFiji de la lista y haz clic en Aplicar y cerrar. EasyFiji se instalará automáticamente y Fiji se actualizará automáticamente con futuras versiones de EasyFiji.
Reinicia Fiyi. Selecciona EasyFiji en el menú de Plugins de Fiji.
NOTA: EasyFiji es totalmente compatible con muchas versiones antiguas de Fiji y es principalmente compatible con ImageJ. Información detallada sobre compatibilidad y dependencias se puede encontrar en la página wiki de GitHub de EasyFiji (https://github.com/stjude/EasyFiji) y en la página wiki de EasyFiji ImageJ.net (https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start). Se puede dar feedback a través de la página de GitHub o del hilo de EasyFiji en el foro de Image.sc (https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617) (véase la Tabla de Materiales para enlaces a estos recursos).

2. Uso del panel de pantalla de EasyFiji

NOTA: Como se muestra en la Figura 1A, el panel de visualización soporta la pseudo-coloración de canales de fluorescencia usando botones de muestra de color, controles intuitivos de ajuste de contraste y nuevas opciones para renderizados de imágenes multicanal calibradas perceptualmente. También se incluyen comandos nativos de Fiji para proyección y recorte de imágenes 3D/4D. La Tabla 1 documenta la correspondencia entre los comandos EasyFiji y los comandos nativos de Fiyi.

Establece el color o la visibilidad de un canal (Panel de visualización , sección de color de canal ).
1. Selecciona el canal deseado usando el control deslizante de canal de la ventana de imagen.
2. Pulsa un botón de muestra de color para asignar una nueva tabla de consulta de color (LUT).
3. Pulsa el botón negro de muestra para apagar la visualización de un canal.
4. Pulsa el botón AllChs para mostrar todos los canales juntos a la vez
5. Pulsa el botón EachCh para mostrar cada canal secuencialmente, desplazando el control deslizante del canal en la ventana de la imagen.
Establece el contraste del canal dentro o entre imágenes (Panel de Visualización , sección de Contraste de Canal ).
1. Para cambiar el rango de visualización de un canal (contraste), selecciona el canal usando el control deslizante del canal en la parte inferior de la ventana de imagen de la imagen.
2. Mueve el control deslizante de ganancia de pantalla para especificar la intensidad del píxel de imagen (valor mostrado a la derecha) que se mostrará como el valor más brillante en la pantalla.
  NOTA: Usamos el término ganancia de pantalla para describir esta acción porque hace que el canal se vuelva linealmente más brillante, análogo al efecto de cambiar la ganancia en un detector durante la adquisición de imágenes.
3. Pulsa el botón de reinicio de ganancia de pantalla para mostrar la intensidad máxima posible de píxel del canal (determinada por su profundidad de bits) como el valor más brillante en la pantalla.
4. Mueve el deslizador de desplazamiento de pantalla para especificar la intensidad del píxel de imagen (valor mostrado a la derecha) que se mostrará como el valor más oscuro en la pantalla.
  NOTA: Usamos el término desplazamiento de pantalla para describir esta acción porque establece el nivel de negro de la imagen, análogo al efecto de ajustar el desplazamiento en un detector durante la adquisición de la imagen.
5. Pulsa el botón de reinicio de desplazamiento de pantalla para ajustar la intensidad del píxel de imagen de cero al valor más oscuro de la pantalla.
6. Pulsa el botón AutoCh para ajustar automáticamente la ganancia y el desplazamiento de la pantalla.
7. Pulsa el botón AutoAll para ajustar automáticamente la ganancia y el desplazamiento de pantalla para todos los canales.
8. Pulsa el botón Propagar para transferir la ganancia y el desplazamiento de pantalla de la imagen activa a todas las demás imágenes abiertas que contengan el mismo número de canales.
Crea una pantalla multicanal (Panel de Visualización , sección de Vistas de Canal ).
1. Para renderizar dos canales de fluorescencia juntos como una imagen en color, utiliza los botones con prefijo FF (fluorescencia con fluorescencia). Para renderizar el canal de fluorescencia y un canal morfológico en escala de grises como una imagen en color, utilice el botón con prefijo FG (fluorescencia con escala de grises). Los renderizados se crean en una nueva ventana de imagen.
  NOTA: Antes de crear cualquier Vista de Canal, primero ajusta la ganancia y el desplazamiento de la pantalla para cada canal de modo que la señal de interés abarque el rango dinámico de la pantalla (sección 2.2) y luego aplica estas ganancias y desplazamientos usando los botones Aplicar Ganancia y Desplazamiento en la pestaña de Procesamiento (sección 3.2.3). Los renderizados no serán óptimos si no se ajustan ni aplican las ganancias y desplazamientos.
2. Pulsa el botón FFColoc para producir una representación de color a partir de dos canales de fluorescencia que resalta como píxeles amarillos donde la intensidad es similar en ambos canales (dentro del 25%).
  NOTA: Los píxeles con intensidades diferentes entre canales se renderizan en escala de grises. Los píxeles amarillos sugieren una colocalización basada en^{correlación 5} cuando la señal de interés en cada canal abarca el rango dinámico de la pantalla.
  PRECAUCIÓN: El renderizado FFColoc está destinado únicamente a fines de exploración o ilustración de datos. No sustituye la cuantificación rigurosa de la colocalización con la ayuda de un experto.
3. Pulsa el botón FFMerge para producir una representación de color a partir de dos canales de fluorescencia, donde la señal en cada canal es igualmente perceptible.
  NOTA: En cada píxel, la luminancia se establece según la señal con mayor intensidad, mientras que el matiz es función de la relación de las intensidades entre los canales (siguiendo los conceptos descritos por Taylor et ^al.6). Véase también la sección de Discusión.
4. Pulsa el botón FGMerge para producir una reproducción de color a partir de los canales de fluorescencia y de un canal en escala de grises, donde se mantiene la coloración de los canales de fluorescencia, mientras que el contraste del canal en escala de grises se conserva.
  NOTA: El canal en escala de grises es típicamente una modalidad no fluorescente que contiene información morfológica, como DIC, contraste de fase o microscopía electrónica.
5. Pulsa el botón Montaje para dividir los canales en imágenes individuales, colocarlos automáticamente en mosaicos por la pantalla y sincronizar su visualización.
6. Pulsa el botón SyncWins para sincronizar la visualización de varias imágenes del mismo tipo.
Crea vistas 2D de una pila z o t 3D (Panel de Visualización , sección de Vistas de la Pila ).
NOTA: Cada renderizado se muestra en una nueva ventana de imagen.
1. Pulsa el botón MIP para crear una proyección de máxima intensidad.
  NOTA: La intensidad en cada ubicación de la imagen 2D resultante corresponde a la intensidad del píxel más intenso a lo largo de^{la tercera} dimensión de la imagen 3D. Este procedimiento puede acentuar el ruido, por lo que puede ser útil suavizar la pila (ver pestaña Procesamiento ) antes de crear un MIP.
2. Pulsa el botón SIP para crear una proyección de intensidad sumada.
  NOTA: La intensidad en cada ubicación de la imagen 2D resultante corresponde a la suma de las intensidades a lo largo de la^{tercera dimensión} en la imagen 3D. Este procedimiento preserva la intensidad total, resultando en una imagen menos ruidosa que cualquier corte individual.
3. Pulsa el botón Ortho para crear un visor de cortes ortogonales, que renderiza de forma interactiva los tres planos ortogonales de una pila 3D (por ejemplo, xy, xz, yz) que se intersectan en la ubicación actual del cursor.
4. Pulsa el botón Kymo para crear un kymograph.
  NOTA: Un kymograph es una imagen 2D donde el eje vertical (y-) corresponde a la tercera dimensión de una pila (normalmente t-), y el eje horizontal (x-) corresponde a la posición a lo largo de una línea dibujada por el usuario en la pila de entrada. Cuando la^{tercera dimensión} es el tiempo, se utiliza un quimografo para ilustrar o cuantificar el movimiento.
  Este botón depende del plugin⁷ de KymographBuilder que viene con Fiji, pero que debe descargarse por separado si se usa ImageJ.
Configurar opciones diversas (Panel de visualización ).
1. Pulsa el botón Dup para duplicar la ventana de imagen activa dentro de Fiji. Aparecerá una nueva ventana de imagen.
  NOTA: Dibuja una región rectangular de interés (ROI) en la imagen usando la herramienta Rectangle ROI de Fiji, y el botón Dup recortará hasta el límite del ROI. Especificar los rangos de canal, z y/o t para remodelar la dimensionalidad de la imagen duplicada.
2. Pulsa el botón ToClip para copiar la imagen activa tal como se muestra actualmente en la pantalla al portapapeles del sistema. Para pegar la imagen en otra aplicación (para preparar diapositivas o editar fotos), activa la otra aplicación y selecciona pegar (Ctrl+V en Windows o Cmd+V en Mac).
3. Pulsa el botón |--um--| para mostrar una barra de escala en la imagen como superposición. Activa el botón |--um--| para quitar la barra de la escala.

3. Uso del panel de EasyFiji Process

NOTA: Como se muestra en la Figura 1B, la sección de Características de Canal del panel de Proceso proporciona comandos de procesamiento de imagen basados en deslizadores con descripciones emergentes que pueden usarse para mejorar la visualización de imágenes. El botón Deshacer la última opción permite un procesamiento interactivo. Las dimensiones de la imagen pueden cambiarse usando los botones Modificar Dimensiones. La Tabla de Acciones se utiliza para registrar como texto plano comandos de procesamiento que cambian los valores de intensidad de los píxeles de la imagen. El registro puede guardarse automáticamente junto con la imagen usando el mismo título (ver panel de guardar).

Modificar las características espaciales de una imagen (Panel de procesos , sección Modificar características del canal ).
NOTA: Todos los comandos solo se aplican al canal activo, y los resultados se muestran automáticamente en la ventana original de la imagen. No se crea una nueva ventana de imagen.
1. Mueve el deslizador Smooth para aplicar un desenfoque gaussiano, reduciendo así la variación normalmente distribuida entre píxeles (~ruido de disparo y ruido de lectura).
  1. Para imágenes muestreadas ~Nyquist (tamaño xy de píxel de 70-150 nm), comienza con valores deslizantes entre 1.0 y 2.0.
  2. Para un tamaño de píxel dado, aumenta el valor del deslizador a medida que disminuye la relación señal-ruido (SNR) de la imagen.
  3. Dado un SNR, aumenta el valor del deslizador a medida que disminuye el tamaño del píxel.
  4. Para pilas de imágenes, aplica un suavizado 3D, donde el radio z se establece automáticamente a un tercio del radio xy, según corresponda a los datos muestreados por Nyquist.
    NOTA: El valor del deslizador corresponde a la desviación estándar de un núcleo gaussiano medida en píxeles.
2. Mueve el deslizador de Deruido para aplicar un filtro mediano, eliminando así valores extremos (píxeles calientes de la cámara o emisiones termionicas PMT).
  NOTA: El valor del deslizador corresponde al radio de un núcleo de caja en píxeles. Valores entre 0,5 y 1,0 son un buen punto de partida.
3. Mueve el deslizador de Sharpen para aplicar una máscara de desenfoque 2D, reduciendo así el desenfoque o la neblina, como puede causar la luz desenfocada. El enfoque también acentúa el ruido.
  NOTA: El valor del deslizador corresponde a la desviación estándar de un núcleo gaussiano (en unidades de píxeles) utilizada para definir la escala del desenfoque. Para imágenes muestreadas con ~Nyquist (70-150 nm tamaño xy de píxel), valores deslizantes entre 2.0 y 4.0 son un buen punto de partida. El parámetro de peso está fijado en 0,6.
Alterar la intensidad de los píxeles de imagen (Proceso Panel, Modificar las intensidades del canal Sección).
NOTA: Todos los comandos se aplican solo al canal activo, y los resultados se muestran automáticamente en la ventana de la imagen. No se crea una nueva ventana de imagen.
1. Mueve el deslizador Sub.Bkgd. para aplicar el algoritmo de 'bola rodante', eliminando así el fondo (es decir, cambios de intensidad espacialmente graduales).
  NOTA: El valor del deslizador es el radio de la bola rodante en píxeles, por lo que valores más grandes restarán menos fondo total. El valor depende del contenido de la imagen, pero generalmente debe ser ≥2 veces mayor que el tamaño (medido en píxeles) de las características que se van a preservar. Valores entre 10 y 20 suelen ser un buen punto de partida.
2. Mueve el deslizador Gamma para mejorar la visualización de señales más débiles mezcladas con señales más brillantes, como las que pueden ser necesarias para enfatizar estructuras finas cuando se mezclan con estructuras grandes.
  NOTA: Tras la normalización, el valor de cada píxel se eleva a una potencia (exponente) dada por el valor del deslizador. El valor depende del contenido de la imagen, pero valores entre 0,6 y 0,8 suelen ser un buen punto de partida.
  PRECAUCIÓN: Las imágenes donde se ha aplicado gamma no pueden usarse para cuantificación de intensidad.
3. Pulsa el botón Aplicar ganancia y desplazamiento: ToCh o ToAll para mapear el rango de visualización de la imagen (según lo especificado por los deslizadores de ganancia y desplazamiento en el panel de visualización) al rango completo de intensidades proporcionado por la profundidad de bits de la imagen.
  NOTA: Este proceso también se conoce como aplicación de tablas de consulta (LUTs). La ganancia y el desplazamiento de pantalla deben aplicarse de esta manera antes de crear vistas de canal en el panel de visualización .
4. Utiliza los botones de Corrección de Intensidad para corregir cambios de intensidad artactuales a lo largo de las dimensiones z o t de imágenes 3D, como pueden ser causados por fotoblanqueamiento, aberraciones o dispersión de luz.
  NOTA: La acción se aplica solo al canal activo. Las correcciones locales y globales pueden aplicarse secuencialmente al mismo conjunto de datos. Consulte la sección de Resultados para una explicación más detallada de los métodos subyacentes.
5. Pulsa los botones Global para corregir las pérdidas graduales de intensidad de señal que ocurren a lo largo de toda la dimensión z o t, mientras se conservan la mayoría de los cambios de intensidad impulsados biológicamente. Hay dos opciones:
  1. Pulsa el botón GlobalL para corregir los z-stacks donde los cortes iniciales pueden ser oscuros o negros, y la pérdida total de intensidad del primer al último fotograma es leve (<50%). El algoritmo modela la pérdida de intensidad como una tendencia lineal y luego aplica un factor de corrección a cada corte de modo que la pendiente de la línea de ajuste sea cero.
  2. Pulsa el botón GlobalP para corregir series temporales donde los primeros fotogramas son los más brillantes y la pérdida total de intensidad del primer al último fotograma es considerable (50%-95%). El algoritmo modela la pérdida de intensidad como una tendencia polinómica^{de segundo} orden y luego aplica un factor de corrección a cada corte de modo que la curva de ajuste se transforma en una recta con pendiente cero.
6. Pulsa el botón Local para corregir cambios localizados y abruptos en la intensidad de la señal, manteniendo los cambios graduales.
  NOTA: Estos cambios pueden ser causados por el blanqueamiento de algunos planos dentro de una pila z mayor o por fluctuaciones de potencia de excitación (parpadeo). El algoritmo modela los cambios de intensidad biológicamente relevantes como un polinomio de cuarto orden y luego aplica un factor de corrección para asegurar que la intensidad mediana de cada sistema sea igual al valor de la curva ajustada.
7. Pulsa el botón Equalize para igualar la intensidad mediana de la señal de cada fotograma, similar al método de corrección de lejía de 'ratio simple' en Fiyi.
  PRECAUCIÓN: Equalize puede ser útil para fines de visualización cuando fallan todos los demás métodos, pero borrará variaciones biológicamente relevantes en la intensidad mediana y, por tanto, no puede usarse junto con la cuantificación de intensidad.
Cambiar la dimensionalidad de una imagen (Panel de proceso , sección Modificar dimensiones ).
NOTA: Estos comandos se aplican a todos los canales de la ventana de imagen y no pueden revertirse usando el botón Deshacer .
1. Pulsa el botón Rotar para rotar la imagen, como puede ser necesario para alinear los ejes anatómicos de un embrión o tejido con la página o pantalla.
2. Pulsa el botón Recortar para reducir las dimensiones xy de la imagen. Busca la herramienta de retorno de inversión rectangular que se selecciona automáticamente y observa el indicador para dibujar un retorno de inversión en la imagen que se usará para recortar.
3. Pulsa el botón Subconjunto para crear una nueva pila de imágenes a partir de un subconjunto de las dimensiones no xy de la imagen de entrada.
  NOTA: Esto se utiliza para eliminar canales y/o para truncar cortes en z o t.
Registra los comandos de procesamiento aplicados a una imagen (Panel de Procesos, sección de Acciones de Registro).
NOTA: El propósito del Registrador de Acciones es registrar automáticamente las acciones como texto plano y luego guardar la imagen con las acciones aplicadas, que cambian los valores de intensidad de píxeles. El registro es una comodidad para que el usuario no tenga que tomar notas manualmente ni descifrar las entradas del grabador de macros de Fiyi. Los comandos que no cambian la intensidad de los píxeles no se registran.
1. Pulsa el botón Rec para iniciar la grabación de comandos.
  NOTA: La cara del botón marca 'ENCENDIDO' cuando la grabadora está grabando. Los comandos ejecutados y los parámetros asociados aparecerán en la Tabla de Acciones. Los comandos que están 'deshechos' se eliminan de la tabla.
2. Pulsa el botón Clr para limpiar la Tabla de Acciones.
3. Pulsa el botón de guardar para guardar la tabla de acciones como archivo de texto. Si se han registrado acciones aplicadas a varias imágenes, las acciones se agruparán según el título de la imagen cuando se guarde el archivo de texto.
  NOTA: Alternativamente, guarda una imagen usando el panel de guardar (sección 4 más abajo). Marca la casilla Guardar acciones y todas las acciones aplicadas a la imagen se guardarán automáticamente como un archivo de texto usando el nombre y la ruta del archivo de la imagen.

4. Uso del panel de guardado de EasyFiji

NOTA: Como se muestra en la Figura 1C, el panel de guardado está diseñado para ayudar a los no expertos a seleccionar el formato de archivo de imagen correcto para su caso de uso previsto. Cuando se marca la casilla de Guardar Acciones , todas las acciones de procesamiento aplicadas a una imagen, tal como se listan en la Tabla de Acciones, se guardan automáticamente junto con la imagen, usando el mismo nombre de archivo y ruta, pero con una extensión *.txt. Si varias imágenes están abiertas y se procesaron en paralelo, todas las acciones realizadas en todas las imágenes se muestran en la Tabla de Acciones. Sin embargo, solo las acciones aplicadas a la imagen que se guarda se guardan junto con esa imagen. El archivo de texto guardado aparece en el sistema de archivos pero no se abre en Fiji. Si se desea, los archivos de texto pueden abrirse en Fiji arrastrando el icono de archivo a la barra de herramientas de Fiyi.

Guarda una imagen (Guardar panel, sección de Guardar Métodos ).
1. Pulsa el botón Datos en bruto para guardar la imagen como un archivo *.tif, donde se conservan los valores exactos de píxeles, la estructura del canal y algunos metadatos. Utiliza esta opción cuando el objetivo sea cuantificar o analizar aún más una imagen.
2. Pulsa el botón Guardar para la presentación para guardar la imagen tal como se muestra actualmente usando compresión jpeg para enviar correo electrónico o usar en una presentación de diapositivas.
  PRECAUCIÓN: Esta opción nunca debe usarse para crear cifras ni para análisis cuantitativo.
3. Mueve el control deslizante de Nivel de Calidad para establecer el nivel de compresión jpeg.
  NOTA: Valores mayores corresponden a una mejor preservación de las intensidades y características de los píxeles (y a un tamaño de archivo mayor), pero nunca se conservan todas las características.
4. Pulsa el botón Guardar para la figura para guardar la imagen tal como se muestra actualmente en formato png compatible con otros programas gráficos (por ejemplo, Photoshop, Illustrator, Publisher o GIMP). La imagen se guarda tal como se muestra en pantalla, pero los canales ni los metadatos no se conservan.
  PRECAUCIÓN: Esta opción nunca debe usarse para cuantificación.
5. Pulsa el botón Guardar como película para guardar una pila de imágenes como película en formato mov que se reproduce secuencialmente a través de las secciones (z o t).
  NOTA: Reproducirse archivos mov en un sistema operativo Windows requiere el VLC Media Player de código abierto.

5. Uso del panel de Información de Imagen de EasyFiji

NOTA: Como se muestra en la Figura 1D, el panel de Información de Imagen muestra configuraciones de adquisición específicas de proveedores en texto plano que son cruciales para la interpretación de imágenes. Consulte la Tabla 2 para una lista de los tipos de formatos de imagen confocal que actualmente se soportan.

Pulsa el botón de Información del canal para cargar la configuración de adquisición .
Consulte la sección de Información del Canal para ajustes específicos de adquisición por canal, incluyendo porcentaje de potencia láser, longitud de onda láser, pasabanda de emisión, ganancia y tamaño estenopeico.
Consulta la sección de Configuración del Sistema para la configuración de toda la imagen, incluyendo nombre de laimagen, objetivo, modo de escaneo, tiempo de permanencia y tamaño del voxel.

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Results

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Se pueden utilizar renderizados pseudo-coloreados de imágenes de fluorescencia multicanal para ilustrar las relaciones espaciales o de intensidad entre señales; sin embargo, el Fiji nativo solo ofrece una técnica de renderizado compuesto RGB que inherentemente confunde la coloración y el brillo a nivel perceptivo. Para ilustrar este problema, la Figura 2 utiliza una imagen de dos canales de N-Myc y ARN Polimerasa II (RNAPolII). En la Fig...

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Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji es un software de procesamiento y análisis de imágenes de código abierto muy popular entre los analistas de imágenes. Sin embargo, su compleja interfaz de menús y comportamientos a veces poco intuitivos respecto a la visualización y procesamiento de imágenes de fluorescencia presentan desafíos para los científicos de la vida no computacionales. EasyFiji ofrece a los científicos de la vida un conjunto seleccionado de botones y deslizadores organizados temáticamente y mejorados con de...

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Disclosures

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Los autores declaran que no tienen intereses financieros en competencia ni otros conflictos de interés.

Acknowledgements

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Agradecemos a los miembros del Centro de Imagen Celular y Tesular de St. Jude y del Centro de Informática de BioImágenes por sus comentarios sobre el manuscrito. Las imágenes biológicas fueron amablemente proporcionadas por: Figura 2: Melissa Marzahn y Tanja Mittag; Figura 3: Peng Wei y James Morgan; Figura 4A: Aaron Pitre; Figura 4B: Aaron Pitre y Woo Jung Cho; Figura 5A: Helen Chen y Heather Mefford; Figura 5B: Sauradeep Sinha y Giedre Krenciute.

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Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Comments
Sitio de GitHub de EasyFiji	Código abierto	https://github.com/stjude/EasyFiji
Foro Image.sc EasyFiji	Código abierto	https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
Sitio ImageJ.net EasyFiji	Código abierto	https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
FIJI Software	Código abierto	https://imagej.net/software/fiji/downloads
VLC Media Player	Código abierto	https://www.videolan.org/vlc/

References

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EasyFiji: Una interfaz gráfica para el procesamiento de imágenes de fluorescencia fácil de usar en Fiyi

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