El protocolo descrito aquí permite la tinción intracelular de dianas proteicas para las cuales no existen anticuerpos comerciales validados para citometría de flujo. Como ejemplo representativo, se evaluó la tinción del factor de empalme 3a subunidad 1 (SF3A1), una proteína de empalme expresada ubicuamente que se localiza en el núcleo, utilizando un anticuerpo policlonal de conejo generado frente a un péptido correspondiente a los aminoácidos 18–37 de SF3A1 (SF3A118–37; EPKQPTEEEASSKEDSAPSK)18,19.
Para evaluar el protocolo de tinción, las células se tiñeron con el anticuerpo policlonal primario anti-SF3A118–37 sin conjugación, ya sea antes o después del tratamiento con paraformaldehído (PFA) solo o con tratamiento secuencial de PFA + EtOH (Figuras 1 y 2). Como era de esperar, no se detectó ninguna población positiva para SF3A1 en las muestras teñidas antes del tratamiento con PFA (Pre-PFA) ni antes del tratamiento secuencial con PFA y EtOH (Pre-EtOH) (Figura 2A). La tinción realizada después del tratamiento con PFA solo (Post-PFA) identificó una pequeña población positiva para SF3A1 (Figura 2B). En contraste, una población positiva claramente definida para SF3A1 se observó únicamente cuando la tinción se realizó después de la permeabilización con EtOH (Post-EtOH) (Figura 2B). Estos hallazgos indican que el protocolo detecta una tinción de SF3A1 considerablemente mayor tras la permeabilización con EtOH que tras el tratamiento con PFA solo.

Figura 2. Evaluación de la tinción de SF3A1 tras la fijación con paraformaldehído y la permeabilización con etanol. Gráficos representativos de citometría de flujo de células K562 viables, negativas para el colorante de viabilidad, que muestran la fluorescencia DyLight 488 (DL488) frente al área de dispersión lateral (SSC-A). La región enmarcada indica la población positiva para SF3A1 (SF3A1⁺). SF3A1, subunidad 1 del factor de empalme 3a; PFA, paraformaldehído; EtOH, etanol. (A) Tinción con anticuerpo anti-SF3A1 realizada antes de la fijación con PFA (Pre-PFA; izquierda) o antes de la fijación con PFA seguida de permeabilización con EtOH (Pre-EtOH; derecha). (B) Tinción con anticuerpo anti-SF3A1 realizada después de la fijación con PFA (Post-PFA; izquierda) o después de la fijación con PFA seguida de permeabilización con EtOH (Post-EtOH; derecha). (C) Comparación de la tinción de SF3A1 tras la permeabilización con EtOH durante 2 h o durante la noche. Haga clic aquí para ver una versión ampliada de esta figura.
Para determinar si la duración de la exposición al EtOH afectaba la tinción o la integridad celular, las células fueron tratadas con EtOH durante 2 h o durante la noche. El análisis citométrico de flujo no mostró diferencias apreciables en la intensidad de tinción ni en la integridad celular aparente entre las dos condiciones (Figura 2C). Estos hallazgos indican que 2 h de permeabilización con EtOH produjeron una tinción comparable a la incubación durante la noche en las condiciones evaluadas.
Tras confirmar que la permeabilización con EtOH produjo una tinción detectable de SF3A1 (Figura 2B) y establecer la tinción basal de SF3A1 en ausencia del péptido competidor (Figura 3A), se evaluó la especificidad del anticuerpo mediante competición con péptidos. Las células se incubaron con el péptido SF3A118–37 o con un péptido control no específico correspondiente a los aminoácidos 778–793 de SF3A1 (SF3A1778–793; GAVIHLALKERGGRKK). Los péptidos se añadieron junto con el anticuerpo primario (Protocolo, Paso 7). La incubación con un exceso del péptido específico SF3A118–37 redujo el porcentaje de células positivas para SF3A1 a un nivel comparable al del control sin tinción, mientras que el péptido no específico SF3A1778–793 no alteró de forma medible el perfil de tinción (Figura 3B,C). Experimentos de titulación con péptidos mostraron una inhibición dependiente de la dosis del acoplamiento del anticuerpo por el péptido homólogo SF3A118–37 (IC50 = 21,6 nM), mientras que no se observó inhibición con hasta un exceso molar 50 veces mayor del péptido no específico SF3A1778–793 (Figura 3D). Estos resultados demuestran que el ensayo de competición con péptidos puede utilizarse para evaluar la inhibición del acoplamiento del anticuerpo mediante citometría de flujo.

Figura 3. Inhibición competitiva dependiente de la dosis del marcaje con anticuerpo anti-SF3A1 mediante un péptido cognado. Gráficos representativos de citometría de flujo de células K562 viables y negativas para el colorante de viabilidad, mostrando la fluorescencia DyLight 488 (DL488) frente al área de dispersión lateral (SSC-A). La región enmarcada indica la población positiva para SF3A1 (SF3A1⁺). SF3A1, factor de empalme 3a subunidad 1. (A) Control sin marcaje y marcaje con anticuerpo anti-SF3A1. (B) Marcaje de SF3A1 tras la adición dependiente de la dosis del péptido cognado SF3A1(18–37). (C) Marcaje de SF3A1 tras la adición dependiente de la dosis del péptido no específico SF3A1(778–793). Las concentraciones del péptido fueron 216, 43,3, 21,7, 10,8, 5,4 y 2,7 nM; las relaciones molares péptido-anticuerpo indicadas en la figura se calcularon en relación con una concentración de anticuerpo anti-SF3A1 de 4,33 nM. (D) Curva de inhibición competitiva que muestra el porcentaje de células positivas para SF3A1 en función de la concentración del péptido. El péptido cognado SF3A1(18–37) inhibió la unión del anticuerpo de manera dependiente de la dosis, mientras que el péptido SF3A1(778–793) no lo hizo. La concentración inhibitoria media (IC₅₀) para el péptido cognado fue de 21,6 nM, determinada utilizando un modelo no lineal de mejor ajuste de inhibidor frente a respuesta normalizada con pendiente variable. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Finalmente, se evaluó el protocolo para la detección del receptor de eritropoyetina (EpoR), un receptor de superficie celular que también está presente intracelularmente durante la biosíntesis del receptor y tras la internalización inducida por el ligando20,21. EpoR es una proteína de 508 aminoácidos compuesta por un dominio extracelular en el extremo N-terminal, una región transmembrana única que abarca los aminoácidos 251–273 y un dominio intracelular en el extremo C-terminal. Se aplicó un anticuerpo policlonal anti-EpoR de conejo no conjugado (BS-1424R), previamente validado para inmunotransferencia, inmunohistoquímica e inmunofluorescencia, pero no para citometría de flujo22,23,24,25,26, utilizando el protocolo de tinción descrito anteriormente. Según el fabricante, el anticuerpo BS-1424R fue producido frente a los aminoácidos 330–365 dentro del dominio intracelular de EpoR.
Cuando las células se tiñeron antes del tratamiento con PFA (Pre-PFA), Figura 4A). En contraste, aproximadamente el 77% y el 84% de las células K562 fueron positivas tras el tratamiento únicamente con PFA (Post-PFA) y tras el tratamiento secuencial con PFA más EtOH (Post-EtOH), respectivamente (Figura 4B–D). En contraste con la tinción de SF3A1, se observó un aumento en la tinción de EpoR tras ambos protocolos, Post-PFA y Post-EtOH (comparar Figuras 2B y 4D). Estos hallazgos son coherentes con la ubicación del epítopo BS-1424R dentro del dominio intracelular del receptor de eritropoyetina (EpoR). La detección de inmunorreactividad frente a EpoR en ambas condiciones de tinción indica que el tratamiento con PFA permeabiliza suficientemente la membrana plasmática de las células K562 para permitir la unión del anticuerpo al epítopo intracelular. En este protocolo, el uso de un único anticuerpo secundario requiere la evaluación de los reservorios de EpoR en la superficie y en el interior celular mediante muestras tratadas y teñidas por separado. Esta limitación puede superarse utilizando anticuerpos primarios generados en especies huésped diferentes, lo que permite la detección multiplex mediante anticuerpos secundarios específicos de especie.

Figura 4Detección del receptor de eritropoyetina (EpoR) en células K562 tras diferentes condiciones de fijación y permeabilización. Representativos gráficos de citometría de flujo de células vivas de K562 negativas para el colorante de viabilidad, que muestran la fluorescencia de DyLight 488 (DL488) frente al área de dispersión lateral (SSC-A). La región enmarcada indica la población positiva para EpoR (EpoR⁺). La tinción de EpoR se realizó utilizando el anticuerpo policlonal BS-1424R dirigido contra los aminoácidos 330–365 dentro del dominio intracelular de EpoR. (A) Tinción de EpoR antes de la fijación con PFA (Pre-PFA). (B) Tinción de EpoR después de la fijación con PFA (Post-PFA). (C) Tinción de EpoR después de la fijación con PFA y permeabilización secuencial con EtOH (Post-EtOH). (D) Cuantificación de células positivas para EpoR en cada condición de tinción. Los datos se presentan como media ± error estándar de la media (SEM) de tres experimentos independientes (n = 3). La significancia estadística se determinó mediante la prueba t de Student t-prueba. P < 0,01 se indica con **. Las comparaciones mostradas son Pre-PFA frente a Post-PFA y Pre-PFA frente a Post-EtOH. Ab, anticuerpo; EpoR, receptor de eritropoyetina; PFA, paraformaldehído; EtOH, etanol. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.