Name: Optimizar el uso de un Robot de manipulación de líquidos para llevar a cabo un alto rendimiento adelante química genética pantalla de Arabidopsis thaliana (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-30T13:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 58 s
Description: Aprende a realizar un cribado genético químico de alto rendimiento en plántulas de Arabidopsis thaliana utilizando un robot de manipulación de líquidos. Este método permite descubrir eficientemente nuevas moléculas pequeñas que afectan la fisiología vegetal.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Agradecemos a Jozsef cigüeña, Mitchel Richmond, Jarrad Gollihue y Andrea Sánchez para la discusión crítica y constructiva. El Dr. Sharyn Perry para las fotografías fenotípicas. Este material está basado en trabajo apoyado por la National Science Foundation bajo cooperativa acuerdo no. 1355438.

1. creación de una biblioteca de dilución
<ol><li>La etiqueta 625 placas de dilución biblioteca a mano, asegurando que coinciden con su placa correspondiente de la biblioteca de química. Además, conecte en el flujo y las mangueras de flujo para el multicanal punta lavado automatizado laboratorio posicionador (montan@A) atravesando el disco de la consola para el depósito de 5 galones (véase Tabla de materiales).</li>
	<li>Acceder al ordenador y encienda la bomba de lavado a través de la conexión del controlador de dispositivo a la ALP de lavado punta de multicanal para circular el agua. Esto apagará automáticamente al final del protocolo.</li>
	<li>Carga, con la mano, el apilador 10 conectado al carrusel del apilador, en el siguiente orden en hoteles A - D (figura 4, apilador); una caja de AP96 P20 pipetas en el cuarto 1, cuatro 96-Well V-placas inferiores en habitaciones de 2-5 con las dos placas superiores que contienen concentraciones comunes de la biblioteca ordenada y las dos placas inferiores vacíos (figura 5, apilador). Además, carga una caja de puntas de pipeta de P20 AP96 en sala 6 y cuatro V 96-Well-placas inferiores en habitaciones 7-9 con las dos placas superiores que contienen concentraciones comunes de la biblioteca ordenada y las dos placas inferiores vacíos (figura 5, apilador).</li>
	<li>Establecer, con la mano, la cubierta con un depósito de agua de 300 mL en el P3, un baño de EtOH de 70% 300 mL en P7, punta cargador ALP (TL1) y multicanal punta lavado ALP (TW1) (cubierta,figura 4y figura 5, cubierta).</li>
	<li>Utilizando el software operativo, presentamos AP96 P20 pipetas de la 10 de apilador y moverlos a la ALP de cargador de punta. Nota: 1.5 a través de 1.12 todos se realizan con el sistema operativo del robot; el manejo de líquidos Véase Tabla de materiales.</li>
	<li>Actualmente 2 habitaciones de Hotel A y separar los cuatro V de 96 pocillos-parte inferior placas en la cubierta, colocar la parte inferior dos en P4 y P8 y los dos primeros en P5 y P9 (figura 4).</li>
	<li>Carga AP96 P20 pipetas con el Punta cargador ALP en el canal 96 200 μL cabeza. 90 μl del depósito de agua de 300 mL de aspirar y dispensar en el V 96-Well-placa inferior de la dilución en P4. Repita este paso para la placa P8.</li>
	<li>Mezclar la placa biblioteca química P5 repetitivamente aspirando y distribución 15 μl tres veces. Además, Aspire 10 μl de la placa de la biblioteca química de P5 y dispensar 10 μL en la placa de dilución de P4.</li>
	<li>Mezclar las soluciones de la placa P4 repetitivamente aspirando y dispensar 50 μl un total de tres veces. Una vez mezclado, limpie el AP96 P20 pipetas de aspiración y dispensación 70 μl de 70% EtOH de P7, luego lavarlas en el ALP de lavado punta de multicanal por aspiración y la dispensación de un 110% del volumen de agua cuatro veces.</li>
	<li>Repita los pasos 1.8-1.9 para el segundo par de placas en P8 y P9. Al crear el segundo V 96-Well-placa inferior de la dilución, pila las placas en el siguiente orden de abajo a arriba: P9, P5, P8 y P4. Luego, coloque la pila en una montan@A estático vacío; sea P1, P2, P6, P10, P11, P12 y P13.</li>
	<li>Repita los pasos 1.6-1.10 hasta sala de 5 en un Hotel. Repita el paso 1.5 a llegar a la sala 6, hacia nuevo AP96 P20 pipetas de la montan@A de cargador punta y colocando las puntas de pipetas de P20 AP96 utilizado en un vacío estático ALP.</li>
	<li>Repita los pasos 1.6-1.10 hasta 9 habitaciones de Hotel A es vacío. Sin embargo, con el fin de proceder a Hotel B, las placas y consejos sobre la cubierta deben ser recargados en Hotel A.</li>
	<li>A mano, llene el depósito de agua de 300 mL. Este paso es crucial, y el programa de computadora puede incorporar una pausa que detalla este mensaje, que requiere que el usuario a 'continuar', antes de realizar el siguiente paso.</li>
	<li>Repita los pasos 1.5 1.13 para los hoteles restantes, asegurando un depósito completo 300 mL de agua cada vez antes de proceder al siguiente hotel.</li>
</ol>2. Añadir mezcla de semilla de los medios de comunicación a las placas de cribado
<ol><li>Hacer ½ Murashige y Skoog (MS) los medios con 0,1% Agar por la adición de 4,3 g MS Salts, 0.50 g MES, 1,0 g Agar en 1 L DI H2O. ajustar el pH a 5.7 aunque la adición de hidróxido de potasio de 5 M vigilando con una sonda de pH.</li>
	<li>Esterilizar las semillas por sacudiéndolos en 1% de lejía y SDS entre 15 y 30 min y enjuagar 4 veces con un volumen igual de agua por centrifugación. Una vez que las semillas son estériles, ponerlos a 4 ° C de 24 horas a 7 días para vernilization. El centro de recursos biológicos de Arabidopsis se describen otros métodos de esterilización, vernilization y crecimiento22.</li>
	<li>Añade a los medios de comunicación a mano con una densidad de 0,1 g/100 mL. Esta densidad se traduce en un promedio de 3 a 10 semillas por pozo de una placa de 96 pocillos.</li>
	<li>Lugar, a mano, cuatro plano de 96 pozos-placas de fondo en las habitaciones 1 y 2 del Hotel (Hotel A,figura 6). Poner una caja de puntas de pipeta AP96 P250 en la montan@A cargador punta, un depósito de 300 mL llena con la mezcla de semilla de los medios de comunicación creada en pasos 2.1-2.3 en P3 y un depósito de 300 mL se llena con el 70% EtOH en P7 (figura 4, la cubierta y figura 6 Cubierta). Nota: 2.5 a 2.8 se realizan con el software operativo.</li>
	<li>Presentan habitaciones 1 y 2 en un Hotel y separar las pilas de cuatro placas. Coloque una placa en cada uno de los Alpes estático vacío (P4, P5, P6, P8, P9, P10, P11 y P12). Carga AP96 P250 pipetas en el canal 96 200 μL cabeza.</li>
	<li>90 μl del depósito de los medios de comunicación-semilla 300 mL en el P3 de aspirar y dispensar en el primer piso de 96 pocillos-placa inferior. Repita este proceso hasta que todas las ocho placas contienen la mezcla de semilla de los medios de comunicación.</li>
	<li>Limpiar las puntas de pipetas AP96 P250 por aspiración y dispensación 70 μl del depósito de 300 mL con 70% EtOH en P7. Lavar las puntas en la montan@A multicanal Tip lavar por aspiración y la dispensación de un 110% del volumen de agua cuatro veces, descargan las puntas en TL1 y recoger las placas con la mano.</li>
</ol>3. adición de pequeñas moléculas a las placas de cribado
<ol><li>Carga a mano, una caja de puntas de pipeta AP96 P250 en habitación de Hotel 1 A, V dos de 96 pocillos-placas inferiores de la biblioteca del dilución en salas de 2, 4, 6 y 8 y dos 96 bien fondo plano proyección placas en salas de 3, 5, 7 y 9 (figura 4 Figura 7, un Hotel y apilador). Además, conecte las mangueras a y de la montan@A de lavado punta de multicanal para el depósito de 5 galones. Nota: 3.2 a 3.10 se realizan con el software operativo.</li>
	<li>Configurar la plataforma para contener un depósito de lavado 300 mL de 70% EtOH en P7; el depósito de semilla de los medios de comunicación puede dejarse en la cubierta en P3 (figura 4, Deck y figura 7, cubierta). Además, encienda la unidad de la consola a través de conexión del controlador de dispositivo para hacer circular agua a través de la ALP de lavado punta de multicanal. Esto apagará automáticamente al final del protocolo.</li>
	<li>Presentar el AP96 P250 pipeta Tip Box desde el Hotel A y a la ALP de cargador de punta.</li>
	<li>Presentan el V 96-bien-las placas inferiores de la biblioteca de dilución de 2 habitaciones de Hotel A la cubierta y coloque uno sobre P4 ALP estático y sobre P8. Presentar el plano de 96 pozos-placas de proyección de fondo de sala de 3 del Hotel a la cubierta y coloque una en ALP estática P5 y P9 otra.</li>
	<li>Carga AP96 P250 pipetas con el Punta cargador ALP en el canal 96 200 μL cabeza.</li>
	<li>Mezclar el V 96-Well-placa inferior de la dilución en P4 aspirando y dispensar 50 μl tres veces. A continuación, aspirar 10 μl de esta placa y dispensar en el plano de 96 pozos-placa inferior de la proyección en P5.</li>
	<li>Mezclar las soluciones de la placa en el P5 por aspirar y dispensar 50 μl tres veces. Limpiar las puntas de pipetas AP96 P250 con etanol por aspiración y dispensación 70 μl de 70% EtOH desde el embalse de P7 y luego lavar las puntas en el multicanal punta lavado ALP por aspiración y la dispensación de un 110% del volumen de agua cuatro veces.</li>
	<li>Repita los pasos del 3.5 y 3.6 para la segunda V 96-Well-placa inferior de la biblioteca de dilución (P8) y plano de 96 pozos-placa inferior de la proyección (P9).</li>
	<li>Pila los dos 96-Well V-placas de dilución biblioteca inferiores juntas y las dos placas de proyección de fondo plano de 96 pozos juntas. Hacia las placas estáticas Alpes P1 P2, P6, P10, P11, P12 y P13.</li>
	<li>Repita los pasos 3.4 3.9 tres veces, añadiendo productos químicos diluidos a proyección placas un total de ocho veces. Por último, compruebe el número de semillas en cada pocillo de las placas de cribado a través de la conformación visual y complementar esos pozos con menos de tres semillas por semillas esterilizadas y vernalized adicionales.</li>
</ol>4. incubación y la visualización de las placas de cribado
<ol><li>Incubar las placas de Screening de 96 pocillos fondo plano durante cuatro días en una cámara ambiental a 22 ° C en un ciclo de luz/oscuridad de 16/8 en un contenedor de prueba de desecación. Visualizar la placas de 96 pocillos de fondo plano de detección con un microscopio de disección. Registrar todos los fenotipos aberrantes para la posterior investigación.</li>
</ol>

<ol><li>Blackwell, H. E., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetic+approaches+to+plant+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Chemical genetic approaches to plant biology.</a> Plant Physiol. 133 (2), 448-455 (2003).</li>
<li>Dejonghe, W., Russinova, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+chemical+genetics%3A+From+phenotype-based+screens+to+synthetic+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">Plant chemical genetics: From phenotype-based screens to synthetic biology.</a> Plant Physiol. 174 (1), 5-20 (2017).</li>
<li>McCourt, P., Desveaux, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+chemical+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Plant chemical genetics.</a> New Phytol. 185 (1), 15-26 (2010).</li>
<li>Lumba, S., Cutler, S., McCourt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+nuclear+hormone+receptors%3A+A+role+for+small+molecules+in+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Plant nuclear hormone receptors: A role for small molecules in protein-protein interactions.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. 26, 445-469 (2010).</li>
<li>Hicks, G. R., Raikhel, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Opportunities+and+challenges+in+plant+chemical+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Opportunities and challenges in plant chemical biology.</a> Nat Chem Biol. 5 (5), 268-272 (2009).</li>
<li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+role+for+the+root+cap+in+root+branching+revealed+by+the+non-auxin+probe+naxillin%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin.</a> Nat Chem Biol. 8 (9), 798-805 (2012).</li>
<li>Koornneef, M., Meinke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+development+of+Arabidopsis+as+a+model+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">The development of Arabidopsis as a model plant.</a> Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).</li>
<li>Serrano, M., Kombrink, E., Meesters, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Considerations+for+designing+chemical+screening+strategies+in+plant+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology.</a> Front Plant Sci. 6, 131(2015).</li>
<li>Yoshitani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+structure-based+strategy+for+discovery+of+small+ligands+binding+to+functionally+unknown+proteins%3A+Combination+of+in+silico+screening+and+surface+plasmon+resonance+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">A structure-based strategy for discovery of small ligands binding to functionally unknown proteins: Combination of in silico screening and surface plasmon resonance measurements.</a> Proteomics. 5 (6), 1472-1480 (2005).</li>
<li>Macarron, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+high-throughput+screening+in+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Impact of high-throughput screening in biomedical research.</a> Nat Rev Drug Discov. 10 (3), 188-195 (2011).</li>
<li>DeBolt, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morlin%2C+an+inhibitor+of+cortical+microtubule+dynamics+and+cellulose+synthase+movement%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Morlin, an inhibitor of cortical microtubule dynamics and cellulose synthase movement.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (14), 5854-5859 (2007).</li>
<li>Christian, M., Hannah, W. B., Luthen, H., Jones, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+auxins+by+a+chemical+genomics+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Identification of auxins by a chemical genomics approach.</a> J Exp Bot. 59 (10), 2757-2767 (2008).</li>
<li>Drakakaki, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clusters+of+bioactive+compounds+target+dynamic+endomembrane+networks+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22PNAS%22%5BJournal%5D)">Clusters of bioactive compounds target dynamic endomembrane networks in vivo.</a> PNAS. 108 (43), 17850-17855 (2011).</li>
<li>Armstrong, J. I., Yuan, S., Dale, J. M., Tanner, V. N., Theologis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+inhibitors+of+auxin+transcriptional+activation+by+means+of+chemical+genetics+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Identification of inhibitors of auxin transcriptional activation by means of chemical genetics in Arabidopsis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14978-14983 (2004).</li>
<li>Brown, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+small+molecule+with+differential+effects+on+the+PTS1+and+PTS2+peroxisome+matrix+import+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">A small molecule with differential effects on the PTS1 and PTS2 peroxisome matrix import pathways.</a> Plant J. 65 (6), 980-990 (2011).</li>
<li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+inhibition+of+a+subset+of+Arabidopsis+thaliana+GSK3-like+kinases+activates+brassinosteroid+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical inhibition of a subset of Arabidopsis thaliana GSK3-like kinases activates brassinosteroid signaling.</a> Chem Biol. 16 (6), 594-604 (2009).</li>
<li>Arkin, M. R., Tang, Y., Wells, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions%3A+progressing+toward+the+reality%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality.</a> Chem Biol. 21 (9), 1102-1114 (2014).</li>
<li>St Onge, R., Schlecht, U., Scharfe, C., Evangelista, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forward+chemical+genetics+in+yeast+for+discovery+of+chemical+probes+targeting+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Forward chemical genetics in yeast for discovery of chemical probes targeting metabolism.</a> Molecules. 17 (11), 13098-13115 (2012).</li>
<li>Vassilev, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+activation+of+the+p53+pathway+by+small-molecule+antagonists+of+MDM2%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2.</a> Science. 303 (5659), 844-848 (2004).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetic+interrogation+of+natural+variation+uncovers+a+molecule+that+is+glycoactivated%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical genetic interrogation of natural variation uncovers a molecule that is glycoactivated.</a> Nat Chem Biol. 3 (11), 716-721 (2007).</li>
<li>Walsh, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+emerging+field+of+chemical+genetics%3A+Potential+applications+for+pesticide+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Pest+Manag+Sci%22%5BJournal%5D)">The emerging field of chemical genetics: Potential applications for pesticide discovery.</a> Pest Manag Sci. 63 (12), 1165-1171 (2007).</li>
<li>Center, A. B. R. Seed Handling. , The Ohio State University. Available from:
 <a target="_blank" href="https://abrc.osu.edu/seed-handling">https://abrc.osu.edu/seed-handling</a> (2013).</li>
<li>Knoth, C., Salus, M. S., Girke, T., Eulgem, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+synthetic+elicitor+3%2C5-dichloroanthranilic+acid+induces+NPR1-dependent+and+NPR1-independent+mechanisms+of+disease+resistance+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The synthetic elicitor 3,5-dichloroanthranilic acid induces NPR1-dependent and NPR1-independent mechanisms of disease resistance in Arabidopsis.</a> Plant Physiol. 150 (1), 333-347 (2009).</li>
<li>Conway, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scalable+96-well+Plate+based+iPSC+culture+and+production+using+a+robotic+liquid+handling+system%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Scalable 96-well Plate based iPSC culture and production using a robotic liquid handling system.</a> J Vis Exp. , (2015).</li>
<li>Daniszewski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+cell+culture+systems+and+their+applications+to+human+pluripotent+stem+cell+studies%5BTitle%5D)+AND+%22SLAS+Technol%22%5BJournal%5D)">Automated cell culture systems and their applications to human pluripotent stem cell studies.</a> SLAS Technol. , (2017).</li>
<li>Popa-Burke, I., Russell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Compound+precipitation+in+high-concentration+DMSO+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">Compound precipitation in high-concentration DMSO solutions.</a> J Biomol Screen. 19 (9), 1302-1308 (2014).</li>
<li>Partridge, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+automated+high-throughput+system+for+phenotypic+screening+of+chemical+libraries+on+C.+elegans+and+parasitic+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Protoc%22%5BJournal%5D)">An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes.</a> Cold Spring Harb Protoc. , (2017).</li>
</ol>

Los autores declaran que no tienen intereses financieros que compiten.

Este protocolo está diseñado para ayudar a los investigadores a lograr una pantalla adelante genética química en Arabidopsis. Proporcionamos resultados representativos desde una pantalla de 50.000 compuestos (figura 2 y figura 3), una de las más grandes pantallas adelante genética química realizada en Arabidopsis a fecha9,13,23. El uso de un robot para manejo de líquido...

En los últimos 20 años los investigadores en el campo de la biología vegetal han hecho grandes progresos utilizando enfoques de genética química, adelante y atrás, mejorar nuestra comprensión de la biosíntesis de la pared celular, citoesqueleto, biosíntesis de la hormona y señalización, Gravitropismo, patogenesia, biosíntesis de purinas y endomembranoso trata de1,2,3,4,5. Empleando técnicas de genética química hacia adelante permite la identificación de fenotipos de interés y permite a los investigadores a entender los fundamentos genotípicos de procesos específicos. Por el contrario, genética reversa química busca productos químicos que interactúan con una proteína determinado objetivo6. Arabidopsis ha estado a la vanguardia de estos descubrimientos en Biología Vegetal porque su genoma es pequeña, traz y anotado. Tiene un tiempo de generación corto, y hay varias líneas de mutante/reportero disponibles para facilitar la identificación de la maquinaria subcelular aberrante7.
Hay dos principales cuellos de botella que retardan el progreso de avance pantallas genéticas química, el inicial proceso de selección y determinar el destino del compuesto de interés de8. Una ayuda importante en el aumento de la velocidad de la selección de moléculas pequeñas es el uso de la automatización y equipo automatizado9. Robots de manejo de líquidos son una excelente herramienta para manejar grandes bibliotecas de moléculas pequeñas y han sido fundamentales para impulsar avances en las ciencias biológicas10. El protocolo que presentamos está diseñado para aliviar los cuellos de botella asociados con el proceso de selección, lo que permite la identificación de moléculas bioactivas de pequeño a un ritmo rápido. Esta técnica disminuye la carga de trabajo y tiempo en nombre del operador mientras que también disminuye el costo económico para el investigador de principio.
Hasta el momento, han tenido más quimiotecas analizados entre 10.000 y 20.000 compuestos, algunos con tanto como 150.000 y algunos con tan sólo 709,11,12,13,14, 15 , 16. el protocolo introducido aquí se implementó en una biblioteca pequeña molécula de 50.000 compuestos (véase Tabla de materiales), uno de la genética química hacia adelante más grande pantallas realizados en Arabidopsis hasta la fecha. Este protocolo se ajusta a la tendencia actual de aumento de la eficiencia y la velocidad con respecto a la genética química hacia adelante, especialmente lo que respecta al herbicida descubrimiento, descubrimiento de insecticida, fungicida descubrir, descubrimiento y Biología del cáncer17 drogas ,18,19,20,21. Aunque implementado aquí con Arabidopsis, este protocolo podría ser fácilmente adaptado a cultivos de células, las esporas y potencialmente incluso insectos en medio líquido de 96, 384 o placas 1536 pocillos. Debido a su pequeño tamaño, Arabidopsis es favorable a la proyección en 96 placas bien. Sin embargo, distribuir semillas uniformemente entre pozos es un desafío. Mano siembra es correcta pero el uso intensivo de mano de obra, y aunque existen dispositivos diseñados para dispensar las semillas en placas de 96 pocillos, son caros para comprar. Aquí, mostramos cómo puede eludirse este paso con sólo una pequeña pérdida de precisión.
El objetivo general de este método fue hacer examen una gran biblioteca química contra Arabidopsis más manejable, sin comprometer la precisión, mediante el uso de un robot para manejo de líquidos. El uso de este método mejora la eficacia del investigador al disminuir el tiempo necesario para la completa gestión de series de dilución inicial y subsecuentes pantallas fenotípicas, permitiendo una visualización rápida de muestras con un microscopio de disección y rápido identificación de nuevas moléculas bioactivas de pequeño. La figura 1 muestra los resultados clave de este protocolo en 4 pasos.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57393/57393fig1.jpg"> Figura 1: flujo de trabajo general de la pantalla genética química adelante. Un resumen del protocolo que se describe con algún detalle para cada uno de los 4 pasos claves. 1: recibir la biblioteca química, 2: lo que hace la biblioteca de la dilución, 3: fabricación de las placas de cribado y 4: incubación y visualizar las placas de cribado. <a href="/files/ftp_upload/57393/57393fig1large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>

<table><tbody><tr><td>Proveedor local</td> de <td>teclado</td><td>N/A</td><td>Se utiliza para el diseño de protocolos y el funcionamiento del proveedor local de ratón Biomek FX</td></tr><tr><td></td><td></td><td>N/A</td><td>Se utiliza para el diseño de protocolos y el funcionamiento del proveedor local de pantalla de ordenador Biomek FX</td></tr><tr><td></td><td></td><td>N/A</td> Se <td>utiliza para el diseño y el funcionamiento de protocolos Proveedor local de ordenadores Biomek FX</td></tr><tr><td></td><td></td><td>N/A</td> Se <td>utiliza para el diseño y el funcionamiento de protocolos el Biomek FX</td></tr><tr><td>DIVERSet diversa biblioteca de cribado</td><td>ChemBridge</td><td>N/A</td><td>Biblioteca química</td></tr><tr><td>Biomek Software</td><td>Beckman Coulter</td><td>N/A</td><td>Ejecuta y diseña el controlador de dispositivos Biomek FX</td></tr><tr><td>Beckman</td><td>Coulter</td><td>719366</td><td>Opera la bomba de agua/estación de lavado de puntas</td></tr><tr><td>Apilador Carrusel Colgante</td><td>Beckman Coulter</td><td>148240</td><td>Manejo manual de Biomek Carrusel Apilador</td></tr><tr><td>Biomek Carrusel Apilador</td><td>Beckman Coulter</td><td>148520</td><td>Unidad rotativa que alberga todos los FX Stacker 10 FX Stacker</td></tr><tr><td>10</td><td>Beckman Coulter</td><td>148522</td><td>Unidad elevadora que aloja componentes para pantalla</td></tr><tr><td>FX Stacker 10</td><td>Beckman Coulter</td><td>148522</td><td>Unidad elevadora que aloja componentes para pantalla</td></tr><tr><td>FX Stacker 10</td><td>Beckman Coulter</td><td>148522</td><td>Unidad elevadora que aloja componentes para la criba</td></tr><tr><td>FX Stacker 10</td><td>Beckman Coulter</td><td>148522</td><td>Unidad elevadora que aloja componentes para la criba</td></tr><tr><td>Biomek FX</td><td>Beckman Coulter</td><td>https://www.beckman.com/liquid-handlers</td><td>Robot que realiza las operaciones deseadas</td></tr><tr><td>Accuframe</td><td>Artisan Technology Group</td><td>76853-4</td><td>Marcos Brazo para colocar los componentes correctamente</td></tr><tr><td>Accesorio de encuadre</td><td>Beckman Coulter</td><td>719415</td><td>Centra el brazo en el Accuframe</td></tr><tr><td>Lavado de puntas multicanal ALP</td><td>Beckman Coulter</td><td>719662</td><td>Lava las puntas después del baño de etanol</td></tr><tr><td>Cargador de puntas ALP</td><td>Beckman Coulter</td><td>719356</td><td>Carga neumática de las puntas en el brazo</td></tr><tr><td>Compresor de aire Proveedor</td><td>local</td><td>N/A</td><td>Proporciona aire para la carga neumática de puntas</td></tr><tr><td>MasterFlex Console Drive</td><td>Bomba Cole-Parmer</td><td>77200-65</td><td>utilizada para hacer circular el agua a través de la manguera de aire de lavado de punta multicanal</td></tr><tr><td></td><td>Proveedor local</td><td>N/A</td><td>Proporciona aire desde el compresor de aire hasta</td></tr> la manguera de agua del cargador de punta <tr><td></td><td>Proveedor local</td><td>N/A</td><td>Proporciona agua de 5 galones Reserviour a la lavadora de volquetas</td></tr><tr><td>Beckman Coulter</td><td>de ALP estático</td><td>Viene con Biomek FX</td><td>Soporta equipos para la pantalla</td></tr><tr><td>Reservidor de 5 galonesNuestro</td><td>proveedor local</td><td>N/A</td><td>Recircula el agua sucia de la limpieza de las puntas</td></tr><tr><td>Pinzas</td><td>Beckman Coulter</td><td>Viene con Biomek FX</td><td>Agarra y mueve el equipo a los lugares correctos</td></tr><tr><td>96 canales 200 &micro; Cabeza L</td><td>Beckman Coulter</td><td>Viene con Biomek FX</td><td>Sostiene las 96 puntas utilizadas dentro de la criba</td></tr><tr><td>AP96 P200 Puntas de pipeta</td><td>Beckman Coulter</td><td>717251</td><td>Se utiliza para hacer la biblioteca de cribado</td></tr><tr><td>Placa de fondo plano de 96 pocillos</td><td>Costar</td><td>9018</td><td>Ayuda en la visulización de la pantalla 96</td></tr><tr><td>Placa de fondo en V de pocillo</td><td>Costar</td><td>3897</td><td>Ayuda en el almacenamiento de la biblioteca de dilución</td></tr><tr><td>AlumaSeal 96 Película de sellado</td><td>MedSci</td><td>F-96-100</td><td>Sella para el almacenamiento tanto de la biblioteca de chemicle como de la biblioteca de dilución</td></tr><tr><td>Bolsas de plástico con cierre hermético para sándwiches</td><td>Proveedor local</td><td>N/A</td><td>Se utiliza para garantizar un ambiente húmedo para la pantalla</td></tr><tr><td>AP96 P20 Puntas</td> de <td>pipeta Beckman Coulter</td><td>717254</td><td>Se utiliza en la creación de bibliotecas de dilución</td></tr><tr><td>Cámara de crecimiento</td><td>Percival</td><td>AR36L3</td><td>Germina semillas para fenotípicos visulización</td></tr><tr><td>Espátula</td><td>Proveedor Local</td><td>N/A</td><td>Retiene semillas para agregarlas a pozos donde la siembra líquida falló adecuadamente</td></tr><tr><td>Proveedor Local</td> de<td>Palillo de Dientes</td><td>N/A</td><td>Empuja las semillas de la espátula a los pozos</td></tr><tr><td>Murashige y Skoog Mezcla de sales basales</td><td>Laboratorios de Fitotecnología</td><td>M524</td><td>Agregar a la mezcla de medios MS</td></tr><tr><td>MES Monohidrato de ácido libre Fisher</td><td>Scientific</td><td>ICN19483580</td><td>Añadido a los medios MS para disminuir el pH</td></tr><tr><td>Agar Polvo</td><td>Alfa Aesar</td><td>9002-18-0</td><td>Aumenta el espesor del medio para apoyar la suspensión de semillas</td></tr><tr><td>5M KOH</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>484016</td><td>Aumenta el pH a niveles adecuados</td></tr><tr><td>Botella de almacenamiento de medios de 1L</td><td>Corning</td><td>1395-1L</td><td>Contiene suficientes medios para una pantalla</td></tr><tr><td>Tubos de centrífuga de polipropileno</td><td>Corning</td><td>431470</td><td>Esteriliza las semillas antes de la vernilización</td></tr><tr><td>Sonda de pH</td><td>Davis Instruments</td><td>YX-58825-26</td><td>Se utiliza para fabricar medios</td></tr><tr><td>ALP (posicionadores automatizados de material de laboratorio) Manual del usuario</td><td>Beckman Coulter</td><td>PN 987836</td><td>Ayuda a configurar el equipo de acompañamiento para el Biomek FX Guía del usuario del</td></tr><tr><td>carrusel de apiladores Biomek 2000</td><td>Beckman Coulter</td><td>609862-AA</td><td>Ayuda a configurar el carrusel</td></tr> <tr><td>de apiladoresBiomek FX y FXP Manual del usuario</td> de las estaciones de trabajo de automatización de laboratorio <td>Beckman Coulter</td><td>PN 987834</td><td>Se utiliza para enmarcar la</td></tr><tr><td>estación de trabajo de automatización de laboratorio Biomek FXP</td> de pod multicanal Guía de inicio del cliente <td>Beckman Coulter</td><td>PN B32335AB</td><td>Se utiliza para ayudar a configurar el Biomek FX</td></tr><tr><td>Manual del usuario del software Biomek</td><td>Beckman Coulter</td><td>PN 987835</td><td>Se utiliza para configurar y comprender el Software</td></tr></tbody></table>

optimizar el uso de un robot de manipulación de líquidos para llevar a cabo un alto rendimiento adelante química genética pantalla de arabidopsis thaliana

Optimizing the Use of a Liquid Handling Robot to Conduct a High Throughput Forward Chemical Genetics Screen of Arabidopsis thaliana

Genética química cada vez más se emplea para descifrar rasgos en las plantas que pueden ser recalcitrantes a la genética tradicional debido a la redundancia génica o mortalidad. Sin embargo, la probabilidad de que una pequeña molécula sintética ser bioactivos es baja; por lo tanto, se deben probar miles de moléculas para encontrar de interés. Robótica sistemas están diseñados para manejar grandes números de muestras, aumenta la velocidad con que puede someterse a una biblioteca química además minimizar/estandarización de error para manejo de líquidos. Para lograr una pantalla adelante genética química de alto rendimiento de una biblioteca de 50.000 moléculas pequeñas en Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), protocolos utilizando un líquido multicanal Banco manejo de robot fueron desarrollados que requieren un mínimo participación del técnico. Con estos protocolos, 3.271 pequeñas moléculas fueron descubiertas que causaron alteraciones fenotípicas visibles. compuestos de 1.563 inducida por raíces cortas, coloración de 1.148 compuestos alterados, pelos 383 compuestos causados y otras, no categorizado, alteraciones y germinación 177 compuestos inhibidas.

La capacidad con precisión y eficiencia caracterizan fenotipos basados en la adición de pequeñas moléculas en concentraciones debajo de un microscopio de disección de detección es el objetivo final de este método de avance genética química en Arabidopsis. Los fenotipos observados cuando todos los compuestos de 50.000 habían sido defendidos era diversos y podría ser dividido en varias clases distintas (figura 2). Figura 3A</strong...

Una pantalla de alto rendimiento de pequeñas moléculas sintéticas se llevó a cabo en las especies de plantas modelo Arabidopsis thaliana. Este protocolo, desarrollado para un robot de manejo de líquidos, aumenta la velocidad de pantallas genética química hacia delante, acelerando el descubrimiento de nuevas moléculas pequeñas que afectan a la fisiología vegetal.

Optimizar el uso de un Robot de manipulación de líquidos para llevar a cabo un alto rendimiento adelante química genética pantalla de Arabidopsis thaliana

Chemical genetics is increasingly being employed to decode traits in plants that may be recalcitrant to traditional genetics due to gene redundancy or ...

El objetivo general de este protocolo es realizar un cribado de genética química de alto rendimiento en plántulas de Arabidopsis. Con este método, podemos descubrir de manera eficiente y efectiva nuevas moléculas pequeñas que afectan la fisiología de las plantas. Estos descubrimientos proporcionarán la base para futuros estudios sobre procesos fisiológicos, como la síntesis de la pared celular.La principal ventaja de esta técnica es que se pueden cribar decenas de miles de moléculas pequeñas en un corto período de tiempo. Aunque este protocolo está diseñado para la especie de planta modelo Arabidopsis, se puede adaptar fácilmente a otros organismos, como insectos, microorganismos o cultivos celulares. La primera vez que tuvimos la idea de este protocolo fue cuando nos enteramos de que el centro genómico de la universidad necesitaba encontrar un hogar para un robot de manejo de líquidos excedente.Inmediatamente nos ofrecimos a quitárselo de las manos. Prepare la biblioteca de dilución y el posicionador automatizado de material de laboratorio o ALP de lavado de punta multicanal como se describe en el protocolo de texto. Cargue manualmente el Stacker 10s conectado al carrusel del apilador.En los hoteles de la A a la D, cargue primero una caja de puntas de pipeta AP96 P20 en la sala uno. A continuación, cargue cuatro placas de fondo en V de 96 pocillos en las salas dos a cinco, con dos placas superiores que contengan concentraciones de existencias de la biblioteca solicitada y las otras dos placas inferiores vacías. Además, cargue una caja de puntas de pipeta AP96 P20 en la sala seis.Cargue cuatro placas de fondo en V de 96 pocillos en las salas siete a nueve, con las dos placas superiores que contienen las concentraciones de existencias de la biblioteca ordenada y las dos placas inferiores vacías. Configure la plataforma con 300 mililitros de agua en el depósito en P3, un baño de etanol al 70% de 300 mililitros en P7, el cargador de punta ALP y el lavado de punta multicanal ALP. Utilizando el software de manejo del robot de manipulación de líquidos, presente las puntas de pipeta AP96 P20 del Stacker 10 y muévalas al Tip Loader ALP.Presente la Sala Dos del Hotel A y separe las cuatro placas de fondo en V de 96 pozos en la cubierta, colocando las dos inferiores en P4 y P8 y las dos superiores en P5 y P9. Cargue las puntas de pipeta AP96 P20 con el cargador de puntas ALP en el cabezal de 96 canales y 200 microlitros. Aspire 90 microlitros del depósito de agua de 300 mililitros y dispense en la placa de dilución de fondo en V de 96 pocillos en P4. Repita el paso para la placa en P8. Mezcle la placa de biblioteca química en P5 aspirando y dispensando repetidamente 15 microlitros tres veces. Además, aspire 10 microlitros de la placa de la biblioteca química en P5 y dispense 10 microlitros en la placa de dilución en P4. Mezcle las soluciones de la placa en P4 aspirando y dispensando repetidamente 50 microlitros un total de tres veces.Una vez mezcladas, limpie las puntas de pipeta AP96 P20 aspirando y dispensando 70 microlitros de etanol al 70 % de P7 y, a continuación, lávelas en el lavado de puntas multicanal ALP aspirando y dispensando cuatro veces el 110 % del volumen de agua. Repita estos pasos para el segundo par de placas en P8 y P9. Al crear la segunda placa de dilución de fondo en V de 96 pocillos, apile las placas P9, P5, P8 y P4 en ese orden de abajo hacia arriba. A continuación, coloque la pila en un ALP estático vacío.Utilice P1, P2, P6, P10, P11, P12 o P13. Repita estos pasos hasta que la sala cinco del hotel A esté vacía y, a continuación, vuelva a iniciar el proceso al llegar a la sala seis, trasladando las nuevas puntas de pipeta AP96 P20 al ALP del cargador de puntas y colocando las puntas de pipeta AP96 P20 usadas en un ALP estático vacío. Repita el procedimiento hasta que la habitación 9 del Hotel A esté vacía.Para proceder al Hotel B, las placas y las puntas de la cubierta deben volver a cargarse en el Hotel A. Aunque el robot puede funcionar sin supervisión, es necesario rellenar el depósito de agua después de cada ciclo de dilución. Si el ciclo se reinicia con agua insuficiente, el robot aspirará aire y los productos químicos no se diluirán. Rellene manualmente el depósito de agua de 300 mililitros.El programa informático puede incorporar una pausa que detalle este mensaje, requiriendo que el usuario presione Continuar antes de realizar el siguiente paso. Repita los pasos de dilución para los tres hoteles restantes. Agregue manualmente las semillas al medio a una densidad de 0,1 gramos por 100 mililitros.Esta densidad da como resultado un promedio de 3-10 semillas por pocillo de una placa de 96 pocillos. Coloque manualmente cuatro placas de fondo plano de 96 pocillos en las habitaciones uno y dos del Hotel A. Coloque una caja de puntas de pipeta AP96 P250 en el cargador de puntas ALP, un depósito de 300 mililitros lleno de la mezcla de medios y semillas en P3 y un depósito de 300 mililitros lleno de etanol al 70% en P7. Utilizando el software operativo, presente las habitaciones uno y dos en el hotel A y separe las pilas de cuatro platos. Coloque una placa en cada uno de los ALP estáticos vacíos y, a continuación, cargue las puntas de pipeta AP96 P250 en el cabezal de 200 microlitros de 96 canales.Aspire 90 microlitros del depósito de semillas de medios de 300 mililitros en P3 y dispense en la primera placa de fondo plano de 96 pocillos. Repita este proceso hasta que las ocho placas contengan la mezcla de medios y semillas. Limpie las puntas de pipeta AP96 P250 aspirando y dispensando 70 microlitros del depósito de 300 mililitros lleno de etanol al 70 % en P7. Lave las puntas en el Multichannel Tip Wash ALP aspirando y dispensando un 110% de volumen de agua cuatro veces, luego descargue las puntas en TL1.Por último, recoge los platos a mano. Cargue manualmente una caja de puntas de pipeta AP96 P250 en la sala uno del hotel A.Además, cargue dos placas de biblioteca de dilución de fondo en V de 96 pocillos en las habitaciones dos, cuatro, seis y ocho. Cargue dos placas de cribado de fondo plano de 96 pocillos en las salas tres, cinco, siete y nueve.Usando el software operativo, configure la cubierta para que contenga un depósito de lavado de 300 mililitros de etanol al 70% en P7. El depósito de semillas de medios se puede dejar en la cubierta en P3. Además, encienda la unidad de consola a través de la conexión del controlador del dispositivo para hacer circular el agua a través del lavado de punta multicanal ALP. Esto se apagará automáticamente al final del protocolo. Presente la caja de puntas de pipeta AP96 P250 del Hotel A y muévala al cargador de puntas ALP.A continuación, presente las placas de la biblioteca de dilución de fondo en V de 96 pocillos de la Sala Dos del Hotel A a la cubierta. Coloque una placa en ALP estático P4 y una placa en P8. Luego, presente las placas de cribado de fondo plano de 96 pocillos de la Sala Tres del Hotel A a la cubierta. Coloque una placa en ALP estático P5 y otra en P9. Cargue las puntas de pipeta AP96 P250 con el cargador de puntas ALP en el cabezal de 96 canales y 200 microlitros.Mezcle la placa de dilución de fondo en V de 96 pocillos en P4 aspirando y dispensando 50 microlitros tres veces. A continuación, aspire 10 microlitros de esta placa y dispense en la placa de cribado de fondo plano de 96 pocillos en P5. Mezcle las soluciones en la placa en P5 aspirando y dispensando 50 microlitros tres veces. Limpie las puntas de pipeta AP96 P250 con etanol aspirando y dispensando 70 microlitros de etanol al 70% del depósito en P7. A continuación, lave las puntas en el Multichannel Tip Wash ALP aspirando y dispensando cuatro veces el 110% del volumen de agua.Repita estos pasos para la segunda placa de biblioteca de dilución de fondo en V de 96 pocillos y la placa de cribado de fondo plano de 96 pocillos. Apile las dos placas de biblioteca de dilución de fondo en V de 96 pocillos juntas y las dos placas de cribado de fondo plano de 96 pocillos. Mueva las placas a los ALP estáticos.Luego, repita el proceso tres veces, agregando productos químicos diluidos a las placas de cribado un total de ocho veces. Finalmente, verifique el número de semillas en cada pocillo de las placas de cribado a través de la confirmación visual. Complemente los pocillos con menos de tres semillas mediante la adición de semillas esterilizadas y vernalizadas.Es fundamental asegurarse de que el medio en el que crecen las plántulas no se seque, ya que esto dará como resultado una mala germinación. Los platos que contienen plántulas deben mantenerse a alta humedad o almacenarse en recipientes resistentes a la desecación. Incubar las placas de cribado de fondo plano de 96 pocillos durante cuatro días en una cámara ambiental a 22 grados Celsius en un ciclo de luz/oscuridad de 16/8 en un recipiente a prueba de desecación.Visualice las placas de cribado de fondo plano de 96 pocillos bajo un microscopio de disección y registre todos los fenotipos aberrantes para una investigación posterior. Ejemplos de fenotipos normales y aberrantes son la ausencia de anomalías morfológicas visibles, los pelos marrones de la raíz, la raíz atrofiada, la raíz severamente atrofiada, el mucílago blanqueado y verde, la germinación incompleta y la ausencia de germinación. Los fenotipos visibles por porcentaje se muestran en un gráfico circular.Las plántulas mostraron anormalidades en la morfología de la raíz, la pigmentación, los pelos de la raíz y la germinación. También se incluye una variedad de otros, que incluyen la producción de mucílago verde. Una vez dominada, esta técnica puede aumentar en gran medida la eficiencia y la precisión de los grandes cribados genéticos químicos directos.Al intentar este procedimiento, es importante recordar esterilizar y vernalizar la semilla, rellenar el depósito de agua durante los pasos de dilución, asegurarse de que las muestras se almacenen en recipientes resistentes a la desecación y que todas las imágenes se realicen en placas de fondo plano. Dependiendo del proceso fisiológico que le interese investigar, esta evaluación inicial puede ser seguida con ensayos adicionales para ayudar a determinar el modo de acción de cada producto químico. Después de ver este video, debe tener una buena comprensión de cómo usar un robot de manejo de líquidos para mejorar la eficiencia y la precisión de un cribado genético químico.

optimizing-use-liquid-handling-robot-to-conduct-high-throughput

Research

Investigación

JoVE Journal

Bioengineering

Bioingeniería

Se presenta un método para la introducción, el seguimiento y el análisis cuantitativo de la expresión de GFP en las células vegetales. Este método utiliza un sistema diseñado a la robótica para la colección de imágenes semi-permanente de un gran número de muestras, con el tiempo. También demostrar el uso de ImageJ e ImageReady para el análisis de series de imágenes.

Robótica y Análisis de Imagen Dinámica de Estudios de la expresión génica en los tejidos vegetales

Un procedimiento de cultivo a base de líquido y dispensación...

Selección de alto rendimiento y biosensores fluorescentes con C. elegans Las cepas

Un protocolo para el cuantitativa, de alta expresión rendimiento de la detección y purificación analítico de proteínas de fusión a partir de cultivos a pequeña escala de Escherichia coli se describe y se aplica a la expresión de dianas proteicas veneno de animales disulfuro-rica.

High Throughput Screening Expresión cuantitativa y Purificación Aplicada a Recombinante Disulfide ricos en proteínas del veneno Producido en<em&gt; E. coli</em

Aquí describimos un ensayo de genes reporteros basado en células como una herramienta valiosa para examinar bibliotecas químicas en busca de compuestos que modulan los mecanismos de control postranscripcional ejercidos a través de 3' UTR.

Selección de alto rendimiento para moduladores químicos de genes post-transcripcionalmente regulados

Una metodología de alto rendimiento, la producción de protoplastos de tabaco automatizado y se describe la transformación. El sistema robótico permite la expresión de genes masivamente paralelo y el descubrimiento en el sistema modelo BY-2 que debe ser traducible a los cultivos no modelo.

Una plataforma robótica para de alto rendimiento de protoplastos aislamiento y Transformación

Aquí, se presenta un flujo de trabajo automatizado para modular montaje de "dispositivo" de ADN usando un método de montaje modular de clonación ADN sobre robots de manipulación de líquidos. El protocolo utiliza una herramienta de software intuitivo para la generación de listas de líquido controlador para combinatoria ADN dispositivo biblioteca generación, demostramos con dos plataformas de manejo de líquidos.

Automatizado de montaje robotizada manipulación líquido de dispositivos modulares de la DNA

Aquí describimos un protocolo simple para producir rápidamente cientos de agar medios de crecimiento nematodos, placas 96 pocillos con un número constante de Caenorhhabditis elegans por pozo. Estas culturas son útiles para la detección fenotípica de organismos enteros. Nos centramos aquí en el uso de estas culturas a los productos químicos de la pantalla para efectos de Pro-longevidad.

Un método Simple para la detección química de alto rendimiento en Caenorhabditis Elegans

Se proporciona un protocolo de alto rendimiento para la esterilización superficial de semillas de Arabidopsisthaliana (Arabidopsis), optimizando los pasos de manejo de líquidos con un dispositivo de succión simple construido con una bomba de vacío. Cientos de muestras de semillas pueden ser esterilizadas superficialmente en un día.

Método de alto rendimiento, robusto y altamente flexible en el tiempo para la esterilización superficial de semillas de Arabidopsis

Este protocolo proporciona un método para la optimización global sistemática de biosensores codificados genéticamente a través de la generación y evaluación de bibliotecas genéticas asistidas por automatización. Esto se combina con metodologías de diseño de experimentos para agilizar la experimentación y permitir la selección de componentes genéticos para ajustar los biosensores a resultados de diseño específicos.

Muestreo eficiente del espacio de diseño de biosensores codificados genéticamente habilitado con un diseño de experimentos y flujo de trabajo de automatización

Este protocolo presenta un flujo de trabajo estándar de cribado de alto rendimiento para microorganismos industriales. Consiste en construir una biblioteca mutante mediante mutagénesis ARTP, realizar cribado positivo de gotas con microfluidica automatizada y, posteriormente, verificar los resultados. La fiabilidad del flujo de trabajo se validó mediante el cribado de cepas de B. coagulans de alto rendimiento.

Cribado de alto rendimiento de mutantes de Bacillus coagulans hiperproductores de ácido L-láctico utilizando una plataforma microfluídica automatizada de gotas

Aprende a realizar un cribado genético químico de alto rendimiento en plántulas de Arabidopsis thaliana utilizando un robot de manipulación de líquidos. Este método permite descubrir eficientemente nuevas moléculas pequeñas que afectan la fisiología vegetal.

Optimizar el uso de un Robot de manipulación de líquidos para llevar a cabo un alto rendimiento adelante química genética pantalla de Arabidopsis thaliana (Video) | JoVE Journal

Optimizar el uso de un Robot de manipulación de líquidos para llevar a cabo un alto rendimiento adelante química genética pantalla de Arabidopsis thaliana

Explorar más videos