Cultivo celular, tratamiento y transfección
La línea celular de carcinoma nasofaríngeo humano (NPC), C666-1 (RRID: CVCL_M597), y la línea celular de epitelio nasofaríngeo humano no maligno, NP69 (RRID: CVCL_F755), se adquirieron de un proveedor comercial. Ambas líneas celulares fueron autenticadas mediante perfilado de repeticiones en tándem cortas (STR) y se confirmó que estaban libres de contaminación por micoplasma antes de su uso. Para el cultivo rutinario, las células C666-1 se propagaron en medio RPMI 1640 suplementado con 10 % de suero bovino fetal (FBS) y 1 % de penicilina-estreptomicina. Las células NP69 se cultivaron en medio libre de suero para queratinocitos, suplementado con 10 % de FBS, 10 ng/mL de factor de crecimiento epidérmico recombinante y 1 % de penicilina-estreptomicina. La ruscogenina (Rus; pureza ≥ 98 %) se adquirió de un proveedor comercial. Ambas líneas celulares se mantuvieron en un incubador humedecido a 37 °C bajo 5 % de CO₂. Para los tratamientos, las células se expusieron a ruscogenina (Rus) a concentraciones variables (10, 20, 50 µM) durante 24 h22. Para la transfección, se transfirieron en las células C666-1 plásmidos que codifican la desmetilasa 1A específica para lisina para sobreexpresión (oe-KDM1A) y un vector vacío negativo correspondiente (oe-NC), adquiridos de un proveedor comercial, cuando la confluencia celular alcanzó entre 70 y 80 %. Específicamente, 2,5 µg de ADN plasmídico y 5 µL de un reactivo de transfección basado en lípidos se diluyeron por separado en 150 µL de un medio con bajo contenido de suero, se mezclaron suavemente, se incubaron durante 20 min a temperatura ambiente y luego se añadieron a cada pocillo de una placa de 6 pocillos según el protocolo del fabricante. Las células se incubaron durante 48 h a 37 °C, y posteriormente se confirmó la eficacia de la transfección.
Ensayo con el kit de conteo celular-8 (CCK-8)
La viabilidad celular tras el tratamiento con Rus se cuantificó mediante el ensayo CCK-8. Para este procedimiento, las células se sembraron primero en placas de 96 pocillos y se cultivaron durante la noche. El ensayo se inició añadiendo 10 µL de solución CCK-8, y tras 2 h de incubación, el cambio colorimétrico resultante se midió como densidad óptica (OD) a 450 nm utilizando un lector de placas.
Ensayo de formación de colonias
Para evaluar la supervivencia clonogénica, las células C666-1 se sembraron en placas de 6 pocillos y se cultivaron durante 14 días. Tras el período de incubación, las colonias resultantes se fijaron con metanol al 100 % durante 10 min y luego se visualizaron con violeta de cristal al 0,5 % durante 30 min. A continuación, se cuantificó el número de colonias teñidas mediante imágenes microscópicas y recuento.
Transferencia Western
Para el análisis por inmunotransferencia, primero se extrajo la proteína total de las células con tampón RIPA, y los lisados resultantes se centrifugaron (12.000 × g) para recolectar el sobrenadante. Se utilizó un ensayo BCA para cuantificar los niveles de proteína. Se cargaron cantidades iguales de proteína total (30 µg por pocillo) y se separaron mediante electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato de sodio al 10 % (SDS-PAGE). Tras la separación, las proteínas se transfirieron a membranas de fluoruro de polivinilideno (PVDF) a un voltaje constante de 100 V durante 90 min en hielo. Luego, las membranas se bloquearon con albúmina sérica bovina (BSA) al 5 % preparada en solución salina tamponada con tris que contenía Tween 20 al 0,1 % (TBST) durante 2 h a temperatura ambiente. Posteriormente, las membranes se incubaron durante la noche a 4 °C con los siguientes anticuerpos primarios diluidos en tampón de bloqueo (todos a 1:1000): Ki67, PCNA, MMP2, MMP9, Bcl-2, Bax, KDM1A, SLC7A11, GPX4, ACSL4, TFR1 y β-actin. Finalmente, tras una incubación de 2 h con anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa de rábano picante (HRP), las bandas inmunorreactivas se visualizaron utilizando un reactivo de detección por quimioluminiscencia mejorada (ECL), y se realizó un análisis densitométrico con software de análisis de imágenes.
Ensayo de raya para heridas
Para el ensayo de cicatrización de heridas, las células C666-1 se cultivaron hasta alcanzar una confluencia del 80 % en placas de 6 pocillos. Se realizó una herida uniforme en la monocapa mediante raspadura con la punta de un pipeta de 200 µL. Las células desprendidas se eliminaron mediante un lavado con PBS, tras lo cual se reemplazó el medio de cultivo por medio sin suero y se incubó durante 24 h. Se capturaron imágenes del área de la herida a las 0 h y a las 24 h utilizando un microscopio de luz para evaluar la migración celular.
Ensayo Transwell
La invasión celular se evaluó utilizando cámaras tipo transwell (con poros de 8 µm) previamente recubiertas con 50 µL de matriz de membrana basal. La capacidad invasiva de las células C666-1 se analizó mediante cámaras tipo transwell. Los insertos superiores se sembraron con células suspendidas en medio sin suero, mientras que los pozos inferiores contenían DMEM con 10 % de FBS. Tras una incubación de 24 h, las células que permanecían en el lado apical de la membrana se eliminaron cuidadosamente. Para la cuantificación, las células localizadas en la superficie basolateral se fijaron en metanol, se tiñeron con violeta cristal al 0,1 % y se contaron a partir de imágenes capturadas por microscopía de luz.
Citometría de flujo
La apoptosis se cuantificó mediante citometría de flujo. Para preparar las muestras, se recolectaron células C666-1, se lavaron con PBS frío y luego se resuspendieron en 100 µL de tampón de enlace. Las células se tiñeron simultáneamente con Annexina-V-FITC (20 µg/mL) y yoduro de propidio (PI). Esta tinción se realizó durante 15 min en hielo, protegida de la luz. Los datos se adquirieron inmediatamente en un citómetro de flujo para determinar el porcentaje de células apoptóticas.
Detección de la actividad de la caspasa-3
La actividad de la caspasa-3 se midió utilizando un kit de ensayo comercial según las instrucciones del fabricante. En breve, las células C666-1 fueron lisadas, y los sobrenadantes se recolectaron tras la centrifugación a 14.000 × g. Tras una incubación de 2 h con el reactivo proporcionado, la absorbancia de cada sobrenadante se cuantificó a 405 nm.
RT-qPCR
El ARN total se purificó a partir de células C666-1 utilizando un reactivo comercial de extracción de ARN. El ARN obtenido se transcribió inversamente en ADN complementario de primera cadena utilizando un kit comercial según el protocolo del fabricante. Posteriormente, se realizó el análisis de expresión génica mediante PCR cuantitativa (qPCR) en un sistema de PCR en tiempo real con una mezcla maestra basada en SYBR Green. Se empleó el método comparativo de Ct (2⁻△△Ct) para determinar los niveles relativos de transcritos. Las secuencias de los cebadores utilizadas para la amplificación fueron: β-actin (Sentido: 5'-CATGTACGTTGCTATCCAGGC-3'; Antisentido: 5'-CTCCTTAATGTCACGCACGAT-3') y KDM1A (Sentido: 5'-TGACCGGATGACTTCTCAAGA-3'; Antisentido: 5'-GTTGGAGAGTAGCCTC AAATGTC-3').
Ensayo de sustancias reactivas con el ácido tiobarbitúrico (TBARS)
Para medir la peroxidación lipídica, primero se prepararon sobrenadantes a partir de células C666-1 mediante precipitación (15 % TCA, 500 mM BHA) y centrifugación durante 10 min a 10 000 × g. Luego, estos sobrenadantes se hicieron reaccionar con ácido tiobarbitúrico al 0,375 % y se calentaron a 100 °C durante 10 min para generar el aducto MDA-TBA. El nivel de este aducto, indicativo de peroxidación lipídica, se determinó midiendo la absorbancia a 532 nm en un lector de microplacas23.
Detección de especies reactivas de oxígeno lipídicas (ROS)
Se detectó la peroxidación lipídica utilizando una sonda fluorescente de peroxidación lipídica. Las células C666-1 se sembraron en placas de 6 pocillos, se cultivaron durante la noche y luego se expusieron a la sonda fluorescente (2 µM). Esta sonda presenta un desplazamiento de fluorescencia del rojo al verde tras la oxidación. Se analizó la relación de fluorescencia verde/rojo mediante un microscopio confocal de barrido láser y software de análisis de imágenes. La relación de fluorescencia verde/rojo representada gráficamente estuvo claramente definida y se utilizó como indicador cuantitativo de los niveles de peroxidación lipídica24.
Detección de Fe2+
El nivel intracelular de hierro ferroso (Fe2⁺) se midió utilizando una sonda fluorescente de hierro intracelular. Las células C666-1 se incubaron con 10 µM de sonda fluorescente durante 10 min. Después de lavar con PBS para eliminar el exceso de sonda, las células se analizaron mediante microscopía de fluorescencia.
Análisis de acoplamiento molecular
El acoplamiento molecular es un método computacional fundamental que facilita el diseño de fármacos novedosos mediante la predicción de la afinidad de unión y la interacción entre un ligando y su proteína diana, evaluando sus modos de unión25. A partir de la página web de RCSB PDB (https://www.rcsb.org/), se obtuvo la estructura tridimensional de KDM1A (ID de PDB: 6NQU). Para la preparación de la estructura proteica de KDM1A, se eliminó el agua y los ligandos pequeños irrelevantes. La simulación de acoplamiento molecular se realizó mediante software de acoplamiento molecular utilizando el algoritmo genético lamarcquiano, y la visualización se llevó a cabo con software de visualización molecular26.
Análisis estadístico
Todos los experimentos se realizaron utilizando al menos tres réplicas biológicas independientes, y los resultados se presentan como la media ± desviación estándar (DE). El análisis estadístico se realizó mediante software de análisis estadístico. Las diferencias entre múltiples grupos se evaluaron mediante análisis de varianza de un solo factor (ANOVA) seguido de la prueba a posteriori de comparaciones múltiples de Tukey. Se consideró que un valor de P menor a 0,05 indica una diferencia estadísticamente significativa.