El uso de escáneres planos para recopilar de alta resolución de duración transcurrido Imágenes de la gravitrópica Respuesta Arabidopsis Root

El objetivo general de este video es ilustrar un método basado en escáner para la captura de imágenes de alta resolución de la respuesta del trópico radicular en la opsis de la planta modelo. Para comenzar este protocolo, las semillas del stock de semillas designado se plantan en placas de Petri que contienen un medio transparente Después de que las semillas hayan germinado durante el período de tiempo designado, las placas de Petri se retiran de la cámara de crecimiento, se preparan para el escaneo y luego se colocan en escáneres planos orientados verticalmente. Luego, las placas se giran 90 grados y se escanean durante un período de tiempo designado.

Las imágenes se guardan en el ordenador o en un dispositivo de almacenamiento de datos y se utilizan posteriormente para el procesamiento de imágenes. Antes de la adquisición de la imagen, prepare placas de aga que contengan los dos tejidos vegetales escaneados B. Primero, absorba la condensación acumulada en la tapa y los lados de la placa AGA con una toallita kim.

A continuación, aplique una cantidad generosa de Triton X 100 para evitar futuras condensaciones. Finalmente, termine este proceso envolviendo la placa con cinta adhesiva de microporos para asegurar la tapa y permitir que la ventilación comience la adquisición de imágenes. Configure carpetas para guardar las imágenes en la ubicación deseada.

Cada nombre de carpeta consta de una compilación de metadatos que se relacionan con la información que se va a analizar. En este ejemplo, la antigüedad, el tamaño y el stock de semillas de id únicos eran datos incluidos en los nombres de las carpetas. A continuación, estos metadatos se pueden copiar y pegar en un nombre de carpeta.

Este protocolo supone que se está utilizando más de un escáner para recopilar imágenes y proporciona instrucciones para conectar varios escáneres a un ordenador. Por esta razón, se configuran tres carpetas para guardar imágenes. El siguiente paso es configurar los temporizadores para una hora de recolección designada.

Dado que todavía hay bastante preparación por hacer en este punto, asegúrese de configurar los temporizadores para un poco más de tiempo. A continuación, encienda el primer escáner y abra el programa de escaneo de vista. En la pestaña de entrada, establezca la fuente en el escáner correcto y el cuadro desplegable de repetición automática en ninguno en la pestaña de recorte.

Establezca el área de vista previa en Máximo y presione vista previa. Elija un cuadro de recorte que capture la región de interés y establezca el área de vista previa en cuadro de recorte. A continuación, vuelva a obtener una vista previa de la imagen.

Para guardar los datos recopilados en la ubicación deseada, presione la pestaña de salida y busque los nombres de carpeta creados anteriormente que corresponden a cada escáner. Encienda el siguiente escáner y repita el escaneo de vista. Configure las instrucciones para los otros dos escáneres, asegurándose de elegir las carpetas correctas en las que guardar los datos.

También es importante revisar cada pestaña y asegurarse de que todos los ajustes del escáner sean los deseados. Nuestro laboratorio ha descubierto que los siguientes ajustes funcionan mejor para el tipo de recopilación de imágenes que se está realizando. Sin embargo, los diferentes tipos de recopilación de imágenes pueden requerir otros ajustes.

Una vez que todas las configuraciones estén marcadas, elija la pestaña de entrada y establezca el cuadro desplegable de repetición automática en continuo en los tres escáneres. Coloque las placas preparadas en los escáneres con las plántulas orientadas horizontalmente y coloque temporalmente el lado de fieltro del fondo contra las placas para garantizar la estabilidad en el escáner. Si realiza este protocolo con un compañero, haga que una persona gire las placas 90 grados e inmediatamente sienta el fondo vidente, la otra persona presiona el botón de escaneo y ambos aseguran el fondo al escáner con una cuerda elástica.

Repite este proceso para los escáneres dos y tres. Cada imagen debería tardar entre dos y tres minutos en escanearse por completo. Las imágenes finales aparecerán como se muestra. Es una buena idea comprobar las carpetas en las que se guardan las imágenes para asegurarse de que todas se guardan correctamente.

Lo ideal es mantener los escáneres en un área que esté libre de perturbaciones durante el tiempo de escaneo designado. También es prudente tener en cuenta las condiciones ambientales en el área de escaneo para garantizar respuestas fenotípicas ideales. Las siguientes imágenes son ejemplos de las recopiladas mediante el método descrito en este vídeo.

Los paneles A y B y C y D son las primeras y últimas imágenes de un solo período de escaneo. A y B muestran el área escaneada completa. Si bien C y D son una región recortada del área escaneada que muestra una sola placa, se pueden observar varias inconsistencias.

La Figura A muestra la variación en la germinación y en la trayectoria de crecimiento. La imagen B muestra que las placas pueden acumular condensación, mientras que las imágenes C y D se consideran buenos resultados debido al crecimiento robusto de las plántulas y la calidad de la imagen durante toda la tirada. El procedimiento descrito en este artículo encaja en su propio nicho en el mundo de la obtención de imágenes de raíz, ya que es de alto rendimiento y alta resolución, a la vez que es relativamente asequible.

Un beneficio adicional de este enfoque es que se puede personalizar fácilmente para adaptarse a las necesidades de imágenes de un grupo de investigación en particular. El método también se está personalizando para la obtención de imágenes de otros.