Name: Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-04-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 26 s
Description: Aprende a automatizar la selección de tamaño en gel para purificar fragmentos de ADN de muestras de agua ambiental. Este método mejora la calidad y el rendimiento de las bibliotecas para secuenciación de próxima generación.

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Este trabajo fue financiado por Genome BC, Genome Canada y Coastal Genomics. Los autores agradecen a Kirby Cronin y Michael Chan por su ayuda en la recolección y procesamiento de muestras. También nos gustaría agradecer a Thea Van Rossum y a la Dra. Fiona Brinkman por su ayuda en bioinformática.

1. Recolección de Agua y Filtración <ol><li> Recoger muestras de agua dulce de varios sitios (Figura 1). Pase muestras a través de una serie de filtros: 1 micras filtro, filtro de 0,2 micras, y 30 kDa de corte del filtro de flujo tangencial a sistemáticamente eucariota separado, partículas de tamaño bacterianas y virales, respectivamente. Nota: Sólo la purificación y análisis del material recuperado en las 0,2 micras filtros (bacterias de vida libre) se describe en este informe, pero enfoques similares se puede utilizar para las otras partículas recuperadas de los filtros. </li></ol> 2. Concentración bacteriana, ADN Extracción y Purificación <ol><li> Retire el filtro de membrana de 0,2 micras (s) del sistema de filtración de agua (diagrama esquemático, figura 2). Doble el filtro de 0,2 micras disco en medio y lo coloca en un tubo de 50 ml con el lado abierto hacia arriba. Añadir 5 ml de solución tamponada con fosfato (PBS 1x) y 0,01% de Tween, pH 7,4 enel tubo. Si se utiliza más de un filtro durante el proceso de emplear un tubo diferente por filtro. Tubo (s) tienda con filtro a 4 ° C hasta su transformación. De lo contrario, continúe con el paso 2.2. </li><li> Retire el filtro de 0,2 micras membrana desde el tubo de 50 ml con una pinza estéril. Place filtro (s) en una placa de Petri (dejar el tampón PBS en el tubo). <ol><li> Con pinzas estériles y tijeras estériles, cortar el filtro en tiras pequeñas (1 cm x 1 cm). Desinfectar pinzas y tijeras por inmersión en el 70% de isopropanol, limpiando con un descontaminante superficie ADN y enjuagar con agua ultrapura de tipo 1 entre las diferentes muestras. </li></ol></li><li> Coloque el filtro de corte en tiras de nuevo en el mismo tubo de 50 ml. Añadir 10 ml de 1x PBS y 0,01% de Tween, pH 7,4 para el filtro por lo que hay un total de 15 ml de tampón en el tubo de 50 ml. </li><li> Añadir 6 perlas de tungsteno limpias (3 mm de diámetro) a cada tubo 50 ml, cubrir el tubo con Parafilm, y agitar vigorosamente durante 20 min (50 ml adaptador de utilizar tubos de vórtice). Si multIPLE filtros se procesan de una muestra, la transferencia y la piscina todo el homogeneizado en un tubo de 50 ml limpio. Centrifugar los tubos a 3300 xg durante 15 min a 4 ° C. </li><li> Resuspender las células bacterianas de pellets y alícuotas (~ 1 ml alícuotas) en 1,7 ml tubos de microcentrífuga. Tenga en cuenta que habrá 5 tubos de microcentrífuga por muestra. </li><li> Centrifugar los tubos de microcentrífuga a 10.000 xg durante 10 min, y eliminar la mayor parte del sobrenadante hasta ~ 200 marca l. </li><li> Almacenar las muestras a -80 ° C, o proceder a extraer el ADN bacteriano mediante el uso de un kit de aislamiento de ADN disponibles comercialmente según las instrucciones del fabricante. Durante el uso de extracción de ADN bacteriano o bien PBS o agua como control negativo de extracción, y E. coli como un control positivo de extracción. </li><li> Debido a que el ADN de múltiples tubos se extraen, piscina sub-paralelas alícuotas de la misma muestra en un tubo de 2 ml. A continuación, llevar a cabo una / N precipitación O mediante el uso de una solución compuesta de 0,1volúmenes de acetato de sodio 3 M, 2 volúmenes de etanol 100%, y 5 l de 5 mg / l de acrilamida lineal. Mezclar bien y guarde las muestras a -80 ° C. </li><li> Centrifugar a velocidad máxima (17.000 xg) durante 30 min a 4 ° C. Lavar la pella con 1 ml de etanol al 70% enfriado con hielo, secar al aire en una cabina de bioseguridad por no más de 5 min y resuspender el pellet de ADN en 34 l de 10 mM Tris-Cl, pH 8,5. Nota: acrilamida lineal ayudará a visualizar sedimento de ADN después de la O / N precipitación. </li><li> Determinar la cantidad de ADN y la calidad utilizando una alta sensibilidad del ensayo de cuantificación de ácidos nucleicos fluorescente y un espectrofotómetro microvolumen, respectivamente, siguiendo las instrucciones del fabricante (Ver Tabla de Materiales). Nota: Si múltiples muestras se preparan en el momento, un ensayo ultrasensible de ácido nucleico fluorescente para la cuantificación de ADN de doble cadena y con base de placa fluorómetro / espectrofotómetro se puede utilizar en su lugar. </li></ol> 3. Preparación de ADN Biblioteca <ol><li&gt; Normalizar ADN bacteriano genómico extraído de muestras de agua a una concentración de ~ 0,2 ng / l. </li><li> Enzimáticamente fragmento de un nanogramo de ADN bacteriano utilizando un método basado en transposón (tagmentation). Añadir adaptadores e índice secuencias en el ADN fragmentado siguiendo las instrucciones del fabricante. Asunto tagmented muestras a 12 ciclos de PCR como se indica en las instrucciones del fabricante, momento en el que se incorporan los índices de secuenciación. </li></ol> 4. Gel Automatizado Tamaño Selección <ol><li> Saltar paso estándar de limpieza post-PCR se describe en las instrucciones del fabricante (Ver Tabla de Materiales). Tamaño selectas muestras post-PCR directamente utilizando una plataforma de selección de tamaño a base de gel automatizado. <ol><li> Añadir 3,5 l de tampón de carga a cada muestra. </li><li> Siguiendo el protocolo del fabricante, cargar las muestras en la estación de trabajo de la electroforesis, especificando un objetivo de selección de tamaño de 500-800 pb, en un extracto de 300 lvolumen de iones, usando un casete de agarosa prefabricado 1,5%. </li><li> Se concentra el material de salida en bruto (300 l) a 25 l mediante precipitación con etanol. Nota: También puede utilizar la estación de trabajo de electroforesis para automatizar la concentración de un mayor número de muestras a través de la placa de filtro y colector de vacío. <ol><li> Precipitar el volumen de elución en bruto utilizando 0,1 volúmenes de acetato de sodio 3 M, 2 volúmenes de etanol 100% y 5 l de 5 mg / l de acrilamida lineal. Mezclar bien, colocar las muestras a -80 ° CO / N. Centrifugar las muestras a 17.000 xg durante 30 min. </li><li> Desechar los sobrenadantes y proceder a lavar sedimento de ADN con 1 ml de etanol al 70% enfriado con hielo. </li><li> Centrifugar las muestras de nuevo a 17.000 xg durante 30 min, descartar los sobrenadantes, secar al aire, y finalmente se resuspenden sedimento de ADN en 25 l de 10 mM Tris-Cl, pH 8,5. </li></ol></li></ol></li><li> (Opcional) Utilice 1 l de tamaño bibliotecas de ADN seleccionado con la plataforma de selección del tamaño de gel automatizado para hacer un cincodilución -fold utilizando solución tampón Tris-EDTA, pH 8,0. Analizar las bibliotecas utilizando un instrumento de electroforesis capilar a base de chip para analizar la calidad de dsDNA de acuerdo con las instrucciones del fabricante. </li></ol> 5. Biblioteca Normalización y secuenciación <ol><li> Proceda a normalizar las muestras usando perlas de normalización de la biblioteca (incluidas en el kit de preparación de biblioteca basado en transposón) como se describe en la guía de preparación del fabricante. <ol><li> Alternativamente, las bibliotecas dsDNA medir usando un ensayo de cuantificación fluorescente de ácido nucleico de alta sensibilidad, seguido por la puesta en común en relaciones equimolares para llegar a una concentración final de 2 nM dsDNA. Proceder para desnaturalizar las bibliotecas utilizando 10 l de bibliotecas agrupadas y 10 l de 0,2 N NaOH, incubar durante 5 min a TA. Diluir bibliotecas desnaturalizados utilizando tampón de hibridación (incluido con el kit de preparación basado en transposón) a un volumen final de 1 ml y la concentración de 23:05. </li></ol></li><li> Cargue la muestras en una plataforma de secuenciación de próxima generación siguiendo protocolos de secuenciación estándar del fabricante. </li></ol>

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</ol>

Jared R. Slobodan y Matthew J. Nesbitt tanto tienen acciones de Coastal Genomics, una corporación British Columbia privada que ofrece la tecnología de Ranger.

La presencia de dímeros de adaptador y la agrupación de pequeños tamaños de inserción preferentemente ser secuenciados en las plataformas actuales representan una disminución en los rendimientos utilizables y subutilización de la capacidad del equipo 15. El uso de métodos de batido de talón combinado con un enfoque basado en transposón para preparar bibliotecas puede resultar en más de cizallamiento ADN en comparación con otros métodos de extracción de 4,5. Sin embargo, todos los métodos de extracc...

La metagenómica implica la secuenciación de todo el material genético de una muestra para caracterizar las comunidades microbianas presentes. Se trata de un proceso complejo y costoso que implica la conversión de los ácidos nucleicos extraídos en bibliotecas de ADN, seguida de la secuenciación de próxima generación. Las bibliotecas de alta calidad son esenciales para obtener la máxima producción de datos y un análisis metagenómico preciso. Las muestras ambientales, como las muestras de agua, a menudo plantean desafíos significativos para generar bibliotecas de alta calidad, debido a las bajas cantidades de ADN que también pueden degradarse1-3 y la presencia de inhibidores de PCR4-6. 
Las bibliotecas de alta calidad idealmente consisten en segmentos más largos de ADN dentro de un estrecho rango de longitudes. Con el fin de maximizar la cantidad de datos útiles generados por ciclo de secuenciación, la longitud del ADN en la biblioteca debe ser al menos tan larga como la longitud máxima de lectura del método de secuenciación que se utiliza. Cuando se utiliza una tecnología de secuenciación por síntesis como la Illumina MiSeq, el tamaño de los fragmentos de ADN afecta a la eficiencia con la que se generan los grupos en la celda de flujo. Por ejemplo, cuando una biblioteca contiene fragmentos de ADN más cortos y más largos, los más cortos estarán sobrerrepresentados en los datos de secuenciación7,8. Por el contrario, una biblioteca con fragmentos de ADN de tamaño similar se representará proporcionalmente en los datos de secuenciación. Muchos kits de preparación de bibliotecas utilizan métodos basados en la ligadura para agregar adaptadores a los fragmentos de ADN y la selección del tamaño es necesaria para eliminar los dímeros adaptadores que no contienen un inserto9,10. Existen numerosos métodos11,12 para lograr esto, pero la técnica que proporciona los resultados más consistentes es la separación electroforética del ADN, seguida de la recuperación de las longitudes deseadas de ADN13,14. Este proceso se puede realizar manualmente para un pequeño número de muestras, pero cuando se enfrenta al procesamiento de cientos de muestras, se requieren soluciones automatizadas. Las plataformas disponibles actualmente para la selección automatizada del tamaño del gel son de bajo rendimiento y se necesitan nuevas plataformas para procesar grandes cantidades de muestras para la secuenciación. La tecnología Ranger puede integrarse con las estaciones de trabajo de manipulación de líquidos existentes para permitir el uso de la electroforesis en gel de agarosa para la selección de tamaños y con fines analíticos a una escala que satisface el entorno actual de alto rendimiento.

<table><tbody><tr><td>Bomba peristáltica Masterflex P/S 1400 Series</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>1400-1620</td><td></td></tr><tr><td>0,2 y micro; m Membrana Supor</td><td>VWR</td><td>CA28143-969</td><td>Pall Corporation, Ann Harbor, MI</td></tr><tr><td>Perlas de carburo de tungsteno 3 mm (200)</td><td>Qiagen</td><td>69997</td><td></td></tr><tr><td>Alcohol isopropílico 70%</td><td>Jedmon Products</td><td>825751</td><td>Healthcare Plus</td></tr><tr><td>DNA away VWR</td><td></td><td>7010</td><td>Molecular BioProducts, Inc. San Diego, CA</td></tr><tr><td>Sistema de purificación de agua Milli-Q</td><td>Fisher Scientific</td><td>ZMQS6VF0Y</td><td>Merck Millipore. Este sistema ha sido descontinuado.</td></tr><tr><td>20x PBS pH 7.5</td><td>VWR</td><td>E703-1L</td><td>Amresco, Inc., Solon, OH</td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP337-100</td><td>Fisher chemicals</td></tr><tr><td>Adaptador de vórtice para 2 (50&nbsp; ml) tubos</td><td>VWR</td><td>13000-V1-50</td><td>MoBio, Carlsbad, CA</td></tr><tr><td>Vortex-Genie 2, 120&nbsp; V (Modelo G560)</td><td>VWR</td><td>SI-0236</td><td>Scientific Industries, Inc.</td></tr><tr><td>Centrífuga Beckman</td><td>Raeyco Lab Equipment Systems Management Ltd</td><td>Modelo J-6B</td><td></td></tr><tr><td>PowerLyzer Powersoil Kit de aislamiento de ADN</td><td>VWR</td><td>12855-100</td><td>MoBio, Carlsbad, CA</td></tr><tr><td>Adaptador de vórtice para tubos de 24 (1,5-2 ml)</td><td>VWR</td><td>13000-V1-24</td><td>MoBio, Carlsbad, CA</td></tr><tr><td>Centrífuga Microfuge 18</td><td>Beckman Coulter</td><td>367160</td><td></td></tr><tr><td>Nimbus Select estación de trabajo con Ranger Technology</td><td>Hamilton Robotics</td><td>92720-01</td><td>Incluye la estación de trabajo de manejo de líquidos y Ranger Tech integrado (hardware de electroforesis)</td></tr><tr><td>Kit de reactivos Ranger</td><td>Coastal Genomics</td><td>CG-10600-150-12-21</td><td>Incluye tampón de carga y casetes</td></tr><tr><td>Alcohol etílico (anhidro)</td><td>Alcoholes comerciales</td><td>P016EAAN</td><td>Etanol Greenfield</td></tr><tr><td>Acetato de sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S2889-250G</td><td></td></tr><tr><td>Acrilamida lineal (5&nbsp; mg/ml)</td><td>Life Technologies</td><td>AM9520</td><td>Ambion</td></tr><tr><td>Centrífuga refrigerada Eppendorf</td><td>Raeyco Lab Equipment Systems Management Ltd.</td><td>5417R</td><td></td></tr><tr><td>Tampón EB (250 ml)</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop 1000 Espectrofotómetro</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-1000</td><td></td></tr><tr><td>Qubit</td><td>Life Technologies</td><td>Q32857</td><td>Invitrogen. Este producto ha sido descontinuado.</td></tr><tr><td>Kit de ensayo Qubit dsDNA HS</td><td>Life Technologies</td><td>Q32854</td><td>Invitrogen</td></tr><tr><td>Reactivo de ADN de alta sensibilidad</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-4626</td><td></td></tr><tr><td>Chips de ADN de alta sensibilidad</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-4626</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 2011 Bioanalyzer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2938B</td><td></td></tr><tr><td>Nextera XT Kit de preparación de muestras de ADN</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1024</td><td></td></tr><tr><td>Kit de índice Nextera XT</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1001</td><td></td></tr><tr><td>Kit de reactivos MiSeq v2 (500 ciclos)</td><td>Illumina</td><td>MS-102-2003</td><td></td></tr><tr><td>Sistema Miseq</td><td>Illumina</td><td>SY-410-1003</td><td></td></tr></tbody></table>

automatizado gel tamaño selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente

Automated Gel Size Selection to Improve the Quality of Next-generation Sequencing Libraries Prepared from Environmental Water Samples

La secuenciación de próxima generación de muestras ambientales puede ser un desafío debido a la cantidad y calidad variables de ADN en estas muestras. Se necesitan bibliotecas de ADN de alta calidad para obtener resultados óptimos de la secuenciación de próxima generación. Las muestras ambientales, como el agua, pueden tener baja calidad y cantidades de ADN, así como contaminantes que coprecipitan con el ADN. Los procesos mecánicos y enzimáticos involucrados en la extracción y la preparación de la biblioteca pueden dañar aún más el ADN. La selección del tamaño del gel permite la purificación y recuperación de fragmentos de ADN de un tamaño definido para aplicaciones de secuenciación. Sin embargo, esta tarea es uno de los pasos que más tiempo consume en el flujo de trabajo de preparación de la biblioteca de ADN. El protocolo descrito aquí permite la automatización completa de la carga de gel de agarosa, el análisis electroforético y la recuperación de fragmentos de ADN específicos. 
En este estudio, describimos un enfoque de alto rendimiento para preparar bibliotecas de ADN de alta calidad a partir de muestras de agua dulce que se pueden aplicar también a otras muestras ambientales. Utilizamos un enfoque indirecto para concentrar células bacterianas a partir de muestras ambientales de agua dulce; El ADN se extrajo utilizando un kit de extracción de ADN disponible en el mercado, y las bibliotecas de ADN se prepararon utilizando un protocolo comercial basado en transposones. Los fragmentos de ADN de 500 a 800 pb se seleccionaron utilizando Ranger Technology, una estación de trabajo de electroforesis automatizada. La secuenciación de las bibliotecas de ADN seleccionadas por tamaño demostró mejoras significativas en la longitud de lectura y la calidad de las lecturas de secuenciación.

Concentración de ADN, y la Evaluación de la Calidad Las concentraciones de ADN bacteriano oscilaron 0,01 a 0,11 ng ​​/ ml por muestra de agua de los diferentes sitios de la cuenca (Tabla 1). ADN aislado de la fracción bacteriana tenía A 260/280 y 260/230 A proporciones de 01/04 a 01/08 y de 0,3 a 1,6, respectivamente. Aunque algunos de los A 260/230 proporciones eran relativamente bajos, ninguna inhibición aparente se observó...

Este manuscrito describe un enfoque automatizado de selección del tamaño del gel para purificar fragmentos de ADN para la secuenciación de próxima generación. La tecnología Ranger proporciona una automatización completa de todo el proceso de carga de gel de agarosa, análisis electroforético y recuperación de fragmentos de ADN específicos, lo que permite bibliotecas de secuenciación de próxima generación de alto rendimiento y alta calidad.

Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente

Next-generation sequencing of environmental samples can be challenging because of the variable DNA quantity and quality in these samples. High quality DNA ...

Este video demuestra el uso de un instrumento automatizado de selección por tamaño en gel para obtener lecturas mejoradas en plataformas de secuenciación de nueva generación. Primero, se recolectan muestras de agua ambiental y se pasan a través de una serie de filtros para separar sistemáticamente partículas de tamaño eucariota, bacteriano y viral. Las bacterias retenidas se concentran adicionalmente mediante centrifugación.Luego se extrae el ADN bacteriano. El ADN extraído se utiliza para preparar bibliotecas en las cuales se incorporan adaptadores e índices al ADN fragmentado. El ADN se amplifica entonces mediante PCR, y las muestras se cargan en la estación de electroforesis.Los fragmentos de ADN dentro de un rango específico se seleccionan automáticamente. El análisis de los trazos procedentes de la electroforesis capilar basada en chip y los análisis bioinformáticos adicionales demuestran que este método produce cantidades adecuadas de fragmentos de ADN para análisis posteriores, con una agrupación mínima de fragmentos no deseados menores de 200 pares de bases. La principal ventaja de la estación cuadrada de electroforesis automatizada o de las perlas paramagnéticas y otros si

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Investigación

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Entorno

La caracterización de la comunidad microbiana ha sido un objetivo de larga data en microbiología ambiental. Los métodos de secuenciación de próxima generación ahora permiten la caracterización de comunidades microbianas a una profundidad sin precedentes con un costo y mano de obra mínimos. Detallamos aquí nuestro enfoque para secuenciar genes de ARN ribosómico 16S bacterianos utilizando un secuenciador de sobremesa.

La secuenciación de próxima generación de 16S ARN ribosomal genes Amplicones

Secuenciación de bisulfito de representación reducida mejorada es un método para la preparación de bibliotecas de secuenciación para el análisis de metilación del ADN basado en la digestión de enzimas de restricción combinada con la conversión de bisulfito de citosina. Este protocolo requiere 50 ng de material de partida y produce datos de resolución de pares de bases en regiones genómicas ricas en GC.

Enhanced reducido Representación bisulfito secuenciación para la Evaluación de la metilación del ADN en la Resolución Base Par

La secuenciación de amplicones de bisulfito (BSAS) es un método para cuantificar la metilación de citosina en regiones genómicas específicas de interés. Este método utiliza la conversión de bisulfito emparejada con la amplificación por PCR de las regiones objetivo antes de la secuenciación de próxima generación para producir una cuantificación absoluta de la metilación del ADN a un nivel específico de base.

Dirigida análisis de metilación del ADN mediante secuenciación de próxima generación

Se describe un sistema integrado para la secuenciación dirigida de próxima generación de muestras oncológicas. Este sistema multiplataforma está optimizado para biopsias tumorales de baja calidad y baja cantidad, se adapta a entradas de ADN bajas, incluye controles multivariantes bien caracterizados y cuenta con un nuevo llamador de variantes que se basa en medidas cuantitativas de control de calidad preanalítico.

Integración de Procesos húmedo y en seco de banco Optimiza Targeted secuenciación de próxima generación de baja calidad y biopsias de tumores de baja cantidad

Se describe un método eficiente y robusta, y rentable para la extracción de ácido nucleico a partir de hisopos para la caracterización de las comunidades bacterianas utilizando 16S rRNA secuenciación de genes de amplificación. El método permite un enfoque de procesamiento común para múltiples tipos de muestras y acomoda un número de procesos de análisis de aguas abajo.

Efficient Nucleic Acid Extracción y 16S rRNA genes de secuenciación para bacteriana Comunidad Caracterización

Análisis de contenido intestinal más común de macroinvertebrados son visuales. Que requiere intenso conocimiento sobre la diversidad morfológica de los organismos presa, perder presa con cuerpo suave y, debido a la fuerte trituración de presa, son casi imposibles para algunos organismos, incluyendo los anfípodos. Ofrecemos detallados novela enfoques genéticos para macroinvertebrados presa de identificación en la dieta de los anfípodos.

Protocolo de laboratorio para análisis genéticos de contenido intestinal de macroinvertebrados acuáticos con grupo-específica rDNA cartillas

Gel-seq permite a los investigadores a preparar simultáneamente las bibliotecas de ambos ADN - y RNA-seq en el insignificante costo adicional a partir de 100-1000 células usando un dispositivo simple de hidrogel. Este artículo presenta un enfoque detallado para la fabricación del dispositivo así como el protocolo biológico para generar bibliotecas emparejadas.

Gel-seq: Un método para la preparación de biblioteca simultánea de secuenciación de DNA y RNA utilizando Matrices de hidrogel

La secuencia proviral individual completa (FLIPS) proporciona un método eficiente y de alto rendimiento para la amplificación y secuenciación de sola, cerca de larga duración (intactos y defectuosos) de provirus de HIV-1 y permite la determinación de su potencial capacidad de replicación. FLIPS supera limitaciones de anteriores ensayos diseñados para secuenciar la reserva latente de VIH-1.

Amplificación de cerca integrales provirus VIH-1 para secuenciación de próxima generación

La identificación de interacciones físicas entre los genes y elementos reguladores es un reto, pero ha sido facilitada por los métodos de captura de conformación de cromosoma. Esta modificación al Protocolo de 4C-seq mitiga sesgo PCR minimizando la amplificación excesiva de plantillas de PCR y maximiza el mappability de Lee mediante la incorporación de un paso de síntesis de enzima de la restricción además.

Captura de alto rendimiento identificación de secuencias reguladoras de genes utilizando secuenciación de próxima generación de conformación Circular cromosoma (4C-seq)

Proporcionamos un protocolo que generalmente se puede aplicar para seleccionar aptámeros que se unen solo a virus infecciosos y no a virus que se han vuelto no infecciosos mediante un método de desinfección o a cualquier otro virus similar. Esto abre la posibilidad de determinar el estado de infectividad en pruebas portátiles y rápidas.

Selección in vitro de aptámeros para diferenciar virus infecciosos de virus no infecciosos

Este protocolo proporciona un flujo de trabajo fácil de seguir para llevar a cabo la purificación del ARN poli(A), la conversión de bisulfito y la preparación de bibliotecas utilizando equipos estandarizados para una muestra biológica de interés.

Enriquecimiento de la biblioteca de ARNm y bisulfito-ARNm para la secuenciación de nueva generación

Aprende a automatizar la selección de tamaño en gel para purificar fragmentos de ADN de muestras de agua ambiental. Este método mejora la calidad y el rendimiento de las bibliotecas para secuenciación de próxima generación.

Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente (Video) | JoVE Journal

Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente

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