Los reactivos y el equipo utilizados se enumeran en la Tabla de materiales.
Cultivo celular
Se utilizaron las líneas celulares de adenocarcinoma pulmonar humano (LUAD) A549 y H358, y la línea celular epitelial bronquial inmortalizada Beas-2b. Se seleccionaron A549 (KRAS G12S) y H358 (KRAS G12C; deficiente en STK11) como modelos de LUAD comúnmente empleados con antecedentes distintos de mutaciones en KRAS, mientras que Beas-2b se incluyó como comparador epitelial bronquial no maligno. Las células A549 y H358 se mantuvieron en medio RPMI-1640, y las células Beas-2b se mantuvieron en medio DMEM; cada medio contenía 10% de suero bovino fetal y 1% de penicilina-estreptomicina. Las células se cultivaron a 37 °C en una atmósfera humedecida que contenía 5% de CO₂. Dado que las líneas celulares del tumor y el comparador epitelial se mantuvieron en medios de rutina diferentes, las comparaciones de expresión basal entre líneas celulares se interpretaron con precaución.
Transducción lentiviral y selección estable de células
Se utilizaron vectores lentivirales que portaban el precursor de hsa-miR-486-3p (LV-miR-486-3p) o una secuencia de control negativo aleatoria (LV-NC) en un diseño de ganancia de función estable. Las células A549 y H358 se sembraron en placas de 6 pocillos a una densidad de 5 × 104 células/pocillo y se cultivaron durante la noche. Al día siguiente, las células se expusieron al lentivirus a una multiplicidad de infección (MOI) de 10 en presencia de 8 µg/mL de polibreno. Después de 24 h, el inóculo viral se reemplazó con medio completo fresco. Las células transducidas se seleccionaron con 2 µg/mL de puromicina durante 7 días. Tras la selección, las células sobrevivientes se dejaron recuperar y se ampliaron para los ensayos moleculares y funcionales posteriores. No se incluyó un brazo con inhibidor de miR-486-3p porque el presente estudio fue diseñado específicamente para evaluar los efectos de la sobreexpresión forzada estable.
NOTA: La MOI, el tiempo de exposición a la polibrena y las condiciones de selección con puromicina deben mantenerse idénticos entre los grupos LV-NC y LV-miR-486-3p para minimizar las diferencias relacionadas con el tratamiento en la viabilidad celular.
RT-qPCR
Se realizó RT-qPCR para determinar los niveles de expresión de miR-486-3p y confirmar la eficiencia de la sobreexpresión lentiviral en células A549 y H358. El ARN total se aisló utilizando el reactivo TRIzol según las instrucciones del fabricante. La concentración y pureza del ARN se evaluaron espectrofotométricamente, considerándose aceptable una relación A260/A280 de 1,8–2,1. Para el análisis de ARNm, 1 µg de ARN total se transcribió inversamente a ADNc utilizando un kit comercial de síntesis de ADNc según el protocolo del fabricante. Para el análisis de microARN, la síntesis de ADNc se realizó utilizando un cebador específico de bucle en tallo para miARN. La PCR cuantitativa se llevó a cabo en un volumen total de reacción de 20 µL que contenía 10 µL de mezcla maestra 2× SYBR Green, 0,4 µM de cada cebador y 2 µL de la plantilla de ADNc. El protocolo de amplificación consistió en una etapa inicial de desnaturalización a 95 °C durante 5 min, seguida de 40 ciclos de desnaturalización a 95 °C durante 10 s y hibridación/extensión a 60 °C durante 30 s. Posteriormente, se realizó un análisis de la curva de disociación para verificar la especificidad de la amplificación. El ARN nuclear pequeño U6 se utilizó como control interno para la cuantificación de miARN, mientras que GAPDH se empleó como gen de referencia para la normalización del ARNm. Los niveles relativos de expresión se determinaron utilizando el método 2−ΔΔCq.
Las secuencias de los cebadores para miARN fueron las siguientes: cebador de retrotranscripción con bucle en tallo, 5′-GTCGTATCGACTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCAGTCGATACGAC
ATCCTG-3′; cebador directo de miR-486-3p, 5′-CGCGGGGCAGCTCAGTA-3′; cebador inverso universal, 5′-ACTGCAGGGTCCGAGGTATT-3′; cebador directo de U6, 5′-CTCGCTTCGGCAGCACA-3′; y cebador inverso de U6, 5′-AACGCTTCACGAATTTGCGT-3′. Las secuencias de los cebadores para WNT5B, DVL1, CTNNB1, BCL2 y GAPDH, junto con las longitudes de los amplicones y las eficiencias de amplificación, se proporcionan en Tabla 1. La expresión de ARNm se normalizó respecto a GAPDH, mientras que la expresión de miR-486-3p se normalizó respecto a U6. Cada experimento incluyó tres réplicas biológicas independientes, con tres réplicas técnicas por réplica biológica.
Transferencia Western
Después de completar la selección con puromicina de 7 días y un período de recuperación, las células se lisaron en tampón RIPA que contenía inhibidores de proteasas. Las concentraciones de proteína se determinaron mediante un ensayo de proteína BCA. Se separaron cantidades iguales de proteína (20 µg por pocillo) en geles de SDS-PAGE al 10 % y se transfirieron a membranas de PVDF mediante transferencia húmeda a 300 mA durante 120 min. Las membranas se bloquearon con leche descremada al 5 % preparada en solución salina tamponada con Tris que contenía Tween-20 al 0,1 % (TBST) durante 1 h a temperatura ambiente. Las membranas se incubaron durante la noche a 4 °C con anticuerpos primarios contra WNT5B (1:1.000), DVL1 (1:1.000), β-catenina (1:1.000), BCL-2 (0,5 µg/mL) o β-actina (1:5.000). Los fabricantes y números de catálogo de todos los anticuerpos se proporcionan en la Tabla de Materiales. Después de tres lavados de 10 min con TBST, las membranas se incubaron con un anticuerpo secundario de cabra anti-IgG de conejo conjugado con HRP, diluido 1:5.000, durante 1 h a temperatura ambiente. Luego, las membranas se lavaron tres veces con TBST, y las bandas proteicas se visualizaron utilizando un sustrato quimioluminiscente e imagenes se obtuvieron con un sistema de documentación e imagen de geles. Las intensidades de las bandas se cuantificaron utilizando ImageJ. La abundancia de cada proteína diana se normalizó respecto a la señal correspondiente de β-actina del mismo muestra biológica. Solo se utilizaron exposiciones dentro del rango lineal de detección, no saturado, para el análisis densitométrico. Se realizaron tres experimentos biológicos independientes.
Ensayo con el kit de conteo celular-8
Se sembraron células A549 y H358 transducidas establemente con LV-NC o LV-miR-486-3p en placas de 96 pocillos a 1,5 × 104 células/pocillo en 100 µL de medio completo. Tras la adhesión durante la noche, se reemplazó el medio y se midió inmediatamente la absorbancia a las 0 h tras la adición del reactivo del Kit de Conteo de Células-8. A las 0 h, 24 h, 48 h, 72 h y 96 h, se añadieron 10 µL de reactivo por pocillo y se incubaron durante 1 h a 37 °C antes de leer la absorbancia a 450 nm. Para el análisis cinético revisado, cada grupo se normalizó respecto a su propio valor a las 0 h antes de la representación gráfica. Se realizaron tres experimentos biológicos independientes, y los pocillos técnicos dentro de cada experimento se promediaron antes del análisis estadístico.
Ensayo de formación de colonias
Las células A549 y H358 seleccionadas de forma estable se prepararon como suspensiones simples de células a 5 × 102 células/mL. Se sembró un mililitro de suspensión celular en cada pocillo de una placa de 6 pocillos, seguido de 3 mL de medio completo. Las células se cultivaron durante 14 días, con reemplazo del medio cada 5 días. Las colonias se lavaron con PBS, se fijaron con paraformaldehído al 4 % durante 20 minutos, se tiñeron con violeta cristal durante 20 minutos, se lavaron nuevamente y se secaron al aire. Se contaron las colonias que contenían al menos 50 células utilizando ImageJ. Se realizaron tres experimentos biológicos independientes.
NOTA: Se requiere una suspensión uniforme de células individuales y una mínima perturbación de la placa durante el establecimiento de colonias para evitar la agrupación artificial de células.
Ensayo de migración celular
Se sembraron células A549 y H358 transducidas de forma estable en placas de 6 pocillos y se cultivaron hasta la formación de una monocapa confluente. Se realizó un rasguño recto con una punta estéril de pipeta de 10 µL, se eliminaron las células desprendidas y se capturaron imágenes de los mismos campos marcados a las 0 h, 24 h, 48 h y 72 h. El área de la herida se midió mediante ImageJ, y el cierre de la herida se calculó como (área a las 0 h − área en el punto de tiempo indicado) / área a las 0 h × 100 %. Se realizaron tres experimentos biológicos independientes. No se utilizó ningún inhibidor farmacológico de la proliferación; por lo tanto, este ensayo se interpretó como una medida del cierre de la herida y no como una lectura específica de la migración.
NOTA: Los arañazos deben generarse con una anchura y presión constantes, y deben seguirse campos idénticos a lo largo del curso del tiempo.
Ensayo de invasión celular
Los ensayos de invasión en Transwell se realizaron utilizando insertos de membrana de policarbonato de 24 pocillos con un tamaño de poro de 8 µm. La superficie superior de cada inserto se recubrió con 100 µL de matriz de membrana basal Matrigel diluida 1:8 en DMEM sin suero hasta una concentración proteica final aproximada de 1 mg/mL y se incubó a 37 °C durante 4 h. Las células A549 y H358 se resuspendieron en medio RPMI-1640 sin suero a densidades de 8 × 105 células/mL y 4 × 105 células/mL, respectivamente. Se añadió una alícuota de 200 µL de la suspensión celular a la cámara superior, lo que correspondió a 1,6 × 105 células A549 o 8 × 104 células H358 por inserto. La cámara inferior se llenó con 500 µL de medio RPMI-1640 que contenía 20% de suero bovino fetal como quimioatractante. Tras la incubación a 37 °C en una atmósfera húmeda con 5% de CO₂ durante 48 h, las células no invasoras que permanecían en la superficie superior de la membrana se eliminaron suavemente con un hisopo de algodón. Las células que habían invadido a través de la membrana se fijaron con paraformaldehído al 4% durante 20 min y se tiñeron con violeta cristal al 0,1% durante 20 min a temperatura ambiente. Se capturaron imágenes de cinco campos microscópicos seleccionados al azar por cada inserto, y el número de células invadidas se cuantificó utilizando ImageJ. El recuento medio de células de los cinco campos se consideró un único valor por inserto, y el inserto, y no el campo microscópico individual, se trató como la unidad experimental. Se realizaron tres experimentos biológicos independientes.
NOTA: Retire las células no invasoras suave y consistentemente para evitar dañar la membrana o desalojar las células que han migrado a su superficie inferior.
Análisis estadístico
Los datos se presentan como media ± SD, y n denota experimentos biológicos independientes a menos que se indique lo contrario. Los réplicas técnicas o los múltiples campos microscópicos provenientes de la misma unidad experimental se promediaron antes de las pruebas inferenciales. Para la comparación entre las tres líneas celulares, se utilizó un análisis de varianza de un factor seguido de comparaciones por pares ajustadas según Tukey. Para los cursos temporales de CCK-8 y cierre de herida, se empleó un análisis de varianza de dos vías con medidas repetidas para evaluar los efectos del tratamiento, el tiempo y la interacción tratamiento-por-tiempo, seguido de comparaciones ajustadas según Šídák en puntos temporales individuales. Las comparaciones entre dos grupos se analizaron utilizando una prueba t de Student no pareada de dos colas. pruebas t. Los análisis estadísticos y la visualización de datos se realizaron utilizando software de análisis estadístico y graficación. Exacto p-los valores se indican en los paneles de las figuras o en las tablas de datos originales. La significancia estadística se definió como p < 0.05; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0,001 y ****p < 0.0001.