Name: Protocolo de análisis de reloj para análisis de imagen: Plugins de ImageJ (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-06-19T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 19 s
Description: Aprende a utilizar los plugins de análisis Clock Scan para ImageJ y caracteriza la intensidad de píxeles en regiones de interés de manera rápida. Estas herramientas mejoran el acceso a la metodología para investigadores en neurociencia.

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Damos las gracias a la Dra. Tanja Maritzen y al Dr. Fabian Feutlinske (Instituto Leibniz de Farmacología Molecular, Berlín, Alemania) por compartir con nosotros su versión del complemento Fuji ImageJ Clock Scan e inspirarnos para desarrollar esta versión del programa. También estamos agradecidos al Dr. Fritz Melchers (Departamento de Desarrollo de Linfocitos, Instituto Max Planck por Biología de Infecciones) por su amable permiso para usar las imágenes de la base de datos de su departamento con el propósito de probar y mejorar el complemento. Apoyo: Centro de Neurociencias Translacionales; Beca NIH: P30-GM110702-03.

1. Instalación del software <ol><li> Instale las últimas versiones de Java y ImageJ o Fiji ImageJ como se recomienda en los respectivos sitios web (vea la tabla de materiales para los enlaces a los sitios web correspondientes). En el texto a continuación, ambos programas se denominan &quot;ImageJ&quot;. </li><li> Copie los archivos de plugins &quot;Clock_Scan-1.0.1. Jar&quot; y &quot;Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar&quot; utilizando el enlace proporcionado en la tabla de materiales y péguelos en el directorio de plugins de ImageJ. Como alternativa, use la opción de menú &quot;Plugins | Install plugin&quot; para instalar estos archivos después de haberlos guardado en el disco duro del ordenador. </li></ol> 2. Análisis de la exploración del reloj <ol><li> Plugin de exploración del reloj estándar ( Figura 1 ): <ol><li> Utilice el comando de menú &quot;Archivo | Abrir&quot; de ImageJ para abrir una imagen de interés. </li><li> Haga clic en la herramienta &#39;polígono&#39; o &#39;selección de línea segmentada&#39;, Y luego dibujar en la imagen para delinear el ROI completo o un segmento de esta región. Vea la Figura 1 A para un ejemplo de selección de polígonos (contorno interior discontinuo). NOTA: También se pueden usar otras herramientas de selección, disponibles en el software (selección de rectángulo, oval y de línea libre). </li><li> Seleccione &quot;Plugins | Clock Scan&quot; en el menú para abrir la ventana de opciones emergentes del protocolo de análisis de reloj estándar. Tenga en cuenta que este comando también abrirá la ventana Administrador de ROI con el esquema agregado automáticamente a él. </li><li> Utilice la ventana de opciones del complemento para hacer lo siguiente. <ol><li> Revise y cambie las coordenadas X e Y del centro de ROI (calculadas automáticamente como coordenadas del centro de masa física) utilizando barras de desplazamiento o cambiando los valores en los cuadros de entrada correspondientes. Vea la Figura 1 B. </li><li> Dependiendo de la cantidad de la región de fondo fuera del objeto shoPuede ser cubierto por el escaneado, ajuste los límites de escaneado utilizando la barra de desplazamiento &quot;límite de escaneado&quot;. Vea la Figura 1 A. NOTA: El límite de exploración es el número fraccionario que representa hasta qué punto el escaneo debe proceder más allá del borde de los objetos en cualquier dirección dada; El valor predeterminado es 1.20, lo que indica que la longitud de la exploración será 20% más larga que el radio del objeto en la dirección de la exploración; Ver Figura 1 A , línea punteada externa). </li><li> Modifique la salida del complemento utilizando las casillas de verificación &quot;radio real&quot;, &quot;substraer fondo&quot;, &quot;transformar polar&quot; y / o &quot;trazar con desviación estándar&quot;. </li><li> Haga clic en &quot;Aceptar&quot; para ejecutar el complemento. Véase la figura 1 C-H . NOTA: Ejemplos de la salida del protocolo con &quot;gráfico con desviación estándar&quot; y &quot;transformada polar&quot; o &quot;radio real&quot; y &quot;transf polar&quot;Orm &quot;seleccionadas se muestran en la Figura 1 C y 1D y Figura 1 E y 1 F. Obsérvese que los valores calculados de desviación estándar (SD) representan la variación entre las exploraciones de intensidad de píxeles radiales individuales del objeto.También tenga en cuenta la&quot; selección ROI Longitud &quot;en la ventana del complemento, que muestra la información sobre la longitud del esquema ROI medida en píxeles. </li></ol></li><li> En el &quot;Trazado de perfil de exploración de reloj&quot; generado, utilice el comando &quot;Listar&quot; para trazar valores mostrados en dos columnas X e Y de datos para imágenes en escala de grises y en X y cuatro columnas Y de imágenes RGB, Las columnas Y1, Y2 e Y3 se llenarán con valores de intensidad de píxeles de canal de color integrales e individuales (rojo, verde y azul). </li></ol></li><li> Múltiples ROI Clock Scan plugin - trabajando con múltiples ROI ( <strongClass = &quot;xfig&quot;&gt; Figura 2 ): <ol><li> Abra una imagen que contenga varios ROI. </li><li> Abra el Administrador de ROI haciendo clic en &quot;Analyze | Tools | ROI Manager&quot;. </li><li> Haga un bosquejo secuencial (consulte el paso 2.1.2) y añada cada ROI al Gestor de ROI haciendo clic en &quot;Agregar&quot; en la ventana Administrador de ROI; Haga esto para todos los ROI dentro de la imagen. Utilice el comando &quot;Analyze | Measure&quot; si las métricas ROI son de interés. <ol><li> Vea la Figura 2 A para un ejemplo de selecciones de líneas segmentadas múltiples y la Figura 2 E para un ejemplo de múltiples selecciones de polígonos. </li></ol></li><li> Seleccione &quot;Multi Clock Scan&quot; en el menú &quot;Plugins&quot; para abrir la ventana emergente de opciones de protocolo. </li><li> Utilice la ventana de opciones de protocolo para hacer lo siguiente. <ol><li> Si es necesario, restablezca el límite de escaneo según el paso 2.1.4.2; El valor predeterminado es 1,20. </li><li> Si es necesario, seleccione la opciónIon para trazar el perfil de barrido de reloj medio con barras SD marcando la casilla &quot;Trazar con desviación estándar&quot;. Véase la figura 2 C y D. NOTA: Los valores de SD calculados representarán la variación entre los perfiles de exploración de reloj integrales de diferentes objetos. Además, anote la línea en la ventana del complemento mostrando información sobre el &quot;número de ROIs seleccionados&quot;. </li><li> Haga clic en &quot;Aceptar&quot; para ejecutar el protocolo. </li></ol></li><li> En el &quot;Trazado del perfil de exploración de reloj&quot; generado, utilice el comando &quot;Listar&quot; para trazar los valores mostrados en la ventana &quot;Valores de trazado&quot;. Vea la leyenda de la ventana &quot;Trazado del perfil de exploración de varios relojes&quot; para la designación de columnas por canal de color. </li><li> Tenga en cuenta que los ROI están numerados y sus perfiles de exploración de reloj para cualquier canal de color dado se representan en la misma secuencia en la que se describieron los ROI y se agregaron al &quot;ROI Manager&quot;. </li></ol></li><li> MulTiple ROI Plugin de exploración de reloj - trabajando con una pila de imágenes ( Figura 3 ): <ol><li> Abra una pila de imágenes de interés. </li><li> Abra el Administrador de ROI haciendo clic en &quot;Analyze | Tools | ROI Manager&quot;. </li><li> Describa el ROI de las imágenes dentro de la pila y agréguelas al administrador de ROI como se describe en los pasos 2.1.2 y 2.2.3. Utilice el comando &quot;Analyze | Measure&quot; si las métricas ROI son de interés. </li><li> Seleccione &quot;Multi Clock Scan&quot; en el menú &quot;Plugins&quot; para abrir la ventana emergente de opciones de protocolo. </li><li> Utilice la ventana de opciones de protocolo para hacer lo siguiente. <ol><li> Restablezca el límite de exploración como se describe en el paso 2.1.4.2; El valor predeterminado es 1,20. </li><li> Seleccione la opción para trazar el perfil de barrido de reloj medio con barras SD marcando la casilla &quot;Trazar con desviación estándar&quot;. NOTA: Los valores de SD calculados representarán la variación entre diferentes instancias del objeto seleccionado en la imagen staCk Además, tenga en cuenta la línea en la ventana de complemento que muestra información sobre el &quot;número de imágenes en la pila&quot;. </li><li> Haga clic en &quot;Aceptar&quot; para ejecutar el protocolo. </li></ol></li><li> En la ventana &quot;Trazado de perfil de exploración de reloj&quot;, haga clic en &quot;Listar&quot; para trazar los valores mostrados en la ventana &quot;Valores de trazado&quot;, donde el número de columna Y representa la posición de la imagen dentro de la pila - 1. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Dobretsov, M., Romanovsky, D. "Clock-scan" protocol for image analysis. Am J Physiol Cell Physiol. 291, 869-879 (2006).</li>
<li>Feutlinske, F., Browarski, M., Ku, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stonin1+mediates+endocytosis+of+the+proteoglycan+NG2+and+regulates+focal+adhesion+dynamics+and+cell+motility%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Stonin1 mediates endocytosis of the proteoglycan NG2 and regulates focal adhesion dynamics and cell motility.</a> Nat Commun. 6, 8535(2015).</li>
<li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NIH+Image+to+ImageJ%3A+25+years+of+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li>
<li>Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9, 676-682 (2012).</li>
<li>Dobretsov, M., Hastings, S. L., Stimers, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-uniform+expression+of+alpha+subunit+isoforms+of+the+Na%2B%2FK%2B+pump+in+rat+dorsal+root+ganglia+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Res%22%5BJournal%5D)">Non-uniform expression of alpha subunit isoforms of the Na+/K+ pump in rat dorsal root ganglia neurons.</a> Brain Res. 821, 212-217 (1999).</li>
<li>Hayar, A., Gu, C., Al-Chaer, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+method+for+patch+clamp+recording+and+calcium+imaging+of+neurons+in+the+intact+dorsal+root+ganglion+in+rats%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved method for patch clamp recording and calcium imaging of neurons in the intact dorsal root ganglion in rats.</a> J Neurosci Methods. 173, 74-82 (2008).</li>
<li>Dobretsov, M., Pierce, D., Light, K. E., Kockara, N. T., Kozhemyakin, M., Wight, P. A. Transgenic mouse model to selectively identify alpha3 Na,K-ATPase expressing cells in the nervous system. Society for Neuroscience. , Online Program No. 123.01/B54 1(2015).</li>
<li>Lein, E. S., Hawrylycz, M. J., Ao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+atlas+of+gene+expression+in+the+adult+mouse+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain.</a> Nature. 445, 168-176 (2007).</li>
<li>Romanovsky, D., Mrak, R. E., Dobretsov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Age-dependent+decline+in+density+of+human+nerve+and+spinal+ganglia+neurons+expressing+the+alpha3+isoform+of+Na%2FK-ATPase%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Age-dependent decline in density of human nerve and spinal ganglia neurons expressing the alpha3 isoform of Na/K-ATPase.</a> Neuroscience. 310, 342-353 (2015).</li>
<li>Campbell, J., Singh, D., Hollett, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+selective+photoconductive+stimulation+of+live+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Spatially selective photoconductive stimulation of live neurons.</a> Front Cell Neurosci. 8, 142(2014).</li>
<li>Yuryev, M., Pellegrino, C., Jokinen, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4701926/">In vivo Calcium Imaging of Evoked Calcium Waves in the Embryonic Cortex.</a> Front Cell Neurosci. 9, 500(2015).</li>
<li>Qiao, M., Sanes, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+Method+for+Labeling+Electrically+Coupled+Cells%3A+Application+to+Retina%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Genetic Method for Labeling Electrically Coupled Cells: Application to Retina.</a> Front Mol Neurosci. 8, 81(2015).</li>
</ol>

Los autores declaran que no tienen intereses financieros en competencia ni otros conflictos de intereses.

Clock Scan Protocol: El protocolo Clock Scan es una herramienta rápida y sencilla de análisis de imágenes. Las ventajas de este protocolo, en comparación con los enfoques comunes existentes de análisis de imágenes (tales como exploraciones de intensidad de píxeles lineal o cálculo de la intensidad media de píxel del ROI), se han descrito en detalle en publicaciones anteriores 1 , 9 . En pocas palabras, este protocolo permite la generación de per...

El objetivo de este trabajo es presentar un protocolo Clock Scan que esté libre de plataforma y que esté libremente disponible para cualquier investigador interesado en este tipo de análisis de imagen. El protocolo Clock Scan se desarrolló originalmente en 2006 1 , con el objetivo de mejorar los métodos existentes de cuantificación de la intensidad de píxeles dentro de las regiones de interés convexas (ROI), un método que tiene una mejor capacidad de integración y una mejor resolución espacial. Durante la adquisición, el protocolo recoge secuencialmente múltiples perfiles radiales de intensidad de píxeles, escaneados desde el centro ROI hasta su borde, oa una distancia predeterminada fuera del ROI con el fin de medir la intensidad del píxel &quot;de fondo&quot;. El protocolo escala estos perfiles según el radio de la célula, medido en la dirección de la exploración. Por lo tanto, la distancia desde el centro hasta el borde de ROI de cada exploración radial individual es siempre el 100% de la escala X. Por último, el programa promedia estosAl en un perfil integral radial de intensidad de píxeles. Debido a la escala, el perfil de intensidad de píxel medio, producido por el protocolo &quot;Clock Scan&quot;, no depende del tamaño del ROI ni, dentro de límites razonables, de la forma de ROI. Este método permite la comparación directa o, si es necesario, el promedio o la sustracción de perfiles de diferentes ROI. El protocolo también permite la corrección de los perfiles integrales de intensidad de píxel, de cualquier objeto para el ruido de fondo, mediante una simple sustracción de la intensidad media de píxeles situados fuera del objeto. Aunque sólo ha sido probado en muestras biológicas, nuestro protocolo proporciona una valiosa adición a otras herramientas de análisis de imágenes existentes utilizadas en estudios de imágenes de procesos físicos o químicos que están dispuestos alrededor de un punto de origen (como la difusión de sustancias desde una fuente puntual ) 1 . Sin embargo, la principal limitación del método de análisis de imagen original era que el protocolo era devEloped como un Visual Basic 6 (VB6) (código, y por lo tanto, era dependiente de la plataforma y difícil de distribuir (que requieren VB6). Para abordar este problema y unirse a esfuerzos recientes similares por otros investigadores 2 , convertimos el VB6 Clock Scan Código de programa en dos complementos basados ​​en Java, compatibles con los programas de análisis de imágenes open-source y independiente de plataforma patrocinados por NIH, ImageJ 3 y Fiji ImageJ 4. Además, estos plugins tienen ahora varias funciones nuevas que expanden la capacidad Del protocolo original para procesar múltiples ROIs y pilas de imagen.Muchas aplicaciones de análisis de imágenes no son fáciles de usar, con respecto a la realización de análisis estadístico de objetos múltiples, y por lo tanto, a menudo sólo los datos representativos se muestran.Con el complemento de Clock Clock ScanJim, Es posible facilitar el análisis de objetos múltiples simultáneamente.Una evaluación estadística robusta de los datos de microscopía,Con respecto a la distribución de la intensidad de señal en células / objetos individuales, ahora es posible con esta extensión de complemento. Aquí describimos los plugins de la exploración de reloj y mostramos ejemplos de sus aplicaciones en el análisis de imágenes.

<table><tbody><tr><td>Computadora</td><td>Cualquiera</td><td></td><td>compatible con el software que se enumera a continuación</td></tr><tr><td>: ImageJ o Fiji ImageJ</td><td>NIH</td><td>https://imagej.nih.gov/ij/ o https://fiji.sc/</td> <td>incluido con Java 1.8 o superior</td></tr><tr><td>Complementos de escaneo de reloj</td><td>software gratuito</td><td>https://sourceforge.net/projects/clockscan/</td> <td>Clock_Scan-1.0.1 jar y Multi_Clock_Scan-1.0.1/</td></tr><tr><td>jar Origin 9.0</td><td>OriginLab</td><td>Northampton, MA, USA</td><td>Este programa se utilizó para generar algunos gráficos de los datos originales de Clock Scan. Se puede utilizar cualquier otro software gráfico para realizar esta función</td></tr></tbody></table>

protocolo de análisis de reloj para análisis de imagen: plugins de imagej

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

El protocolo de exploración de reloj para el análisis de imagen es una herramienta eficaz para cuantificar la intensidad media de píxel dentro, en el borde y fuera (de fondo) de una región de interés convexa en forma convexa cerrada o segmentada, que conduce a la generación de un píxel radial integral integral, Perfil de intensidad. Este protocolo se desarrolló originalmente en 2006, como un guión visual básico 6, pero como tal, tenía una distribución limitada. Para abordar este problema y unir esfuerzos recientes similares de otros, hemos convertido el código original del protocolo de análisis de reloj en dos complementos basados ​​en Java compatibles con programas de análisis de imágenes patrocinados por NIH como ImageJ o ImageJ de Fiji. Además, estos complementos tienen varias funciones nuevas, ampliando aún más el rango de capacidades del protocolo original, como el análisis de múltiples regiones de interés y pilas de imágenes. Esta última característica del programa es especialmente útil en aplicaciones en las que es importante determinar los cambios relacionadosA tiempo y lugar. Por lo tanto, el análisis de la sincronización del reloj de las pilas de imágenes biológicas puede aplicarse potencialmente a la difusión de Na + o Ca ++ dentro de una sola célula, así como al análisis de la propagación de la actividad ( por ejemplo , ondas Ca ++ ) en poblaciones de sináptica -conexiones conectadas o unidas a uniones de separación. Aquí, describimos estos nuevos plugins de exploración de reloj y mostrar algunos ejemplos de sus aplicaciones en el análisis de imágenes.

Las imágenes que se utilizan aquí con fines ilustrativos, se toman de las bases de datos creadas durante nuestros anteriores estudios biológicos de células y tejidos 5 , 6 , 7 y de Allen Mouse Brain Atlas 8 . Ambos plugins se probaron con éxito utilizando el entorno de programa ImageJ 1.50i / Java 1.8.0_77, ImageJ 2.0.0-rc-44 / 1.50e / Java 1.8.9_66 y Fiji ImageJ 2.0.0-rc...

Este artículo describe dos nuevos plugins de ImageJ para el análisis de imágenes &#39;Clock Scan&#39;. Estos plugins amplían la funcionalidad del programa visual basic 6 original y, lo que es más importante, ponen el programa a disposición de una gran comunidad de investigación al agruparla con el paquete de software de análisis de imágenes gratuito ImageJ.

Protocolo de análisis de reloj para análisis de imagen: Plugins de ImageJ

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...

El objetivo general de estos protocolos de escaneo circular es permitir la caracterización rápida de la intensidad promedio de píxeles dentro, a lo largo del borde de, y/o en el exterior de regiones de interés seleccionadas. Este método puede ayudar a responder preguntas clave y a enseñar a los analistas de imágenes sobre la intensidad promedio de píxeles dentro de regiones de interés específicas. Las principales ventajas de la técnica de escaneo circular aquí son que puede utilizarse para caracterizar rápidamente la intensidad promedio de píxeles desde la órbita en una o múltiples regiones de interés.Para el análisis estándar de escaneo de reloj, en el menú Archivo, dentro del programa ImageJ adecuado, seleccione Abrir para abrir un archivo de imagen de interés. Por ejemplo, aquí se analizará una sección de tejido con neuronas marcadas para una proteína de interés. Seleccione una herramienta de dibujo adecuada y delimite la región de interés.Seleccione Plugins y Escaneo de reloj en el menú Archivo para abrir el protocolo estándar de escaneo de reloj, ventana emergente de opciones. También se abrirá la ventana del administrador de la región de interés, con el contorno agregado automáticamente. En la ventana de opciones del plugin, use las barras de desplazamiento para cambiar las coordenadas x e y en el centro de la región de interés, según corresponda.Dependiendo de cuánta región de fondo fuera del objeto debe cubrirse mediante el escaneo, utilice la barra de desplazamiento de límite de escaneo para ajustar los límites de escaneo. Seleccione los cuadros de verificación de radio real, sustracción de fondo, transformada polar y/o gráfico con desviación estándar según sea apropiado para el experimento. A continuación, haga clic en Aceptar para ejecutar el complemento.Una vez finalizado el análisis, utilice el comando de lista para acceder a los datos numéricos y realizar un análisis adicional. Para el análisis de escaneo del reloj en múltiples regiones, abra un archivo de imagen que contenga varias regiones de interés. Por ejemplo, aquí se analizará un panel de cuadros capturados dentro de la misma sección de tejido, tal como se acaba de demostrar.Haga clic en Analizar, luego en Herramientas y después en Administrador de región de interés, y utilice la herramienta de dibujo adecuada para delinear cada región de interés. La herramienta de línea segmentada es útil para seleccionar regiones de interés asimétricas y para excluir la señal de fondo. Haga clic en Agregar en la ventana del Administrador de región de interés para añadir cada región de interés al administrador a medida que se selecciona.en el menú Plugins, seleccione Multi Clock Scan para abrir la ventana emergente de opciones del protocolo y restablezca el límite de escaneo, según sea necesario. Verifique la gráfica con la desviación estándar y/o reste las casillas de fondo, según lo requiera el experimento. Luego, haga clic en Aceptar para ejecutar el protocolo, lo que generará dos ventanas de gráficos de salida.Para el análisis de escaneo de reloj de una pila de imágenes, abra una pila de imágenes de interés. Aquí, se analizará una pila de imágenes de un ganglio de la raíz dorsal aislado, marcado con un fluoróforo sensible al calcio que fue capturado antes y después de la estimulación con electrodo intracelular. Delinee la región de interés dentro de la pila de imágenes.Agregue la pila de imágenes seleccionada al administrador de regiones de interés, como se acaba de demostrar, y seleccione Escaneo múltiple por sectores para abrir la ventana emergente de opciones del protocolo. Restablezca el límite de escaneo según sea necesario y active la casilla de trazado con desviación estándar y/o sustracción de fondos, según convenga al experimento. A continuación, haga clic en Aceptar para ejecutar el protocolo, generando dos ventanas de resultados gráficos.En este análisis representativo de una sección de tejido de neuronas marcadas con fluorescencia, se trazó una región de interés a través de la señal brillante para la proteína de interés, y se realizó un análisis estándar de barrido circular para recopilar barridos radiales de intensidad de píxeles desde el centro de la región de interés hasta el límite de barrido delineado. Los barridos radiales se normalizaron al radio de la región de interés en la dirección del barrido. Se calculó un promedio para producir un perfil integral de intensidad de píxeles radiales, lo que reveló que la mayor parte de la proteína de interés se midió en la membrana plasmática de la célula.Dado que para este análisis se seleccionó el gráfico con desviación estándar, las líneas verticales de desviación estándar indicaron las intensidades entre píxeles de los perfiles individuales de escaneo radial a una distancia determinada del origen del escaneo. En este análisis, se escanearon múltiples regiones de interés dentro de la muestra de tejido neuronal, como se acaba de demostrar, generando un perfil integral de intensidad de píxeles para cada objeto escaneado en el orden en que se agregaron al administrador de regiones de interés. Y, un perfil promedio de intensidad de píxeles para cada región de interés seleccionada.Por lo tanto, estas barras de desviación estándar representan la variabilidad entre escaneos integrales de objetos individuales, y no entre escaneos radiales individuales. Aquí se realizó un análisis de una pila de imágenes de una neurona aislada del ganglio de la raíz dorsal, capturada en diferentes momentos, antes y después de la estimulación, mediante un electrodo intracelular. Al final del análisis, se mostró un perfil integral de intensidad de píxeles de las instancias individuales del objeto de interés en diferentes imágenes dentro de la pila, así como un perfil promedio de intensidad de píxeles para todas las instancias del objeto.Además, el análisis de la desviación estándar de una pila de imágenes escaneadas con el método "clock scan" demuestra la variabilidad de los datos entre los escaneos integrales a lo largo de toda la pila de imágenes. Después de ver este video, debería tener una buena comprensión de cómo medir las intensidades de píxeles utilizando complementos de escaneo circular. Nuestro objetivo al desarrollar estos complementos fue hacer que este tipo de análisis de imágenes esté libremente disponible para todos los investigadores.Consideramos que el protocolo de escaneo por reloj se utilizará en muchas áreas de investigación, incluyendo, entre otras, aplicaciones de imagen biológica, química y física. A medida que continuemos desarrollando y operando estos complementos de escaneo por reloj, agradeceremos cualquier comentario y sugerencia de las partes interesadas sobre cómo mejorar estas herramientas.

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Biología

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