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Cromatina (ChIP) de la inmunoprecipitación protocolo para muestras embrionarias baja abundancia
Cromatina (ChIP) de la inmunoprecipitación protocolo para muestras embrionarias baja abundancia
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JoVE Journal Genetics
Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Cromatina (ChIP) de la inmunoprecipitación protocolo para muestras embrionarias baja abundancia

Full Text
16,511 Views
12:47 min
August 29, 2017

DOI: 10.3791/56186-v

Rizwan Rehimi1, Michaela Bartusel1, Francesca Solinas2, Janine Altmüller2, Alvaro Rada-Iglesias1,3

1Center for Molecular Medicine Cologne (CMMC),University of Cologne, 2Cologne Center for Genomics (CCG),University of Cologne, 3Cologne Excellence Cluster for Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases (CECAD), Research Center and Systems Biology of Ageing Cologne,University of Cologne

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This article presents a chromatin immunoprecipitation (ChIP) and ChIP-seq library preparation protocol designed for generating global epigenomic profiles from low-abundance chicken embryonic samples. The method aims to elucidate the binding profiles of histone modifications to enhance the functional annotation of vertebrate genomes.

Key Study Components

Area of Science

  • Developmental Biology
  • Epigenomics
  • Genomic Profiling

Background

  • Investigates binding profiles of histone modifications.
  • Utilizes low-abundance embryonic samples.
  • Aims to improve functional annotation of vertebrate genomes.
  • Can be applied to various biological systems.

Purpose of Study

  • Identify key enhancers and genes in embryonic tissues.
  • Provide insights into transcription regulation.
  • Explore cellular heterogeneity in embryonic tissues.

Methods Used

  • ChIP and ChIP-seq library preparation protocol.
  • Isolation of HH19 chicken embryos from fertile eggs.
  • Incubation of eggs at specific temperature and humidity.
  • Extraction of albumin to access the blastoderm.

Main Results

  • Successful generation of epigenomic profiles from low-abundance samples.
  • Enhanced understanding of histone modification binding.
  • Insights into the identity of embryonic tissues.
  • Potential applications in other biological systems.

Conclusions

  • The method is effective for analyzing embryonic tissues.
  • It requires limited material, making it accessible for various studies.
  • Can contribute to advancements in developmental biology research.

Frequently Asked Questions

What is the main goal of this study?
To investigate the binding profiles of histone modifications in embryonic samples.
What type of samples are used in this protocol?
Low-abundance chicken embryonic samples.
How are the chicken embryos prepared for the experiment?
By incubating fertile eggs and extracting albumin to access the blastoderm.
What are the advantages of this method?
It requires limited material and can be used for both local and genome-wide analysis.
Can this method be applied to other biological systems?
Yes, it can also be applied to other systems such as patent samples.

Aquí, describimos una inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) y el protocolo de preparación de biblioteca de ChIP-seq para generar perfiles de epigenómica global de muestras embrionarias de pollo baja abundancia.

El objetivo general de este procedimiento es investigar los perfiles de unión de diferentes modificaciones de histonas, utilizando muestras embrionarias de baja abundancia para mejorar la anotación funcional de los genomas de los vertebrados. Este método puede ayudar a responder preguntas clave en el campo de la biología del desarrollo, como cuáles son los potenciadores clave y los genes que definen la identidad de un tejido embrionario en particular. Las principales ventajas de estas técnicas son que requiere una cantidad limitada de material particular y también se puede utilizar tanto para análisis específicos locales como para análisis de todo el genoma.

Aunque este método puede proporcionar información sobre la regulación de la transcripción o la heterogeneidad celular con los tejidos embrionarios, también se puede aplicar a otros sistemas, como las muestras de patentes. Para obtener la etapa HH19, los embriones de gallina para este experimento, incubaron huevos fértiles de gallina Leghorn blanca en orientación horizontal a 37 grados centígrados y 80% de humedad durante tres días. Para empezar a aislar los embriones de HH19, hazlos accesibles extrayendo tres mililitros de albúmina con una jeringa de 10 milímetros para bajar el blastodermo.

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