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Flujo de trabajo integral para la identificación de todo el genoma y Meta-análisis de la expresió...
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JoVE Journal Biology
Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

Flujo de trabajo integral para la identificación de todo el genoma y Meta-análisis de la expresión de la familia del Gene del ATL E3 ubiquitina ligasa en Grapevine

Full Text
10,965 Views
10:40 min
December 22, 2017

DOI: 10.3791/56626-v

Pietro Ariani*1, Elodie Vandelle*1, Darren Wong2, Alejandro Giorgetti1, Andrea Porceddu3, Salvatore Camiolo3, Annalisa Polverari1

1Dipartimento di Biotecnologie,Università degli Studi di Verona, 2Ecology and Evolution, Research School of Biology,The Australian National University, 3Dipartimento di Agraria, SACEG,Università degli Studi di Sassari

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Este artículo describe el procedimiento para la identificación y caracterización de una familia del gene en grapevine aplicada a la familia de Arabidopsis Tóxicos en Levadura (ATL) E3 ubiquitina ligasas.

El objetivo general de este procedimiento es lograr una caracterización exhaustiva de una familia de genes en plantas con un enfoque global que incluya la definición de la estructura del gen, los motivos de las proteínas en cuestión, la ubicación cromosómica, las duplicaciones de genes y los patrones de expresión. Este método puede ayudar a responder preguntas clave en la clasificación de las plantas en familias, como la identificación genómica mundial de los miembros de la familia, y su transcriptomía proporciona esto a través del análisis de la expresión génica. La principal ventaja de todo el procedimiento es proporcionar una lista exhaustiva de pasos experimentales para lograr una caracterización completa de la familia de genes.

Este procedimiento se puede aplicar a cualquier familia de genes de cualquier especie vegetal para la que se disponga de datos genéticos. Además, este enfoque proporciona información valiosa para identificar candidatos interesantes para estudios funcionales. El encargado de demostrar todo el procedimiento será Pietro Ariani, de mi laboratorio.

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Genética número 130 ATL E3 ubiquitina ligasa familia de genes genoma nomenclatura filogenia meta-análisis de la expresión duplicación del gene vid

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