Name: El concepto Terroir interpretada a través de baya de la uva metabolómica y transcriptómica (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: Descubre cómo analizar metabolitos y transcriptos de bayas de uva para identificar firmas de terroir en diferentes zonas macro. Este estudio utiliza metabolómica y transcriptómica no dirigidas con técnicas estadísticas avanzadas.

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Este trabajo se benefició de las actividades de creación de redes coordinadas en el marco de la COST ACTION FA1106 "Un enfoque de sistemas integrados para determinar los mecanismos de desarrollo que controlan la calidad de la fruta carnosa en tomate y vid". Este trabajo ha sido apoyado por el proyecto 'Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale', financiado por la Fundación CARIVERONA Bank, y por el proyecto 'Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)', financiado por el Ministerio de Políticas Agrícolas y Forestales de Italia. SDS fue financiado por el Ministerio de Universidad e Investigación de Italia FIRB RBFR13GHC5 proyecto "La plasticidad epigenómica de la vid en las interacciones entre genotipos y entornos".

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<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
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<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
<li>Rinaldo, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Grapevine+Anthocyanin+Acyltransferase%2C+Transcriptionally+Regulated+by+VvMYBA%2C+Can+Produce+Most+Acylated+Anthocyanins+Present+in+Grape+Skins%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">A Grapevine Anthocyanin Acyltransferase, Transcriptionally Regulated by VvMYBA, Can Produce Most Acylated Anthocyanins Present in Grape Skins.</a> Plant Physiol. 169 (3), 1897-1916 (2015).</li>
<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
<li>Venturini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+transcriptome+characterization+of+Vitis+vinifera+cv.+Corvina+unveils+varietal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity.</a> BMC Genomics. 14, 1-13 (2013).</li>
<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
<li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MZmine+2%3A+Modular+framework+for+processing%2C+visualizing%2C+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11, 1-11 (2010).</li>
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</ol>

Los autores no tienen nada que revelar.

Este artículo describe las metabolómica, transcriptómica y protocolos de análisis estadísticos utilizados para interpretar el concepto de terroir baya de la uva. análisis metabolómica por HPLC-ESI-MS es lo suficientemente sensible para detectar un gran número de metabolitos al mismo tiempo, pero la cuantificación relativa se ve afectada por el efecto de la matriz y de iones de supresión / mejora. Sin embargo, un enfoque similar ya se ha utilizado para describir el proceso de maduración y fulminante post-cosecha de bayas...

análisis de datos a gran escala basado en los genomas, proteomas y transcriptomes, metabolomes de plantas ofrece una visión sin precedentes en el comportamiento de los sistemas complejos, tales como las características de terroir del vino, que reflejan las interacciones entre plantas de vid y su entorno. Debido a que el terroir de un vino puede ser distinto, incluso cuando los clones de vid idénticas se cultivan en diferentes viñedos, el análisis de la genómica es de poca utilidad debido a que los genomas clonados son idénticos. En cambio, es necesario tener en cuenta las correlaciones entre la expresión génica y las propiedades metabólicas de las bayas, que determinan las características de calidad de vino. El análisis de la expresión génica a nivel de los beneficios del transcriptoma de las propiedades químicas similares de todas las transcripciones, lo que facilita el análisis cuantitativo mediante la explotación de características universales tales como la hibridación con sondas inmovilizadas en microarrays. En contraste, los métodos analíticos universales en la proteómica unand metabolómica son más difíciles debido a la enorme diversidad física y química de las proteínas y los metabolitos individuales. En el caso de la metabolómica esta diversidad es aún más extrema porque metabolitos individuales difieren enormemente en tamaño, polaridad, la abundancia y la volatilidad, así que no hay proceso de extracción simple o método de análisis ofrece un enfoque holístico. Entre las plataformas de análisis adecuado para metabolitos no volátiles, los basados ​​en cromatografía líquida de alto rendimiento acoplada a espectrometría de masas (HPLC-MS) son mucho más sensibles que otras alternativas tales como HPLC con rayos ultravioletas o de diodos detectores de matriz (HPLC-UV, HPLC-DAD ) o espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN), pero el análisis cuantitativo por HPLC-MS puede ser influenciada por fenómenos tales como el efecto de la matriz y la supresión de iones / mejora 1-3. La investigación de tales efectos durante el análisis de bayas de uva Corvina por HPLC-MS usando una fuente de ionización por electropulverización (HPLC-ESI-MS), mostró que los azúcares y otras moléculas con los tiempos más bajos de retención fueron fuertemente subregistro, probablemente también refleja el gran número de moléculas en esta zona, y que la abundancia de otras moléculas se puede subestimar, sobrestimado o no afectado por el efecto de la matriz , pero la normalización de datos para el efecto de la matriz parecía tener un impacto limitado en el resultado global de 4,5. El método descrito en este documento se optimiza para el análisis de metabolitos a medio de polaridad que se acumulan en altos niveles en las bayas de uva durante la maduración, y que se ven afectados significativamente por el terroir. Ellos incluyen antocianinas, flavonoles, flavan-3-oles, procianidinas, otros flavonoides, resveratrol, estilbenos, ácido hidroxicinámico y ácidos hidroxibenzoico, que en conjunto determinan el color, el sabor y las propiedades relacionadas con la salud de los vinos. Otros metabolitos, tales como azúcares y ácidos orgánicos alifáticos, son ignorados debido a la cuantificación por HPLC-MS es poco fiable debido a la matriz efect y la supresión de iones fenómenos 5. Dentro de la gama de polaridad seleccionado por este método, el enfoque es no directo en que tiene por objeto detectar como muchos metabolitos diferentes como sea posible 6. Transcriptómica métodos que permiten a miles de transcripciones de vid para controlar de forma simultánea se ven facilitadas por la disponibilidad de la secuencia completa del genoma de la vid 7,8. métodos transcriptómica temprana basada en la secuencia de ADNc de alto rendimiento se han desarrollado con el advenimiento de la secuenciación de próxima generación en una colección de procedimientos que se describen colectivamente como tecnología de RNA-Seq. Este enfoque se está convirtiendo rápidamente en el método de elección para estudios de transcriptómica. Sin embargo, una gran cantidad de literatura sobre la base de microarray, que permiten a miles de transcripciones para ser cuantificados en paralelo por la hibridación, se ha acumulado para la vid. De hecho, antes de RNA-Seq se convirtió en una tecnología dominante, muchas plataformas de microarrays comerciales dedicados habían sidodesarrollado permitiendo transcriptoma de la vid a inspeccionar con gran detalle. Entre la gran variedad de plataformas, sólo dos, efectuar análisis de transcriptoma en todo el genoma 9. La matriz más evolucionado permitió la hibridación de hasta 12 muestras independientes en un solo dispositivo, lo que reduce los costes de cada experimento. Los 12 sub-series compuestas cada 135.000 sondas 60-mer que representan 29.549 transcripciones de vid. Este dispositivo ha sido utilizado en un gran número de estudios 10-24. Estas dos plataformas se han interrumpido, sino una nueva costumbre de microarrays se ha diseñado recientemente y representa un desarrollo más reciente, ya que contiene un número aún mayor de las sondas que representan los genes recién descubiertos vid adicionales 25. Los conjuntos de datos de gran venta producidas por la transcriptómica y metabolómica análisis requieren métodos estadísticos adecuados para el análisis de datos, incluyendo las técnicas multivariantes para determinar las correlaciones entre la forma diferentes de datos. Las técnicas multivariantes más utilizados son los basados en la proyección, y estos pueden ser sin supervisión, tales como el análisis de componentes principales (PCA), o supervisado, como la proyección ortogonal bidireccional a las estructuras latentes análisis discriminante (O2PLS-DA) 26. El protocolo presentado en este artículo utiliza PCA para el análisis exploratorio de datos y O2PLS-DA para identificar las diferencias entre los grupos de muestras.

<table><tbody><tr><td>Molino Molino</td><td>IKA</td><td>A11 básico</td><td></td></tr><tr><td>HPLC Muestreador</td> automático <td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 508 Automuestreador</td></tr><tr><td>Sistema HPLC</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 127 Solvente Módulo HPLC</td></tr><tr><td>C18 Columna de protección</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7,5 mm x 2,1 mm; 5 &mu; m) Columna de protección</td></tr><tr><td>C18 Columna</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2,1 mm; 3 &mu; m)</td></tr><tr><td>Espectómetro de masas</td> de columna <td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp;-</td><td>Bruker Esquire 6000; El espectrómetro de masas estaba equipado con una fuente ESI y el analizador era una trampa de iones.</td></tr><tr><td>Disolventes de extracción y tampones de HPLC</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>Metanol grado LC-MS</td></tr><tr><td>Sigma</td><td>94318</td><td>Ácido fórmico grado</td><td></td></tr><tr><td>LC-MS Sigma</td><td>34967</td><td>Acetonitrilo grado</td><td></td>LC-MS</tr><tr><td>Sigma</td><td>39253</td><td>Agua&nbsp; Filtros de</td> jeringa Minisart RC 4 de grado <td></td>LC-MS</tr><tr><td>(0.2 &mu; m)</td><td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>Programas informáticos para la recopilación (a) y el procesamiento de datos (b)</td><td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Control (a); Esquire 3.2 Análisis de datos y MzMine 2.2 softwares (b)</td></tr><tr><td>Kit de ARN total de la planta de espectro</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>Para la extracción de ARN total de pericarpios de uva</td></tr><tr><td>Nanodrop 1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>ARN 6000 Nano Reactivos</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Chips de ARN</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Tampón de lavado de expresión génica Agilent 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Tampón de lavado de expresión génica Agilent 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>LowInput QuickAmp Kit de etiquetado Un color</td><td>Agilent Technologies</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>Spike In - Agilent de un color</td><td>Agilent Tecnologías</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>Kit de hibridación de expresión génica</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>para purificación de ARNc</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>Guías de juntas</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Enable Agilent SurePrint Microarray Baño termostático de hibridación de 4 matrices</td></tr> Cámara <tr><td>de</td> hibridación <td>Julabo</td><td></td><td></td></tr> <tr><td></td><td>Agilent Tecnologías</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>Horno de hibridación de microarrays</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>Horno de hibridación Rack rotador</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>Varilla de conversión de rack rotador</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>Kit de tinción</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>Plato de tinción de portaobjetos y gradilla de portaobjetos</td></tr><tr><td>Dispositivo agitador magnético</td><td>AREX Agitador magnético de calentamiento F20540163</td><td>&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Horno termostático</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Escáner de micromatrices Agilent</td><td>Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>Carrusel de escáner, 48 posiciones</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>Portaobjetos</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>Software de extracción de características v11.5</td><td>Agilent Tecnologías-dentro</td><td></td> <td>del escáner de microarrays Agilent G2565CA</td></tr><tr><td>SIMCA + V13 Software</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

el concepto terroir interpretada a través de baya de la uva metabolómica y transcriptómica

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

Terroir se refiere a la combinación de factores ambientales que afectan a las características de los cultivos como la vid (Vitis vinifera) de acuerdo con hábitats particulares y prácticas de gestión. Este artículo muestra cómo ciertas firmas de terroir se pueden detectar en el metaboloma de bayas y transcriptoma de la Corvina vid cv utilizando el análisis estadístico multivariado. El método requiere en primer lugar un plan de muestreo apropiado. En este caso de estudio, se seleccionó un clon específico del cultivar Corvina para minimizar las diferencias genéticas, y las muestras se obtuvieron de siete viñedos que representan las tres macro zonas diferentes durante tres temporadas de cultivo diferentes. Un enfoque metabolómica LC-MS no directo se recomienda debido a su alta sensibilidad, acompañado de procesamiento de datos eficiente utilizando software MZmine y una estrategia de identificación de metabolitos basado en análisis de árbol de fragmentación. Análisis completo transcriptoma se puede lograr utilizando microarrayssondas que contienen cubriendo ~ 99% de todos los genes de vid predichos, lo que permite el análisis simultáneo de todos los genes expresados ​​diferencialmente en el contexto de diferentes terroirs. Por último, el análisis de datos multivariados basado en métodos de proyección se puede usar para superar el efecto fuerte-vendimia específica, permitiendo que los metabolómica y datos transcriptómica a integrarse y se analizaron en detalle para identificar correlaciones informativos.

El estudio de caso descrito en este artículo produjo una matriz de datos final que comprende 552 señales (m / z características) incluyendo iones moleculares más sus isótopos, aductos y algunos fragmentos, relativamente cuantificados entre 189 muestras (7 viñedos x 3 estados de madurez x 3 estaciones de crecimiento x 3 réplicas biológicas). El número total de puntos de datos, por lo tanto era 104.328. Análisis del árbol de fragmentación dio lugar a la anotación de 282 funciones ...

En este artículo se describe la aplicación de la metabolómica no focalizados, transcriptómica y análisis estadístico multivariado para transcripciones de bayas de uva y metabolitos con el fin de profundizar en el concepto de terroir, es decir, el impacto del medio ambiente sobre los rasgos de calidad de las bayas.

El concepto Terroir interpretada a través de baya de la uva metabolómica y transcriptómica

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

El objetivo general de estos procedimientos experimentales es observar las diferentes firmas de terroir en el metaboloma y transcriptoma de la baya de la variedad de vid Corvina. El estudio de caso descrito aquí incluyó la recolección y el análisis de muestras en tres etapas de maduración procedentes de siete viñedos en tres zonas macroclimáticas durante tres campañas de cultivo. Las técnicas descritas revelan el efecto predominante de la cosecha sobre el metaboloma de la baya.Asimismo, se identificaron firmas químicas específicas claras que representan las tres zonas macro en las bayas maduras. La firma de terroir a nivel de zona macro se reveló mediante técnicas estadísticas adecuadas, como el ACP, que es el análisis de componentes principales, y el auto BLSDA, que es la proyección ortogonal bidireccional a estructuras plomizas, análisis discreto, para analizar tanto la matriz de datos transcriptómicos como metabólómicos. Por otro lado, las diferencias entre viñedos individuales son más sutiles y también requieren enfoques estadísticos más sofisticados y sensibles.Comience el experimento elaborando un plan de muestreo adecuado. Asegúrese de que el plan de muestreo indique los lug

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Research

Investigación

JoVE Journal

Genetics

Genética

Proton Transfer Reaction Time of Flight permite el análisis de compuestos orgánicos volátiles, rápido y no invasivo. Para demostrar su potencial, ponemos tres ejemplos: la fermentación láctica del yogur (monitorización on-line de bioprocesos), diferentes genotipos de manzana (cribado a gran escala) y el espacio retronasal tras beber café (análisis del espacio nasal).

PTR-ToF-MS combinado con un sistema automatizado de muestreo y análisis de datos a medida para estudios alimentarios: monitoreo de bioprocesos, tamizaje y análisis de la nariz y el espacio

Este protocolo describe un procedimiento experimental cuantitativa y comprensivo investigar el metabolismo de múltiples fuentes de nutrientes. Este flujo de trabajo, basado en una combinación de experimentos de trazador isotópico y de un procedimiento analítico permite el destino de los nutrientes consumidos y el origen metabólico de moléculas sintetizado por microorganismos a determinar.

Flujo de trabajo basado en la combinación de trazador isotópico experimentos para investigar el metabolismo microbiano de múltiples fuentes de nutrientes

Este artículo describe el procedimiento para la identificación y caracterización de una familia del gene en grapevine aplicada a la familia de Arabidopsis Tóxicos en Levadura (ATL) E3 ubiquitina ligasas.

Flujo de trabajo integral para la identificación de todo el genoma y Meta-análisis de la expresión de la familia del Gene del ATL E3 ubiquitina ligasa en Grapevine

Aquí, presentamos un protocolo para describir la metagenómica de amplicones para determinar la comunidad bacteriana de uvas Traminette, uvas fermentadas y vino final.

Perfil de la comunidad bacteriana de la fermentación de uvas Traminette durante la producción de vino mediante secuenciación de amplicones metagenómicos

En este manuscrito, describimos un protocolo para examinar funcionalmente la transcripción y la actividad inhibitoria de agentes antibacterianos dirigidos a la transcripción bacteriana.

Los ensayos in vitro de transcripción y su aplicación en el descubrimiento de medicamentos

La mosca mediterránea de la fruta (mosca del mediterráneo) Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae) es una plaga mundial de la agricultura. Una comprensión más profunda de su biología es clave para controlar las poblaciones de moscamed y, por lo tanto, reducir el impacto económico. La microinyección embrionaria es una herramienta fundamental que permite tanto la transformación de la línea germinal como los estudios de genética inversa en esta especie.

Entrega de ácidos nucleicos mediante microinyección de embriones en el Mundial de la Agricultura de plagas de insectos,<em&gt; Ceratitis capitata</em

Este protocolo describe un flujo de trabajo comparativo de anotación y ensamblaje de transcriptomas de novo para bioinformáticos novatos. El flujo de trabajo está disponible de forma gratuita en su totalidad a través de CyVerse y conectado por el almacén de datos. Se utilizan interfaces gráficas de usuario y de línea de comandos, pero todo el código necesario está disponible para copiar y pegar.

Aprovechando los recursos de CyVerse para<em&gt; De Novo</em&gt; Transcriptómica Comparativa de los Organismos de Discapacidad (no Modelos)

El estudio de los canales iónicos a través de un sistema de expresión de forma heteróloga se ha convertido en una técnica básica en la investigación biomédica. En este manuscrito, se presenta un método eficiente de tiempo para conseguir la expresión del canal iónico fuertemente controlada mediante la realización de la transfección transitoria bajo el control de un promotor inducible.

Expresión Ion Channel controlable a través de la transfección transitoria inducible

Galaxy y David se han convertido en herramientas populares que permiten a los investigadores sin formación bioinformática para analizar e interpretar los datos de RNA-Seq. Se describe un protocolo para C. elegans los investigadores realizar RNA-Seq experimentos, acceder y procesar el conjunto de datos usando Galaxy y obtener información biológica significativa de las listas de genes usando DAVID.

Análisis de transcriptómica<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; ARN secuencia de datos a través de la suite smoking en el Proyecto Galaxy

Este artículo muestra un protocolo detallado para el aislamiento de ADN y la secuenciación de alto rendimiento biblioteca construcción de material de herbario incluyendo rescate del ADN de muy mala calidad.

Robusto de ADN y la secuenciación de alto rendimiento biblioteca construcción de especímenes de herbario

Descubre cómo analizar metabolitos y transcriptos de bayas de uva para identificar firmas de terroir en diferentes zonas macro. Este estudio utiliza metabolómica y transcriptómica no dirigidas con técnicas estadísticas avanzadas.

El concepto Terroir interpretada a través de baya de la uva metabolómica y transcriptómica

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