Un Aquatic Microbial metaproteomics Flujo de trabajo: a partir de células a tríptico péptidos adecuados para el análisis basado en la espectrometría de masas en tándem

El objetivo de este procedimiento es la extracción de proteínas y ADN de la biomasa microbiana del agua de mar, seguida de la generación de péptidos trípticos para el análisis proteómico basado en espectrometría de masas en tándem. Esto se logra primero lisando las células previamente acumuladas en un filtro de cartucho. El segundo paso es concentrar el lisado celular utilizando unidades de filtro ultracentrífugo.

A continuación, el lisado se separa en dos fracciones, una para la precipitación de proteínas y otra para la precipitación de ADN. El paso final es realizar la digestión ingel tripsina de proteínas y extraer péptidos adecuados para cromatografía líquida, análisis de espectrometría de masas en tándem. En última instancia, el análisis bioinformático posterior se puede utilizar para identificar las proteínas expresadas en la muestra, mientras que el ADN aislado se puede utilizar para el análisis metagenómico o del gen 16 S-R-R-N-A.