Explorar el microbioma de la raíz: extracción de datos de la comunidad bacteriana del suelo, rizosfera y raíz Endosphere

El objetivo general de este experimento es caracterizar tres compartimentos del microbioma de la raíz, el suelo, la rizosfera y la endosfera de la raíz, utilizando el perfil de la comunidad del gen de ARN ribosómico 16S. Este método puede ayudar a responder preguntas clave en ecología microbiana, como los factores bióticos y abióticos que son los principales impulsores de la estructura del microbioma. La principal ventaja de esta técnica es que estandariza cada paso, desde la separación de la raíz y la rizosfera hasta la extracción del ADN y la preparación de una biblioteca de secuenciación.

La demostración de este procedimiento estará a cargo de Tuesday Simmons, estudiante graduado en el Laboratorio Coleman-Derr. Para comenzar el protocolo, recoja muestras de suelo a granel con un colector de núcleos de suelo esterilizado con etanol para obtener un suelo que esté libre de raíces de plantas. Recoja un núcleo de aproximadamente 23 a 30 centímetros de la base de la planta.