Name: Bloque de agar-microcosmos de descomposición controlada de Tejidos Vegetales de hongos aerobios (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-02-03T17:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 34 s
Description: Aprende a estudiar la biodegradación de tejidos vegetales por hongos aerobios usando microcosmos de agar con control de humedad y sustratos exógenos. Este método mejora la reproducibilidad en investigaciones de ecología microbiana.

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<ol><li>ASTM D1413-07. Standard test method for testing wood preservatives by laboratory soil-block cultures. . <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Annual+Book+of+ASTM+Standards%22">Annual Book of ASTM Standards</a>. , 185-192 (2007).</li>
<li>Bravery, A. F. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBravery%2C+AF+%22A+miniaturized+wood+block+for+the+rapid+evaluation+of+wood+preservative+fungicides%22">A miniaturized wood block for the rapid evaluation of wood preservative fungicides</a>. , International Research Group on Wood Protection (IRG/WP 2113). (1978).</li>
<li>Low, G. A., Young, M. E., Martin, P., Palfreyman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+the+relationship+between+the+dry+rot+fungus+Serpula+lacrymans+and+selected+forms+of+masonry%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+Biodeterior.+Biodegrad%22%5BJournal%5D)">Assessing the relationship between the dry rot fungus Serpula lacrymans and selected forms of masonry.</a> Int. Biodeterior. Biodegrad. 46, 141-150 (2000).</li>
<li>Nicolas, D. Volume I (One/1) - Degradation and Protection of Wood (Syracuse Wood Science Series #5). <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aNicolas%2C+D+%22Wood+Deterioration+and+Its+Prevention+by+Preservative+Treatments%22">Wood Deterioration and Its Prevention by Preservative Treatments</a>. , Syracuse University Press. (1973).</li>
<li>Schilling, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+calcium-based+materials+and+iron+impurities+on+wood+degradation+by+the+brown+rot+fungus+Serpula+lacrymans%5BTitle%5D)+AND+%22Holzforschung%22%5BJournal%5D)">Effects of calcium-based materials and iron impurities on wood degradation by the brown rot fungus Serpula lacrymans.</a> Holzforschung. 64, 93-99 (2010).</li>
</ol>

Usando nuestro bloque de agar-set-up (Figura 1) lacrymans Serpula creció en contacto directo con las superficies de yeso y en bloques de madera (Figura 2), lo que lleva a más del 60% de pérdida de peso en el control de color marrón-podrido bloques de pino (Figura 3 ). Esto satisface fácilmente la meta estándar ASTM de descomposición&gt; 50%, y el coeficiente promedio de variación (C V) en decadencia en 0.055 fue en la semana 16. Estos datos se publican en Schilling 7. Una vez más, otros ho...

<table><tbody><tr><td>Placas de Petri</td><td>Nalge Nunc international</td><td>4014</td><td>25 x 150 mm</td></tr><tr><td>Agar, tipo A</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A4550</td><td></td></tr><tr><td>Nitrato de amonio, NH&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;NO&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;</td><td>Millinckrodt</td><td>3436-12</td><td></td></tr><tr><td>Fosfato de potasio, KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td>JT Baker</td><td>3246-01</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de magnesio heptahidratado, MgSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;#8226;7H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>230391</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Glucosa</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8270</td><td>Dextrosa</td></tr><tr><td>Ácido bórico, H&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;BO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td>Mallinckrodt Baker Inc.</td><td>2549-04</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de zinc heptahidratado, ZnSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;#8226;7H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Mallinckrodt Baker Inc.</td><td>8880-12</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro manganoso tetrahidratado, MnCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;&amp;#8226;4H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>JT Baker</td><td>2540-04</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de cobre(II) pentahidratado, CuSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;#8226;5H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>209198</td><td></td></tr><tr><td>Heptamolibdato de amonio tetrahidratado, (NH&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)&lt;sub&gt;6&lt;/sub&gt;Mo&lt;sub&gt;7&lt;/sub&gt;O&lt;sub&gt;24&lt;/sub&gt;&amp;#8226;4H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>431346</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de calcio dihidratado, CaCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;&amp;#8226;2H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Mallinckrodt Baker Inc.</td><td>4160-12</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de sodio, NaCl</td><td>Mallinckrodt Baker Inc.</td><td>7581-12</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato ferroso heptahidratado, FeSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;#8226;7H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Mallinckrodt Baker Inc.</td><td>5056-12</td><td></td></tr><tr><td>Pipet-aid</td><td>Drummond Scientific</td><td>4-000-110</td><td>Sin cable&lt;br/&gt;EtOH la superficie</td></tr><tr><td>Pipeta estéril de poliestireno de 10 ml</td><td>BD Biosciences</td><td>357551</td><td></td></tr><tr><td>Gutter Guard</td><td>Thermwell Products Co.</td><td>VX620</td><td>Pre-lavado con jabón&lt;br/&gt;Tienda de ferretería</td></tr><tr><td>Sulfato de calcio hemihidratado, CaSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;#8226;0.5H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Acros Organics</td><td>385355000</td><td></td></tr><tr><td>Corchera #4</td><td>Boekel Scientific</td><td>1601</td><td></td></tr><tr><td>Parafilm &quot;M&quot;</td><td>Pechiney Plastic Packaging</td><td>PM-996</td><td></td></tr></tbody></table>

bloque de agar-microcosmos de descomposición controlada de tejidos vegetales de hongos aerobios

Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi

Los dos métodos principales para el estudio de biodegradación de hongos de tejidos de las plantas lignocelulósicas se han desarrollado para las pruebas de conservación de la madera (suelo-bloque; agar-bloque). Es bien aceptado que bloque de suelo-microcosmos de rendimiento mayores tasas de descomposición, menos problemas de humedad, una menor variabilidad entre los estudios, y aumento de los umbrales de toxicidad conservante. Suelo-bloque de pruebas es, pues, la técnica más utilizada y ha sido estandarizado por la Sociedad Americana para Pruebas y Materiales (ASTM) (método D 1413-1407). El diseño del suelo-bloque tiene sus inconvenientes, sin embargo, utilizando fuentes de suelo a nivel local-variable y en la limitación del control de nutrientes externos (exógenos) en los tejidos en descomposición. Estos inconvenientes se han convertido en un problema en la aplicación de este método a otros objetivos, la investigación cada vez más popular. Estos objetivos incluyen la lignocelulosa moderna degradantes para la investigación de bioenergía, biorremediación de pruebas de co-metabolizada tóxicos, la evaluación de los mecanismos oxidativos, y el seguimiento de los elementos trasladaron a lo largo de las redes de hifas. Los bloques de tierra no prestan suficiente control en estas aplicaciones. Un refinado agar-bloque enfoque es necesario. Aquí, nosotros usamos la podredumbre parda de la madera degradantes hongo lacrymans Serpula para degradar la madera en el microcosmos de bloques de agar, con profunda platos de Petri con agar bajo contenido de calcio. Ponemos a prueba el papel de la exógena de yeso en descomposición en una serie de tiempo, para demostrar la utilidad y la variabilidad esperada. Bloques de una sola placa RIP (corte longitudinal) están condicionadas, se pesa, autoclave, e introdujo asépticamente sobre una malla de plástico. Inoculaciones de hongos se encuentran en cada cara del bloque, con exógenos yeso añadido en las interfaces. Las cosechas son asépticas hasta la cosecha destructiva final. Estos microcosmos están diseñados para evitar el contacto con el bloque de agar o en las paredes placa de Petri. La condensación se reduce al mínimo durante el plato y se derrama durante la incubación. Por último, el inóculo / yeso / madera distancia se reduce al mínimo, pero sin permitir el contacto. Estos aspectos menos técnicos del diseño del agar-bloque también son las causas más comunes de fracaso y la principal fuente de variabilidad entre los estudios. Publicación de vídeo tanto, es útil en este caso, y lo demostramos de baja variabilidad, resultados de alta calidad.

Este vídeo demuestra un enfoque ambiente controlado para estudiar la degradación de los tejidos vegetales lignocelulósicos por hongos aerobios. La capacidad de controlar las fuentes de nutrientes y la humedad es una ventaja clave de microcosmos bloque de agar-, pero el enfoque a menudo produce resultados desiguales. Nos dirigimos a peligros críticos para el rendimiento reproducible, de baja variabilidad de resultados.

Bloque de agar-microcosmos de descomposición controlada de Tejidos Vegetales de hongos aerobios

Los dos métodos principales para estudiar la biodegradación fúngica de los tejidos vegetales lignocelulósicos se desarrollaron para el ensayo de conservantes de la madera (bloque de suelo; ...

El objetivo general de este procedimiento es inocular un hongo aeróbico degradador de madera en un microcosmos de placa de Petri en el que la humedad de la madera y los sustratos exógenos están estrictamente controlados. Esto se logra primero preparando microcosmos con volúmenes exactos de medios conocidos. Luego, la madera que se va a degradar, y cualquier sustrato sólido exógeno, se colocan encima de una rejilla de plástico sobre la superficie de agar sin permitir el contacto entre los sustratos.A continuación, se inocula e incuba el microcosmos con el hongo de prueba. Tras la incubación, se recolectan los bloques de madera para determinar la pérdida de masa y preparar los tejidos para análisis. Finalmente, se pueden obtener resultados que muestran el grado de biodegradación de la madera y el papel de las fuentes exógenas de elementos mediante mediciones de pérdida de masa, observaciones de la morfología del micelio y análisis elementales específicos, como la espectroscopía de plasma acoplado inductivamente.Hola, mi nombre es Brooke Jacobson del laboratorio del Dr. Jonathan Schilling en el Departamento de Ingeniería de Biotecnología y Biosistemas de la Universidad de Minnesota. H

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Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Las películas de plástico con la etiqueta "biodegradable" están disponibles comercialmente para uso agrícola como coberturas. Labranza representa un método de tratamiento atractiva, pero la degradación en condiciones de campo es poco conocida. El propósito de este estudio fue desarrollar métodos para el aislamiento de hongos del suelo nativo y las bacterias que colonizan las películas de mantillo de plástico después del entierro de campo.

El aislamiento de los microorganismos del suelo nativo con potencial para romper biodegradables Mantillo películas de plástico utilizados en la agricultura

Este artículo describe protocolos detallados para la fabricación de ecosistema de dispositivos (EcoFABs) que permiten a los estudios de las plantas y las interacciones planta-microorganismo en condiciones muy controladas de laboratorio.

Protocolos de fabricación (EcoFAB) del ecosistema para la construcción de ecosistemas de laboratorio diseñado para estudiar las interacciones planta-microorganismo

Como los organismos anaeróbicos obligatorios son incapaces de crecer al exponerse al oxígeno, el uso de técnicas de cultivo anaeróbico es indispensable. Aquí, demostramos un método simple y eficaz para cultivar un cultivo mixto derivado de una planta de biogás desde la preparación de medios hasta la cuantificación de gases y ácidos grasos volátiles.

Preparación media para el cultivo de microorganismos bajo condiciones estrictamente anaeróbicas/anóxicos

Aquí, presentamos un protocolo para el cribado de la biodiversidad del suelo para buscar cepas de hongos involucradas en la degradación de materiales recalcitrantes. En primer lugar, se aíslan cepas fúngicas capaces de crecer con ácidos húmicos o lignocelulosa. Su actividad se prueba tanto en ensayos enzimáticos como en contaminantes como hidrocarburos y plásticos.

Aislamiento y cribado de la biodiversidad del suelo para hongos involucrados en la degradación de materiales recalcitrantes

Debido a la opacidad del suelo, las interacciones entre sus microbios constituyentes no se pueden visualizar fácilmente con resolución celular. Aquí, se presentan dos herramientas microfluídicas, que ofrecen nuevas oportunidades para investigar las interacciones fúngico-microbianas. Los dispositivos son versátiles y fáciles de usar, lo que permite un alto control espaciotemporal e imágenes de alta resolución a nivel celular.

Herramientas microfluídicas para sondear las interacciones fúngico-microbianas a nivel celular

En este trabajo describimos una técnica sencilla y económica para inocular y observar hongos micorrícicos arbusculares en sistemas autótrofos superabsorbentes basados en polímeros.

Inoculación y observación de cultivos de micorrizas arbusculares en sistemas autótrofos superabsorbentes basados en polímeros

Proponemos un protocolo optimizado de Microscopía Electrónica de Barrido para la visualización de muestras altamente heterogéneas y delicadas que contienen biomasa vegetal y fúngica, junto con microbiota y biofilm. Este protocolo permite describir las dimensiones espaciales de la organización de la microbiota.

Microbiota de los hormigueros de Atine: visualización de un paisaje microbiano mediante microscopía electrónica de barrido

Este protocolo detalla el ensamblaje de matrices de mini-biorreactores que se utilizarán para el cultivo de flujo continuo de comunidades fecales complejas en condiciones anaeróbicas. También discutimos los métodos de ensamblaje, inoculación y muestreo de los reactores para su posterior análisis.

Conjunto de biorreactor para el cultivo continuo de comunidades fecales complejas

Aquí, presentamos una metodología optimizada para producir compuestos a base de micelio (MBC) a partir de productos petroquímicos y materiales contaminantes para aplicaciones de aislamiento térmico. Para convertirse en carbono neutral y sostenible, los materiales de base biológica y compostables como el biocompuesto de micelio podrían ser la solución. Para determinar si cumplen con los estándares de construcción, se realizaron varios experimentos.

Producción y prueba del comportamiento a la humedad y las propiedades térmicas de la paja de colza y los biocompuestos de micelio de Ganoderma resinaceum

Introducimos un bloque de gradiente de temperatura y detallamos su construcción y utilización. El bloque proporciona 22 temperaturas discretas, distribuidas linealmente entre un rango definido por el usuario de 0 a 90 °C.  Los datos recogidos de este sistema permiten probar y desarrollar nuevas teorías sobre la respuesta térmica a las tasas de descomposición de materia orgánica en el suelo.

Respuesta a la temperatura de las tasas de descomposición de materia orgánica en el suelo: construcción y aplicaciones de un bloque de gradiente de temperatura

Aprende a estudiar la biodegradación de tejidos vegetales por hongos aerobios usando microcosmos de agar con control de humedad y sustratos exógenos. Este método mejora la reproducibilidad en investigaciones de ecología microbiana.

Bloque de agar-microcosmos de descomposición controlada de Tejidos Vegetales de hongos aerobios

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