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Células madre pluripotentes inducidas y paradigmas experimentales asociados
Las células madre pluripotentes inducidas han surgido como un sistema poderoso para modelar las NDDs. De hecho, en los modelos iPSC ocurren muchos procesos de desarrollo similares a los observados durante el desarrollo cerebral humano y que no ocurren durante el desarrollo cerebral enroedores 15. Por ello, los investigadores han acoplado modelos de células madre, incluyendo cultivos 2D, organoides y ensambladores, a otros métodos experimentales para comprender mejor los mecanismos de la enfermedad en losNDDs 11,13,14,16.
Recientemente, los ensambloides se utilizaron para modelar una característica clave de la neurogénesis alterada del síndrome de Down (SD) durante el desarrollofetal 16. Utilizando tanto hiPSCs de DS como hiPSCs euploides isogénicos, se indujo la neurogénesis, seguida de la diferenciación en neuronas. Tras 85 días, se utilizaron inmunocitoquímica e imágenes para observar el ciclo celular. Observaron que las células progenitoras neuronales de la DS no salían del ciclo celular y no podían diferenciarse en neuronas maduras, y también encontraron que los defectos del ciclo celular cambian la fase neurogénica, causando una neurogénesis alterada en la DS16.
Aunque muchos modelos de células madre se han centrado en las neuronas, otros tipos celulares, incluidas las células gliales, desempeñan un papel importante en la patología de laNDD 17. Un informe reciente se centró en el papel de la gliogénesis y los astrocitos en el síndrome del X frágil (SFX). Utilizando hiPSCs, se cultivaron y diferenciaron células progenitoras de los astrocitos en astrocitos específicos del cerebro anterior que carecían de la proteína ribonuclear mensajera del Xfrágil 11. Observaron que estos astrocitos presentaban un metabolismo glicolítico y mitocondrial desregulado. Trabajos previos del mismo equipo también demostraron que la función adecuada de las mitocondrias es necesaria para controlar la activación del potencial de acción en neuronas derivadas de pacientes conFXS 11,18. Aunque se requiere más trabajo para entender el mecanismo por el cual el metabolismo de los astrocitos y la activación neuronal se alteran en el FXS, estos estudios demuestran que los astrocitos pueden tanto impulsar la patología de la enfermedad como ser un objetivo terapéutico.
Edición genómica
Francisco Mojica sentó las bases para la edición genómica con el descubrimiento de CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats), un sistema inmunitario adaptativo para procariotas, a principios de los años90 y 199. Sobre esta base, Jennifer Doudna y Emmanuelle Charpentier fueron pioneras en un método llamado CRISPR/Cas9 que aprovecha CRISPR acoplado a la endonucleasa Cas9 para aislar y cambiar selectivamentegenes 20. Poco después de la publicación de los primeros estudios de edición genética CRISPR/Cas9, los investigadores comenzaron a manipular el sistema CRISPR/Cas para revelar información genómica novedosa o editar genes de una manera única. Un método novedoso es CRISPRi, una forma de silenciar un gen deinterés 21,22. Al utilizar una nucleasa Cas9 catalíticamente inactiva junto con cr- y trazr-ARN, se bloquea el acceso de la ARN polimerasa al promotor, lo que desactiva la expresión génica de un gen específico o conjunto degenes 22,23. Los cribados CRISPRi se han utilizado para identificar varios genes de riesgo para las NDD, así como para identificar los cambios funcionales asociados a la pérdida de función en esos genes. Por ejemplo, un cribado reciente de CRISPRi en ensambloides derivados de iPSC analizó 425 genes NDD para determinar su impacto en el desarrollo interneuronal y reveló que la pérdida de varios genes candidatos afectó la estructura del retículo citoesqueléticoy endoplasmático 24. Además, un cribado CRISPRi reveló que la pérdida de ADNP, un gen de riesgo de TEA, provocaba cambios en la poda microglial de lassinapsis 25. Así, los cribados CRISPRi han revelado varios mecanismos de enfermedad convergentes y divergentes en la NDD.
Complementario a CRISPRi, CRISPRa es una herramienta utilizada para aumentar la expresión génica. Esta técnica acopla un Cas9 catalíticamente inactivo a activadores transcripcionales y es dirigida por un ARN guía. CRISPRa también se ha utilizado para entender cómo la activación de genes de riesgo de TEA y NDD puede alterar los fenotipos de la enfermedad. Aunque existen pocos estudios que utilicen CRISPRa para rescatar fenotipos de NDD, CRISPRa puede tener un gran potencial terapéutico. Por ejemplo, un estudio reciente demostró que la activación de ITGB3 (cuya haploinsuficiencia está asociada con TEA) rescató la función de la red y los fenotipos del TEA enroedores 23. De hecho, muchas variantes del gen NDD causan enfermedad debido a la haploinsuficiencia, lo que plantea la posibilidad de que CRISPRa pudiera usarse para aumentar la expresión del alelo no afectado de manera modificadora de la enfermedad.
La edición de bases y la edición principal son métodos precisos dentro de la caja de herramientas CRISPR para editar nucleótidos específicos dentro del genoma. Ambos cortan una cadena simple de ADN en lugar de una ruptura de doble cadena (DSB) como CRISPR/Cas910,26. Aunque la edición base es más específica que la edición estándar CRISPR/Cas9, es menos adaptable y, por tanto, menos relevante traduccionalmente que la edición principal. La eficiencia de la edición de bases radica en su capacidad para corregir mutaciones puntuales sustituyendo la timina por citosina o la adenina por la guanina y viceversa10. Por ello, la edición de bases está restringida en los tipos de mutaciones que puede producir. Por tanto, aunque útil, solo se pueden ejecutar mutaciones de transición, no inserciones odeleciones 10. Sin embargo, la edición de primos es una forma altamente adaptable de edición genómica con muchas posibles aplicaciones. La edición prime aprovecha un ARN guía de edición prime (pegRNA) y una nickasa Cas9 acoplada a transcriptasa inversa que puede facilitar inserciones, deleciones o cambios en nucleótidosindividuales 10. Desafortunadamente, debido a que es más complejo técnicamente y puede realizar alteraciones genéticas mayores, la edición prime puede ser menos eficiente que la edición base. Por lo tanto, ambos pueden utilizarse como herramientas complementarias y son útiles en la edición genómica de trastornos del neurodesarrollo. La edición principal ya se ha aprovechado para tratar a un paciente con un trastorno genético raro27 y ha mostrado potencial para rescatar fenotipos de enfermedades en un modelo roedor de hemiplejia alterna en la infancia28.
Ensayos celulares y moleculares
Los NDD son causados por variantes genéticas que afectan la función celular de diferentesmaneras 29,30,31. Un gran desafío al que se enfrentan quienes estudian los NDD es determinar si una variante específica del paciente causa o no un alteración funcional perjudicial en la célula. Por ello, existe una gran necesidad de ensayos que puedan determinar rápida y con precisión si una variante genética específica es causante de enfermedad o benigna. Un ensayo prometedor es el ensayo de escisión, el de ubiquitina32. Las enzimas deubiquitilantes (DUB) son un grupo de enzimas que eliminan la ubiquitina de las proteínas, evitando su degradación. Los DUBs son tanto tratamientos potenciales como causas de los NDD. Hasta ahora, se han identificado mutaciones en 12 DUBs como causalmente vinculadas a las NDD, incluyendo el síndrome de Hao-Fountain, el pseudo-síndrome TORCH, el síndrome de microcefalia-malformaciones capilares, entreotras 5. Para determinar si variantes específicas de pacientes causan la enfermedad, los ensayos in vitro de escisión de ubiquitina se han convertido en el estándar de oro para medir la actividad enzimática de DUB y validar funcionalmente mutaciones. Este método puede utilizarse para evaluar el efecto de las variantes genéticas en los DUBs. Un estudio reciente se centró en una DUB que muta en la discapacidad intelectual ligada al cromosoma X 105, DUB Ubiquitin Specific Protease 27 (USP27X). Los investigadores demostraron con éxito un método para la expresión y purificación de USP27X recombinante y un ensayo de escisión de cadena de ubiquitina in vitro. Este enfoque permite determinar la actividad enzimática que regula la renovación proteica en las neuronas y, por tanto, puede ser importante para comprender los mecanismos subyacentes a la poda sináptica alterada, los periodos críticos del neurodesarrollo y la funciónde las proteínas 32. Curiosamente, hay escasez de artículos publicados sobre las DUBs y su papel en la enfermedad, por lo que la aplicabilidad completa de este ensayo sigue sin probar y está abierta a una investigación más profunda.
Dado que muchas NDD también se clasifican como trastornos raros, la determinación genética clínica de variantes identifica frecuentemente los cambios génicos como 'variantes de significación desconocida' (VUS) debido a la falta de estudios clínicos o funcionales previos publicados sobre esasvariantes 7,33,34. Por tanto, los ensayos para determinar rápidamente si un VUS es patógeno son cruciales para determinar las causas genéticas de los NDD. Un ejemplo son las variantes en los receptoresGABA A. Las variantes genéticas en el receptorGABA A son una de las principales causas de epilepsias genéticas y están asociadas a muchos tipos de convulsiones y encefalopatías epilépticas enel desarrollo 7,35. Un estudio reciente investigó subunidades del receptorGABA A e intentó identificar si las variantes causaban cambios funcionales dentro de la célula mediante un enfoque multimodal. Se utilizaron pruebas in silico para identificar la VUS y predecir variaciones patógenas de la subunidad γ2GABA A. A continuación, se definieron las consecuencias moleculares de las variantes e incluyeron marcadores estructurales, físico-químicos ybiofísicos 7. Cada uno de estos dominios se definió mediante análisis de literatura, modelado in silico y electrofisiología con patch-clamp. Una vez seleccionada una región de referencia, se utilizó modelado neuronal piramidal para probar los efectos de la inhibición mediada por el receptorGABA A. Observaron que dos mutaciones de la subunidad ß3 (ß3N110D y ß3T288N) y dos mutaciones de la subunidad γ2 afectaban la inhibiciónGABAérgica 7. Este protocolo demuestra que un enfoque multimodal suele ser útil para determinar la patogenicidad de la VUS. Aunque no es de alto rendimiento, este enfoque también puede ser útil para otras VUS asociadas a NDD que carecen de una prueba específica para validar funcionalmente variantes (por ejemplo, DUBs), especialmente si están asociadas a cambios electrofisiológicos.
Aunque no es un enfoque novedoso, la electrofisiología con pinza de parche sigue siendo el estándar de oro para comprender las propiedades eléctricas de las neuronas y, por tanto, cómo los cambios genéticos afectan también a las propiedades básicas de las neuronas. Relevantes para los NDD son las canalopatías36. Aunque existen muchos tipos de canalopatías, las variantes en SCN1A han sido bien estudiadas y son la causa principal del síndrome de Dravet, una encefalopatía epiléptica del desarrollo particularmentedevastadora 36. La validación funcional de las variantes de SCN1A se ha logrado mediante un enfoque combinatorio de simulaciones automatizadas de patch-clamp y in silico. Aprovechando este enfoque, los investigadores pudieron resolver varias EVV y establecer correlaciones genotipo-fenotipo basadas en cambios funcionales en lasneuronas 37. En un estudio separado con un enfoque similar, se utilizaron modelos iPSC con electrofisiología automatizada de pinza de parche y modelos in silico para clasificar variantes génicas en canales de calciotipo T 38. Centrándose en CACNA1G, un gen que codifica Cav3.1 en varios tipos de neuronas, CACNA1G fue mutado para crear 18 variantes de Cav3.1 que luego fueron transfectadas transitoriamente en neuronas. A continuación, se realizaron grabaciones automáticas de patch-clamp, seguidas de enfoques manuales de patch-clamp y computacionales. Observaron que el patch-clamp automatizado y el patch-clamp manual daban resultados similares y que los enfoques computacionales podían determinar los cambios funcionales inducidos por variantes genéticasespecíficas 38. Aunque los modelos computacionales proporcionan una forma relativamente rápida de predecir las consecuencias funcionales de variantes génicas, los enfoques electrofisiológicos siguen siendo lentos y requieren habilidades altamente especializadas que limitan la utilidad de esos enfoques al intentar validar un gran número de variantes.
Las matrices multielectrodo (MEAs) se utilizan para medir la actividad eléctrica alrededor de pequeños grupos o a través de grandes redes de celdas. Este método difiere de la electrofisiología patch-clamp en que se centra en modelos multicelulares, mientras que patch-clamp se centra en un solo canal o célula39,40. Por ello, los MEA pueden aportar información sobre cómo interactúan diferentes regiones cerebrales entre sí y pueden utilizarse para estudiar enfermedades a escala de red. Muchos estudios han utilizado MEAs para investigar modelos experimentales de epilepsia yTEA 14,39. Una característica clave de los MEA es que pueden determinar las formas en que interactúan diferentes tipos de células neuronales (por ejemplo, neuronas glutamatérgicas, interneuronas GABAérgicas, progenitores y células gliales)14. Esto convierte a los MEA en un enfoque excelente para estudiar ensambladores cerebrales. Un estudio, realizado por Pan et al., utilizó este método para estudiar el desarrollo de redes neuronales. Los autores utilizaron células madre pluripotentes humanas (hPSC) de fibroblastos14 del prepucio, que primero fueron marcados viralmente y luego cultivados para generar ensambladores. Luego, los ensambladores se adhierieron a las placas MEA yregistraron 14. Es importante destacar que, dado que los ensambloides podían ser estabilizados, registrados y sometidos a experimentos farmacológicos durante aproximadamente 50 días, este paradigma podría utilizarse para analizar fármacos terapéuticos para tratar la epilepsia asociada a las NDD. De hecho, este enfoque podría usarse para analizar cualquier NDD en el que se conozcan o sospechen cambios en las propiedades de la redde las neuronas 14.