Name: Libre de células análisis de la integridad del ADN en muestras de orina (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-05T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 58 s
Description: Aprende a analizar la integridad del ADN libre de células en orina para el diagnóstico no invasivo del cáncer de vejiga. Este método facilita la detección temprana de malignidades urológicas con alta precisión.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Los autores agradecen a Gráinne Tierney y Silvia Bellissimo por su ayuda editorial.

El protocolo sigue las directrices del Comité de Ética de Investigación Humanos RIMERA. NOTA: En este protocolo, se aisló el ADN a partir de muestras de orina para realizar un análisis de la integridad del ADN UCF. LNCaP y células MRC líneas se utilizaron para construir estándares. Técnicas tales como la extracción de ADN, la cuantificación de ADN (espectrofotómetro y PCR en tiempo real para el gen de control, STOX1) y PCR en tiempo real para oncogenes específicos se realizaron (Figura 1). 1. Recolección de orina y Procesamiento <ol><li> Obtener una primera muestra de la mañana limpia de orina en un recipiente limpio y seco, de plástico. Recoge al menos 50 ml de la muestra de orina. </li><li> Mantener la orina a 4 ° C durante un máximo de 3 h y enviarlo al laboratorio a la misma temperatura. </li><li> Mezcle cada muestra invirtiendo dos veces inmediatamente después de su llegada en el laboratorio y la transferencia en dos tubos cónicos de polipropileno de fondo de 50 ml. </li><li> Centrifugar los tubosa 850 xg durante 10 min a 4 ° C o a temperatura ambiente. </li><li> transferir cuidadosamente 10 ml de la parte superior del sobrenadante de la orina en dos tubos de 5 ml, dejando al menos 2 ml del sobrenadante por encima del sedimento celular. NOTA: La transferencia de la parte superior del sobrenadante reduce el riesgo de contaminación por células o restos celulares. No hay una clara delimitación entre las partes superior e inferior. </li><li> Se desecha el precipitado y congelar inmediatamente el sobrenadante a -80 ° C hasta su uso. </li></ol> 2. Aislamiento de ADN a partir del sobrenadante de la orina y las líneas celulares NOTA: Aislar el DNA de una línea celular (por ejemplo, LNCaP de cáncer de próstata o MRC para cáncer de vejiga) utilizando un kit comercial y siguiendo las instrucciones del fabricante. Aislamiento de ADN a partir del sobrenadante de la orina debe ser realizada utilizando el protocolo comercial, modificado como sigue: <ol><li> Descongelar una alícuota del sobrenadante de la orina a temperatura ambiente. &lt;/ Li&gt; <li> Vortex y mezclar la muestra de orina y la transferencia de 1 ml del sobrenadante de la orina en un claro tubo de 5 ml. Congelar la orina residual a -80 ° C. </li><li> Añadir 100 ml de proteinasa K a la muestra. </li><li> Añadir 1 ml de tampón AL a la muestra y mezclar bien con la pipeta. </li><li> Cerrar los tubos y se incuban las muestras a 56 ° C durante 15 min. </li><li> Durante la incubación, preparar una columna para cada muestra y preparar los tampones de lavado, AW1 y AW2, según las instrucciones del fabricante (añada la cantidad indicada de etanol al 100%). </li><li> Llevar las muestras a temperatura ambiente y se añade 1 ml de etanol absoluto. Mezclar completamente mediante pipeteo. </li><li> Añadir 650 l de la mezcla obtenida en la etapa 2.7 a la columna y centrifugar al 6000 xg durante 1 min. </li><li> Desechar el tubo que contiene el filtrado y coloque la columna en un nuevo tubo de recogida limpio. Repetir los pasos 2.8 y 2.9 hasta que toda la mezcla de la muestra se ha utilizado (5 veces). </li><li> Añadir 500 y# 181; L de tampón AW1 sin mojar el borde de la columna. Se centrifuga a 6.000 xg que durante 1 min. </li><li> Desechar el tubo que contiene el filtrado y sustituirla por una nueva, tubo de recogida limpio. </li><li> Añadir 500 l de tampón AW2 sin mojar el borde de la columna. Centrifugar a toda velocidad (20.000 g) durante 3 min. </li><li> Desechar el tubo que contiene el filtrado y sustituirla por una nueva, tubo de recogida limpio. </li><li> Repita el paso 2.12 para remover todo el tampón de lavado residual. </li><li> Colocar la columna en un tubo limpio de 1,5 ml. Añadir 50 l de tampón de elución AE y esperar 7 min para asegurar que los moja tampón de la columna. </li><li> Se centrifuga a 8.000 xg que durante 1 min. </li><li> Pipetear el eluyente de la etapa 2.15 en la mini-columna y centrifugar que a velocidad máxima durante 1 min para asegurar la máxima recuperación de ADN. </li></ol> 3. Cuantificación de ADN y dilución <ol><li> El uso de un espectrofotómetro, lleve a cabo la cuantificación de ADN de both la línea celular y las muestras de sobrenadante de la orina. Use 2 l de muestra en un espectrómetro de sobremesa, según las instrucciones del fabricante. </li><li> Diluir las muestras de ADN UCF para obtener una concentración de 1 ng / l y almacenar el ADN a -20 ° C hasta que el análisis de la integridad del ADN. NOTA: Si la cantidad de ADN no es suficiente para proceder con PCR en tiempo real (por lo menos 100 ng), lleve a cabo un nuevo proceso de aislamiento de ADN. </li><li> Diluir el ADN de muestras de líneas celulares para obtener seis estándares con diferentes concentraciones: 0,001, 0,01, 0,1, 1, 0,5, y 2 ng / l, cada uno con un volumen de 100 l (st1, ST2, ST3, ST4, ST5, y ST6). Almacenar los patrones de ADN de líneas celulares a -20 ° C hasta que el análisis de la integridad del ADN. </li></ol> 4. Prueba de ADN Integridad - PCR <ol><li> Descongelar los cebadores (la concentración depende del tipo de ensayo), Supermix verde, patrones de ADN de la línea celular, y muestras de ADN UCF diluidas en hielo. </li><li> Prepare tiras de tubos en la placa fo el disco rotor 72 pocillos. Alícuota de 10 l por duplicado para cada estándar y muestra diluida y 10 l de agua libre de RNasa para el control negativo. </li><li> Preparar una mezcla de 1 l de cada cebador (las concentraciones se indican en la Tabla 1), 12,5 l de supermix verde, y 6,5 l de agua libre de RNasa para cada muestra. En la preparación de la mezcla, utilice el siguiente número de muestras: 6 estándares para 2 repeticiones, el número de muestras de 2 repeticiones, control negativo de 2 repeticiones y 2 muestras adicionales. </li><li> Alícuota de 15 l de la mezcla en cada pocillo. No pipetear o girar los tubos. </li><li> Iniciar el protocolo con las condiciones de la PCR se indican en la Tabla 1. NOTA: Para obtener el valor de ADN UCF, 29 muestras de ADN fueron procesados ​​para cada experimento en tiempo real mediante el disco de rotor de 72 pocillos: 29 x 2 + 6 muestras x 2 + normas de regulación x 2 = 72 (valor ADN UCF) negativo. NOTA: El protocolo para el análisis de la integridad del ADN también puede ser UCFrealizado utilizando otro instrumento PCR en tiempo real (cuando se utiliza otro dispositivo, puede ser necesario añadir colorante ROX). </li></ol> 5. Prueba de ADN Integridad - Análisis e interpretación de datos NOTA: El valor ADN UCF para cada muestra se obtuvo mediante un software de sistema de instrumento de detección en tiempo real utilizando una construcción curva estándar para cada gen evaluación PCR individual y usando interpolación curva estándar, como se describe anteriormente 7-9 (Figura 2). <ol><li> Evaluar las repeticiones; la muestra se replica con una diferencia ≥1 Ct debe ser desechado y re-evaluado en un segundo experimento. </li><li> Calcular la mediana de Ct para cada muestra y considerar las muestras con un valor de Ct ≤ 36. </li><li> Evaluar la especificidad de los productos de PCR utilizando el análisis de fusión. </li><li> Evaluar la concentración de cada uno de amplificación por interpolación con la curva estándar; obtener un valor de concentración (ng / l) para cada amplicón.</li>
</ol>

<ol><li>Francis, G., Stein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+Cell-Free+Tumour+DNA+in+the+Management+of+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Int.J.Mol.Sci%22%5BJournal%5D)">Circulating Cell-Free Tumour DNA in the Management of Cancer.</a> Int.J.Mol.Sci. 16 (6), 14122-14142 (2015).</li>
<li>Bryzgunova, O. E., Laktionov, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+Nucleic+Acids+in+Urine%3A+Sources%2C+Structure%2C+Diagnostic+Potential%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Naturae%22%5BJournal%5D)">Extracellular Nucleic Acids in Urine: Sources, Structure, Diagnostic Potential.</a> Acta Naturae. 7 (3), 48-54 (2015).</li>
<li>Szarvas, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deletion+analysis+of+tumor+and+urinary+DNA+to+detect+bladder+cancer%3A+urine+supernatant+versus+urine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Oncol.Rep%22%5BJournal%5D)">Deletion analysis of tumor and urinary DNA to detect bladder cancer: urine supernatant versus urine sediment.</a> Oncol.Rep. 18 (2), 405-409 (2007).</li>
<li>Togneri, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+complexity+of+urothelial+bladder+cancer+revealed+in+urinary+cfDNA%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.J.Hum.Genet%22%5BJournal%5D)">Genomic complexity of urothelial bladder cancer revealed in urinary cfDNA.</a> Eur.J.Hum.Genet. , (2016).</li>
<li>Zonta, E., Nizard, P., Taly, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+DNA+Integrity%2C+Applications+for+Cancer+Research%5BTitle%5D)+AND+%22Adv.Clin.Chem%22%5BJournal%5D)">Assessment of DNA Integrity, Applications for Cancer Research.</a> Adv.Clin.Chem. 70, 197-246 (2015).</li>
<li>Hao, T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+cell-free+DNA+in+serum+as+a+biomarker+for+diagnosis+and+prognostic+prediction+of+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Br.J.Cancer%22%5BJournal%5D)">Circulating cell-free DNA in serum as a biomarker for diagnosis and prognostic prediction of colorectal cancer.</a> Br.J.Cancer. 111 (8), 1482-1489 (2014).</li>
<li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Urine+Cell-Free+DNA+Integrity+Analysis+for+Early+Detection+of+Prostate+Cancer+Patients%5BTitle%5D)+AND+%22Dis.Markers%22%5BJournal%5D)">Urine Cell-Free DNA Integrity Analysis for Early Detection of Prostate Cancer Patients.</a> Dis.Markers. 2015, 574120(2015).</li>
<li>Casadio, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Urine+cell-free+DNA+integrity+as+a+marker+for+early+prostate+cancer+diagnosis%3A+a+pilot+study%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed.Res.Int%22%5BJournal%5D)">Urine cell-free DNA integrity as a marker for early prostate cancer diagnosis: a pilot study.</a> Biomed.Res.Int. 2013, 270457(2013).</li>
<li>Casadio, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Urine+cell-free+DNA+integrity+as+a+marker+for+early+bladder+cancer+diagnosis%3A+preliminary+data%5BTitle%5D)+AND+%22Urol.Oncol%22%5BJournal%5D)">Urine cell-free DNA integrity as a marker for early bladder cancer diagnosis: preliminary data.</a> Urol.Oncol. 31 (8), 1744-1750 (2013).</li>
<li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+cell-free+AR+and+CYP17A1+copy+number+variations+may+associate+with+outcome+of+metastatic+castration-resistant+prostate+cancer+patients+treated+with+abiraterone%5BTitle%5D)+AND+%22Br.J.Cancer%22%5BJournal%5D)">Circulating cell-free AR and CYP17A1 copy number variations may associate with outcome of metastatic castration-resistant prostate cancer patients treated with abiraterone.</a> Br.J.Cancer. 112 (10), 1717-1724 (2015).</li>
<li>Ishkanian, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+array+CGH+identifies+novel+regions+of+genomic+alteration+in+intermediate-risk+prostate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Prostate%22%5BJournal%5D)">High-resolution array CGH identifies novel regions of genomic alteration in intermediate-risk prostate cancer.</a> Prostate. 69 (10), 1091-1100 (2009).</li>
<li>Oxley, J. D., Winkler, M. H., Gillatt, D. A., Peat, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Her-2%2Fneu+oncogene+amplification+in+clinically+localised+prostate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J.Clin.Patho%22%5BJournal%5D)">Her-2/neu oncogene amplification in clinically localised prostate cancer.</a> J.Clin.Patho. 55 (2), 118-120 (2002).</li>
<li>Nord, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Focal+amplifications+are+associated+with+high+grade+and+recurrences+in+stage+Ta+bladder+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Int.J.Cancer%22%5BJournal%5D)">Focal amplifications are associated with high grade and recurrences in stage Ta bladder carcinoma.</a> Int.J.Cancer. 126 (6), 1390-1402 (2010).</li>
<li>Tabach, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+of+the+20q+chromosomal+arm+occurs+early+in+tumorigenic+transformation+and+may+initiate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Amplification of the 20q chromosomal arm occurs early in tumorigenic transformation and may initiate cancer.</a> PLoS One. 6 (1), e14632(2011).</li>
</ol>

Los autores declaran que no tienen intereses financieros contrapuestos.

análisis de la integridad del ADN UCF es un método nuevo, no invasivo para la evaluación de la integridad del ADN en la orina. Se propuso recientemente para el diagnóstico precoz de la vejiga y de próstata 9 7,8. Se discute aquí una serie de ventajas y desventajas de la prueba de la integridad del ADN UCF, junto con las perspectivas de futuro. La principal ventaja de este enfoque es que ofrece un método barato, no invasivo y un protocolo sencillo para estudiar la orina ...

-Cell libre de ADN se puede detectar en la sangre y en la orina debido a la muerte celular por mecanismos apoptóticos o necróticos. ADN libre de células en la sangre se ha estudiado ampliamente para fines de diagnóstico y pronóstico en diversas enfermedades, especialmente el cáncer 1. Sin embargo, se sabe menos sobre el papel del ADN de orina libre de células (UCF). ADN UCF puede originarse de sangre que pasa a través del sistema de filtración glomerular o de células que entran directamente en contacto con este líquido cuerpo 2 (por ejemplo, células uroteliales o células prostáticas). El uso de ADN UCF como fuente de biomarcadores principalmente se ha investigado para el diagnóstico precoz de insuficiencia renal, la vejiga y el cáncer de próstata debido al alto porcentaje de ADN UCF procedentes directamente de las células del tracto urinario 3,4. Poco se sabe sobre el ADN de la UCF y los mejores métodos para aislar y caracterizar ella. Dada la hipótesis de que las células tumorales liberan fragmentos de ADN más largos que las células normales, la evaluaciónde la integridad del ADN libre de células se ha estudiado en un intento de elucidar el origen del ADN en la circulación de la sangre 5. Algunos estudios han demostrado que la integridad del ADN libre de células en la sangre representa una buena prueba de diagnóstico para muchos tipos de cáncer 6, y la misma hipótesis ha sido propuesto en relación con la orina 7-9. En este trabajo se describe un nuevo método para el análisis de la integridad del ADN UCF con una aplicación potencial para la detección de cáncer de vejiga y de próstata. En particular, la integridad del ADN UCF fragmentos más largos de 250 pb fue probado en 4 regiones sabe que tienen un número incrementado de copias de ADN en tumores sólidos, incluyendo cáncer de próstata y la vejiga: c-MYC (8q24.21), HER2 (17q12.1 ), BCAS1 (20q13.2), y AR (Xq12) 10-14. oncogenes específicos, en lugar de secuencias aleatorias, se eligieron para aumentar la probabilidad de encontrar en la fracción libre de células de pacientes con cáncer. Una de las principales ventajas deeste método es que es flexible y que otras regiones también se puede seleccionar sobre la base de tipo de tumor y características.

<table><tbody><tr><td>QIAamp DNA Mini Kit &nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>51304</td><td></td></tr><tr><td>iQ SYBR&nbsp; Supermix Verde, 100 x 50 y micro; L rxns, 2,5 mL (2 x 1,25 mL)</td><td>Biorad</td><td>1708880</td><td></td></tr><tr><td>IDT oligótidos de ADN personalizados&nbsp;</td><td>IDT&nbsp;</td><td></td><td>Purificación por HPLC, 100nMole ADN oligo</td></tr><tr><td>NanoDrop 1000 Espectrofotómetro</td><td>Thermo Scientific</td><td></td><td>También se podrían utilizar otros métodos espectrofotométricos para cuantificar el ADN</td></tr><tr><td>Rotor-Gene 6000</td><td>Corbett</td><td></td><td>También se podría utilizar otro instrumento de PCR en tiempo real</td></tr><tr><td>microcentrífuga</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>una centrífuga para tubos de</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr>50 mL<td>incubadora-80</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>&deg; C congelador-20</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>&deg; C congelador</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 &#956; Pipeta</td><td></td><td></td><td></td>L</tr><tr><td>20 &#956; Pipeta</td><td></td><td></td><td></td>L</tr><tr><td>200 &#956; Pipeta</td><td></td><td></td><td></td>L</tr><tr><td>1.000 &#956; L pipeta</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>puntas de pipeta (10; 20; 200; 1.000)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tubos de 1,5 mL Tubos de</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 mL Tubos</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>de</td><td></td><td></td><td></td>15</tr><tr><td>mL Rotor-Disco 72 Rotor</td><td>Corbett</td><td>9018899</td><td></td></tr><tr><td>Tubos y tapones, 0,1 mL (250)</td><td>Qiagen</td><td>981103</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de recolección (2 mL)</td><td>Qiagen</td><td>19201</td><td></td></tr><tr><td>Tampón AL (264 mL)</td><td>Qiagen</td><td>19075</td><td></td></tr><tr><td>Proteinasa K (10 mL)</td><td>Qiagen</td><td>19133</td><td></td></tr></tbody></table>

libre de células análisis de la integridad del adn en muestras de orina

Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples

Aunque la presencia de ADN circulante libre de células en el plasma o suero ha sido ampliamente demostrado ser una fuente adecuada de biomarcadores para muchos tipos de cáncer, pocos estudios se han centrado en el uso potencial de ADN libre de células de orina (UCF). Partiendo de la hipótesis de que las células apoptóticas normales producen ADN muy fragmentado y que las células de cáncer de liberación más largo de ADN, el papel potencial de la integridad del ADN UCF se evaluó como un marcador de diagnóstico temprano capaz de distinguir entre pacientes con cáncer de próstata o cáncer de vejiga y los individuos sanos. Se propone un análisis de la integridad del ADN UCF sobre la base de cuatro PCR cuantitativa en tiempo real de cuatro secuencias de más de 250 pares de bases: c-MYC, BCAS1, HER2, y AR. Las secuencias que con frecuencia tienen un número de copias de ADN aumentado en la vejiga y de próstata fueron elegidos para el análisis, pero el método es flexible, y estos genes pueden ser sustituidos con otros genes de intedescanso. La utilidad potencial de ADN UCF como fuente de biomarcadores ya ha sido demostrada para tumores malignos urológicos, preparando así el camino para nuevos estudios sobre la caracterización del ADN UCF. La prueba de la integridad del ADN UCF tiene la ventaja de ser no invasivo, rápido y fácil de realizar, con sólo unos pocos mililitros de orina necesarios para llevar a cabo el análisis.

La concentración total de ADN libre era cuantificable mediante espectrofotometría para todas las muestras analizadas, que muestra un intervalo de entre 1,51 y 138 ng / mL. Cinco muestras de control se utilizaron para la reproducibilidad de los datos: dos experimentos independientes en tiempo real se realizaron para c-MYC, HER2, BCAS1, AR, y STOX1. Los coeficientes de variación (CV) se calcularon entonces para cada gen (Tabla 2),</stron...

Se propone un método para analizar la integridad del ADN en la fracción sobrenadante libre de células de las muestras de orina. El método es adecuado para la detección precoz de neoplasias urológicas malignas y ha demostrado ser preciso para el diagnóstico precoz del cáncer de vejiga.

Libre de células análisis de la integridad del ADN en muestras de orina

Although the presence of circulating cell-free DNA in plasma or serum has been widely shown to be a suitable source of biomarkers for many types of ...

El objetivo general de este método es evaluar la integridad del ADN libre de células de la orina en secuencias específicas de oncogenes. Este método puede ayudar a responder preguntas clave en el campo del cáncer urológico, como el diagnóstico temprano no invasivo del cáncer de vejiga y próstata. La principal ventaja de esta técnica es que es fácil de hacer y analizar.Las implicaciones de esta técnica se extienden hacia el diagnóstico de las neoplasias urológicas malignas, ya que normalmente liberan células y ácidos nucleicos libres en la orina. Aunque este método puede proporcionar información sobre las muestras de orina, también se puede aplicar a otros sistemas como el suero o el plasma. Por lo general, las personas nuevas en este método tendrían dificultades porque la concentración de ADN libre de células en la orina suele ser baja.La primera vez que tuvimos la idea de este método fue cuando intentamos encontrar un método sencillo para la detección temprana no invasiva del cáncer de vejiga. Para comenzar el procedimiento, obtenga una muestra de orina de 50 mililitros de captura limpia de la primera mañana que se haya almacenado a cuatro grados centígrados durante no más de tres horas. Invierta la muestra dos veces y luego divida la muestra en dos tubos de centrífuga cónicos de 50 mililitros.Centrifugar la muestra a 850 veces G durante 10 minutos a cuatro grados centígrados. Luego, para cada tubo, transfiera 10 mililitros de la parte superior del sobrenadante a dos tubos de cinco mililitros, dejando al menos dos mililitros de sobrenadante por encima del pellet. Deseche los gránulos y almacene el sobrenadante a menos 80 grados centígrados.Repita este proceso para obtener muestras de orina adicionales según sea necesario. Para comenzar la purificación del ADN, para cada muestra se descongela una alícuota de sobrenadante de orina. Agite la muestra descongelada e invierta el tubo dos veces.Coloque un mililitro de la muestra en un tubo de cinco mililitros y almacene el resto a menos 80 grados centígrados. Prepare un kit de purificación de ADN adecuado para muestras de orina de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Añadir 100 microlitros de proteinasa K y un mililitro de tampón de lisis a la muestra y mezclar bien con una pipeta.Incubar la muestra a 56 grados centígrados durante 15 minutos. Durante la incubación, prepare los tampones de lavado en una columna de centrifugado. Después de la incubación, deje que la muestra se enfríe a temperatura ambiente y luego agregue un mililitro de etanol absoluto y mezcle bien mediante pipeteo.Transfiera 650 microlitros de la muestra a la columna. Centrífuga a 6000 veces G durante un minuto. Vuelva a colocar el tubo de recolección y repita este proceso hasta que toda la muestra se haya cargado en la columna.A continuación, añada 500 microlitros del primer tampón de lavado y centrifugar la columna a 6000 veces G durante un minuto. Reemplace el tubo de recolección, agregue 500 microlitros del segundo tampón de lavado y centrifugue la columna a velocidad máxima durante tres minutos. Coloque la columna en un tubo de recolección limpio y centrifugue a velocidad máxima durante otros tres minutos para eliminar el tampón de lavado residual.Transfiera la columna a un tubo de microcentrífuga limpio de 1,5 mililitros. Cargue 50 microlitros de tampón de elución en la columna y deje que el tampón penetre en la columna durante siete minutos. A continuación, centrifugar la columna a 6000 veces G durante un minuto.Pipetear el eluido de nuevo en la columna y centrifugar la columna a máxima velocidad durante un minuto para obtener el ADN libre de células de orina. Para comenzar a preparar los estándares, primero aísle el ADN de una línea celular apropiada utilizando un kit de purificación. Cuantifique el ADN de cada muestra de orina purificada en la línea celular con un espectrofotómetro según las instrucciones del fabricante del kit.Diluya el ADN UCF a un nanogramo por microlitro y almacene las muestras diluidas a menos 20 grados Celsius hasta que estén listas para la prueba de integridad. Diluya el ADN de la línea celular para crear seis estándares de 100 microlitros de diferentes concentraciones. Almacene los estándares a menos 20 grados centígrados.Para comenzar la prueba de integridad del ADN, descongele las muestras de ADN de UCF, los estándares, los cebadores de PCR apropiados y la supermezcla verde en hielo. A continuación, configure la placa de disco del rotor de 72 pocillos con tubos de tira. Coloque dos alícuotas de 10 microlitros de estándar y luego cada muestra en pocillos.Preparar dos pocillos de 10 microlitros de agua libre de RNasa como controles negativos. Para cada pocillo lleno, prepare una mezcla de un microlitro de cada cebador, 12,5 microlitros de supermezcla verde y 6,5 microlitros de agua libre de RNasa. Transfiera 15 microlitros de la mezcla a cada pocillo lleno y luego transfiera los pocillos a un disco de rotor de 72 pocillos.Realice la PCR con un instrumento en tiempo real de acuerdo con las especificaciones del fabricante. Con el software del instrumento, compruebe si alguna réplica tiene una diferencia de valor de umbral de ciclo de uno o más. Deseche esas muestras del análisis y evalúe el umbral de ciclo medio para las muestras restantes.Realice un análisis de fusión en cada muestra con un valor umbral de ciclo medio de 36 o menos para evaluar la especificidad del producto de PCR. A continuación, utilice la curva estándar para determinar una concentración en nanogramos por microlitro para cada aplico. Se aisló ADN libre de células en orina y se evaluó la integridad del ADN en cuatro regiones que muestran un mayor número de copias de ADN en tumores sólidos.También se evaluó una secuencia de control para verificar que la cantidad de ADN en cada muestra era suficiente para la prueba de integridad. Se calculó la concentración total de ADN libre y los coeficientes de variación para cada gen. Este método muestra una sensibilidad del 73% y una especificidad del 84% para detectar el cáncer de vejiga, pero solo del 58% de sensibilidad y del 44% de especificidad para el cáncer de próstata.Una vez dominada, esta técnica se puede realizar en un día hábil si se realiza correctamente. Siguiendo este procedimiento, se pueden realizar otros métodos como la PCR digital o la secuenciación de nueva generación para responder a preguntas adicionales como el inductor del número de copias de los genes de interés. Después de ver este video, debería tener una buena comprensión de cómo aislar el ADN libre de células de la orina de una manera muy simple, y cómo estudiar la integridad de regiones específicas de interés utilizando enfoques de PCR en tiempo real.

cell-free-dna-integrity-analysis-in-urine-samples

Research

Investigación

JoVE Journal

Cancer Research

Investigación del cáncer

Este manuscrito describe una técnica para la detección de mutaciones de baja frecuencia en ctDNA, ER-SS. Este método se distingue por su uso único de corrección de errores de bidireccional, un filtro de fondo especial y eficiente adquisición molecular.

Detección de mutaciones raras en CtDNA usando la siguiente secuencia de generación

Aquí, presentamos un protocolo para cuantificar con precisión múltiples alteraciones genéticas de una región de destino en una sola reacción usando ddPCR de bajada y un único par de sondas de hidrólisis.

Reacción en cadena polimerasa Digital sola gota para la detección integral y simultánea de mutaciones en las regiones de Hotspot

El kit de diagnóstico de FL-DNA presentado es un método fácil de ahorrar tiempo y fácil de usar para determinar la probabilidad confiable de la presencia de lesiones por cáncer colorrectal.

Evaluación del riesgo y la prevalencia del cáncer colorrectal mediante la detección de la integridad del ADN de las heces

Aquí, presentamos un protocolo para detectar mutaciones somáticas tumorales en el ADN circulante presente en fluidos biológicos del paciente (biofluidos). Nuestro método basado en la reacción en cadena de la polimerasa digital de gotas (dPCR) permite cuantificar la frecuencia alélica de la mutación tumoral (MAF), facilitando un complemento mínimamente invasivo para el diagnóstico y el monitoreo temporal de la respuesta tumoral.

Detección y seguimiento del ADN circulante asociado a tumores en biofluidos del paciente

Describimos aquí métodos para la cuantificación sensible y precisa de las lesiones 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxodGuo), 1,n6-etheno-2'-deoxyadenosine (1,n6-dado) y 1,n2- etheno-2'-desoxyguanosine (1,N2-DGUO) en el ADN. Los métodos se aplicaron a la evaluación de los efectos de las partículas finas ambientales (PM2,5) en los tejidos (pulmón, hígado y riñón) de ratones expuestos A/J.

Cuantificación de tres lesiones de ADN por espectrometría de masas y evaluación de sus niveles en los tejidos de los ratones expuestos a la materia particulada fina ambiental

En este artículo presentamos un protocolo detallado para la técnica de biopsia líquida no invasiva, incluyendo recolección de sangre, separación de plasma y capa buffy, extracción de ADN cfDNA y germinlina, cuantificación del ADN cfDNA o de la línea germinal, y análisis de enriquecimiento de fragmentos cfDNA.

Detección de ADN libre de células en muestras de plasma sanguíneo de pacientes con cáncer

Se desarrolló un método no radioisotópico no marcado para evaluar la actividad de la uracilo-ADN glicosilasa utilizando la espectrometría de masas MALDI-TOF para el análisis directo de productos que contienen sitios apurínicos/apirimidínicos. El ensayo demostró ser bastante simple, específico, rápido y fácil de usar para la medición de la GLICosilasa de ADN.

Ensayo de uracilo-ADN glicosilasa mediante desorción láser asistida por matriz/análisis de espectrometría de masas de tiempo de vuelo

El ensayo del cometa es un medio popular para detectar daños en el ADN. Este estudio describe un enfoque para ejecutar diapositivas en variantes representativas del ensayo de cometas. Este enfoque aumentó significativamente el número de muestras al tiempo que disminuyó el tiempo de ejecución del ensayo, el número de manipulaciones de portaobjetos y el riesgo de daño a los geles.

Un enfoque de ensayo cometario de alto rendimiento para evaluar el daño del ADN celular

La biopsia líquida ha revolucionado nuestro enfoque de los estudios traslacionales oncológicos, siendo la recolección de muestras, la calidad y el almacenamiento pasos cruciales para su aplicación clínica exitosa. Aquí describimos un protocolo estandarizado y validado para aplicaciones de ADN libre de circulación aguas abajo que se puede aplicar en la mayoría de los laboratorios de investigación traslacional.

Un protocolo preanalítico estandarizado de biopsia líquida para aplicaciones de ADN libre de circulación aguas abajo

Este protocolo describe una prueba de biomarcadores de orina sintética multianalito mediada por CRISPR-Cas que permite el diagnóstico del cáncer en el punto de atención a través del análisis ex vivo de las actividades de la proteasa asociadas al tumor.

Prueba de biomarcadores de orina sintéticos multianalito mediada por CRISPR-Cas para diagnósticos portátiles

Este protocolo describe un flujo de trabajo de secuenciación de próxima generación automatizado y acreditado por ISO15189 para detectar alteraciones genómicas dirigidas en tejidos incluidos en parafina fijados en formol de cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC).

Detección de alteraciones dirigidas en el cáncer de pulmón de células no pequeñas mediante secuenciación de próxima generación

Aprende a analizar la integridad del ADN libre de células en orina para el diagnóstico no invasivo del cáncer de vejiga. Este método facilita la detección temprana de malignidades urológicas con alta precisión.

Libre de células análisis de la integridad del ADN en muestras de orina

Explorar más videos